开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
data_manager.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：35k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

data_manager.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: data_manager.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:28:33  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.23
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: data_manager.cpp,v 1000.2 2004/06/01 18:28:33 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Authors:  Paul Thiessen
  36. *
  37. * File Description:
  38. *      class to manage different root ASN data types
  39. *
  40. * ===========================================================================
  41. */
  43. #ifdef _MSC_VER
  44. #pragma warning(disable:4018)   // disable signed/unsigned mismatch warning in MSVC
  45. #endif
  47. #include <ncbi_pch.hpp>
  48. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  50. #include <objects/ncbimime/Entrez_general.hpp>
  51. #include <objects/ncbimime/Biostruc_align.hpp>
  52. #include <objects/ncbimime/Biostruc_align_seq.hpp>
  53. #include <objects/ncbimime/Biostruc_seq.hpp>
  54. #include <objects/ncbimime/Biostruc_seqs.hpp>
  55. #include <objects/ncbimime/Biostruc_seqs_aligns_cdd.hpp>
  56. #include <objects/ncbimime/Bundle_seqs_aligns.hpp>
  57. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  58. #include <objects/mmdb3/Biostruc_feature_set.hpp>
  59. #include <objects/cdd/Cdd_descr_set.hpp>
  60. #include <objects/cdd/Cdd_descr.hpp>
  61. #include <objects/cdd/Cdd_id.hpp>
  62. #include <objects/cdd/Global_id.hpp>
  63. #include <objects/cdd/Cdd_id_set.hpp>
  65. #include "asn_reader.hpp"
  66. #include "data_manager.hpp"
  67. #include "structure_set.hpp"
  68. #include "sequence_set.hpp"
  69. #include "alignment_set.hpp"
  70. #include "cn3d_tools.hpp"
  71. #include "asn_converter.hpp"
  73. USING_NCBI_SCOPE;
  74. USING_SCOPE(objects);
  77. BEGIN_SCOPE(Cn3D)
  79. ASNDataManager::ASNDataManager(ncbi::objects::CNcbi_mime_asn1 *mime)
  80. {
  81.     mimeData.Reset(mime);
  82.     Load();
  83. }
  85. ASNDataManager::ASNDataManager(ncbi::objects::CCdd *cdd)
  86. {
  87.     cddData.Reset(cdd);
  88.     Load();
  89. }
  91. ASNDataManager::~ASNDataManager(void)
  92. {
  93. }
  95. void ASNDataManager::Load(void)
  96. {
  97.     // initialization
  98.     seqEntryList = NULL;
  99.     masterBiostruc = NULL;
  100.     biostrucList = NULL;
  101.     biostrucModelType = eModel_type_ncbi_all_atom;  // default, for CDD's
  102.     sequenceAlignments = NULL;
  103.     structureAlignments = NULL;
  104.     bundleImports = NULL;
  105.     cddUpdates = NULL;
  106.     dataChanged = 0;
  108.     // mime
  109.     if (mimeData.NotEmpty()) {
  110.         if (mimeData->IsEntrez()) {
  111.             if (mimeData->GetEntrez().GetData().IsStructure())
  112.                 masterBiostruc = &(mimeData->SetEntrez().SetData().SetStructure());
  113.         }
  115.         else if (mimeData->IsAlignstruc()) {
  116.             seqEntryList = &(mimeData->SetAlignstruc().SetSequences());
  117.             masterBiostruc = &(mimeData->SetAlignstruc().SetMaster());
  118.             biostrucList = &(mimeData->SetAlignstruc().SetSlaves());
  119.             structureAlignments = &(mimeData->SetAlignstruc().SetAlignments());
  120.             sequenceAlignments = &(mimeData->SetAlignstruc().SetSeqalign());
  121.         }
  123.         else if (mimeData->IsAlignseq()) {
  124.             seqEntryList = &(mimeData->SetAlignseq().SetSequences());
  125.             sequenceAlignments = &(mimeData->SetAlignseq().SetSeqalign());
  126.         }
  128.         else if (mimeData->IsStrucseq()) {
  129.             seqEntryList = &(mimeData->SetStrucseq().SetSequences());
  130.             masterBiostruc = &(mimeData->SetStrucseq().SetStructure());
  131.         }
  133.         else if (mimeData->IsStrucseqs()) {
  134.             seqEntryList = &(mimeData->SetStrucseqs().SetSequences());
  135.             masterBiostruc = &(mimeData->SetStrucseqs().SetStructure());
  136.             sequenceAlignments = &(mimeData->SetStrucseqs().SetSeqalign());
  137.         }
  139.         else if (mimeData->IsGeneral()) {
  140.             if (mimeData->GetGeneral().IsSetStructures())
  141.                 biostrucList = &(mimeData->SetGeneral().SetStructures());
  143.             if (mimeData->GetGeneral().IsSetStructure_type())
  144.                 // assume structure-type values match MMDB's Model-type
  145.                 biostrucModelType = (EModel_type) mimeData->GetGeneral().GetStructure_type();
  147.             if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsBundle()) {
  148.                 if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetBundle().IsSetSequences())
  149.                     seqEntryList = &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().SetSequences());
  150.                 if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetBundle().IsSetStrucaligns())
