开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
structure_window.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：66k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

structure_window.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: structure_window.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/06/01 18:29:33  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.33
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: structure_window.cpp,v 1000.3 2004/06/01 18:29:33 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Authors:  Paul Thiessen
  36. *
  37. * File Description:
  38. *      structure window object for Cn3D
  39. *
  40. * ===========================================================================
  41. */
  43. #ifdef _MSC_VER
  44. #pragma warning(disable:4018)   // disable signed/unsigned mismatch warning in MSVC
  45. #endif
  47. #include <ncbi_pch.hpp>
  48. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  49. #include <corelib/ncbitime.hpp> // avoids some 'CurrentTime' conflict later on...
  51. #include <objects/ncbimime/Ncbi_mime_asn1.hpp>
  52. #include <objects/cdd/Cdd.hpp>
  53. #include <objects/mmdb2/Model_type.hpp>
  55. #include <algorithm>
  56. #include <memory>
  58. #ifdef __WXMSW__
  59. #include <windows.h>
  60. #include <wx/msw/winundef.h>
  61. #endif
  62. #include <wx/wx.h>
  63. #include <wx/html/helpfrm.h>
  64. #include <wx/html/helpctrl.h>
  65. #include <wx/fontdlg.h>
  66. #include <wx/confbase.h>
  67. #include <wx/fileconf.h>
  68. #include <wx/filename.h>
  69. #include <wx/choicdlg.h>
  71. #include "asn_reader.hpp"
  72. #include "cn3d_glcanvas.hpp"
  73. #include "structure_window.hpp"
  74. #include "structure_set.hpp"
  75. #include "opengl_renderer.hpp"
  76. #include "style_manager.hpp"
  77. #include "messenger.hpp"
  78. #include "chemical_graph.hpp"
  79. #include "alignment_manager.hpp"
  80. #include "show_hide_manager.hpp"
  81. #include "show_hide_dialog.hpp"
  82. #include "cn3d_tools.hpp"
  83. #include "cdd_annot_dialog.hpp"
  84. #include "preferences_dialog.hpp"
  85. #include "cdd_ref_dialog.hpp"
  86. #include "cdd_book_ref_dialog.hpp"
  87. #include "cn3d_png.hpp"
  88. #include "wx_tools.hpp"
  89. #include "block_multiple_alignment.hpp"
  90. #include "sequence_set.hpp"
  91. #include "molecule_identifier.hpp"
  92. #include "cdd_splash_dialog.hpp"
  93. #include "command_processor.hpp"
  94. #include "animation_controls.hpp"
  95. #include "cn3d_cache.hpp"
  97. // the application icon (under Windows it is in resources)
  98. #if defined(__WXGTK__) || defined(__WXMAC__)
  99.     #include "cn3d.xpm"
  100. #endif
  102. #include <ncbienv.h>
  104. USING_NCBI_SCOPE;
  105. USING_SCOPE(objects);
  108. BEGIN_SCOPE(Cn3D)
  110. // global strings
  111. static string
  112.     userDir,        // directory of latest user-selected file
  113.     currentFile;    // name of current working file
  114. const string& GetUserDir(void) { return userDir; }
  115. const string& GetWorkingFilename(void) { return currentFile; }
  117. // global working title
  118. static string workingTitle;
  119. const string& GetWorkingTitle(void) { return workingTitle; }
  120. static void SetWorkingTitle(StructureSet *sSet)
  121. {
  122.     if (sSet->IsCDDInMime() && sSet->GetCDDName().size() > 0)
  123.         workingTitle = sSet->GetCDDName();      // for CDD's sent by server
  124.     else if (sSet->IsCDD())
  125.         workingTitle = GetWorkingFilename();    // for CDD's edited by curators
  126.     else if (sSet->objects.size() > 0) {
  127.         workingTitle = sSet->objects.front()->pdbID;
  128.         if (sSet->objects.size() > 1)
  129.             workingTitle += " neighbors";
  130.     } else
  131.         workingTitle = GetWorkingFilename();
  132. }
  134. // favorites stuff
  135. static bool favoriteStylesChanged = false;
  136. static CCn3d_style_settings_set favoriteStyles;
  137. static bool LoadFavorites(void);
  138. static void SaveFavorites(void);
  141. BEGIN_EVENT_TABLE(StructureWindow, wxFrame)
  142.     EVT_CLOSE     (                                         StructureWindow::OnCloseWindow)
  143.     EVT_MENU      (MID_EXIT,                                StructureWindow::OnExit)
  144.     EVT_MENU_RANGE(MID_OPEN, MID_NETWORK_OPEN,              StructureWindow::OnOpen)
  145.     EVT_MENU_RANGE(MID_SAVE_SAME, MID_SAVE_AS,              StructureWindow::OnSave)
  146.     EVT_MENU      (MID_PNG,                                 StructureWindow::OnPNG)
  147.     EVT_MENU_RANGE(MID_ZOOM_IN,  MID_STEREO,                StructureWindow::OnAdjustView)
  148.     EVT_MENU_RANGE(MID_SHOW_HIDE,  MID_SELECT_MOLECULE,     StructureWindow::OnShowHide)
  149.     EVT_MENU_RANGE(MID_DIST_SELECT_RESIDUES, MID_DIST_SELECT_OTHER_ALL, StructureWindow::OnDistanceSelect)
  150.     EVT_MENU      (MID_REFIT_ALL,                           StructureWindow::OnAlignStructures)
  151.     EVT_MENU_RANGE(MID_EDIT_STYLE, MID_ANNOTATE,            StructureWindow::OnSetStyle)
  152.     EVT_MENU_RANGE(MID_ADD_FAVORITE, MID_FAVORITES_FILE,    StructureWindow::OnEditFavorite)
  153.     EVT_MENU_RANGE(MID_FAVORITES_BEGIN, MID_FAVORITES_END,  StructureWindow::OnSelectFavorite)
  154.     EVT_MENU_RANGE(MID_SHOW_LOG,   MID_SHOW_SEQ_V,          StructureWindow::OnShowWindow)
  155.     EVT_MENU_RANGE(MID_CDD_OVERVIEW, MID_CDD_SHOW_REJECTS,  StructureWindow::OnCDD)
  156.     EVT_MENU      (MID_PREFERENCES,                         StructureWindow::OnPreferences)
  157.     EVT_MENU_RANGE(MID_OPENGL_FONT, MID_SEQUENCE_FONT,      StructureWindow::OnSetFont)
  158.     EVT_MENU_RANGE(MID_PLAY, MID_ANIM_CONTROLS,             StructureWindow::OnAnimate)
  159.     EVT_MENU_RANGE(MID_HELP_COMMANDS, MID_ONLINE_HELP,      StructureWindow::OnHelp)
  160.     EVT_MENU      (MID_ABOUT,                               StructureWindow::OnHelp)
  161.     EVT_TIMER     (MID_ANIMATE,                             StructureWindow::OnAnimationTimer)
  162.     EVT_TIMER     (MID_MESSAGING,                           StructureWindow::OnFileMessagingTimer)
  163.     EVT_MENU      (MID_SEND_SELECTION,                      StructureWindow::OnSendSelection)
  164. END_EVENT_TABLE()
  166. StructureWindow::StructureWindow(const wxString& title, const wxPoint& pos, const wxSize& size) :
  167.     wxFrame(NULL, wxID_HIGHEST + 1, title, pos, size, wxDEFAULT_FRAME_STYLE | wxTHICK_FRAME),
  168.     glCanvas(NULL), cddAnnotateDialog(NULL), cddDescriptionDialog(NULL), cddNotesDialog(NULL),
  169.     cddRefDialog(NULL), cddBookRefDialog(NULL), helpController(NULL), helpConfig(NULL),
  170.     cddOverview(NULL), fileMessagingManager("Cn3D"), fileMessenger(NULL), spinIncrement(3.0)
  171. {
  172.     GlobalMessenger()->AddStructureWindow(this);
  173.     animationTimer.SetOwner(this, MID_ANIMATE);
  174.     SetSizeHints(150, 150); // min size
  175.     SetIcon(wxICON(cn3d));
  177.     commandProcessor = new CommandProcessor(this);
  179.     // File menu
  180.     menuBar = new wxMenuBar;
  181.     fileMenu = new wxMenu;
  182.     fileMenu->Append(MID_OPEN, "&OpentCtrl+O");
  183.     fileMenu->Append(MID_NETWORK_OPEN, "&Network LoadtCtrl+N");
  184.     fileMenu->Append(MID_SAVE_SAME, "&SavetCtrl+S");
  185.     fileMenu->Append(MID_SAVE_AS, "Save &As...");
  186.     fileMenu->Append(MID_PNG, "&Export PNG");
  187.     fileMenu->AppendSeparator();
  188.     fileMenu->Append(MID_REFIT_ALL, "&Realign Structures");
  189.     fileMenu->AppendSeparator();
  190.     fileMenu->Append(MID_PREFERENCES, "&Preferences...");
  191.     wxMenu *subMenu = new wxMenu;
  192.     subMenu->Append(MID_OPENGL_FONT, "S&tructure Window");
  193.     subMenu->Append(MID_SEQUENCE_FONT, "Se&quence Windows");
  194.     fileMenu->Append(MID_FONTS, "Set &Fonts...", subMenu);
  195.     fileMenu->AppendSeparator();
  196.     fileMenu->Append(MID_EXIT, "E&xit");
  197.     menuBar->Append(fileMenu, "&File");
  199.     // View menu
  200.     wxMenu *menu = new wxMenu;
  201.     menu->Append(MID_ZOOM_IN, "Zoom &Intz");
  202.     menu->Append(MID_ZOOM_OUT, "Zoom &Outtx");
  203.     menu->Append(MID_RESTORE, "&Restore");
  204.     menu->Append(MID_RESET, "Rese&t");
  205.     menu->AppendSeparator();
  206. #ifdef __WXMSW__
  207.     menu->Append(MID_NEXT_FRAME, "&Next FrametRight");
  208.     menu->Append(MID_PREV_FRAME, "Pre&vious FrametLeft");
  209.     menu->Append(MID_FIRST_FRAME, "&First FrametDown");
  210.     menu->Append(MID_LAST_FRAME, "&Last FrametUp");
  211. #else
  212.     // other platforms don't like to display these long accelerator names
  213.     menu->Append(MID_NEXT_FRAME, "&Next Frame");
  214.     menu->Append(MID_PREV_FRAME, "Pre&vious Frame");
  215.     menu->Append(MID_FIRST_FRAME, "&First Frame");
  216.     menu->Append(MID_LAST_FRAME, "&Last Frame");
  217. #endif
  218.     menu->Append(MID_ALL_FRAMES, "&All Framesta");
  219.     menu->AppendSeparator();
  220.     subMenu = new wxMenu;
  221.     subMenu->Append(MID_PLAY, "&Play Framestp", "", true);
  222.     subMenu->Check(MID_PLAY, false);
  223.     subMenu->Append(MID_SPIN, "Spi&ntn", "", true);
  224.     subMenu->Check(MID_SPIN, false);
  225.     subMenu->Append(MID_STOP, "&Stopts", "", true);
  226.     subMenu->Check(MID_STOP, true);
  227.     subMenu->AppendSeparator();
  228.     subMenu->Append(MID_ANIM_CONTROLS, "Set Spee&d");
  229.     menu->Append(MID_ANIMATE, "Ani&mation", subMenu);
  230.     menu->AppendSeparator();
  231.     menu->Append(MID_STEREO, "St&ereo", "", true);
  232.     menuBar->Append(menu, "&View");
  234.     // Show-Hide menu
