开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
cn3d_tools.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：11k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

cn3d_tools.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: cn3d_tools.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/06/01 18:28:23  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.9
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: cn3d_tools.cpp,v 1000.3 2004/06/01 18:28:23 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Authors:  Paul Thiessen
  36. *
  37. * File Description:
  38. *      Miscellaneous utility functions
  39. *
  40. * ===========================================================================
  41. */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  44. #ifdef _MSC_VER
  45. #pragma warning(disable:4018)   // disable signed/unsigned mismatch warning in MSVC
  46. #endif
  48. #if defined(__WXMSW__)
  49. #include <windows.h>
  50. #include <shellapi.h>   // for ShellExecute, needed to launch browser
  52. #elif defined(__WXGTK__)
  53. #include <unistd.h>
  55. #elif defined(__WXMAC__)
  56. // full paths needed to void having to add -I/Developer/Headers/FlatCarbon to all modules...
  57. #include "/Developer/Headers/FlatCarbon/Types.h"
  58. #include "/Developer/Headers/FlatCarbon/InternetConfig.h"
  59. #endif
  61. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  62. #include <corelib/ncbireg.hpp>
  64. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  65. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  66. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  68. #ifdef __WXMSW__
  69. #include <windows.h>
  70. #include <wx/msw/winundef.h>
  71. #endif
  72. #include <wx/wx.h>
  73. #include <wx/file.h>
  75. #include "cn3d_tools.hpp"
  76. #include "asn_reader.hpp"
  78. #include <memory>
  80. USING_NCBI_SCOPE;
  81. USING_SCOPE(objects);
  84. BEGIN_SCOPE(Cn3D)
  86. ///// Registry stuff /////
  88. static CNcbiRegistry registry;
  89. static string registryFile;
  90. static bool registryChanged = false;
  92. void LoadRegistry(void)
  93. {
  94.     if (GetPrefsDir().size() > 0)
  95.         registryFile = GetPrefsDir() + "Preferences";
  96.     else
  97.         registryFile = GetProgramDir() + "Preferences";
  98.     auto_ptr<CNcbiIfstream> iniIn(new CNcbiIfstream(registryFile.c_str(), IOS_BASE::in));
  99.     if (*iniIn) {
  100.         INFOMSG("loading program registry " << registryFile);
  101.         registry.Read(*iniIn);
  102.     }
  104.     registryChanged = false;
  105. }
  107. void SaveRegistry(void)
  108. {
  109.     if (registryChanged) {
  110.         auto_ptr<CNcbiOfstream> iniOut(new CNcbiOfstream(registryFile.c_str(), IOS_BASE::out));
  111.         if (*iniOut) {
  112. //            TESTMSG("saving program registry " << registryFile);
  113.             registry.Write(*iniOut);
  114.         }
  115.     }
  116. }
  118. bool RegistryIsValidInteger(const string& section, const string& name)
  119. {
  120.     long value;
  121.     wxString regStr = registry.Get(section, name).c_str();
  122.     return (regStr.size() > 0 && regStr.ToLong(&value));
  123. }
  125. bool RegistryIsValidDouble(const string& section, const string& name)
  126. {
  127.     double value;
  128.     wxString regStr = registry.Get(section, name).c_str();
  129.     return (regStr.size() > 0 && regStr.ToDouble(&value));
  130. }
  132. bool RegistryIsValidBoolean(const string& section, const string& name)
  133. {
  134.     string regStr = registry.Get(section, name);
  135.     return (regStr.size() > 0 && (
  136.         toupper(regStr[0]) == 'T' || toupper(regStr[0]) == 'F' ||
  137.         toupper(regStr[0]) == 'Y' || toupper(regStr[0]) == 'N'));
  138. }
  140. bool RegistryIsValidString(const string& section, const string& name)
  141. {
  142.     string regStr = registry.Get(section, name);
