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- 明伦堂相当於古时候官办儒学的教室，依照礼制，应设於孔庙的左侧，也就是东庑的后方。「明伦」出自《孟子》滕文公：「夏曰校，殷曰序，周曰庠学则三代共之，皆所以明人伦也。」，校、序、庠学都是古时的学校，员生在此接受伦常之理的教导。台南孔庙的明伦堂旧时即为「台湾府学」，是清朝时全台最高学府。
- 在明伦堂的后方，常会设置朱子祠、文昌阁或魁星阁，分别祭祀宋儒朱熹、文昌帝君或魁星。朱熹因晚年在南方讲学，对儒家思想的发扬功不可没，且明清以后科举考试多以朱熹的注解为版本，故南方的孔庙多设朱子祠，以资纪念。至于祭祀文人学子信仰的文昌帝君及魁星，则是受到道教信仰的影响，与儒家思想无关。
