人工智能/神经网络

开发平台：
C/C++

nw.h：源码内容
							#include <string>
#include <vector>
/**
 * Algoritmo Needleman-Wunsch
 * 
 * Creado el 2 de Abril de 2007 
 * 
 * Autor: Germ醤 Gonz醠ez
 * 
 * Basado en la versi髇 java escrita por: Peter Petrov
 */
 
class NeedlemanWunsch 
  {
   private:   
               vector < vector <int> > MatrizCosto[4][4];
	            vector < vector <int> > MatrizPeso;
               vector <string> resultado;
               vector <int> puntaje;
	            int MAX_LINE_LENGTH;
	            int gapPenalty;
               string line, s1, s2;
               //stringTokenizer st = ("", "t :rn");
   
   public:
             NeedlemanWunsch();
             vector <string> llenarMatriz(string s1, string s2, int puntaje[]);
             string siguienteToken();
             int obtenerLetraIndice(char letra);
	};
   
NeedlemanWunsch :: NeedlemanWunsch()
{
   MAX_LINE_LENGTH = 1024;
   gapPenalty = -1;
   line = "";
}
	
 vector <string> NeedlemanWunsch :: llenarMatriz(string sec1, string sec2, vector <int> puntaje)
   {
      s1 = sec1;
      s2 = sec2;
      
		int largoS1 = s1.length();
		int largoS2 = s2.length();
      
     MatrizPeso.resize(largoS1 + 1);
     for (unsigned i = 0; i < MatrizPeso.size(); i++)
     {
       MatrizPeso[i].resize(largoS2 + 1);
     }
		MatrizPeso [0][0] = 0;
     
		for (int i=1; i<=largoS1; i++)
			MatrizPeso[i][0] = i * gapPenalty;
     
		for (int i=1; i<=largoS2; i++)
			MatrizPeso[0][i] = i * gapPenalty;
		
		int puntajeSiBajo = 0;
		int puntajeSiVoyalaDerecha = 0;
		int puntajeSiBajoyVoyalaDerecha = 0;
		
		int mejorPuntaje = 0;
		int ind1 = 0;
		int ind2 = 0;
		
      for (int i=1; i<=largoS1; i++)
         {
			for (int j=1; j<=largoS2; j++)
            {
				// Las siguientes 5 lineas pueden ser separadas en un m閠odo auxiliar
				ind1 = obtenerLetraIndice(s1.at(i-1));
				ind2 = obtenerLetraIndice(s2.at(j-1));
				puntajeSiBajo = MatrizPeso[i-1][j] + gapPenalty;
				puntajeSiVoyalaDerecha = MatrizPeso[i][j-1] + gapPenalty;
				puntajeSiBajoyVoyalaDerecha = MatrizPeso[i-1][j-1] + MatrizCosto[ind1][ind2];
				
				mejorPuntaje = Math.max( Math.max(puntajeSiBajo, puntajeSiVoyalaDerecha), puntajeSiBajoyVoyalaDerecha );
				MatrizPeso[i][j] = mejorPuntaje;
			}
		}
		
		string res1, res2;
				
		int i = largoS1;
		int j = largoS2;
		
		// Esta forma nos devuelve el puntaje del m閠odo que llama a la funci髇
		puntaje[0] = MatrizPeso[largoS1][largoS2];
		
		while (i>0 && j>0)
      {
			// Las siguientes 5 lineas pueden ser separadas en un m閠odo auxiliar
			ind1 = obtenerLetraIndice(s1.at(i-1));
			ind2 = obtenerLetraIndice(s2.at(j-1));
			puntajeSiBajo = MatrizPeso[i-1][j] + gapPenalty;
			puntajeSiVoyalaDerecha = MatrizPeso[i][j-1] + gapPenalty;
			puntajeSiBajoyVoyalaDerecha = MatrizPeso[i-1][j-1] + MatrizCosto[ind1][ind2];;
			
			if (MatrizPeso[i][j] == puntajeSiBajo)
         {
				// Subamos!
				res1.insert(0, s1.at(i-1));
				res2.insert(0, '-');
				i--;
			}
        
         else if (MatrizPeso[i][j] == puntajeSiVoyalaDerecha)
         {
				// Vayamos a la izquierda!
				res1.insert(0, '-');
				res2.insert(0, s2.at(j-1));
				j--;
			}
         
         else if (MatrizPeso[i][j] == puntajeSiBajoyVoyalaDerecha)
         {
				// Subamos y vayamos a la izquierda!
				res1.insert(0, s1.at(i-1));
				res2.insert(0, s2.at(j-1));
				i--;
				j--;
			}
		}
      
		while (i>0)
      {
			// Subamos !
			res1.insert(0, s1.charAt(i-1));
			res2.insert(0, '-');
			i--;
		}
      
		while (j>0)
      {
			// Vayamos a la izquierda !
			res1.insert(0, '-');
			res2.insert(0, s2.at(j-1));
			j--;
		}
		
		MatrizPeso = NULL;
      resultado = res1.toString(), res2.toString();
		
		return resultado;
	}
	
int NeedlemanWunsch :: obtenerLetraIndice(char letra)
   {
		int ind = -1;
		switch (letra)
      {
			case 'A': ind = 0; break;
			case 'G': ind = 1; break;
			case 'C': ind = 2; break;
			case 'T': ind = 3; break;
		}
		return ind;
	}
	
void NeedlemanWunsch :: parseInput()
   {
      vector <vector <string>> matriz [5][5];
      
		matriz[0][0] = "";
      
		for (int k=1; k<=24; k++)
         {
			  matriz[k/5][k%5] = siguienteToken(); 
		   }
		// Guarda la etiqueta de la i-esima fila en etiquetasFilas[i-1]
		char etiquetasFilas[4];
		for (int i=1; i<=4; i++)
      {
			etiquetasFilas[i-1] = matriz[i][0];
		}
		// Guarda la etiqueta de la j-esima columna en etiquetasCol[j-1]
		char etiquetasCol[4];
		for (int j=1; j<=4; j++)
      {
			etiquetasCol[j-1] = matriz[0][j];
		}		
		
		for (int i=1; i<=4; i++)
      {
			for (int j=1; j<=4; j++)
         {
				int w = Integer.parseInt(matrix[i][j]);
				int indI = getLetterIndex(rowLabels[i-1]);
				int indJ = getLetterIndex(colLabels[j-1]);
				MatrizCosto[indI][indJ] = w;
			}
		}
	
		siguienteToken(); // Palabra de escape "GAP"
		siguienteToken(); // Palabra de escape "PENALTY:"
		
		// Leer el valor de la penalidad gap
		gapPenalty = Integer.parseInt(siguienteToken());
		
	}
string NeedlemanWunsch :: siguienteToken()
   {
        while (!st.hasMoreTokens())
         {
            line = readLn(MAX_LINE_LENGTH + 10);
            if (line.empty()) return NULL;
            st = new StringTokenizer(line);
         }
         
        return st.siguienteToken().trim();
   }
    /*
     * M閠odo para leer lineas del flujo 
     * de entrada est醤dar (cin)
     */
   
  string NeedlemanWunsch :: leerLn (int maxLg)
    {
        byte lin[] = new byte [maxLg];
        int lg = 0, car = -1;
     
            while (lg < maxLg)
             {
                cin >> car; 
                if ((car < 0) || (car == 'n')) break;
                lin [lg++] += car;
            }
       
        if ((car < 0) && (lg == 0)) 
        {
        	// EOF
        	return (NULL);
        }
        
        return (new String (lin, 0, lg));
    }
	
}

						