  151.                     structureAlignments =
  152.                         &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().SetStrucaligns());
  153.                 if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetBundle().IsSetSeqaligns())
  154.                     sequenceAlignments =
  155.                         &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().SetSeqaligns());
  156.                 if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetBundle().IsSetImports()) {
  157.                     bundleImports = &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().SetImports());
  158.                     // make "fake" Update-aligns from imports (to pass to alignment manager)
  159.                     SeqAnnotList::iterator i,
  160.                         ie = mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().SetImports().end();
  161.                     for (i=mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().SetImports().begin();
  162.                          i!= ie; ++i) {
  163.                         CRef < CUpdate_align > update(new CUpdate_align());
  164.                         update->SetSeqannot(**i);
  165.                         update->SetType(CUpdate_align::eType_other);
  166.                         bundleImportsFaked.push_back(update);
  167.                     }
  168.                 }
  169.             }
  171.             else {  // cdd
  172.                 if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetCdd().IsSetSequences()) {
  173.                     if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetCdd().GetSequences().IsSeq()) {
  174.                         // convert Seq-entry type from seq to set
  175.                         CRef < CSeq_entry > seqEntry(
  176.                             &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd().SetSequences()));
  177.                         mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd().ResetSequences();
  178.                         mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd().SetSequences().
  179.                             SetSet().SetSeq_set().push_back(seqEntry);
  180.                     }
  181.                     seqEntryList =
  182.                         &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd().SetSequences().SetSet().SetSeq_set());
  183.                 }
  184.                 if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetCdd().IsSetFeatures())
  185.                     structureAlignments = &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd().SetFeatures());
  186.                 if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetCdd().IsSetSeqannot())
  187.                     sequenceAlignments = &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd().SetSeqannot());
  188.                 if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetCdd().IsSetPending())
  189.                     cddUpdates = &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd().SetPending());
  190.             }
  191.         }
  193.         else
  194.             ERRORMSG("Unrecognized mime type!");
  195.     }
  197.     // CDD
  198.     else {
  199.         if (cddData->IsSetSequences()) {
  200.             if (cddData->GetSequences().IsSeq()) {
  201.                 // convert Seq-entry type from seq to set
  202.                 CRef < CSeq_entry > seqEntry(&(cddData->SetSequences()));
  203.                 cddData->ResetSequences();
  204.                 cddData->SetSequences().SetSet().SetSeq_set().push_back(seqEntry);
  205.             }
  206.             seqEntryList = &(cddData->SetSequences().SetSet().SetSeq_set());
  207.         }
  208.         if (cddData->IsSetFeatures())
  209.             structureAlignments = &(cddData->SetFeatures());
  210.         if (cddData->IsSetSeqannot())
  211.             sequenceAlignments = &(cddData->SetSeqannot());
  212.         if (cddData->IsSetPending())
  213.             cddUpdates = &(cddData->SetPending());
  214.     }
  216.     // sequence list is interpreted differently for single structure
  217.     isSingleStructure = (mimeData.NotEmpty() &&
  218.         (mimeData->IsStrucseq() ||
  219.             (mimeData->IsGeneral() &&
  220.                 !sequenceAlignments && !structureAlignments &&
  221.                 biostrucList && biostrucList->size() == 1)));
  222.     TRACEMSG("is single structure: " << (isSingleStructure ? "yes" : "no"));
  224.     // pre-screen sequence alignments to make sure they're all a type we can deal with
  225.     if (sequenceAlignments) {
  226.         list < CRef < CSeq_align > > validAlignments;
  227.         SeqAnnotList::const_iterator n, ne = sequenceAlignments->end();
  228.         for (n=sequenceAlignments->begin(); n!=ne; ++n) {
  230.             if (!n->GetObject().GetData().IsAlign()) {
  231.                 ERRORMSG("Warning - confused by seqannot data format");
  232.                 continue;