  235.     menu = new wxMenu;
  236.     menu->Append(MID_SHOW_HIDE, "&Pick Structures...");
  237.     menu->AppendSeparator();
  238.     menu->Append(MID_SHOW_ALL, "Show &Everythingte");
  239.     menu->Append(MID_SHOW_DOMAINS, "Show Aligned &Domainstd");
  240.     menu->Append(MID_SHOW_ALIGNED, "Show &Aligned Residues");
  241.     menu->Append(MID_SHOW_SELECTED_RESIDUES, "Show &Selected Residues");
  242.     menu->Append(MID_SHOW_SELECTED_DOMAINS, "Show Selected Do&mains");
  243.     subMenu = new wxMenu;
  244.     subMenu->Append(MID_SHOW_UNALIGNED_ALL, "Show &All");
  245.     subMenu->Append(MID_SHOW_UNALIGNED_ALN_DOMAIN, "Show in Aligned &Domains");
  246.     menu->Append(MID_SHOW_UNALIGNED, "&Unaligned Residues", subMenu);
  247.     menu->AppendSeparator();
  248.     subMenu = new wxMenu;
  249.     subMenu->Append(MID_DIST_SELECT_RESIDUES, "&Residues Only");
  250.     subMenu->Append(MID_DIST_SELECT_ALL, "&All Molecules");
  251.     subMenu->Append(MID_DIST_SELECT_OTHER_RESIDUES, "&Other Residues");
  252.     subMenu->Append(MID_DIST_SELECT_OTHER_ALL, "Other &Molecules");
  253.     menu->Append(MID_DIST_SELECT, "Select by Dis&tance...", subMenu);
  254.     menu->Append(MID_SELECT_MOLECULE, "Select Molecule...tm");
  255.     menuBar->Append(menu, "Show/&Hide");
  257.     // Style menu
  258.     menu = new wxMenu;
  259.     menu->Append(MID_EDIT_STYLE, "Edit &Global Style");
  260.     // favorites
  261.     favoritesMenu = new wxMenu;
  262.     favoritesMenu->Append(MID_ADD_FAVORITE, "&Add/Replace");
  263.     favoritesMenu->Append(MID_REMOVE_FAVORITE, "&Remove");
  264.     favoritesMenu->Append(MID_FAVORITES_FILE, "&Change File");
  265.     favoritesMenu->AppendSeparator();
  266.     LoadFavorites();
  267.     SetupFavoritesMenu();
  268.     menu->Append(MID_FAVORITES, "&Favorites", favoritesMenu);
  269.     // rendering shortcuts
  270.     subMenu = new wxMenu;
  271.     subMenu->Append(MID_WORM, "&Worms", "", true);
  272.     subMenu->Append(MID_TUBE, "&Tubes", "", true);
  273.     subMenu->Append(MID_WIRE, "Wir&e", "", true);
  274.     subMenu->Append(MID_BNS, "&Ball and Stick", "", true);
  275.     subMenu->Append(MID_SPACE, "&Space Fill", "", true);
  276.     subMenu->AppendSeparator();
  277.     subMenu->Append(MID_SC_TOGGLE, "&Toggle Sidechains");
  278.     menu->Append(MID_RENDER, "&Rendering Shortcuts", subMenu);
  279.     // coloring shortcuts
  280.     subMenu = new wxMenu;
  281.     subMenu->Append(MID_SECSTRUC, "&Secondary Structure", "", true);
  282.     subMenu->Append(MID_ALIGNED, "&Aligned", "", true);
  283.     wxMenu *subMenu2 = new wxMenu;
  284.     subMenu2->Append(MID_IDENTITY, "I&dentity", "", true);
  285.     subMenu2->Append(MID_VARIETY, "&Variety", "", true);
  286.     subMenu2->Append(MID_WGHT_VAR, "&Weighted Variety", "", true);
  287.     subMenu2->Append(MID_INFO, "&Information Content", "", true);
  288.     subMenu2->Append(MID_FIT, "&Fit", "", true);
  289.     subMenu2->Append(MID_BLOCK_FIT, "&Block Fit", "", true);
  290.     subMenu2->Append(MID_BLOCK_Z_FIT, "&Normalized Block Fit", "", true);
  291.     subMenu2->Append(MID_BLOCK_ROW_FIT, "Block &Row Fit", "", true);
  292.     subMenu->Append(MID_CONS, "Sequence &Conservation", subMenu2);
  293.     subMenu->Append(MID_OBJECT, "&Object", "", true);
  294.     subMenu->Append(MID_DOMAIN, "&Domain", "", true);
  295.     subMenu->Append(MID_MOLECULE, "&Molecule", "", true);
  296.     subMenu->Append(MID_RAINBOW, "&Rainbow", "", true);
  297.     subMenu->Append(MID_HYDROPHOB, "&Hydrophobicity", "", true);
  298.     subMenu->Append(MID_CHARGE, "Char&ge", "", true);
  299.     subMenu->Append(MID_TEMP, "&Temperature", "", true);
  300.     subMenu->Append(MID_ELEMENT, "&Element", "", true);
  301.     menu->Append(MID_COLORS, "&Coloring Shortcuts", subMenu);
  302.     //annotate
  303.     menu->AppendSeparator();
  304.     menu->Append(MID_ANNOTATE, "A&nnotate");
  305.     menuBar->Append(menu, "&Style");
  307.     // Window menu
  308.     windowMenu = new wxMenu;
  309.     windowMenu->Append(MID_SHOW_SEQ_V, "Show &Sequence Viewer");
  310.     windowMenu->Append(MID_SHOW_LOG, "Show Message &Log");
  311.     windowMenu->Append(MID_SHOW_LOG_START, "Show Log on Start&up", "", true);
  312.     bool showLog = false;
  313.     RegistryGetBoolean(REG_CONFIG_SECTION, REG_SHOW_LOG_ON_START, &showLog);
  314.     windowMenu->Check(MID_SHOW_LOG_START, showLog);
  315.     menuBar->Append(windowMenu, "&Window");
  317.     // CDD menu
  318.     bool readOnly;
  319.     RegistryGetBoolean(REG_ADVANCED_SECTION, REG_CDD_ANNOT_READONLY, &readOnly);
  320.     menu = new wxMenu;
  321.     menu->Append(MID_CDD_OVERVIEW, "CDD &Overview");
  322.     menu->AppendSeparator();
  323.     menu->Append(MID_EDIT_CDD_NAME, "Edit &Name");
  324.     menu->Enable(MID_EDIT_CDD_NAME, !readOnly);
  325.     menu->Append(MID_EDIT_CDD_DESCR, "Edit &Description");
  326.     menu->Enable(MID_EDIT_CDD_DESCR, !readOnly);
  327.     menu->Append(MID_EDIT_CDD_NOTES, "Edit No&tes");
  328.     menu->Enable(MID_EDIT_CDD_NOTES, !readOnly);
  329.     menu->Append(MID_EDIT_CDD_REFERENCES, "Edit PubMed &References");
  330. //    menu->Enable(MID_EDIT_CDD_REFERENCES, !readOnly);
  331.     menu->Append(MID_EDIT_CDD_BOOK_REFERENCES, "Edit &Book References");
  332. //    menu->Enable(MID_EDIT_CDD_BOOK_REFERENCES, !readOnly);
  333.     menu->Append(MID_ANNOT_CDD, "Edit &Annotations");
  334.     menu->Enable(MID_ANNOT_CDD, !readOnly);
  335.     menu->AppendSeparator();
  336.     menu->Append(MID_CDD_REJECT_SEQ, "Re&ject Sequence");
  337.     menu->Enable(MID_CDD_REJECT_SEQ, !readOnly);
  338.     menu->Append(MID_CDD_SHOW_REJECTS, "&Show Rejects");
  339.     menuBar->Append(menu, "&CDD");
  341.     // Help menu
  342.     menu = new wxMenu;
  343.     menu->Append(MID_HELP_COMMANDS, "&Commands");
  344.     menu->Append(MID_ONLINE_HELP, "Online &Help...");
  345.     menu->Append(MID_ABOUT, "&About");
  346.     menuBar->Append(menu, "&Help");
  348.     // accelerators for special keys
  349.     wxAcceleratorEntry entries[12];
  350.     entries[0].Set(wxACCEL_NORMAL, WXK_RIGHT, MID_NEXT_FRAME);
  351.     entries[1].Set(wxACCEL_NORMAL, WXK_LEFT, MID_PREV_FRAME);
  352.     entries[2].Set(wxACCEL_NORMAL, WXK_DOWN, MID_FIRST_FRAME);
  353.     entries[3].Set(wxACCEL_NORMAL, WXK_UP, MID_LAST_FRAME);
  354.     entries[4].Set(wxACCEL_NORMAL, 'z', MID_ZOOM_IN);
  355.     entries[5].Set(wxACCEL_NORMAL, 'x', MID_ZOOM_OUT);
  356.     entries[6].Set(wxACCEL_NORMAL, 'a', MID_ALL_FRAMES);
  357.     entries[7].Set(wxACCEL_NORMAL, 'p', MID_PLAY);
  358.     entries[8].Set(wxACCEL_NORMAL, 'n', MID_SPIN);
  359.     entries[9].Set(wxACCEL_NORMAL, 's', MID_STOP);
  360.     entries[10].Set(wxACCEL_NORMAL, 'e', MID_SHOW_ALL);
  361.     entries[11].Set(wxACCEL_NORMAL, 'd', MID_SHOW_DOMAINS);
  362.     wxAcceleratorTable accel(12, entries);
  363.     SetAcceleratorTable(accel);
  365.     // set menu bar and initial states
  366.     SetMenuBar(menuBar);
  367.     menuBar->EnableTop(menuBar->FindMenu("CDD"), false);
  368.     menuBar->Check(MID_STEREO, false);
  370.     // Make a GLCanvas
  371. #if defined(__WXMSW__)
  372.     int *attribList = NULL;
  373. #elif defined(__WXGTK__)
  374.     int *attribList = NULL;
  375. #elif defined(__WXMAC__)
  376.     int *attribList = NULL;
  377. #endif
  378.     glCanvas = new Cn3DGLCanvas(this, attribList);
  380.     // set initial font
  381.     Show(true); // on X, need to establish gl context first, which requires visible window
  382.     glCanvas->SetCurrent();
  383.     glCanvas->SetGLFontFromRegistry();
  384. }
  386. StructureWindow::~StructureWindow(void)
  387. {
  388.     delete commandProcessor;
  389. }
  391. void StructureWindow::OnCloseWindow(wxCloseEvent& event)
  392. {
  393.     animationTimer.Stop();
  394.     fileMessagingTimer.Stop();
  395.     Command(MID_EXIT);
  396. }
  398. void StructureWindow::OnExit(wxCommandEvent& event)
  399. {
  400.     animationTimer.Stop();
  401.     fileMessagingTimer.Stop();
  403.     GlobalMessenger()->RemoveStructureWindow(this); // don't bother with any redraws since we're exiting
  404.     GlobalMessenger()->SequenceWindowsSave(true);   // save any edited alignment and updates first
  405.     SaveDialog(true, false);                        // give structure window a chance to save data
  406.     SaveFavorites();
  408.     if (IsFileMessengerActive())
  409.         SendCommand(messageTargetApp, "Cn3DTerminated", "");
  411.     // remove help window if present
  412.     if (helpController) {
  413.         if (helpController->GetFrame())
  414.             helpController->GetFrame()->Close(true);
  415.         wxConfig::Set(NULL);
  416.         delete helpConfig; // saves data
  417.         delete helpController;
  418.     }
  420.     DestroyNonModalDialogs();
  421.     Destroy();
  422. }
  424. void StructureWindow::SetupFileMessenger(const std::string& messageFilename,
  425.     const std::string& messageApp, bool readOnly)
  426. {
  427.     if (fileMessenger) return;
  429.     // create messenger
  430.     fileMessenger = fileMessagingManager.CreateNewFileMessenger(messageFilename, this, readOnly);
  431.     fileMessagingTimer.SetOwner(this, MID_MESSAGING);
  432.     fileMessagingTimer.Start(200, false);
  434.     // add menu item for file messaging selection
  435.     messageTargetApp = messageApp;
  436.     windowMenu->AppendSeparator();
  437.     windowMenu->Append(MID_SEND_SELECTION, (string("Sen&d Selection to ") + messageTargetApp).c_str());
  438. }
