coord_set.hpp
上传用户:yhdzpy8989
上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: coord_set.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/04/12 17:32:17  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.12
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: coord_set.hpp,v 1000.1 2004/04/12 17:32:17 gouriano Exp $
  10. * ===========================================================================
  11. *
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. *
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. * Authors:  Paul Thiessen
  35. *
  36. * File Description:
  37. *      Classes to hold sets of coordinates for atoms and features
  38. *
  39. * ===========================================================================
  40. */
  41. #ifndef CN3D_COORDSET__HPP
  42. #define CN3D_COORDSET__HPP
  43. #include <corelib/ncbistl.hpp>
  44. #include <map>
  45. #include <objects/mmdb2/Biostruc_model.hpp>
  46. #include "structure_base.hpp"
  47. BEGIN_SCOPE(Cn3D)
  48. class AtomSet;
  49. class Object3D;
  50. // a CoordSet contains one set of atomic coordinates, plus any accompanying
  51. // feature (helix, strand, ...) coordinates - basically the contents of
  52. // an ASN1 Biostruc-model
  53. class CoordSet : public StructureBase
  54. {
  55. public:
  56.     CoordSet(StructureBase *parent,
  57.                 const ncbi::objects::CBiostruc_model::TModel_coordinates& modelCoords);
  58.     // atom coordinates
  59.     AtomSet *atomSet;
  60.     // map of moleculeID -> objects
  61.     typedef std::list < const Object3D * > Object3DList;
  62.     typedef std::map < int, Object3DList > Object3DMap;
  63.     Object3DMap objectMap;
  64.     // public methods
  65.     bool Draw(const AtomSet *atomSet) const { return false; } // don't draw these directly
  66. private:
  67. };
  68. END_SCOPE(Cn3D)
  69. #endif // CN3D_COORDSET__HPP
  70. /*
  71. * ---------------------------------------------------------------------------
  72. * $Log: coord_set.hpp,v $
  73. * Revision 1000.1  2004/04/12 17:32:17  gouriano
  74. * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.12
  75. *
  76. * Revision 1.12  2004/02/19 17:04:55  thiessen
  77. * remove cn3d/ from include paths; add pragma to disable annoying msvc warning
  78. *
  79. * Revision 1.11  2003/02/03 19:20:03  thiessen
  80. * format changes: move CVS Log to bottom of file, remove std:: from .cpp files, and use new diagnostic macros
  81. *
  82. * Revision 1.10  2001/05/31 18:46:26  thiessen
  83. * add preliminary style dialog; remove LIST_TYPE; add thread single and delete all; misc tweaks
  84. *
  85. * Revision 1.9  2000/11/30 15:49:08  thiessen
  86. * add show/hide rows; unpack sec. struc. and domain features
  87. *
  88. * Revision 1.8  2000/10/04 17:40:45  thiessen
  89. * rearrange STL #includes
  90. *
  91. * Revision 1.7  2000/08/27 18:50:55  thiessen
  92. * extract sequence information
  93. *
  94. * Revision 1.6  2000/08/16 14:18:20  thiessen
  95. * map 3-d objects to molecules
  96. *
  97. * Revision 1.5  2000/08/11 12:59:13  thiessen
  98. * added worm; get 3d-object coords from asn1
  99. *
  100. * Revision 1.4  2000/08/03 15:12:29  thiessen
  101. * add skeleton of style and show/hide managers
  102. *
  103. * Revision 1.3  2000/07/27 13:30:10  thiessen
  104. * remove 'using namespace ...' from all headers
  105. *
  106. * Revision 1.2  2000/07/16 23:18:34  thiessen
  107. * redo of drawing system
  108. *
  109. * Revision 1.1  2000/07/11 13:49:28  thiessen
  110. * add modules to parse chemical graph; many improvements
  111. *
  112. */