  233.             }
  234.             if (n != sequenceAlignments->begin()) TRACEMSG("multiple Seq-annots");
  236.             CSeq_annot::C_Data::TAlign::const_iterator
  237.                 a, ae = n->GetObject().GetData().GetAlign().end();
  238.             for (a=n->GetObject().GetData().GetAlign().begin(); a!=ae; ++a) {
  240.                 // verify this is a type of alignment we can deal with
  241.                 if (!(a->GetObject().GetType() != CSeq_align::eType_partial ||
  242.                     a->GetObject().GetType() != CSeq_align::eType_diags) ||
  243.                     !a->GetObject().IsSetDim() || a->GetObject().GetDim() != 2 ||
  244.                     (!a->GetObject().GetSegs().IsDendiag() && !a->GetObject().GetSegs().IsDenseg())) {
  245.                     ERRORMSG("Warning - confused by alignment type");
  246.                     continue;
  247.                 }
  248.                 validAlignments.push_back(*a);
  249.             }
  250.         }
  252.         sequenceAlignments->clear();
  253.         if (validAlignments.size() == 0) {
  254.             ERRORMSG("Warning - no valid Seq-aligns present");
  255.             sequenceAlignments = NULL;
  256.         } else {
  257.             sequenceAlignments->push_back(CRef < CSeq_annot > (new CSeq_annot()));
  258.             // copy list of valid alignments only
  259.             sequenceAlignments->front()->SetData().SetAlign() = validAlignments;
  260.         }
  261.     }
  262. }
  264. bool ASNDataManager::ConvertMimeDataToCDD(const std::string& cddName)
  265. {
  266.     // if we have CDD data already, this is really easy
  267.     if (IsCDDInMime()) {
  268.         cddData.Reset(GetInternalCDDData());
  269.     }
  270.     else if (IsCDD()){
  271.         return true;    // nothing to do
  272.     }
  274.     // otherwise, splice together from mime data
  275.     else {
  276.         CRef < CCdd > cdd(new CCdd());
  277.         cdd->SetName(cddName);
  279.         // make up a local id
  280.         static int localID = 1;
  281.         CRef < CCdd_id > id(new CCdd_id());
  282.         cdd->SetId().Set().push_back(id);
  283.         CNcbiOstrstream oss;
  284.         oss << "loc" << localID++ << '';
  285.         auto_ptr<char> accession(oss.str());
  286.         id->SetGid().SetAccession(accession.get());
  288.         // fill in data
  289.         if (!seqEntryList) {
  290.             ERRORMSG("can't find sequences to put into new Cdd");
  291.             return false;
  292.         }
  293.         cdd->SetSequences().SetSet().SetSeq_set() = *seqEntryList;
  294.         if (!sequenceAlignments) {
  295.             ERRORMSG("can't find sequence alignments to put into new Cdd");
  296.             return false;
  297.         }
  298.         cdd->SetSeqannot() = *sequenceAlignments;
  299.         if (structureAlignments)
  300.             cdd->SetFeatures(*structureAlignments);
  301.         if (cddUpdates)
  302.             cdd->SetPending() = *cddUpdates;
  303.         if (bundleImportsFaked.size() > 0)
  304.             cdd->SetPending().splice(cdd->SetPending().end(), bundleImportsFaked);
  306.         cddData.Reset(cdd.GetPointer());
  307.     }
  309.     mimeData.Reset();
  310.     Load();
  311.     return true;
  312. }
  314. ASNDataManager::SeqAnnotList * ASNDataManager::GetOrCreateSequenceAlignments(void)
  315. {
  316.     // if necessary, convert mime data into general type that has a place for alignments
  317.     if (!sequenceAlignments && mimeData.NotEmpty() && !mimeData->IsGeneral())
  318.         ConvertMimeToGeneral();
  320.     if (!sequenceAlignments && mimeData.NotEmpty() && mimeData->IsGeneral() &&
  321.             mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsBundle())
  322.         sequenceAlignments =
  323.             &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().SetSeqaligns());
  324.     return sequenceAlignments;
  325. }
  327. const CCn3d_style_dictionary * ASNDataManager::GetStyleDictionary(void) const
  328. {
  329.     if (mimeData.NotEmpty()) {
  330.         if (mimeData->IsAlignstruc() && mimeData->GetAlignstruc().IsSetStyle_dictionary())
  331.             return &(mimeData->GetAlignstruc().GetStyle_dictionary());
  332.         else if (mimeData->IsAlignseq() && mimeData->GetAlignseq().IsSetStyle_dictionary())
  333.             return &(mimeData->GetAlignseq().GetStyle_dictionary());
  334.         else if (mimeData->IsStrucseq() && mimeData->GetStrucseq().IsSetStyle_dictionary())
  335.             return &(mimeData->GetStrucseq().GetStyle_dictionary());
  336.         else if (mimeData->IsStrucseqs() && mimeData->GetStrucseqs().IsSetStyle_dictionary())
  337.             return &(mimeData->GetStrucseqs().GetStyle_dictionary());
  338.         else if (mimeData->IsGeneral()) {
  339.             if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsBundle() &&
  340.                 mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetBundle().IsSetStyle_dictionary())
