README
上传用户:chinafayin
上传日期:2022-04-05
资源大小:153k
文件大小:2k
源码类别:

并行计算

开发平台:

Visual C++

  1. What is AutoDock?
  2. =================
  3. AutoDock is a suite of automated docking tools. It is designed to
  4. predict how small molecules, such as substrates or drug candidates,
  5. bind to a receptor of known 3D structure.
  6. AutoDock actually consists of two main programs: AutoDock performs
  7. the docking of the ligand to a set of grids describing the target
  8. protein; AutoGrid pre-calculates these grids. FastGrid is a fork
  9. of AutoGrid optimized for modern hardware and is often more than
  10. 50 times faster.
  11. In addition to using them for docking, the atomic affinity grids
  12. can be visualised. This can help, for example, to guide organic
  13. synthetic chemists design better binders.
  14. We have also developed a graphical user interface called AutoDockTools,
  15. or ADT for short, which amongst other things helps to set up which
  16. bonds will treated as rotatable in the ligand and to analyze dockings.
  17. AutoDock has applications in:
  18.     X-ray crystallography; 
  19.     structure-based drug design; 
  20.     lead optimization; 
  21.     virtual screening (HTS); 
  22.     combinatorial library design; 
  23.     protein-protein docking; 
  24.     chemical mechanism studies.
  25. Installing FastGrid
  26. ===================
  27. Make sure you checkout both "autodock" and "fastgrid" at the same
  28. time and into the same directory.  The compilation of "fastgrid4"
  29. depends on files in the "../autodock" directory, specifically:
  30.     ../autodock/autocomm.h
  31.     ../autodock/paramdat2h.csh
  32.     ../autodock/AD4.1_bound.dat
  33. By default, AutoDock 4.1 uses the AD4.1_bound.dat parameter file,
  34. so AD4.1_compact.dat and AD4.1_extended.dat would not be used,
  35. but if "../autodock/paramdat2h.csh" is changed to use either of
  36. these scoring functions, then either of these other two ".dat"
  37. files would be come necessary:
  38.     ../autodock/AD4.1_compact.dat
  39.     ../autodock/AD4.1_extended.dat
  40. Bootstrapping Installation
  41. ==========================
  42. Please read the INSTALL file in this directory for more information,
  43. this will explain how to use 'cmake' to create the necessary
  44. Makefile and how to use it to make the executables.
  45. Copying AutoDock
  46. ================
  47. Please refer to the file "COPYING" in this directory for
  48. more information on copying AutoDock.