DNA

开发平台：

C/C++

globals.h：源码内容

							/* File: globals.h                         */ 
/* Author:Qichan Ma, Student No.:250494898 */
#ifndef GLOBALS_H
#define GLOBALS_H
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <ctype.h>
/* the index array of letters */
int alphaIndex[26];
/* the number of the residues (say for protein, it's 20; for DNA/RNA, it's 4)*/
int residuesLen;
/* the substitution score matrix */	  
int **score;
/* the gap penalty */
int gap_ini, gap_ext;
/* the number of sequences */
int numOfSeq;
/* the array of name of sequences */
char **seqName;
/* the array of sequences */
char **seq;
/* the array of sequences' length */
int *seqLen;
/* the multiple alignment */
char **multiAlign;
/* the temporary pairwise alignment */
char *align1;
char *align2;
/* the output file */
FILE *out;
/* the option for the output; 1 reprents output to the screen, 2 reprents output to the file */
int opt1; 
/* the option for the output result; 1 reprents output the final alignment, 
   2 reprents output both the final alignment and intermediate result */
int opt2; 
#endif

						