  341.                 return &(mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetBundle().GetStyle_dictionary());
  342.             else if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsCdd() &&
  343.                      mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetCdd().IsSetStyle_dictionary())
  344.                 return &(mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetCdd().GetStyle_dictionary());
  345.         }
  346.     } else if (cddData->IsSetStyle_dictionary())
  347.         return &(cddData->GetStyle_dictionary());
  349.     return NULL;
  350. }
  352. void ASNDataManager::SetStyleDictionary(ncbi::objects::CCn3d_style_dictionary& styles)
  353. {
  354.     if (mimeData.NotEmpty()) {
  355.         if (mimeData->IsAlignstruc()) mimeData->SetAlignstruc().SetStyle_dictionary(styles);
  356.         else if (mimeData->IsAlignseq()) mimeData->SetAlignseq().SetStyle_dictionary(styles);
  357.         else if (mimeData->IsStrucseq()) mimeData->SetStrucseq().SetStyle_dictionary(styles);
  358.         else if (mimeData->IsStrucseqs()) mimeData->SetStrucseqs().SetStyle_dictionary(styles);
  359.         else if (mimeData->IsGeneral()) {
  360.             if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsBundle())
  361.                 mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().SetStyle_dictionary(styles);
  362.             else
  363.                 mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd().SetStyle_dictionary(styles);
  364.         }
  365.     } else
  366.         cddData->SetStyle_dictionary(styles);
  367. }
  369. void ASNDataManager::RemoveStyleDictionary(void)
  370. {
  371.     if (mimeData.NotEmpty()) {
  372.         if (mimeData->IsAlignstruc()) mimeData->SetAlignstruc().ResetStyle_dictionary();
  373.         else if (mimeData->IsAlignseq()) mimeData->SetAlignseq().ResetStyle_dictionary();
  374.         else if (mimeData->IsStrucseq()) mimeData->SetStrucseq().ResetStyle_dictionary();
  375.         else if (mimeData->IsStrucseqs()) mimeData->SetStrucseqs().ResetStyle_dictionary();
  376.         else if (mimeData->IsGeneral()) {
  377.             if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsBundle())
  378.                 mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().ResetStyle_dictionary();
  379.             else
  380.                 mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd().ResetStyle_dictionary();
  381.         }
  382.     } else
  383.         cddData->ResetStyle_dictionary();
  384. }
  386. const CCn3d_user_annotations * ASNDataManager::GetUserAnnotations(void) const
  387. {
  388.     if (mimeData.NotEmpty()) {
  389.         if (mimeData->IsAlignstruc() && mimeData->GetAlignstruc().IsSetUser_annotations())
  390.             return &(mimeData->GetAlignstruc().GetUser_annotations());
  391.         else if (mimeData->IsAlignseq() && mimeData->GetAlignseq().IsSetUser_annotations())
  392.             return &(mimeData->GetAlignseq().GetUser_annotations());
  393.         else if (mimeData->IsStrucseq() && mimeData->GetStrucseq().IsSetUser_annotations())
  394.             return &(mimeData->GetStrucseq().GetUser_annotations());
  395.         else if (mimeData->IsStrucseqs() && mimeData->GetStrucseqs().IsSetUser_annotations())
  396.             return &(mimeData->GetStrucseqs().GetUser_annotations());
  397.         else if (mimeData->IsGeneral()) {
  398.             if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsBundle() &&
  399.                 mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetBundle().IsSetUser_annotations())
  400.                 return &(mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetBundle().GetUser_annotations());
  401.             else if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsCdd() &&
  402.                      mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetCdd().IsSetUser_annotations())
  403.                 return &(mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetCdd().GetUser_annotations());
  404.         }
  405.     } else if (cddData->IsSetUser_annotations())
  406.         return &(cddData->GetUser_annotations());
  408.     return NULL;
  409. }
  411. void ASNDataManager::SetUserAnnotations(ncbi::objects::CCn3d_user_annotations& annots)
  412. {
  413.     if (mimeData.NotEmpty()) {
  414.         if (mimeData->IsAlignstruc()) mimeData->SetAlignstruc().SetUser_annotations(annots);
  415.         else if (mimeData->IsAlignseq()) mimeData->SetAlignseq().SetUser_annotations(annots);
  416.         else if (mimeData->IsStrucseq()) mimeData->SetStrucseq().SetUser_annotations(annots);
  417.         else if (mimeData->IsStrucseqs()) mimeData->SetStrucseqs().SetUser_annotations(annots);
  418.         else if (mimeData->IsGeneral()) {
  419.             if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsBundle())
  420.                 mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().SetUser_annotations(annots);
  421.             else