  440. void StructureWindow::OnFileMessagingTimer(wxTimerEvent& event)
  441. {
  442.     // poll message files
  443.     fileMessagingManager.PollMessageFiles();
  444. }
  446. void StructureWindow::ReceivedCommand(const std::string& fromApp, unsigned long id,
  447.     const std::string& command, const std::string& data)
  448. {
  449.     INFOMSG("received command " << id << " from " << fromApp << ": " << command);
  451.     // default reply - should be changed by CommandProcessor
  452.     MessageResponder::ReplyStatus replyStatus = MessageResponder::REPLY_ERROR;
  453.     string replyData = "failed to processn";
  455.     // actually perform the command functions
  456.     commandProcessor->ProcessCommand(command, data, &replyStatus, &replyData);
  458.     // reply
  459.     INFOMSG("reply: " << ((replyStatus == MessageResponder::REPLY_OKAY) ? "OKAY" : "ERROR"));
  460.     if (replyData.size() > 0)
  461.         TRACEMSG("data:n" << replyData.substr(0, replyData.size() - 1));
  462.     else
  463.         TRACEMSG("data: (none)");
  464.     fileMessenger->SendReply(fromApp, id, replyStatus, replyData);
  465. }
  467. void StructureWindow::ReceivedReply(const std::string& fromApp, unsigned long id,
  468.     MessageResponder::ReplyStatus status, const std::string& data)
  469. {
  470.     // just post a message for now; eventually may pass on to CommandProcessor
  471.     if (status == MessageResponder::REPLY_OKAY)
  472.         INFOMSG(fromApp << ": got OKAY from " << fromApp << " (command " << id << "), data: " << data);
  473.     else
  474.         ERRORMSG(fromApp << ": got ERROR from " << fromApp << " (command " << id << "), data: " << data);
  475. }
  477. void StructureWindow::SendCommand(const std::string& toApp,
  478.     const std::string& command, const std::string& data)
  479. {
  480.     if (!IsFileMessengerActive()) {
  481.         ERRORMSG("SendCommand: no message file active!");
  482.         return;
  483.     }
  485.     // for now, just assign command id's in numerical order
  486.     static unsigned long nextCommandID = 1;
  487.     INFOMSG("sending command " << nextCommandID << " to " << toApp << ": " << command);
  488.     fileMessenger->SendCommand(toApp, ++nextCommandID, command, data);
  489. }
  491. void StructureWindow::OnSendSelection(wxCommandEvent& event)
  492. {
  493.     if (!fileMessenger) {
  494.         ERRORMSG("Can't send messages when return messaging is off");
  495.         return;
  496.     }
  498.     string data;
  499.     if (GlobalMessenger()->GetHighlightsForSelectionMessage(&data))
  500.         SendCommand(messageTargetApp, "Select", data);
  501. }
  503. void StructureWindow::SetWindowTitle(void)
  504. {
  505.     SetTitle(wxString(GetWorkingTitle().c_str()) + " - Cn3D " + CN3D_VERSION_STRING);
  506. }
  508. void StructureWindow::OnHelp(wxCommandEvent& event)
  509. {
  510.     if (event.GetId() == MID_HELP_COMMANDS) {
  511.         if (!helpController) {
  512.             wxString path = wxString(GetPrefsDir().c_str()) + "help_cache";
  513.             if (!wxDirExists(path)) {
  514.                 INFOMSG("trying to create help cache folder " << path.c_str());
  515.                 wxMkdir(path);
  516.             }
  517.             helpController = new wxHtmlHelpController(wxHF_DEFAULTSTYLE);
  518.             helpController->SetTempDir(path);
  519.             path = path + wxFILE_SEP_PATH + "Config";
  520.             INFOMSG("saving help config in " << path.c_str());
  521.             helpConfig = new wxFileConfig("Cn3D", "NCBI", path);
  522.             wxConfig::Set(helpConfig);
  523.             helpController->UseConfig(wxConfig::Get());
  524. #ifdef __WXMAC__
  525.             path = wxString(GetProgramDir().c_str()) + "../Resources/cn3d_commands.htb";
  526. #else
  527.             path = wxString(GetProgramDir().c_str()) + "cn3d_commands.htb";
  528. #endif
  529.             if (!helpController->AddBook(path))
  530.                 ERRORMSG("Can't load help book at " << path.c_str());
  531.         }
  532.         if (event.GetId() == MID_HELP_COMMANDS)
  533.             helpController->Display("Cn3D Commands");
  534.     }
  536.     else if (event.GetId() == MID_ONLINE_HELP) {
  537.         LaunchWebPage("http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml");
  538.     }
  540.     else if (event.GetId() == MID_ABOUT) {
  541.         wxString message(
  542.             "Cn3D version "
  543.             CN3D_VERSION_STRING
  544.             "nn"
  545.             "Produced by the National Center for Biotechnology Informationn"
  546.             "     http://www.ncbi.nlm.nih.govnn"
  547.             "Please direct all questions and comments to:n"
  548.             "     info@ncbi.nlm.nih.gov"
  549.         );
  550.         wxMessageBox(message, "About Cn3D", wxOK | wxICON_INFORMATION, this);
  551.     }
  552. }
  554. void StructureWindow::OnDistanceSelect(wxCommandEvent& event)
  555. {
  556.     if (!glCanvas->structureSet) return;
  557.     static double latestCutoff = 5.0;
  558.     GetFloatingPointDialog dialog(this, "Enter a distance cutoff (in Angstroms):", "Distance?",
  559.         0.0, 1000.0, 0.5, latestCutoff);
  560.     if (dialog.ShowModal() == wxOK) {
  561.         latestCutoff = dialog.GetValue();
  562.         glCanvas->structureSet->SelectByDistance(latestCutoff,
  563.             (event.GetId() == MID_DIST_SELECT_RESIDUES || event.GetId() == MID_DIST_SELECT_OTHER_RESIDUES),
  564.             (event.GetId() == MID_DIST_SELECT_OTHER_RESIDUES || event.GetId() == MID_DIST_SELECT_OTHER_ALL));
  565.     }
  566. }
  568. void StructureWindow::OnPNG(wxCommandEvent& event)
  569. {
  570.     ExportPNG(glCanvas);
  571. }
  573. void StructureWindow::OnAnimate(wxCommandEvent& event)
  574. {
  575.     if (event.GetId() != MID_ANIM_CONTROLS) {
  576.         menuBar->Check(MID_PLAY, false);
  577.         menuBar->Check(MID_SPIN, false);
  578.         menuBar->Check(MID_STOP, true);
  579.     }
  580.     if (!glCanvas->structureSet) return;
  582.     // play frames
  583.     if (event.GetId() == MID_PLAY) {
  584.         if (glCanvas->structureSet->frameMap.size() > 1) {
  585.             int delay;
  586.             if (!RegistryGetInteger(REG_ANIMATION_SECTION, REG_FRAME_DELAY, &delay))
  587.                 return;
  588.             animationTimer.Start(delay, false);
  589.             animationMode = ANIM_FRAMES;
  590.             menuBar->Check(MID_PLAY, true);
  591.             menuBar->Check(MID_STOP, false);
  592.         }
  593.     }
  595.     // spin
  596.     if (event.GetId() == MID_SPIN) {
  597.         int delay;
  598.         if (!RegistryGetInteger(REG_ANIMATION_SECTION, REG_SPIN_DELAY, &delay) ||
  599.             !RegistryGetDouble(REG_ANIMATION_SECTION, REG_SPIN_INCREMENT, &spinIncrement))
  600.             return;
  601.         animationTimer.Start(delay, false);
  602.         animationMode = ANIM_SPIN;
  603.         menuBar->Check(MID_SPIN, true);
  604.         menuBar->Check(MID_STOP, false);
  605.     }
  607.     // stop
  608.     else if (event.GetId() == MID_STOP) {
  609.         animationTimer.Stop();
  610.     }
  612.     // controls
  613.     else if (event.GetId() == MID_ANIM_CONTROLS) {
  614.         AnimationControls dialog(this);
  615.         dialog.ShowModal();
  616.         // restart timer to pick up new settings
  617.         if (animationTimer.IsRunning()) {
  618.             animationTimer.Stop();
  619.             Command((animationMode == ANIM_SPIN) ? MID_SPIN : MID_PLAY);
  620.         }
  621.     }
  622. }
  624. void StructureWindow::OnAnimationTimer(wxTimerEvent& event)
  625. {
  626.     if (animationMode == ANIM_FRAMES) {
  627.         // simply pretend the user selected "next frame"
  628.         Command(MID_NEXT_FRAME);
  629.     }
  631.     else if (animationMode == ANIM_SPIN) {
  632.         // pretend the user dragged the mouse to the right
  633.         glCanvas->renderer->ChangeView(OpenGLRenderer::eXYRotateHV,
  634.             spinIncrement/glCanvas->renderer->GetRotateSpeed(), 0);
  635.         glCanvas->Refresh(false);
  636.     }
  637. }
  639. void StructureWindow::OnSetFont(wxCommandEvent& event)
  640. {
  641.     string section, faceName;
  642.     if (event.GetId() == MID_OPENGL_FONT)
  643.         section = REG_OPENGL_FONT_SECTION;
  644.     else if (event.GetId() == MID_SEQUENCE_FONT)
  645.         section = REG_SEQUENCE_FONT_SECTION;
  646.     else
  647.         return;
  649.     // get initial font info from registry, and create wxFont
  650.     string nativeFont;
  651.     RegistryGetString(section, REG_FONT_NATIVE_FONT_INFO, &nativeFont);
  652.     auto_ptr<wxFont> initialFont(wxFont::New(wxString(nativeFont.c_str())));
  653.     if (!initialFont.get() || !initialFont->Ok())
  654.     {
  655.         ERRORMSG("StructureWindow::OnSetFont() - error setting up initial font");
  656.         return;
  657.     }
  658.     wxFontData initialFontData;
  659.     initialFontData.SetInitialFont(*initialFont);
  661.     // bring up font chooser dialog
  662. #if wxCHECK_VERSION(2,3,3)
  663.     wxFontDialog dialog(this, initialFontData);
  664. #else
  665.     wxFontDialog dialog(this, &initialFontData);
  666. #endif
  667.     int result = dialog.ShowModal();
  669.     // if user selected a font
  670.     if (result == wxID_OK) {
  672.         // set registry values appropriately
  673.         wxFontData& fontData = dialog.GetFontData();
  674.         wxFont font = fontData.GetChosenFont();