  143.     return (regStr.size() > 0);
  144. }
  146. bool RegistryGetInteger(const string& section, const string& name, int *value)
  147. {
  148.     wxString regStr = registry.Get(section, name).c_str();
  149.     long l;
  150.     if (regStr.size() == 0 || !regStr.ToLong(&l)) {
  151.         WARNINGMSG("Can't get long from registry: " << section << ", " << name);
  152.         return false;
  153.     }
  154.     *value = (int) l;
  155.     return true;
  156. }
  158. bool RegistryGetDouble(const string& section, const string& name, double *value)
  159. {
  160.     wxString regStr = registry.Get(section, name).c_str();
  161.     if (regStr.size() == 0 || !regStr.ToDouble(value)) {
  162.         WARNINGMSG("Can't get double from registry: " << section << ", " << name);
  163.         return false;
  164.     }
  165.     return true;
  166. }
  168. bool RegistryGetBoolean(const string& section, const string& name, bool *value)
  169. {
  170.     string regStr = registry.Get(section, name);
  171.     if (regStr.size() == 0 || !(
  172.             toupper(regStr[0]) == 'T' || toupper(regStr[0]) == 'F' ||
  173.             toupper(regStr[0]) == 'Y' || toupper(regStr[0]) == 'N')) {
  174.         WARNINGMSG("Can't get boolean from registry: " << section << ", " << name);
  175.         return false;
  176.     }
  177.     *value = (toupper(regStr[0]) == 'T' || toupper(regStr[0]) == 'Y');
  178.     return true;
  179. }
  181. bool RegistryGetString(const string& section, const string& name, string *value)
  182. {
  183.     string regStr = registry.Get(section, name);
  184.     if (regStr.size() == 0) {
  185.         WARNINGMSG("Can't get string from registry: " << section << ", " << name);
  186.         return false;
  187.     }
  188.     *value = regStr;
  189.     return true;
  190. }
  192. bool RegistrySetInteger(const string& section, const string& name, int value)
  193. {
  194.     wxString regStr;
  195.     regStr.Printf("%i", value);
  196.     bool okay = registry.Set(section, name, regStr.c_str(), CNcbiRegistry::ePersistent);
  197.     if (!okay)
  198.         ERRORMSG("registry Set(" << section << ", " << name << ") failed");
  199.     else
  200.         registryChanged = true;
  201.     return okay;
  202. }
  204. bool RegistrySetDouble(const string& section, const string& name, double value)
  205. {
  206.     wxString regStr;
  207.     regStr.Printf("%g", value);
  208.     bool okay = registry.Set(section, name, regStr.c_str(), CNcbiRegistry::ePersistent);
  209.     if (!okay)
  210.         ERRORMSG("registry Set(" << section << ", " << name << ") failed");
  211.     else
  212.         registryChanged = true;
  213.     return okay;
  214. }
  216. bool RegistrySetBoolean(const string& section, const string& name, bool value, bool useYesOrNo)
  217. {
  218.     string regStr;
  219.     if (useYesOrNo)
  220.         regStr = value ? "yes" : "no";
  221.     else
  222.         regStr = value ? "true" : "false";
  223.     bool okay = registry.Set(section, name, regStr, CNcbiRegistry::ePersistent);
  224.     if (!okay)
  225.         ERRORMSG("registry Set(" << section << ", " << name << ") failed");
  226.     else
  227.         registryChanged = true;
  228.     return okay;
  229. }
  231. bool RegistrySetString(const string& section, const string& name, const string& value)
  232. {
  233.     bool okay = registry.Set(section, name, value, CNcbiRegistry::ePersistent);
  234.     if (!okay)
  235.         ERRORMSG("registry Set(" << section << ", " << name << ") failed");
  236.     else
  237.         registryChanged = true;
  238.     return okay;
  239. }
  242. ///// Misc stuff /////
  244. #ifdef __WXMSW__
  245. // code borrowed (and modified) from Nlm_MSWin_OpenDocument() in vibutils.c
  246. static bool MSWin_OpenDocument(const char* doc_name)
  247. {
  248.     int status = (int) ShellExecute(0, "open", doc_name, NULL, NULL, SW_SHOWNORMAL);