  422.                 mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd().SetUser_annotations(annots);
  423.         }
  424.     } else
  425.         cddData->SetUser_annotations(annots);
  426. }
  428. void ASNDataManager::RemoveUserAnnotations(void)
  429. {
  430.     if (mimeData.NotEmpty()) {
  431.         if (mimeData->IsAlignstruc()) mimeData->SetAlignstruc().ResetUser_annotations();
  432.         else if (mimeData->IsAlignseq()) mimeData->SetAlignseq().ResetUser_annotations();
  433.         else if (mimeData->IsStrucseq()) mimeData->SetStrucseq().ResetUser_annotations();
  434.         else if (mimeData->IsStrucseqs()) mimeData->SetStrucseqs().ResetUser_annotations();
  435.         else if (mimeData->IsGeneral()) {
  436.             if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsBundle())
  437.                 mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().ResetUser_annotations();
  438.             else
  439.                 mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd().ResetUser_annotations();
  440.         }
  441.     } else
  442.         cddData->ResetUser_annotations();
  443. }
  445. void ASNDataManager::SetStructureAlignments(ncbi::objects::CBiostruc_annot_set *strucAligns)
  446. {
  447.     if (mimeData.NotEmpty() && mimeData->IsGeneral() && mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsBundle()) {
  448.         if (strucAligns)
  449.             mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().SetStrucaligns(*strucAligns);
  450.         else
  451.             mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().ResetStrucaligns();
  452.     } else if (GetInternalCDDData()) {
  453.         if (strucAligns)
  454.             GetInternalCDDData()->SetFeatures(*strucAligns);
  455.         else
  456.             GetInternalCDDData()->ResetFeatures();
  457.     } else
  458.         ERRORMSG("ASNDataManager::SetStructureAlignments() - can't add to this data type");
  459.     structureAlignments = strucAligns;
  460. }
  462. bool ASNDataManager::AddBiostrucToASN(ncbi::objects::CBiostruc *biostruc)
  463. {
  464.     // if can't store add'l Biostrucs currently, try to convert to general mime if possible
  465.     if (!biostrucList && mimeData.NotEmpty() && !mimeData->IsGeneral())
  466.         ConvertMimeToGeneral();
  468.     // add structure to list if there is one
  469.     if (biostrucList) {
  470.         biostrucList->push_back(CRef<CBiostruc>(biostruc));
  471.         return true;
  472.     }
  474.     // if this is a CDD, we never store Biostrucs; but return true to pretend success
  475.     if (IsCDD()) return true;
  477.     return false;
  478. }
  480. bool ASNDataManager::ConvertMimeToGeneral(void)
  481. {
  482.     if (mimeData.Empty() || mimeData->IsGeneral()) {
  483.         ERRORMSG("ASNDataManager::ConvertMimeToGeneral() - can't convert to general mime type");
  484.         return false;
  485.     }
  487.     CNcbi_mime_asn1 *newMime = new CNcbi_mime_asn1();
  489.     // copy structures
  490.     if (biostrucList)
  491.         newMime->SetGeneral().SetStructures() = *biostrucList; // copy list
  492.     if (masterBiostruc) {
  493.         newMime->SetGeneral().SetStructures().push_front(CRef<CBiostruc>(masterBiostruc));
  494.         masterBiostruc = NULL;
  495.     }
  496.     biostrucList = (newMime->GetGeneral().GetStructures().size() > 0) ?
  497.         &(newMime->SetGeneral().SetStructures()) : NULL;
  499.     // copy alignment data into bundle
  500.     CBundle_seqs_aligns *bundle = new CBundle_seqs_aligns();
  501.     newMime->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle(*bundle);
  502.     if (seqEntryList) {
  503.         bundle->SetSequences() = *seqEntryList;
  504.         seqEntryList = &(bundle->SetSequences());
  505.     }
  506.     if (structureAlignments)
  507.         bundle->SetStrucaligns(*structureAlignments);
  508.     if (sequenceAlignments) {
  509.         bundle->SetSeqaligns() = *sequenceAlignments;
  510.         sequenceAlignments = &(bundle->SetSeqaligns());
  511.     }
  513.     // install new root mime structure
  514.     mimeData.Reset(newMime);
  515.     SetDataChanged(StructureSet::eOtherData);
  516.     return true;
  517. }
  519. void ASNDataManager::ReplaceUpdates(UpdateAlignList& newUpdates)
  520. {
  521.     // if necessary, convert mime data into general type that has a place for imports
  522.     if (mimeData.NotEmpty() && !mimeData->IsGeneral() && newUpdates.size() > 0)
  523.         ConvertMimeToGeneral();
  525.     // store new updates in asn data
  526.     if (mimeData.NotEmpty() && mimeData->IsGeneral()) {
  527.         if (mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsCdd()) {
  528.             cddUpdates = &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd().SetPending());
  529.             *cddUpdates = newUpdates;
  530.         } else {
  531.             bundleImportsFaked = newUpdates;
  532.             // convert to plain imports to store in mime data (some data loss...)