  675.         if (!RegistrySetString(section, REG_FONT_NATIVE_FONT_INFO, font.GetNativeFontInfoDesc().c_str()))
  676.         {
  677.             ERRORMSG("StructureWindow::OnSetFont() - error setting registry data");
  678.             return;
  679.         }
  681.         // call font setup
  682.         INFOMSG("setting new font");
  683.         if (event.GetId() == MID_OPENGL_FONT) {
  684.             glCanvas->SetCurrent();
  685.             glCanvas->SetGLFontFromRegistry();
  686.             GlobalMessenger()->PostRedrawAllStructures();
  687.         } else if (event.GetId() == MID_SEQUENCE_FONT) {
  688.             GlobalMessenger()->NewSequenceViewerFont();
  689.         }
  690.     }
  691. }
  693. static string GetFavoritesFile(bool forRead)
  694. {
  695.     // try to get value from registry
  696.     string file;
  697.     RegistryGetString(REG_CONFIG_SECTION, REG_FAVORITES_NAME, &file);
  699.     // if not set, ask user for a folder, then set in registry
  700.     if (file == NO_FAVORITES_FILE) {
  701.         file = wxFileSelector("Select a file for favorites:",
  702.             GetPrefsDir().c_str(), "Favorites", "", "*.*",
  703.             forRead ? wxOPEN : wxSAVE | wxOVERWRITE_PROMPT).c_str();
  704.         if (file.size() > 0)
  705.             if (!RegistrySetString(REG_CONFIG_SECTION, REG_FAVORITES_NAME, file))
  706.                 ERRORMSG("Error setting favorites file in registry");
  707.     }
  709.     return file;
  710. }
  712. static bool LoadFavorites(void)
  713. {
  714.     string favoritesFile;
  715.     RegistryGetString(REG_CONFIG_SECTION, REG_FAVORITES_NAME, &favoritesFile);
  716.     if (favoritesFile != NO_FAVORITES_FILE) {
  717.         favoriteStyles.Reset();
  718.         if (wxFile::Exists(favoritesFile.c_str())) {
  719.             INFOMSG("loading favorites from " << favoritesFile);
  720.             string err;
  721.             if (ReadASNFromFile(favoritesFile.c_str(), &favoriteStyles, false, &err)) {
  722.                 favoriteStylesChanged = false;
  723.                 return true;
  724.             }
  725.         } else {
  726.             WARNINGMSG("Favorites file does not exist: " << favoritesFile);
  727.             RegistrySetString(REG_CONFIG_SECTION, REG_FAVORITES_NAME, NO_FAVORITES_FILE);
  728.         }
  729.     }
  730.     return false;
  731. }
  733. static void SaveFavorites(void)
  734. {
  735.     if (favoriteStylesChanged) {
  736.         int choice = wxMessageBox("Do you want to save changes to your current Favorites file?",
  737.             "Save favorites?", wxYES_NO);
  738.         if (choice == wxYES) {
  739.             string favoritesFile = GetFavoritesFile(false);
  740.             if (favoritesFile != NO_FAVORITES_FILE) {
  741.                 string err;
  742.                 if (!WriteASNToFile(favoritesFile.c_str(), favoriteStyles, false, &err))
  743.                     ERRORMSG("Error saving Favorites to " << favoritesFile << 'n' << err);
  744.                 favoriteStylesChanged = false;
  745.             }
  746.         }
  747.     }
  748. }
  750. void StructureWindow::OnEditFavorite(wxCommandEvent& event)
  751. {
  752.     if (!glCanvas->structureSet) return;
  754.     if (event.GetId() == MID_ADD_FAVORITE) {
  755.         // get name from user
  756.         wxString name = wxGetTextFromUser("Enter a name for this style:", "Input name", "", this);
  757.         if (name.size() == 0) return;
  759.         // replace style of same name
  760.         CCn3d_style_settings *settings;
  761.         CCn3d_style_settings_set::Tdata::iterator f, fe = favoriteStyles.Set().end();
  762.         for (f=favoriteStyles.Set().begin(); f!=fe; ++f) {
  763.             if (Stricmp((*f)->GetName().c_str(), name.c_str()) == 0) {
  764.                 settings = f->GetPointer();
  765.                 break;
  766.             }
  767.         }
  768.         // else add style to list
  769.         if (f == favoriteStyles.Set().end()) {
  770.             if (favoriteStyles.Set().size() >= MID_FAVORITES_END - MID_FAVORITES_BEGIN + 1) {
  771.                 ERRORMSG("Already have max # Favorites");
  772.                 return;
  773.             } else {
  774.                 CRef < CCn3d_style_settings > ref(settings = new CCn3d_style_settings());
  775.                 favoriteStyles.Set().push_back(ref);
  776.             }
  777.         }
  779.         // put in data from global style
  780.         if (!glCanvas->structureSet->styleManager->GetGlobalStyle().SaveSettingsToASN(settings))
  781.             ERRORMSG("Error converting global style to asn");
  782.         settings->SetName(name.c_str());
  783.         favoriteStylesChanged = true;
  784.     }
  786.     else if (event.GetId() == MID_REMOVE_FAVORITE) {
  787.         wxString *choices = new wxString[favoriteStyles.Get().size()];
  788.         int i = 0;
  789.         CCn3d_style_settings_set::Tdata::iterator f, fe = favoriteStyles.Set().end();
  790.         for (f=favoriteStyles.Set().begin(); f!=fe; ++f)
  791.             choices[i++] = (*f)->GetName().c_str();
  792.         int picked = wxGetSingleChoiceIndex("Choose a style to remove from the Favorites list:",
  793.             "Select for removal", favoriteStyles.Set().size(), choices, this);
  794.         if (picked < 0 || picked >= favoriteStyles.Set().size()) return;
  795.         for (f=favoriteStyles.Set().begin(), i=0; f!=fe; ++f, ++i) {
  796.             if (i == picked) {
  797.                 favoriteStyles.Set().erase(f);
  798.                 favoriteStylesChanged = true;
  799.                 break;
  800.             }
  801.         }
  802.     }
  804.     else if (event.GetId() == MID_FAVORITES_FILE) {
  805.         SaveFavorites();
  806.         favoriteStyles.Reset();
  807.         RegistrySetString(REG_CONFIG_SECTION, REG_FAVORITES_NAME, NO_FAVORITES_FILE);
  808.         string newFavorites = GetFavoritesFile(true);
  809.         if (newFavorites != NO_FAVORITES_FILE && wxFile::Exists(newFavorites.c_str())) {
  810.             if (!LoadFavorites())
  811.                 ERRORMSG("Error loading Favorites from " << newFavorites.c_str());
  812.         }
  813.     }
  815.     // update menu
  816.     SetupFavoritesMenu();
  817. }
  819. void StructureWindow::SetupFavoritesMenu(void)
  820. {
  821.     int i;
  822.     for (i=MID_FAVORITES_BEGIN; i<=MID_FAVORITES_END; ++i) {
  823.         wxMenuItem *item = favoritesMenu->FindItem(i);
  824.         if (item) favoritesMenu->Delete(item);
  825.     }
  827.     CCn3d_style_settings_set::Tdata::const_iterator f, fe = favoriteStyles.Get().end();
  828.     for (f=favoriteStyles.Get().begin(), i=0; f!=fe; ++f, ++i)
  829.         favoritesMenu->Append(MID_FAVORITES_BEGIN + i, (*f)->GetName().c_str());
  830. }
  832. void StructureWindow::OnSelectFavorite(wxCommandEvent& event)
  833. {
  834.     if (!glCanvas->structureSet) return;
  836.     if (event.GetId() >= MID_FAVORITES_BEGIN && event.GetId() <= MID_FAVORITES_END) {
  837.         int index = event.GetId() - MID_FAVORITES_BEGIN;
  838.         CCn3d_style_settings_set::Tdata::const_iterator f, fe = favoriteStyles.Get().end();
  839.         int i = 0;
  840.         for (f=favoriteStyles.Get().begin(); f!=fe; ++f, ++i) {
  841.             if (i == index) {
  842.                 INFOMSG("using favorite: " << (*f)->GetName());
  843.                 glCanvas->structureSet->styleManager->SetGlobalStyle(**f);
  844.                 SetRenderingMenuFlag(0);
  845.                 SetColoringMenuFlag(0);
  846.                 break;
  847.             }
  848.         }
  849.     }
  850. }
  852. void StructureWindow::OnShowWindow(wxCommandEvent& event)
  853. {
  854.     switch (event.GetId()) {
  855.         case MID_SHOW_LOG:
  856.             RaiseLogWindow();
  857.             break;
  858.         case MID_SHOW_SEQ_V:
  859.             if (glCanvas->structureSet) glCanvas->structureSet->alignmentManager->ShowSequenceViewer();
  860.             break;
  861.         case MID_SHOW_LOG_START:
  862.             RegistrySetBoolean(REG_CONFIG_SECTION, REG_SHOW_LOG_ON_START,
  863.                 menuBar->IsChecked(MID_SHOW_LOG_START));
  864.             break;
  865.     }
  866. }
  868. void StructureWindow::DialogTextChanged(const MultiTextDialog *changed)
  869. {
  870.     if (!changed || !glCanvas->structureSet) return;
  872.     if (changed == cddNotesDialog) {
  873.         StructureSet::TextLines lines;
  874.         cddNotesDialog->GetLines(&lines);
  875.         if (!glCanvas->structureSet->SetCDDNotes(lines))
  876.             ERRORMSG("Error saving CDD notes");
  877.     }
  878.     if (changed == cddDescriptionDialog) {
  879.         string line;
  880.         cddDescriptionDialog->GetLine(&line);
  881.         if (!glCanvas->structureSet->SetCDDDescription(line))
  882.             ERRORMSG("Error saving CDD description");
  883.     }
  884. }
  886. void StructureWindow::DialogDestroyed(const MultiTextDialog *destroyed)
  887. {
  888.     TRACEMSG("MultiTextDialog destroyed");
  889.     if (destroyed == cddNotesDialog) cddNotesDialog = NULL;
  890.     if (destroyed == cddDescriptionDialog) cddDescriptionDialog = NULL;
  891. }
  893. void StructureWindow::DestroyNonModalDialogs(void)
  894. {
  895.     if (cddAnnotateDialog) cddAnnotateDialog->Destroy();
  896.     if (cddNotesDialog) cddNotesDialog->DestroyDialog();
  897.     if (cddDescriptionDialog) cddDescriptionDialog->DestroyDialog();
  898.     if (cddRefDialog) cddRefDialog->Destroy();
