DNA

开发平台：
C/C++

readInput.c：源码内容
							/* File: readInput.c                       */ 
/* Author:Qichan Ma, Student No.:250494898 */
#include "globals.h"
#include "readInput.h"
/* read the residues, substitution score matrix & gap penalty from the input file */
void readScore() {
    FILE *in;
	char infile[20];
	printf("Please input the name of the file that includes the residues, substitution score matrix & gap penalty (e.g.: blosum62.txt): ");
	scanf("%s",infile);
	if((in = fopen(infile, "r")) == NULL)
	{
		printf("cannot open the filen");
		exit(0);
	}
    int i;
    /*  initialize the index array of letters */
    for(i=0;i<26;i++)
        alphaIndex[i] = -1;
    residuesLen=0;  /* the number of the residues (say for protein, it's 20; for DNA/RNA, it's 4)*/
    char ch;    
    ch=getc(in);
    if(ch == EOF) {
        fprintf(stderr, "the score file is not rightn");
        fclose(in);
        exit(1);
    }
    while(ch!='r' && ch!='n') {
        ch = getc(in);
        if(ch == EOF) {
            fprintf(stderr, "the score file is not rightn");
            fclose(in);
            exit(1);
        }
    }
    while(!isalnum(ch)) {
        ch = getc(in);
        if(ch == EOF) {
            fprintf(stderr, "the residues missedn");
            fclose(in);
            exit(1);
        }
    }
    /* read the residues */
    while(ch!='r' && ch!='n') {
        if(isalnum(ch))
            alphaIndex[ch-65]=residuesLen++;
        ch = getc(in);
        if(ch == EOF) {
            fprintf(stderr, "the residues missedn");
            fclose(in);
            exit(1);
        }        
    }    
    
    /* the substitution score matrix */
    score = (int **)malloc(residuesLen*sizeof(int *));
	for (i=0; i<residuesLen; i++)
        score[i]=(int *)malloc(residuesLen*sizeof(int));
  
    int j, temp;
    /* read the substitution score matrix */
    for(i=0; i<residuesLen; i++) {
        ch = getc(in);
        if(ch == EOF) {
            fprintf(stderr, "the score file is not rightn");
            fclose(in);
            exit(1);
        } 
        while(!isalpha(ch)) {
            ch = getc(in);
            if(ch == EOF) {
                fprintf(stderr, "the score file is not rightn");
                fclose(in);
                exit(1);
            } 
        }
        for(j=0; j<=i; j++) {
            if(fscanf(in, "%d", &temp) == EOF) {
                fprintf(stderr, "substitution score matrix is not rightn");
			    fclose(in);
			    exit(1);
			}
		    score[i][j]=temp;
        }
    }
    for(i=0; i<residuesLen; i++)
        for(j=i+1; j<residuesLen; j++)
            score[i][j] = score[j][i];
    ch = getc(in);
    while(!isalpha(ch)) {
        ch = getc(in);
        if(ch == EOF) {
            fprintf(stderr, "gap_initiation score missedn");
            fclose(in);
            exit(1);
        }     
    }
    while(!isspace(ch)) {
        ch = getc(in);
        if(ch == EOF) {
            fprintf(stderr, "gap_initiation score missedn");
            fclose(in);
            exit(1);
        }     
    }
    /* read gap penalty */
    if(fscanf(in, "%d", &temp) == EOF) {
        fprintf(stderr, "gap_initiation score missedn");
        fclose(in);
        exit(1);
    }
    gap_ini = temp;  /* the gap penalty */
 
    ch = getc(in);
    while(!isalpha(ch)) {
        ch = getc(in);
        if(ch == EOF) {
            fprintf(stderr, "gap_extension score missedn");
            fclose(in);
            exit(1);
        }     
    }
    while(!isspace(ch)) {
        ch = getc(in);
        if(ch == EOF) {
            fprintf(stderr, "gap_extension score missedn");
            fclose(in);
            exit(1);
        }     
    }
    /* read gap penalty */
    if(fscanf(in, "%d", &temp) == EOF) {
        fprintf(stderr, "gap_extension score missedn");
        fclose(in);
        exit(1);
    }
    gap_ext = temp;  /* the gap penalty */
	fclose(in); 
}
/* get the number of sequences */
int getNumOfSeq(char *infile) {
    FILE *in;
	if((in = fopen(infile, "r")) == NULL)
	{
		printf("cannot open the filen");
		exit(0);
	}    
    
    int lineNo = 0; /* the number of lines of the sequences file */
    char temp[1000];
    while(fgets(temp, 1000, in) != NULL)
       lineNo++;   
 	/* the number of lines of the sequences file must be multiple of 3 */
 	float tmp = lineNo;
 	if(tmp/3.0 != (int)(tmp/3)) {
        fprintf(stderr, "the sequences file is not rightn");
        fclose(in);
        exit(1);
    }
    
 	fclose(in);
    return lineNo/3;  
}
/* read the sequences from the input file */
void readSeq() {
    FILE *in;
	char infile[20];
	printf("Please input the name of the sequences file (e.g.: protein.txt): ");
	scanf("%s",infile);
	if((in = fopen(infile, "r")) == NULL)
	{
		printf("cannot open the infilen");
		exit(0);
	}
    /* the number of sequences */
    numOfSeq = getNumOfSeq(infile);
    /* the array of name of sequences */
    seqName = (char **)malloc(numOfSeq*sizeof(char *));
    /* the array of sequences */
    seq = (char **)malloc(numOfSeq*sizeof(char *));
    /* the length of the name of sequences */
    int seqNameLen; 
    /* the array of sequences' length */
    seqLen = (int *)malloc(numOfSeq*sizeof(int));
    char temp[1000];
    int i=0, j=0, k=0;
    /* read the sequences and the names of sequences from the input file */    
    while(fgets(temp, 1000, in) != NULL) {
        /* read the names of sequences */
        if(fgets(temp, 1000, in) == NULL) {
            fprintf(stderr, "the sequences file is not rightn");
            fclose(in);
            exit(1);
        }
        seqNameLen = strlen(temp);
        temp[seqNameLen-1]='';
        seqName[i]=(char *)malloc(seqNameLen*sizeof(char));
        strcpy(seqName[i],temp);
        
        /* read the sequences */         
        if(fgets(temp, 1000, in) == NULL) {
            fprintf(stderr, "the sequences file is not rightn");
            fclose(in);
            exit(1);
        }
        seqLen[i] = 0;
        for(j=0; !isalpha(temp[j]);j++);
        for( ;isalpha(temp[j]);j++)
            seqLen[i]++;
        seq[i]=(char *)malloc((seqLen[i]+1)*sizeof(char));
        for(j=0; !isalpha(temp[j]);j++);
        for(k=0; isalpha(temp[j]);j++,k++) {
            seq[i][k] = temp[j];
            /* if the sequences contains illegal letter */
            if(alphaIndex[seq[i][k]-65] == -1) {
                fprintf(stderr, "the sequences contain illegal lettern");
                fclose(in);
                exit(1);
            }
        }
        seq[i][seqLen[i]]=''; 
        i++; 
    }   
	fclose(in); 
}

						