  533.             bundleImports = &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetBundle().SetImports());
  534.             bundleImports->clear();
  535.             UpdateAlignList::iterator u, ue = newUpdates.end();
  536.             for (u=newUpdates.begin(); u!=ue; ++u)
  537.                 if ((*u)->IsSetSeqannot())
  538.                     bundleImports->push_back(CRef < CSeq_annot > (&((*u)->SetSeqannot())));
  539.         }
  540.     } else if (cddData.NotEmpty()) {
  541.         cddUpdates = &(cddData->SetPending());
  542.         *cddUpdates = newUpdates;
  543.     } else if (newUpdates.size() > 0)
  544.         ERRORMSG("ASNDataManager::ReplaceUpdates() - can't put updates in this data type");
  546.     SetDataChanged(StructureSet::eUpdateData);
  547. }
  549. void ASNDataManager::RemoveUnusedSequences(const AlignmentSet *alignmentSet,
  550.     const SequenceList& updateSequences)
  551. {
  552.     if (!alignmentSet) return; // don't do this for single structures
  554.     if (!seqEntryList) {
  555.         ERRORMSG("ASNDataManager::RemoveUnusedSequences() - can't find sequence list");
  556.         return;
  557.     }
  559.     // update the asn sequences, keeping only those used in the multiple alignment and updates
  560.     seqEntryList->clear();
  561.     map < const MoleculeIdentifier *, bool > usedSeqs;
  562.     int nStructuredSlaves = 0;
  564. // macro to add the sequence to the list if not already present
  565. #define CONDITIONAL_ADD_SEQENTRY(seq) do { 
  566.     if (usedSeqs.find((seq)->identifier) == usedSeqs.end()) { 
  567.         seqEntryList->resize(seqEntryList->size() + 1); 
  568.         seqEntryList->back().Reset(new CSeq_entry); 
  569.         seqEntryList->back().GetObject().SetSeq((const_cast<Sequence*>(seq))->bioseqASN.GetObject()); 
  570.         usedSeqs[(seq)->identifier] = true; 
  571.     } } while (0)
  573.     // always add master first
  574.     CONDITIONAL_ADD_SEQENTRY(alignmentSet->master);
  575.     // add from alignmentSet slaves
  576.     AlignmentSet::AlignmentList::const_iterator a, ae = alignmentSet->alignments.end();
  577.     for (a=alignmentSet->alignments.begin(); a!=ae; ++a) {
  578.         CONDITIONAL_ADD_SEQENTRY((*a)->slave);
  579.         if ((*a)->slave->molecule) ++nStructuredSlaves;
  580.     }
  582.     // add from updates
  583.     SequenceList::const_iterator s, se = updateSequences.end();
  584.     for (s=updateSequences.begin(); s!=se; ++s)
  585.         CONDITIONAL_ADD_SEQENTRY((*s));
  587.     SetDataChanged(StructureSet::eSequenceData);
  589.     // warn user if # structured slaves != # structure alignments
  590. //    if (structureAlignments && nStructuredSlaves !=
  591. //            structureAlignments->GetFeatures().front().GetObject().GetFeatures().size())
  592. //        ERRORMSG("Warning: Structure alignment list does not contain one alignment per "
  593. //            "structured sequence!nYou should recompute structure alignments before saving "
  594. //            "in order to sync the lists.");
  595. }
  597. bool ASNDataManager::WriteDataToFile(const char *filename, bool isBinary,
  598.     string *err, ncbi::EFixNonPrint fixNonPrint) const
  599. {
  600.     if (mimeData.NotEmpty())
  601.         return WriteASNToFile(filename, mimeData.GetObject(), isBinary, err, fixNonPrint);
  602.     else
  603.         return WriteASNToFile(filename, cddData.GetObject(), isBinary, err, fixNonPrint);
  604. }
  606. ncbi::objects::CCdd * ASNDataManager::GetInternalCDDData(void)
  607. {
  608.     if (cddData.NotEmpty()) return cddData.GetPointer();
  609.     else if (mimeData.NotEmpty() && mimeData->IsGeneral() &&
  610.              mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsCdd())
  611.         return &(mimeData->SetGeneral().SetSeq_align_data().SetCdd());
  612.     else
  613.         return NULL;
  614. }
  616. const ncbi::objects::CCdd * ASNDataManager::GetInternalCDDData(void) const
  617. {
  618.     if (cddData.NotEmpty()) return cddData.GetPointer();
  619.     else if (mimeData.NotEmpty() && mimeData->IsGeneral() &&
  620.              mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().IsCdd())
  621.         return &(mimeData->GetGeneral().GetSeq_align_data().GetCdd());
  622.     else
  623.         return NULL;
  624. }
  626. bool ASNDataManager::IsCDD(void) const
  627. {
  628.     return (GetInternalCDDData() != NULL);
  629. }
  631. bool ASNDataManager::IsCDDInMime(void) const
  632. {
  633.     return (GetInternalCDDData() != NULL && mimeData.NotEmpty());
  634. }
  636. const string& ASNDataManager::GetCDDName(void) const
  637. {
  638.     static const string empty = "";
  639.     const CCdd *cdd = GetInternalCDDData();
  640.     if (cdd)
  641.         return cdd->GetName();
  642.     else
  643.         return empty;
  644. }
  646. bool ASNDataManager::SetCDDName(const string& name)
  647. {
  648.     CCdd *cdd = GetInternalCDDData();
  649.     if (!cdd || name.size() == 0) return false;
  650.     cdd->SetName(name);
  651.     SetDataChanged(StructureSet::eCDDData);
  652.     return true;
  653. }
  655. const string& ASNDataManager::GetCDDDescription(void) const
  656. {
  657.     static const string empty = "";
  658.     const CCdd *cdd = GetInternalCDDData();
  659.     if (!cdd) return empty;