  899.     if (cddBookRefDialog) cddBookRefDialog->Destroy();
  900.     if (cddOverview) cddOverview->Destroy();
  901. }
  903. void StructureWindow::OnPreferences(wxCommandEvent& event)
  904. {
  905.     PreferencesDialog dialog(this);
  906.     int result = dialog.ShowModal();
  907.     glCanvas->Refresh(true); // in case stereo options changed
  908. }
  910. bool StructureWindow::SaveDialog(bool prompt, bool canCancel)
  911. {
  912.     // check for whether save is necessary
  913.     if (!glCanvas->structureSet || !glCanvas->structureSet->HasDataChanged())
  914.         return true;
  916.     int option = wxID_YES;
  918.     if (prompt) {
  919.         option = wxYES_NO | wxYES_DEFAULT | wxICON_EXCLAMATION | wxCENTRE;
  920.         if (canCancel) option |= wxCANCEL;
  922.         wxMessageDialog dialog(NULL, "Do you want to save your work to a file?", "", option);
  923.         option = dialog.ShowModal();
  925.         if (option == wxID_CANCEL) return false; // user cancelled this operation
  926.     }
  928.     if (option == wxID_YES) {
  929.         wxCommandEvent event;
  930.         event.SetId(prompt ? MID_SAVE_AS : MID_SAVE_SAME);
  931.         OnSave(event);    // save data
  932.     }
  934.     return true;
  935. }
  937. // for sorting sequence list in reject dialog
  938. typedef pair < const Sequence * , wxString > SeqAndDescr;
  939. typedef vector < SeqAndDescr > SeqAndDescrList;
  940. static bool CompareSequencesByIdentifier(const SeqAndDescr& a, const SeqAndDescr& b)
  941. {
  942.     return MoleculeIdentifier::CompareIdentifiers(
  943.         a.first->identifier, b.first->identifier);
  944. }
  946. void StructureWindow::ShowCDDOverview(void)
  947. {
  948.     if (!cddOverview)
  949.         cddOverview = new CDDSplashDialog(
  950.             this, glCanvas->structureSet, &cddOverview,
  951.             this, -1, "CDD Descriptive Items", wxPoint(200,50));
  952.     cddOverview->Raise();
  953.     cddOverview->Show(true);
  954. }
  956. void StructureWindow::ShowCDDAnnotations(void)
  957. {
  958.     if (!cddAnnotateDialog)
  959.         cddAnnotateDialog = new CDDAnnotateDialog(this, &cddAnnotateDialog, glCanvas->structureSet);
  960.     cddAnnotateDialog->Raise();
  961.     cddAnnotateDialog->Show(true);
  962. }
  964. void StructureWindow::ShowCDDReferences(void)
  965. {
  966.     if (!cddRefDialog)
  967.         cddRefDialog = new CDDRefDialog(
  968.             glCanvas->structureSet, &cddRefDialog, this, -1, "CDD PubMed References");
  969.     cddRefDialog->Raise();
  970.     cddRefDialog->Show(true);
  971. }
  973. void StructureWindow::ShowCDDBookReferences(void)
  974. {
  975.     if (!cddBookRefDialog)
  976.         cddBookRefDialog = new CDDBookRefDialog(
  977.             glCanvas->structureSet, &cddBookRefDialog, this, -1, "CDD Book References");
  978.     cddBookRefDialog->Raise();
  979.     cddBookRefDialog->Show(true);
  980. }
  982. void StructureWindow::OnCDD(wxCommandEvent& event)
  983. {
  984.     if (!glCanvas->structureSet || !glCanvas->structureSet->IsCDD()) return;
  985.     switch (event.GetId()) {
  987.         case MID_CDD_OVERVIEW:
  988.             ShowCDDOverview();
  989.             break;
  991.         case MID_EDIT_CDD_NAME: {
  992.             wxString newName = wxGetTextFromUser("Enter or edit the CDD name:",
  993.                 "CDD Name", glCanvas->structureSet->GetCDDName().c_str(), this, -1, -1, false);
  994.             if (newName.size() > 0) {
  995.                 if (!glCanvas->structureSet->SetCDDName(newName.c_str()))
  996.                     ERRORMSG("Error saving CDD name");
  997.                 SetWorkingTitle(glCanvas->structureSet);
  998.                 GlobalMessenger()->SetAllWindowTitles();
  999.             }
  1000.             break;
  1001.         }
  1003.         case MID_EDIT_CDD_DESCR:
  1004.             if (!cddDescriptionDialog) {
  1005.                 StructureSet::TextLines line(1);
  1006.                 line[0] = glCanvas->structureSet->GetCDDDescription().c_str();
  1007.                 cddDescriptionDialog = new MultiTextDialog(this, line,
  1008.                     this, -1, "CDD Description", wxPoint(50, 50), wxSize(400, 200));
  1009.             }
  1010.             cddDescriptionDialog->ShowDialog(true);
  1011.             break;
  1013.         case MID_EDIT_CDD_NOTES:
  1014.             if (!cddNotesDialog) {
  1015.                 StructureSet::TextLines lines;
  1016.                 if (!glCanvas->structureSet->GetCDDNotes(&lines)) break;
  1017.                 cddNotesDialog = new MultiTextDialog(this, lines,
  1018.                     this, -1, "CDD Notes", wxPoint(100, 100), wxSize(500, 400));
  1019.             }
  1020.             cddNotesDialog->ShowDialog(true);
  1021.             break;
  1023.         case MID_EDIT_CDD_REFERENCES:
  1024.             ShowCDDReferences();
  1025.             break;
  1027.         case MID_EDIT_CDD_BOOK_REFERENCES:
  1028.             ShowCDDBookReferences();
  1029.             break;
  1031.         case MID_ANNOT_CDD:
  1032.             ShowCDDAnnotations();
  1033.             break;
  1035.         case MID_CDD_SHOW_REJECTS:
  1036.             glCanvas->structureSet->ShowRejects();
  1037.             break;
  1039.         case MID_CDD_REJECT_SEQ: {
  1040.             // make a list of slave sequences
  1041.             SeqAndDescrList seqsDescrs;
  1042.             const MoleculeIdentifier *master =
  1043.                 glCanvas->structureSet->alignmentManager->
  1044.                     GetCurrentMultipleAlignment()->GetSequenceOfRow(0)->identifier;
  1045.             const StructureSet::RejectList *rejects = glCanvas->structureSet->GetRejects();
  1046.             SequenceSet::SequenceList::const_iterator
  1047.                 s, se = glCanvas->structureSet->sequenceSet->sequences.end();
  1048.             for (s=glCanvas->structureSet->sequenceSet->sequences.begin(); s!=se; ++s) {
  1049.                 if ((*s)->identifier != master) {
  1051.                     // make sure this sequence isn't already rejected
  1052.                     bool rejected = false;
  1053.                     if (rejects) {
  1054.                         StructureSet::RejectList::const_iterator r, re = rejects->end();
  1055.                         for (r=rejects->begin(); r!=re; ++r) {
  1056.                             CReject_id::TIds::const_iterator i, ie = (*r)->GetIds().end();
  1057.                             for (i=(*r)->GetIds().begin(); i!=ie; ++i) {
  1058.                                 if ((*s)->identifier->MatchesSeqId(**i)) {
  1059.                                     rejected = true;
  1060.                                     break;
  1061.                                 }
  1062.                             }
  1063.                             if (rejected) break;
  1064.                         }
  1065.                     }
  1066.                     if (rejected) continue;
  1068.                     wxString description((*s)->identifier->ToString().c_str());
  1069.                     if ((*s)->description.size() > 0)
  1070.                         description += wxString("     ") + (*s)->description.c_str();
  1071.                     seqsDescrs.resize(seqsDescrs.size() + 1);
  1072.                     seqsDescrs.back().first = *s;
  1073.                     seqsDescrs.back().second = description;
  1074.                 }
  1075.             }
  1076.             // sort by identifier
  1077.             stable_sort(seqsDescrs.begin(), seqsDescrs.end(), CompareSequencesByIdentifier);
  1079.             // user dialogs for selection and reason
  1080.             wxString *choices = new wxString[seqsDescrs.size()];
  1081.             int choice;
  1082.             for (choice=0; choice<seqsDescrs.size(); ++choice) choices[choice] = seqsDescrs[choice].second;
  1083.             choice = wxGetSingleChoiceIndex("Reject which sequence?", "Reject Sequence",
  1084.                 seqsDescrs.size(), choices, this);
  1085.             if (choice >= 0) {
  1086.                 wxString message = "Are you sure you want to reject this sequence?nn";
  1087.                 message += choices[choice];
  1088.                 message += "nnIf so, enter a brief reason why:";
  1089.                 wxString reason = wxGetTextFromUser(message, "Reject Sequence", "", this);
  1090.                 if (reason.size() == 0) {
  1091.                     wxMessageBox("Reject action cancelled!", "", wxOK | wxICON_INFORMATION, this);
  1092.                 } else {
  1093.                     int purge = wxMessageBox("Do you want to purge all instances of this sequence "
  1094.                         " from the multiple alignment and update list?",
  1095.                         "", wxYES_NO | wxICON_QUESTION, this);
  1096.                     // finally, actually perform the rejection+purge
  1097.                     glCanvas->structureSet->
  1098.                         RejectAndPurgeSequence(seqsDescrs[choice].first, reason.c_str(), purge == wxYES);
  1099.                 }
  1100.             }
  1101.             break;
  1102.         }
  1103.     }
  1104. }
  1106. void StructureWindow::OnAdjustView(wxCommandEvent& event)
  1107. {
  1108.     glCanvas->SetCurrent();
  1109.     switch (event.GetId()) {
  1110.         case MID_ZOOM_IN:       glCanvas->renderer->ChangeView(OpenGLRenderer::eZoomIn); break;
  1111.         case MID_ZOOM_OUT:      glCanvas->renderer->ChangeView(OpenGLRenderer::eZoomOut); break;
  1112.         case MID_RESET:         glCanvas->renderer->ResetCamera(); break;
