objects_sample.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:6k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: objects_sample.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:31:56  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: objects_sample.cpp,v 1000.1 2004/06/01 18:31:56 gouriano Exp $
  10. * ===========================================================================
  11. *
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. *
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. * Author:  Aaron Ucko
  35. *
  36. * File Description:
  37. *   Simple program demonstrating the use of serializable objects (in this
  38. *   case, biological sequences).  Does NOT use the object manager.
  39. *
  40. * ===========================================================================
  41. */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <corelib/ncbiapp.hpp>
  44. #include <corelib/ncbiargs.hpp>
  45. #include <corelib/ncbienv.hpp>
  46. #include <serial/iterator.hpp>
  47. #include <serial/objistr.hpp>
  48. #include <serial/objostr.hpp>
  49. #include <serial/serial.hpp>
  50. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  51. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  52. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  53. USING_SCOPE(ncbi);
  54. USING_SCOPE(objects);
  55. class CSampleObjectsApplication : public CNcbiApplication
  56. {
  57.     virtual void Init(void);
  58.     virtual int  Run(void);
  59.     // Member variable to help illustrate our naming conventions
  60.     CSeq_entry m_Entry;
  61. };
  62. void CSampleObjectsApplication::Init(void)
  63. {
  64.     // Create command-line argument descriptions class
  65.     auto_ptr<CArgDescriptions> arg_desc(new CArgDescriptions);
  66.     // Specify USAGE context
  67.     arg_desc->SetUsageContext
  68.         (GetArguments().GetProgramBasename(),
  69.          "Object serialization demo program: Seq-entry translator");
  70.     // Describe the expected command-line arguments
  71.     arg_desc->AddDefaultKey
  72.         ("in", "InputFile",
  73.          "name of file to read from (standard input by default)",
  74.          CArgDescriptions::eInputFile, "-", CArgDescriptions::fPreOpen);
  75.     arg_desc->AddDefaultKey("infmt", "InputFormat", "format of input file",
  76.                             CArgDescriptions::eString, "asn");
  77.     arg_desc->SetConstraint
  78.         ("infmt", &(*new CArgAllow_Strings, "asn", "asnb", "xml"));
  79.     arg_desc->AddDefaultKey
  80.         ("out", "OutputFile",
  81.          "name of file to write to (standard output by default)",
  82.          CArgDescriptions::eOutputFile, "-", CArgDescriptions::fPreOpen);
  83.     arg_desc->AddDefaultKey("outfmt", "OutputFormat", "format of output file",
  84.                             CArgDescriptions::eString, "xml");
  85.     arg_desc->SetConstraint
  86.         ("outfmt", &(*new CArgAllow_Strings, "asn", "asnb", "xml"));
  87.     // Setup arg.descriptions for this application
  88.     SetupArgDescriptions(arg_desc.release());
  89. }
  90. static ESerialDataFormat s_GetFormat(const string& name)
  91. {
  92.     if (name == "asn") {
  93.         return eSerial_AsnText;
  94.     } else if (name == "asnb") {
  95.         return eSerial_AsnBinary;
  96.     } else if (name == "xml") {
  97.         return eSerial_Xml;
  98.     } else {
  99.         // Should be caught by argument processing, but as an illustration...
  100.         THROW1_TRACE(runtime_error, "Bad serial format name " + name);
  101.     }
  102. }
  103. int CSampleObjectsApplication::Run(void)
  104. {
  105.     // Get arguments
  106.     CArgs args = GetArgs();
  107.     // Read the entry
  108.     {{
  109.         auto_ptr<CObjectIStream> in
  110.             (CObjectIStream::Open(s_GetFormat(args["infmt"].AsString()),
  111.                                    args["in"].AsInputFile()));
  112.         *in >> m_Entry;
  113.     }}
  114.     // Display the IDs of the sequence(s) it contains
  115.     for (CTypeConstIterator<CBioseq> seq = ConstBegin(m_Entry);  seq;  ++seq) {
  116.         bool first = true;
  117.         ITERATE (CBioseq::TId, id, seq->GetId()) {
  118.             if (first) {
  119.                 first = false;
  120.             } else {
  121.                 NcbiCerr << '|';
  122.             }
  123.             (*id)->WriteAsFasta(NcbiCerr);
  124.         }
  125.         NcbiCerr << NcbiEndl;
  126.     }
  127.     // Write the entry
  128.     {{
  129.         auto_ptr<CObjectOStream> out
  130.             (CObjectOStream::Open(s_GetFormat(args["outfmt"].AsString()),
  131.                                   args["out"].AsOutputFile()));
  132.         *out << m_Entry;
  133.     }}
  134.     // Exit successfully
  135.     return 0;
  136. }
  137. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  138. //  MAIN
  139. int main(int argc, const char* argv[])
  140. {
  141.     // Execute main application function
  142.     return CSampleObjectsApplication().AppMain(argc, argv, 0, eDS_Default, 0);
  143. }
  144. /*
  145. * ===========================================================================
  146. *
  147. * $Log: objects_sample.cpp,v $
  148. * Revision 1000.1  2004/06/01 18:31:56  gouriano
  149. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  150. *
  151. * Revision 1.3  2004/05/21 21:41:41  gorelenk
  152. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  153. *
  154. * Revision 1.2  2003/03/10 18:48:48  kuznets
  155. * iterate->ITERATE
  156. *
  157. * Revision 1.1  2002/04/18 16:05:13  ucko
  158. * Add centralized tree for sample apps.
  159. *
  160. *
  161. * ===========================================================================
  162. */