  661.     // find first 'comment' in Cdd-descr-set, assume this is the "long description"
  662.     if (!cdd->IsSetDescription() || cdd->GetDescription().Get().size() == 0) return empty;
  663.     CCdd_descr_set::Tdata::const_iterator d, de = cdd->GetDescription().Get().end();
  664.     for (d=cdd->GetDescription().Get().begin(); d!=de; ++d)
  665.         if ((*d)->IsComment())
  666.             return (*d)->GetComment();
  668.     return empty;
  669. }
  671. bool ASNDataManager::SetCDDDescription(const string& descr)
  672. {
  673.     CCdd *cdd = GetInternalCDDData();
  674.     if (!cdd || descr.size() == 0) return false;
  676.     if (cdd->IsSetDescription() && cdd->GetDescription().Get().size() >= 0) {
  677.         // find first 'comment' in Cdd-descr-set, assume this is the "long description"
  678.         CCdd_descr_set::Tdata::iterator d, de = cdd->SetDescription().Set().end();
  679.         for (d=cdd->SetDescription().Set().begin(); d!=de; ++d) {
  680.             if ((*d)->IsComment()) {
  681.                 if ((*d)->GetComment() != descr) {
  682.                     (*d)->SetComment(descr);
  683.                     SetDataChanged(StructureSet::eCDDData);
  684.                 }
  685.                 return true;
  686.             }
  687.         }
  688.     }
  690.     // add new comment if not yet present
  691.     CRef < CCdd_descr > comment(new CCdd_descr);
  692.     comment->SetComment(descr);
  693.     cdd->SetDescription().Set().push_front(comment);
  694.     SetDataChanged(StructureSet::eCDDData);
  695.     return true;
  696. }
  698. bool ASNDataManager::GetCDDNotes(TextLines *lines) const
  699. {
  700.     const CCdd *cdd = GetInternalCDDData();
  701.     if (!lines || !cdd) return false;
  702.     lines->clear();
  704.     if (!cdd->IsSetDescription() || cdd->GetDescription().Get().size() == 0)
  705.         return true;
  707.     // find scrapbook item
  708.     CCdd_descr_set::Tdata::const_iterator d, de = cdd->GetDescription().Get().end();
  709.     for (d=cdd->GetDescription().Get().begin(); d!=de; ++d) {
  710.         if ((*d)->IsScrapbook()) {
  712.             // fill out lines from scrapbook string list
  713.             lines->resize((*d)->GetScrapbook().size());
  714.             CCdd_descr::TScrapbook::const_iterator l, le = (*d)->GetScrapbook().end();
  715.             int i = 0;
  716.             for (l=(*d)->GetScrapbook().begin(); l!=le; ++l)
  717.                 (*lines)[i++] = *l;
  718.             return true;
  719.         }
  720.     }
  721.     return true;
  722. }
  724. bool ASNDataManager::SetCDDNotes(const TextLines& lines)
  725. {
  726.     CCdd *cdd = GetInternalCDDData();
  727.     if (!cdd) return false;
  729.     CCdd_descr::TScrapbook *scrapbook = NULL;
  731.     // find an existing scrapbook item
  732.     if (cdd->IsSetDescription()) {
  733.         CCdd_descr_set::Tdata::iterator d, de = cdd->SetDescription().Set().end();
  734.         for (d=cdd->SetDescription().Set().begin(); d!=de; ++d) {
  735.             if ((*d)->IsScrapbook()) {
  736.                 if (lines.size() == 0) {
  737.                     cdd->SetDescription().Set().erase(d);   // if empty, remove scrapbook item
  738.                     SetDataChanged(StructureSet::eCDDData);
  739.                     TRACEMSG("removed scrapbook");
  740.                 } else
  741.                     scrapbook = &((*d)->SetScrapbook());
  742.                 break;
  743.             }
  744.         }
  745.     }
  746.     if (lines.size() == 0) return true;
  748.     // create a scrapbook item if doesn't exist already
  749.     if (!scrapbook) {
  750.         CRef < CCdd_descr > descr(new CCdd_descr());
  751.         scrapbook = &(descr->SetScrapbook());
  752.         cdd->SetDescription().Set().push_back(descr);
  753.     }
  755.     // fill out scrapbook lines
  756.     scrapbook->clear();
  757.     for (int i=0; i<lines.size(); ++i)
  758.         scrapbook->push_back(lines[i]);
  759.     SetDataChanged(StructureSet::eCDDData);
  761.     return true;
  762. }
  764. ncbi::objects::CCdd_descr_set * ASNDataManager::GetCDDDescrSet(void)
  765. {
  766.     CCdd *cdd = GetInternalCDDData();
  767.     if (cdd) {
  768.         // make a new descr set if not present
  769.         if (!cdd->IsSetDescription()) {
  770.             CRef < CCdd_descr_set > ref(new CCdd_descr_set());
  771.             cdd->SetDescription(*ref);
  772.         }
  773.         return &(cdd->SetDescription());
  774.     } else
  775.         return NULL;
  776. }
  778. ncbi::objects::CAlign_annot_set * ASNDataManager::GetCDDAnnotSet(void)
  779. {
  780.     CCdd *cdd = GetInternalCDDData();
  781.     if (cdd) {
  782.         // make a new annot set if not present
  783.         if (!cdd->IsSetAlignannot()) {
  784. CRef < CAlign_annot_set > ref(new CAlign_annot_set());
  785.             cdd->SetAlignannot(*ref);
  786.         }
  787.         return &(cdd->SetAlignannot());
  788.     } else
  789.         return NULL;
  790. }
  792. const ncbi::objects::CSeq_id * ASNDataManager::GetCDDMaster3d(void) const
  793. {
  794.     const CCdd *cdd = GetInternalCDDData();
  795.     if (cdd && cdd->IsSetMaster3d())
  796.         return cdd->GetMaster3d().front().GetPointer(); // just return the first one...