  1113.         case MID_RESTORE:       glCanvas->renderer->RestoreSavedView(); break;
  1114.         case MID_FIRST_FRAME:   glCanvas->renderer->ShowFirstFrame(); break;
  1115.         case MID_LAST_FRAME:    glCanvas->renderer->ShowLastFrame(); break;
  1116.         case MID_NEXT_FRAME:    glCanvas->renderer->ShowNextFrame(); break;
  1117.         case MID_PREV_FRAME:    glCanvas->renderer->ShowPreviousFrame(); break;
  1118.         case MID_ALL_FRAMES:    glCanvas->renderer->ShowAllFrames(); break;
  1119.         case MID_STEREO:        glCanvas->renderer->EnableStereo(menuBar->IsChecked(MID_STEREO)); break;
  1120.         default:
  1121.             break;
  1122.     }
  1123.     glCanvas->Refresh(false);
  1124. }
  1126. void StructureWindow::OnShowHide(wxCommandEvent& event)
  1127. {
  1128.     if (glCanvas->structureSet) {
  1130.         switch (event.GetId()) {
  1132.         case MID_SHOW_HIDE:
  1133.         {
  1134.             vector < string > structureNames;
  1135.             vector < bool > structureVisibilities;
  1136.             glCanvas->structureSet->showHideManager->GetShowHideInfo(&structureNames, &structureVisibilities);
  1137.             wxString *titles = new wxString[structureNames.size()];
  1138.             for (int i=0; i<structureNames.size(); ++i) titles[i] = structureNames[i].c_str();
  1140.             ShowHideDialog dialog(
  1141.                 titles, &structureVisibilities, glCanvas->structureSet->showHideManager, false,
  1142.                 this, -1, "Show/Hide Structures", wxPoint(200, 50));
  1143.             dialog.ShowModal();
  1144.             //delete titles;    // apparently deleted by wxWindows
  1145.             break;
  1146.         }
  1148.         case MID_SELECT_MOLECULE:
  1149.         {
  1150.             if (!glCanvas->structureSet || glCanvas->structureSet->objects.size() > 1)
  1151.                 return;
  1152.             wxString idStr = wxGetTextFromUser("Enter an MMDB molecule ID or PDB code:", "Select molecule");
  1153.             if (idStr.size() == 0)
  1154.                 return;
  1155.             unsigned long num;
  1156.             bool isNum = idStr.ToULong(&num);
  1157.             if (!isNum)
  1158.                 idStr.MakeUpper();  // PDB names are all caps
  1159.             GlobalMessenger()->RemoveAllHighlights(true);
  1160.             ChemicalGraph::MoleculeMap::const_iterator m, me =
  1161.                 glCanvas->structureSet->objects.front()->graph->molecules.end();
  1162.             for (m=glCanvas->structureSet->objects.front()->graph->molecules.begin(); m!=me; ++m) {
  1163.                 if ((isNum && m->second->id == (int) num) ||
  1164.                     (!isNum && (
  1165.                         ((m->second->type == Molecule::eDNA || m->second->type == Molecule::eRNA ||
  1166.                           m->second->type == Molecule::eProtein || m->second->type == Molecule::eBiopolymer)
  1167.                             && idStr.Cmp(m->second->name.c_str()) == 0) ||
  1168.                         ((m->second->type == Molecule::eSolvent || m->second->type == Molecule::eNonpolymer ||
  1169.                           m->second->type == Molecule::eOther)
  1170.                             && m->second->residues.size() == 1
  1171.                             && (((wxString) m->second->residues.begin()->second->
  1172.                                 nameGraph.c_str()).Strip(wxString::both) == idStr)))))
  1173.                 {
  1174.                     if (m->second->sequence) {
  1175.                         GlobalMessenger()->AddHighlights(m->second->sequence, 0, m->second->sequence->Length() - 1);
  1176.                     } else {
  1177.                         Molecule::ResidueMap::const_iterator r, re = m->second->residues.end();
  1178.                         for (r=m->second->residues.begin(); r!=re; ++r)
  1179.                             GlobalMessenger()->ToggleHighlight(m->second, r->second->id);
  1180.                     }
  1181.                 }
  1182.             }
  1183.             break;
  1184.         }
  1186.         case MID_SHOW_ALL:
  1187.             glCanvas->structureSet->showHideManager->MakeAllVisible();
  1188.             break;
  1189.         case MID_SHOW_DOMAINS:
  1190.             glCanvas->structureSet->showHideManager->ShowAlignedDomains(glCanvas->structureSet);
  1191.             break;
  1192.         case MID_SHOW_ALIGNED:
  1193.             glCanvas->structureSet->showHideManager->ShowResidues(glCanvas->structureSet, true);
  1194.             break;
  1195.         case MID_SHOW_UNALIGNED_ALL:
  1196.             glCanvas->structureSet->showHideManager->ShowResidues(glCanvas->structureSet, false);
  1197.             break;
  1198.         case MID_SHOW_UNALIGNED_ALN_DOMAIN:
  1199.             glCanvas->structureSet->showHideManager->
  1200.                 ShowUnalignedResiduesInAlignedDomains(glCanvas->structureSet);
  1201.             break;
  1202.         case MID_SHOW_SELECTED_RESIDUES:
  1203.             glCanvas->structureSet->showHideManager->ShowSelectedResidues(glCanvas->structureSet);
  1204.             break;
  1205.         case MID_SHOW_SELECTED_DOMAINS:
  1206.             glCanvas->structureSet->showHideManager->ShowDomainsWithHighlights(glCanvas->structureSet);
  1207.             break;
  1208.         }
  1209.     }
  1210. }
  1212. void StructureWindow::OnAlignStructures(wxCommandEvent& event)
  1213. {
  1214.     if (glCanvas->structureSet) {
  1215.         glCanvas->structureSet->alignmentManager->RealignAllSlaveStructures();
  1216.         glCanvas->SetCurrent();
  1217.         glCanvas->Refresh(false);
  1218.     }
  1219. }
  1221. #define RENDERING_SHORTCUT(type, menu) 
  1222.     glCanvas->structureSet->styleManager->SetGlobalRenderingStyle(StyleSettings::type); 
  1223.     SetRenderingMenuFlag(menu); 
  1224.     break
  1225. #define COLORING_SHORTCUT(type, menu) 
  1226.     glCanvas->structureSet->styleManager->SetGlobalColorScheme(StyleSettings::type); 
  1227.     SetColoringMenuFlag(menu); 
  1228.     break
  1230. void StructureWindow::OnSetStyle(wxCommandEvent& event)
  1231. {
  1232.     if (glCanvas->structureSet) {
  1233.         glCanvas->SetCurrent();
  1234.         switch (event.GetId()) {
  1235.             case MID_EDIT_STYLE:
  1236.                 if (!glCanvas->structureSet->styleManager->EditGlobalStyle(this))
  1237.                     return;
  1238.                 SetRenderingMenuFlag(0);
  1239.                 SetColoringMenuFlag(0);
  1240.                 break;
  1241.             case MID_ANNOTATE:
  1242.                 if (!glCanvas->structureSet->styleManager->EditUserAnnotations(this))
  1243.                     return;
  1244.                 break;
  1245.             case MID_WORM: RENDERING_SHORTCUT(eWormShortcut, MID_WORM);
  1246.             case MID_TUBE: RENDERING_SHORTCUT(eTubeShortcut, MID_TUBE);
  1247.             case MID_WIRE: RENDERING_SHORTCUT(eWireframeShortcut, MID_WIRE);
  1248.             case MID_BNS: RENDERING_SHORTCUT(eBallAndStickShortcut, MID_BNS);
  1249.             case MID_SPACE: RENDERING_SHORTCUT(eSpacefillShortcut, MID_SPACE);
  1250.             case MID_SC_TOGGLE: RENDERING_SHORTCUT(eToggleSidechainsShortcut, 0);
  1251.             case MID_SECSTRUC: COLORING_SHORTCUT(eSecondaryStructureShortcut, MID_SECSTRUC);
  1252.             case MID_ALIGNED: COLORING_SHORTCUT(eAlignedShortcut, MID_ALIGNED);
  1253.             case MID_IDENTITY: COLORING_SHORTCUT(eIdentityShortcut, MID_IDENTITY);
  1254.             case MID_VARIETY: COLORING_SHORTCUT(eVarietyShortcut, MID_VARIETY);
  1255.             case MID_WGHT_VAR: COLORING_SHORTCUT(eWeightedVarietyShortcut, MID_WGHT_VAR);
  1256.             case MID_INFO: COLORING_SHORTCUT(eInformationContentShortcut, MID_INFO);
  1257.             case MID_FIT: COLORING_SHORTCUT(eFitShortcut, MID_FIT);
  1258.             case MID_BLOCK_FIT: COLORING_SHORTCUT(eBlockFitShortcut, MID_BLOCK_FIT);
  1259.             case MID_BLOCK_Z_FIT: COLORING_SHORTCUT(eBlockZFitShortcut, MID_BLOCK_Z_FIT);
  1260.             case MID_BLOCK_ROW_FIT: COLORING_SHORTCUT(eBlockRowFitShortcut, MID_BLOCK_ROW_FIT);
  1261.             case MID_OBJECT: COLORING_SHORTCUT(eObjectShortcut, MID_OBJECT);
  1262.             case MID_DOMAIN: COLORING_SHORTCUT(eDomainShortcut, MID_DOMAIN);
  1263.             case MID_MOLECULE: COLORING_SHORTCUT(eMoleculeShortcut, MID_MOLECULE);
  1264.             case MID_RAINBOW: COLORING_SHORTCUT(eRainbowShortcut, MID_RAINBOW);
  1265.             case MID_HYDROPHOB: COLORING_SHORTCUT(eHydrophobicityShortcut, MID_HYDROPHOB);
  1266.             case MID_CHARGE: COLORING_SHORTCUT(eChargeShortcut, MID_CHARGE);
  1267.             case MID_TEMP: COLORING_SHORTCUT(eTemperatureShortcut, MID_TEMP);
  1268.             case MID_ELEMENT: COLORING_SHORTCUT(eElementShortcut, MID_ELEMENT);
  1269.             default:
  1270.                 return;
  1271.         }
  1272.         glCanvas->structureSet->styleManager->CheckGlobalStyleSettings();
  1273.         GlobalMessenger()->PostRedrawAllStructures();
  1274.         GlobalMessenger()->PostRedrawAllSequenceViewers();
  1275.     }
  1276. }
  1278. void StructureWindow::SetRenderingMenuFlag(int which)
  1279. {
  1280.     menuBar->Check(MID_WORM, (which == MID_WORM));
  1281.     menuBar->Check(MID_TUBE, (which == MID_TUBE));
  1282.     menuBar->Check(MID_WIRE, (which == MID_WIRE));
  1283.     menuBar->Check(MID_BNS, (which == MID_BNS));
