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- 书院的授课内容以经史子集为主，但受到清廷的监督辅导，早已失去中国宋元时书院的独立治学精神，学生求学目的与科考及仕途脱离不了关系；但大致来说，书院仍是制度较完善的求学地点，也是延揽人才的好地方。
- 台湾的书院营运制度源自中国，由官方或民间捐资兴建，也有官民合建者。日常开销除了靠地方士绅的捐输，有的官方参与的书院每年由政府给予定额补助。规模大的书院购买「院田」，将收租作为维持书院的经费，学生缴交的费用亦是财源之一。
- 书院内的事务繁多，须有定员编制来从事管理，最重要的是山长，亦称院长，如同今日学校中的校长，负责主持教务及教学的工作，对整个书院的学风走向影响极大，所以多是聘请名儒宿学或举人、进士出身者担任。