  797.     else
  798.         return NULL;
  799. }
  801. void ASNDataManager::AddReject(ncbi::objects::CReject_id *reject)
  802. {
  803.     CCdd *cdd = GetInternalCDDData();
  804.     if (!cdd) return;
  806.     cdd->SetRejects().push_back(CRef < CReject_id > (reject));
  807.     dataChanged |= StructureSet::eCDDData;
  808. }
  810. const StructureSet::RejectList * ASNDataManager::GetRejects(void) const
  811. {
  812.     const CCdd *cdd = GetInternalCDDData();
  813.     if (!cdd || !cdd->IsSetRejects())
  814.         return NULL;
  815.     return &(cdd->GetRejects());
  816. }
  818. END_SCOPE(Cn3D)
  820. /*
  821. * ---------------------------------------------------------------------------
  822. * $Log: data_manager.cpp,v $
  823. * Revision 1000.2  2004/06/01 18:28:33  gouriano
  824. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.23
  825. *
  826. * Revision 1.23  2004/05/21 21:41:39  gorelenk
  827. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  828. *
  829. * Revision 1.22  2004/05/21 17:29:51  thiessen
  830. * allow conversion of mime to cdd data
  831. *
  832. * Revision 1.21  2004/03/15 18:25:36  thiessen
  833. * prefer prefix vs. postfix ++/-- operators
  834. *
  835. * Revision 1.20  2004/02/19 17:04:55  thiessen
  836. * remove cn3d/ from include paths; add pragma to disable annoying msvc warning
  837. *
  838. * Revision 1.19  2003/08/21 18:02:01  thiessen
  839. * change header order for Mac compilation
  840. *
  841. * Revision 1.18  2003/02/03 19:20:03  thiessen
  842. * format changes: move CVS Log to bottom of file, remove std:: from .cpp files, and use new diagnostic macros
  843. *
  844. * Revision 1.17  2003/01/27 15:52:22  thiessen
  845. * merge after highlighted row; show rejects; trim rejects from new reject list
  846. *
  847. * Revision 1.16  2002/11/22 19:48:14  thiessen
  848. * one more fix for const changes in objects API
  849. *
  850. * Revision 1.15  2002/11/19 21:19:44  thiessen
  851. * more const changes for objects; fix user vs default style bug
  852. *
  853. * Revision 1.14  2002/11/18 19:48:40  grichenk
  854. * Removed "const" from datatool-generated setters
  855. *
  856. * Revision 1.13  2002/11/06 00:18:10  thiessen
  857. * fixes for new CRef/const rules in objects
  858. *
  859. * Revision 1.12  2002/10/27 22:23:51  thiessen
  860. * save structure alignments from vastalign.cgi imports
  861. *
  862. * Revision 1.11  2002/07/03 13:39:39  thiessen
  863. * fix for redundant sequence removal
  864. *
  865. * Revision 1.10  2002/06/05 17:50:08  thiessen
  866. * title tweaks
  867. *
  868. * Revision 1.9  2002/03/19 18:47:58  thiessen
  869. * small bug fixes; remember PSSM weight
  870. *
  871. * Revision 1.8  2002/02/27 16:29:41  thiessen
  872. * add model type flag to general mime type
  873. *
  874. * Revision 1.7  2002/02/19 14:59:39  thiessen
  875. * add CDD reject and purge sequence
  876. *
  877. * Revision 1.6  2002/02/12 17:19:21  thiessen
  878. * first working structure import
  879. *
  880. * Revision 1.5  2002/01/19 02:34:40  thiessen
  881. * fixes for changes in asn serialization API
  882. *
  883. * Revision 1.4  2001/12/15 03:15:59  thiessen
  884. * adjustments for slightly changed object loader Set...() API
  885. *
  886. * Revision 1.3  2001/12/06 23:13:45  thiessen
  887. * finish import/align new sequences into single-structure data; many small tweaks
  888. *
  889. * Revision 1.2  2001/11/30 14:02:05  thiessen
  890. * progress on sequence imports to single structures
  891. *
  892. * Revision 1.1  2001/11/27 16:26:08  thiessen
  893. * major update to data management system
  894. *
  895. */