  1284.     menuBar->Check(MID_SPACE, (which == MID_SPACE));
  1285. }
  1287. void StructureWindow::SetColoringMenuFlag(int which)
  1288. {
  1289.     menuBar->Check(MID_SECSTRUC, (which == MID_SECSTRUC));
  1290.     menuBar->Check(MID_ALIGNED, (which == MID_ALIGNED));
  1291.     menuBar->Check(MID_IDENTITY, (which == MID_IDENTITY));
  1292.     menuBar->Check(MID_VARIETY, (which == MID_VARIETY));
  1293.     menuBar->Check(MID_WGHT_VAR, (which == MID_WGHT_VAR));
  1294.     menuBar->Check(MID_INFO, (which == MID_INFO));
  1295.     menuBar->Check(MID_FIT, (which == MID_FIT));
  1296.     menuBar->Check(MID_BLOCK_FIT, (which == MID_BLOCK_FIT));
  1297.     menuBar->Check(MID_BLOCK_Z_FIT, (which == MID_BLOCK_Z_FIT));
  1298.     menuBar->Check(MID_BLOCK_ROW_FIT, (which == MID_BLOCK_ROW_FIT));
  1299.     menuBar->Check(MID_OBJECT, (which == MID_OBJECT));
  1300.     menuBar->Check(MID_DOMAIN, (which == MID_DOMAIN));
  1301.     menuBar->Check(MID_MOLECULE, (which == MID_MOLECULE));
  1302.     menuBar->Check(MID_RAINBOW, (which == MID_RAINBOW));
  1303.     menuBar->Check(MID_HYDROPHOB, (which == MID_HYDROPHOB));
  1304.     menuBar->Check(MID_CHARGE, (which == MID_CHARGE));
  1305.     menuBar->Check(MID_TEMP, (which == MID_TEMP));
  1306.     menuBar->Check(MID_ELEMENT, (which == MID_ELEMENT));
  1307. }
  1309. bool StructureWindow::LoadData(const char *filename, bool force, CNcbi_mime_asn1 *mimeData)
  1310. {
  1311.     SetCursor(*wxHOURGLASS_CURSOR);
  1312.     glCanvas->SetCurrent();
  1314.     if (force) {
  1315.         fileMenu->Enable(MID_OPEN, false);
  1316.         fileMenu->Enable(MID_SAVE_AS, false);
  1317.     }
  1319.     // clear old data
  1320.     if (glCanvas->structureSet) {
  1321.         DestroyNonModalDialogs();
  1322.         GlobalMessenger()->RemoveAllHighlights(false);
  1323.         delete glCanvas->structureSet;
  1324.         glCanvas->structureSet = NULL;
  1325.         glCanvas->renderer->AttachStructureSet(NULL);
  1326.         glCanvas->Refresh(false);
  1327.     }
  1329.     // get current structure limit
  1330.     int structureLimit = kMax_Int;
  1331.     if (!RegistryGetInteger(REG_ADVANCED_SECTION, REG_MAX_N_STRUCTS, &structureLimit))
  1332.         WARNINGMSG("Can't get structure limit from registry");
  1334.     // use passed-in data if present, otherwise load from file
  1335.     if (mimeData) {
  1336.         glCanvas->structureSet = new StructureSet(mimeData, structureLimit, glCanvas->renderer);
  1337.         userDir = GetWorkingDir();
  1338.         currentFile = "";
  1339.     }
  1341.     else {
  1342.         // set up various paths relative to given filename
  1343.         if (wxIsAbsolutePath(filename))
  1344.             userDir = string(wxPathOnly(filename).c_str()) + wxFILE_SEP_PATH;
  1345.         else if (wxPathOnly(filename) == "")
  1346.             userDir = GetWorkingDir();
  1347.         else
  1348.             userDir = GetWorkingDir() + wxPathOnly(filename).c_str() + wxFILE_SEP_PATH;
  1349.         INFOMSG("user dir: " << userDir.c_str());
  1351.         // try to decide if what ASN type this is, and if it's binary or ascii
  1352.         CNcbiIstream *inStream = new CNcbiIfstream(filename, IOS_BASE::in | IOS_BASE::binary);
  1353.         if (!(*inStream)) {
  1354.             ERRORMSG("Cannot open file '" << filename << "' for reading");
  1355.             SetCursor(wxNullCursor);
  1356.             delete inStream;
  1357.             return false;
  1358.         }
  1359.         currentFile = wxFileNameFromPath(filename);
  1361.         string firstWord;
  1362.         *inStream >> firstWord;
  1363.         delete inStream;
  1365.         static const string
  1366.             asciiMimeFirstWord = "Ncbi-mime-asn1",
  1367.             asciiCDDFirstWord = "Cdd";
  1368.         bool isMime = false, isCDD = false, isBinary = true;
  1369.         if (firstWord == asciiMimeFirstWord) {
  1370.             isMime = true;
  1371.             isBinary = false;
  1372.         } else if (firstWord == asciiCDDFirstWord) {
  1373.             isCDD = true;
  1374.             isBinary = false;
  1375.         }
  1377.         // try to read the file as various ASN types (if it's not clear from the first ascii word).
  1378.         // If read is successful, the StructureSet will own the asn data object, to keep it
  1379.         // around for output later on
  1380.         bool readOK = false;
  1381.         string err;
  1382.         if (!isCDD) {
  1383.             TRACEMSG("trying to read file '" << filename << "' as " <<
  1384.                 ((isBinary) ? "binary" : "ascii") << " mime");
  1385.             CNcbi_mime_asn1 *mime = new CNcbi_mime_asn1();
  1386.             SetDiagPostLevel(eDiag_Fatal); // ignore all but Fatal errors while reading data
  1387.             readOK = ReadASNFromFile(filename, mime, isBinary, &err);
  1388.             SetDiagPostLevel(eDiag_Info);
  1389.             if (readOK) {
  1390.                 glCanvas->structureSet = new StructureSet(mime, structureLimit, glCanvas->renderer);
  1391.                 // if CDD is contained in a mime, then show CDD splash screen
  1392.                 if (glCanvas->structureSet->IsCDD())
  1393.                     ShowCDDOverview();
  1394.             } else {
  1395.                 TRACEMSG("error: " << err);
  1396.                 delete mime;
  1397.             }
  1398.         }
  1399.         if (!readOK) {
  1400.             TRACEMSG("trying to read file '" << filename << "' as " <<
  1401.                 ((isBinary) ? "binary" : "ascii") << " cdd");
  1402.             CCdd *cdd = new CCdd();
  1403.             SetDiagPostLevel(eDiag_Fatal); // ignore all but Fatal errors while reading data
  1404.             readOK = ReadASNFromFile(filename, cdd, isBinary, &err);
  1405.             SetDiagPostLevel(eDiag_Info);
  1406.             if (readOK) {
  1407.                 glCanvas->structureSet = new StructureSet(cdd, structureLimit, glCanvas->renderer);
  1408.             } else {
  1409.                 TRACEMSG("error: " << err);
  1410.                 delete cdd;
  1411.             }
  1412.         }
  1413.         if (!readOK) {
  1414.             ERRORMSG("File not found, not readable, or is not a recognized data type");
  1415.             SetCursor(wxNullCursor);
  1416.             return false;
  1417.         }
  1418.     }
  1420.     SetWorkingTitle(glCanvas->structureSet);
  1421.     GlobalMessenger()->SetAllWindowTitles();
  1423.     // use a default style if no global style stored in asn data
  1424.     if (glCanvas->structureSet->hasUserStyle) {
  1425.         SetRenderingMenuFlag(0);
  1426.         SetColoringMenuFlag(0);
  1427.     } else {
  1428.         // set default rendering style and view, and turn on corresponding style menu flags
  1429.         if (glCanvas->structureSet->alignmentSet) {
  1430.             glCanvas->structureSet->styleManager->SetGlobalRenderingStyle(StyleSettings::eTubeShortcut);
  1431.             SetRenderingMenuFlag(MID_TUBE);
  1432.             if (glCanvas->structureSet->IsCDD()) {
  1433.                 glCanvas->structureSet->styleManager->SetGlobalColorScheme(StyleSettings::eInformationContentShortcut);
  1434.                 SetColoringMenuFlag(MID_INFO);
  1435.             } else {
  1436.                 glCanvas->structureSet->styleManager->SetGlobalColorScheme(StyleSettings::eIdentityShortcut);
  1437.                 SetColoringMenuFlag(MID_IDENTITY);
  1438.             }
  1439.         } else {
  1440.             glCanvas->structureSet->styleManager->SetGlobalRenderingStyle(StyleSettings::eWormShortcut);
  1441.             SetRenderingMenuFlag(MID_WORM);
  1442.             glCanvas->structureSet->styleManager->SetGlobalColorScheme(StyleSettings::eSecondaryStructureShortcut);
  1443.             SetColoringMenuFlag(MID_SECSTRUC);
  1444.         }
  1445.     }
  1447.     menuBar->EnableTop(menuBar->FindMenu("CDD"), glCanvas->structureSet->IsCDD());
  1448.     glCanvas->renderer->AttachStructureSet(glCanvas->structureSet);
  1449.     if (!glCanvas->renderer->HasASNViewSettings())
  1450.         glCanvas->structureSet->CenterViewOnAlignedResidues();
  1451.     glCanvas->Refresh(false);
  1452.     glCanvas->structureSet->alignmentManager->ShowSequenceViewer();
  1453.     SetCursor(wxNullCursor);
  1455.     return true;
  1456. }
  1458. void StructureWindow::OnOpen(wxCommandEvent& event)
  1459. {
  1460.     if (glCanvas->structureSet) {
  1461.         GlobalMessenger()->SequenceWindowsSave(true);   // give sequence window a chance to save
  1462.         SaveDialog(true, false);                        // give structure window a chance to save data
  1463.     }
  1465.     if (event.GetId() == MID_OPEN) {
  1466.         const wxString& filestr = wxFileSelector("Choose a text or binary ASN1 file to open", userDir.c_str(),
  1467.             "", "", "All Files|*.*|CDD (*.acd)|*.acd|Binary ASN (*.val)|*.val|ASCII ASN (*.prt)|*.prt",
  1468.             wxOPEN | wxFILE_MUST_EXIST);
  1469.         if (!filestr.IsEmpty())
  1470.             LoadData(filestr.c_str(), false);
  1471.     }
  1473.     else if (event.GetId() == MID_NETWORK_OPEN) {
  1474.         wxString id = wxGetTextFromUser("Please enter a PDB or MMDB id", "Input id");
  1475.         if (id.size() == 0)
  1476.             return;
  1478.         wxArrayString choiceStrs;
  1479.         choiceStrs.Add("single");
  1480.         choiceStrs.Add("alpha");
  1481.         choiceStrs.Add("PDB");
  1482.         wxString modelStr = wxGetSingleChoice(
