InputData.h
上传用户:chinafayin
上传日期:2022-04-05
资源大小:153k
文件大小:3k
源码类别:

并行计算

开发平台:

Visual C++

  1. /*
  2.     FastGrid (formerly AutoGrid)
  3.     Copyright (C) 2009 The Scripps Research Institute. All rights reserved.
  4.     Copyright (C) 2009 Masaryk University. All rights reserved.
  5.     AutoGrid is a Trade Mark of The Scripps Research Institute.
  6.     This program is free software; you can redistribute it and/or
  7.     modify it under the terms of the GNU General Public License
  8.     as published by the Free Software Foundation; either version 2
  9.     of the License, or (at your option) any later version.
  10.     This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11.     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12.     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13.     GNU General Public License for more details.
  14.     You should have received a copy of the GNU General Public License
  15.     along with this program; if not, write to the Free Software
  16.     Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA.
  17. */
  18. #pragma once
  19. #include "ParameterLibrary.h"
  20. struct InputData
  21. {
  22.     // Filenames
  23.     // if the first char is equal to '', the filename is not specified
  24.     char fldFilenameAVS[MAX_CHARS];
  25.     char floatingGridFilename[MAX_CHARS];
  26.     char receptorFilename[MAX_CHARS];
  27.     char xyzFilename[MAX_CHARS];
  28.     char parameterLibraryFilename[MAX_CHARS];   // the AD4 parameters .dat file name
  29.     // Grid
  30.     int numGridPointsPerMap;    // for the entire grid
  31.     Vec3i numGridPoints;        // in one axis
  32.     Vec3i numGridPointsDiv2;    // in one axis
  33.     Vec3d gridCornerMin;        // corner of the grid (minimal coordinates)
  34.     Vec3d gridCenter;           // center of mass where the grid is centered on
  35.     double gridSpacing;         // One quarter of a C-C bond length.
  36.     // variables for RECEPTOR:
  37.     // each type is now at most two characters, eg 'NA'
  38.     // NB: these are sparse arrays, some entries are not set
  39.     char receptorTypes[NUM_RECEPTOR_TYPES][3];
  40.     int numReceptorTypes; // number of different receptor atom types actually found in receptor PDBQT
  41.     int numReceptorAtoms;
  42.     // length of these arrays is equal to InputData::numReceptorAtoms
  43.     double *charge;
  44.     double *vol;
  45.     double *solpar;
  46.     int *atomType;
  47.     HBondType *hbond;
  48.     Vec4d *receptorAtom; // XYZ = coord, W = charge * coeff_estat * (distDepDiel ? 1 : invDielCal)
  49.     double epsilon[MAX_DIST];
  50.     // for NEW3 desolvation terms
  51.     double solparQ;   // unweighted value restored 3:9:05
  52.     double invDielCal;
  53.     double rSmooth;
  54.     double covHalfWidthSquaredInv;
  55.     double covBarrier;
  56.     Vec3d covalentPoint;         // Cartesian-coordinate of covalent affinity well.
  57.     bool distDepDiel, disorderH;
  58.     
  59.     virtual ~InputData() {}
  60. };