DNA

开发平台：
C/C++

MSA_MST.c：源码内容
							/* File: MSA_MST.c                         */ 
/* Author:Qichan Ma, Student No.:250494898 */
#include "globals.h"
#include "readInput.h"
#include "multiAlign.h"
int main(int argc, char *argv[]) {
    /* read the residues, substitution score matrix & gap penalty from the input file */
    readScore();
    printf("n");
    /* read the sequences from the input file */
    readSeq();
    printf("n");
    
    /* the option for the output; 1 reprents output to the screen, 2 reprents output to the file */
	printf("Please choose the option for the output; 1 reprents output to the screen, 2 reprents output to the file: ");
	scanf("%d", &opt1);
	if(opt1 == 1)
        out = stdout;
     else if (opt1 == 2) {
         char *outfile="MultlipleAlignment.txt";
	     if((out = fopen(outfile, "w")) == NULL) {
		     printf("cannot open the outfilen");
		     exit(0);
	     }
      }
     else {
         printf("wrong inputn");
         exit(0);
     }
    printf("n");
    /* the option for the output result; 1 reprents output the final alignment, 
       2 reprents output both the final alignment and intermediate result */
	printf("Please choose the option for the output result; 1 reprents output the final alignment, 2 reprents output both the final alignment and intermediate result: ");
	scanf("%d", &opt2);
    if(opt2 != 1 && opt2 != 2) {
         printf("wrong inputn");
         exit(0);
    }
    printf("n"); 
    
    int i; 
    /* the maximal pairwise alignment's length is no more than 2*maximal sequence length */
    int maxPairAlignLen = 2*seqLen[0];
    for(i=0; i<numOfSeq; i++) {
        if(maxPairAlignLen < 2*seqLen[i])
            maxPairAlignLen = 2*seqLen[i];
    }
    align1 = (char *)malloc(maxPairAlignLen*sizeof(char));
    align2 = (char *)malloc(maxPairAlignLen*sizeof(char)); 
    /* do the multiple sequence alignment using Kruskal's maximum spanning tree algorithm */
    MST_Kruskal();
    /* output the multiple alignment & SP score */
    printMultiAlign();
        
    /* free score */
    for(i=0; i<residuesLen; i++)
        free(score[i]);
    free(score);
    /* free seqName */
    for(i=0;i<numOfSeq;i++)
        free(seqName[i]);
    free(seqName);
    /* free seq */
    for(i=0;i<numOfSeq;i++)
        free(seq[i]);
    free(seq); 
    /* free seqLen */
    free(seqLen);     
    /* free multiAlign */
    for(i=0;i<numOfSeq;i++)
        free(multiAlign[i]);
    free(multiAlign); 
    /* free the temporary pairwise alignment */   
    free(align1);
    free(align2);
    
    /* close the output file */
    if(opt1 == 2)
        fclose(out);          
    return 0;
} 

						