  1483.             "Please select which type of model you'd like to load", "Select model", choiceStrs);
  1484.         if (modelStr.size() == 0)
  1485.             return;
  1486.         EModel_type model = eModel_type_ncbi_all_atom;
  1487.         if (modelStr == "alpha")
  1488.             model = eModel_type_ncbi_backbone;
  1489.         else if (modelStr == "PDB")
  1490.             model = eModel_type_pdb_model;
  1492.         CNcbi_mime_asn1 *mime = LoadStructureViaCache(id.c_str(), model);
  1493.         if (mime)
  1494.             LoadData(NULL, false, mime);
  1495.     }
  1496. }
  1498. void StructureWindow::OnSave(wxCommandEvent& event)
  1499. {
  1500.     if (!glCanvas->structureSet) return;
  1502.     // determine whether to prompt user for filename
  1503.     bool prompt = (event.GetId() == MID_SAVE_AS);
  1504.     if (!prompt) {
  1505.         wxString dir = wxString(userDir.c_str()).MakeLower();
  1506.         // always prompt if this file is stored in some temp folder (e.g. browser cache)
  1507.         if (dir.Contains("cache") || dir.Contains("temp") || dir.Contains("tmp"))
  1508.             prompt = true;
  1509.     }
  1511.     // force a save of any edits to alignment and updates first
  1512.     GlobalMessenger()->SequenceWindowsSave(prompt);
  1514.     wxString outputFolder = wxString(userDir.c_str(), userDir.size() - 1); // remove trailing /
  1515.     wxString outputFilename;
  1516.     bool outputBinary;
  1518.     // don't ask for filename if Save As is disabled
  1519.     if ((prompt && fileMenu->IsEnabled(MID_SAVE_AS)) || currentFile.size() == 0) {
  1520.         wxFileName fn(currentFile.c_str());
  1521.         wxFileDialog dialog(this, "Choose a filename for output", outputFolder,
  1522. #ifdef __WXGTK__
  1523.             fn.GetFullName(),
  1524. #else
  1525.             fn.GetName(),
  1526. #endif
  1527.             "All Files|*.*|Binary ASN (*.val)|*.val|ASCII CDD (*.acd)|*.acd|ASCII ASN (*.prt)|*.prt",
  1528.             wxSAVE | wxOVERWRITE_PROMPT);
  1529.         dialog.SetFilterIndex(fn.GetExt() == "val" ? 1 : (fn.GetExt() == "acd" ? 2 :
  1530.             (fn.GetExt() == "prt" ? 3 : 0)));
  1531.         if (dialog.ShowModal() == wxID_OK)
  1532.             outputFilename = dialog.GetPath();
  1533.         outputBinary = (dialog.GetFilterIndex() == 1);
  1534.     } else {
  1535.         outputFilename = (userDir + currentFile).c_str();
  1536.         outputBinary = (outputFilename.Right(4) == ".val");
  1537.     }
  1539.     INFOMSG("save file: '" << outputFilename.c_str() << "'");
  1541.     if (!outputFilename.IsEmpty()) {
  1543.         // convert mime to cdd if specified
  1544.         if (outputFilename.Right(4) == ".acd" &&
  1545.             (!glCanvas->structureSet->IsCDD() || glCanvas->structureSet->IsCDDInMime()))
  1546.         {
  1547.             string cddName;
  1548.             if (glCanvas->structureSet->IsCDDInMime() && glCanvas->structureSet->GetCDDName().size() > 0)
  1549.                 cddName = glCanvas->structureSet->GetCDDName();
  1550.             else
  1551.                 cddName = wxGetTextFromUser("Enter a name for this CD", "Input Name");
  1552.             if (cddName.size() == 0 || !glCanvas->structureSet->ConvertMimeDataToCDD(cddName.c_str())) {
  1553.                 ERRORMSG("Conversion to Cdd failed");
  1554.                 return;
  1555.             }
  1556.         }
  1558.         // save and send FileSaved command
  1559.         unsigned int changeFlags;
  1560.         if (glCanvas->structureSet->SaveASNData(outputFilename.c_str(), outputBinary, &changeFlags) &&
  1561.             IsFileMessengerActive())
  1562.         {
  1563.             string data(outputFilename.c_str());
  1564.             data += 'n';
  1565.             TRACEMSG("changeFlags: " << changeFlags);
  1566.             if ((changeFlags & StructureSet::eAnyAlignmentData) > 0)
  1567.                 data += "AlignmentChangedn";
  1568.             if ((changeFlags & StructureSet::eRowOrderData) > 0)
  1569.                 data += "RowOrderChangedn";
  1570.             if ((changeFlags & StructureSet::ePSSMData) > 0)
  1571.                 data += "PSSMChangedn";
  1572.             if ((changeFlags & StructureSet::eCDDData) > 0)
  1573.                 data += "DescriptionChangedn";
  1574.             if ((changeFlags & StructureSet::eUpdateData) > 0)
  1575.                 data += "PendingAlignmentsChangedn";
  1576.             SendCommand(messageTargetApp, "FileSaved", data);
  1577.         }
  1579. #ifdef __WXMAC__
  1580.         // set mac file type and creator
  1581.         wxFileName wxfn(outputFilename);
  1582.         if (wxfn.FileExists())
  1583.             if (!wxfn.MacSetTypeAndCreator('TEXT', 'Cn3D'))
  1584.                 WARNINGMSG("Unable to set Mac file type/creator");
  1585. #endif
  1587.         // set path/name/title
  1588.         if (wxIsAbsolutePath(outputFilename))
  1589.             userDir = string(wxPathOnly(outputFilename).c_str()) + wxFILE_SEP_PATH;
  1590.         else if (wxPathOnly(outputFilename) == "")
  1591.             userDir = GetWorkingDir();
  1592.         else
  1593.             userDir = GetWorkingDir() + wxPathOnly(outputFilename).c_str() + wxFILE_SEP_PATH;
  1594.         currentFile = wxFileNameFromPath(outputFilename);
  1595.         SetWorkingTitle(glCanvas->structureSet);
  1596.         GlobalMessenger()->SetAllWindowTitles();
  1597.     }
  1598. }
  1600. END_SCOPE(Cn3D)
  1602. /*
  1603. * ---------------------------------------------------------------------------
  1604. * $Log: structure_window.cpp,v $
  1605. * Revision 1000.3  2004/06/01 18:29:33  gouriano
  1606. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.33
  1607. *
  1608. * Revision 1.33  2004/05/31 13:15:09  thiessen
  1609. * make select molecule take PDB chain/het name
  1610. *
  1611. * Revision 1.32  2004/05/21 21:41:40  gorelenk
  1612. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  1613. *
  1614. * Revision 1.31  2004/05/21 17:29:51  thiessen
  1615. * allow conversion of mime to cdd data
  1616. *
  1617. * Revision 1.30  2004/04/22 00:05:03  thiessen
  1618. * add seclect molecule
  1619. *
  1620. * Revision 1.29  2004/03/15 18:38:52  thiessen
  1621. * prefer prefix vs. postfix ++/-- operators
  1622. *
  1623. * Revision 1.28  2004/03/09 14:30:47  thiessen
  1624. * change network load type choice order
  1625. *
  1626. * Revision 1.27  2004/02/19 17:05:16  thiessen
  1627. * remove cn3d/ from include paths; add pragma to disable annoying msvc warning
  1628. *
  1629. * Revision 1.26  2004/01/17 01:47:26  thiessen
  1630. * add network load
  1631. *
  1632. * Revision 1.25  2004/01/17 00:17:31  thiessen
  1633. * add Biostruc and network structure load
  1634. *
  1635. * Revision 1.24  2004/01/08 15:31:03  thiessen
  1636. * remove hard-coded CDTree references in messaging; add Cn3DTerminated message upon exit
  1637. *
  1638. * Revision 1.23  2003/12/03 15:46:36  thiessen
  1639. * adjust so spin increment is accurate
  1640. *
  1641. * Revision 1.22  2003/12/03 15:07:10  thiessen
  1642. * add more sophisticated animation controls
  1643. *
  1644. * Revision 1.21  2003/11/15 16:08:36  thiessen
  1645. * add stereo
  1646. *
  1647. * Revision 1.20  2003/09/26 17:39:14  thiessen
  1648. * fixes for button states
  1649. *
  1650. * Revision 1.19  2003/09/26 17:12:46  thiessen
  1651. * add book reference dialog
  1652. *
  1653. * Revision 1.18  2003/09/22 17:33:12  thiessen
  1654. * add AlignmentChanged flag; flush message file; check row order of repeats
  1655. *
  1656. * Revision 1.17  2003/08/04 15:29:46  thiessen
  1657. * send PendingAlignmentsChanged to CDTree2
  1658. *
  1659. * Revision 1.16  2003/07/17 20:13:52  thiessen
  1660. * don't ask for filename on save/termination with -f; add eAnyAlignmentData flag
  1661. *
  1662. * Revision 1.15  2003/07/17 18:47:01  thiessen
  1663. * add -f option to force save to same file
  1664. *
  1665. * Revision 1.14  2003/07/17 16:52:34  thiessen
  1666. * add FileSaved message with edit typing
  1667. *
  1668. * Revision 1.13  2003/07/14 18:37:08  thiessen
  1669. * change GetUngappedAlignedBlocks() param types; other syntax changes
  1670. *
  1671. * Revision 1.12  2003/07/10 18:47:29  thiessen
  1672. * add CDTree->Select command
  1673. *
  1674. * Revision 1.11  2003/07/10 13:47:22  thiessen
  1675. * add LoadFile command
  1676. *
  1677. * Revision 1.10  2003/05/07 14:02:47  thiessen
  1678. * add accelerators
  1679. *
  1680. * Revision 1.9  2003/05/06 19:10:47  thiessen
  1681. * add show aligned domains key shortcut 'd'
  1682. *
  1683. * Revision 1.8  2003/05/05 22:47:18  thiessen
  1684. * add e = show-everything shortcut
  1685. *
  1686. * Revision 1.7  2003/03/20 20:33:51  thiessen
  1687. * implement Highlight command
  1688. *
  1689. * Revision 1.6  2003/03/14 19:22:59  thiessen
  1690. * add CommandProcessor to handle file-message commands; fixes for GCC 2.9
  1691. *
  1692. * Revision 1.5  2003/03/13 22:55:29  thiessen
  1693. * another Solaris/workshop fix
  1694. *
  1695. * Revision 1.4  2003/03/13 22:48:43  thiessen
  1696. * fixes for Mac/OSX/gcc
  1697. *
  1698. * Revision 1.3  2003/03/13 18:55:17  thiessen
  1699. * tweak file load error reporting
  1700. *
  1701. * Revision 1.2  2003/03/13 16:57:14  thiessen
  1702. * fix favorites load/save problem
  1703. *
  1704. * Revision 1.1  2003/03/13 14:26:18  thiessen
  1705. * add file_messaging module; split cn3d_main_wxwin into cn3d_app, cn3d_glcanvas, structure_window, cn3d_tools
  1706. *
  1707. */