  249.     if (status <= 32) {
  250.         ERRORMSG("Unable to open document "" << doc_name << "", error = " << status);
  251.         return false;
  252.     }
  253.     return true;
  254. }
  255. #endif
  257. #ifdef __WXMAC__
  258. static OSStatus MacLaunchURL(ConstStr255Param urlStr)
  259. {
  260.     OSStatus err;
  261.     ICInstance inst;
  262.     SInt32 startSel;
  263.     SInt32 endSel;
  265.     err = ICStart(&inst, 'Cn3D');
  266.     if (err == noErr) {
  267. #if !TARGET_CARBON
  268.         err = ICFindConfigFile(inst, 0, nil);
  269. #endif
  270.         if (err == noErr) {
  271.             startSel = 0;
  272.             endSel = strlen(urlStr);
  273.             err = ICLaunchURL(inst, "p", urlStr, endSel, &startSel, &endSel);
  274.         }
  275.         ICStop(inst);
  276.     }
  277.     return err;
  278. }
  279. #endif
  281. void LaunchWebPage(const char *url)
  282. {
  283.     if(!url) return;
  284.     INFOMSG("launching url " << url);
  286. #if defined(__WXMSW__)
  287.     if (!MSWin_OpenDocument(url)) {
  288.         ERRORMSG("Unable to launch browser");
  289.     }
  291. #elif defined(__WXGTK__)
  292.     string command;
  293.     RegistryGetString(REG_ADVANCED_SECTION, REG_BROWSER_LAUNCH, &command);
  294.     size_t pos = 0;
  295.     while ((pos=command.find("<URL>", pos)) != string::npos)
  296.         command.replace(pos, 5, url);
  297.     TRACEMSG("launching browser with: " << command);
  298.     system(command.c_str());
  300. #elif defined(__WXMAC__)
  301.     MacLaunchURL(url);
  302. #endif
  303. }
  305. CRef < CBioseq > FetchSequenceViaHTTP(const string& id)
  306. {
  307.     CSeq_entry seqEntry;
  308.     string err;
  309.     static const string host("www.ncbi.nlm.nih.gov"), path("/entrez/viewer.cgi");
  310.     string args = string("view=0&maxplex=1&save=idf&val=") + id;
  311.     INFOMSG("Trying to load sequence from URL " << host << path << '?' << args);
  313.     CRef < CBioseq > bioseq;
  314.     if (GetAsnDataViaHTTP(host, path, args, &seqEntry, &err)) {
  315.         if (seqEntry.IsSeq())
  316.             bioseq.Reset(&(seqEntry.SetSeq()));
  317.         else if (seqEntry.IsSet() && seqEntry.GetSet().GetSeq_set().front()->IsSeq())
  318.             bioseq.Reset(&(seqEntry.SetSet().SetSeq_set().front()->SetSeq()));
  319.         else
  320.             ERRORMSG("FetchSequenceViaHTTP() - confused by SeqEntry format");
  321.     }
  322.     if (bioseq.Empty())
  323.         ERRORMSG("FetchSequenceViaHTTP() - HTTP Bioseq retrieval failed");
  325.     return bioseq;
  326. }
  328. END_SCOPE(Cn3D)
  330. /*
  331. * ---------------------------------------------------------------------------
  332. * $Log: cn3d_tools.cpp,v $
  333. * Revision 1000.3  2004/06/01 18:28:23  gouriano
  334. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.9
  335. *
  336. * Revision 1.9  2004/05/24 15:56:33  gorelenk
  337. * Changed position of PCH include
  338. *
  339. * Revision 1.8  2004/05/21 21:41:39  gorelenk
  340. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  341. *
  342. * Revision 1.7  2004/02/19 17:04:52  thiessen
  343. * remove cn3d/ from include paths; add pragma to disable annoying msvc warning
  344. *
  345. * Revision 1.6  2004/01/17 00:17:30  thiessen
  346. * add Biostruc and network structure load
  347. *
  348. * Revision 1.5  2003/12/16 02:16:49  ucko
  349. * +<memory> for auto_ptr<>
  350. *
  351. * Revision 1.4  2003/11/15 16:08:35  thiessen
  352. * add stereo
  353. *
  354. * Revision 1.3  2003/03/19 14:44:56  thiessen
  355. * remove header dependency
  356. *
  357. * Revision 1.2  2003/03/13 22:48:43  thiessen
  358. * fixes for Mac/OSX/gcc
  359. *
  360. * Revision 1.1  2003/03/13 14:26:18  thiessen
  361. * add file_messaging module; split cn3d_main_wxwin into cn3d_app, cn3d_glcanvas, structure_window, cn3d_tools
  362. *
  363. */