开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
sequence_viewer_window.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：25k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

sequence_viewer_window.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: sequence_viewer_window.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:29:17  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.54
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: sequence_viewer_window.cpp,v 1000.2 2004/06/01 18:29:17 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Authors:  Paul Thiessen
  36. *
  37. * File Description:
  38. *      implementation of GUI part of main sequence/alignment viewer
  39. *
  40. * ===========================================================================
  41. */
  43. #ifdef _MSC_VER
  44. #pragma warning(disable:4018)   // disable signed/unsigned mismatch warning in MSVC
  45. #endif
  47. #include <ncbi_pch.hpp>
  48. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  50. #ifdef __WXMSW__
  51. #include <windows.h>
  52. #include <wx/msw/winundef.h>
  53. #endif
  54. #include <wx/wx.h>
  56. #include "taxonomy_tree.hpp"
  57. #include "sequence_viewer_window.hpp"
  58. #include "sequence_viewer.hpp"
  59. #include "alignment_manager.hpp"
  60. #include "sequence_set.hpp"
  61. #include "show_hide_dialog.hpp"
  62. #include "sequence_display.hpp"
  63. #include "messenger.hpp"
  64. #include "wx_tools.hpp"
  65. #include "molecule_identifier.hpp"
  66. #include "cn3d_tools.hpp"
  67. #include "cn3d_blast.hpp"
  69. USING_NCBI_SCOPE;
  72. BEGIN_SCOPE(Cn3D)
  74. static double prevPSSMWeight = -1.0;    // so scoring dialog remembers prev value
  76. BEGIN_EVENT_TABLE(SequenceViewerWindow, wxFrame)
  77.     INCLUDE_VIEWER_WINDOW_BASE_EVENTS
  78.     EVT_CLOSE     (                                     SequenceViewerWindow::OnCloseWindow)
  79.     EVT_MENU      (MID_SHOW_HIDE_ROWS,                  SequenceViewerWindow::OnShowHideRows)
  80.     EVT_MENU      (MID_DELETE_ROW,                      SequenceViewerWindow::OnDeleteRow)
  81.     EVT_MENU      (MID_MOVE_ROW,                        SequenceViewerWindow::OnMoveRow)
  82.     EVT_MENU      (MID_SHOW_UPDATES,                    SequenceViewerWindow::OnShowUpdates)
  83.     EVT_MENU_RANGE(MID_REALIGN_ROW, MID_REALIGN_ROWS,   SequenceViewerWindow::OnRealign)
  84.     EVT_MENU_RANGE(MID_SORT_IDENT, MID_PROXIMITY_SORT,  SequenceViewerWindow::OnSort)
  85.     EVT_MENU      (MID_SCORE_THREADER,                  SequenceViewerWindow::OnScoreThreader)
  86.     EVT_MENU_RANGE(MID_MARK_BLOCK, MID_CLEAR_MARKS,     SequenceViewerWindow::OnMarkBlock)
  87.     EVT_MENU_RANGE(MID_EXPORT_FASTA, MID_EXPORT_HTML,   SequenceViewerWindow::OnExport)
  88.     EVT_MENU      (MID_SELF_HIT,                        SequenceViewerWindow::OnSelfHit)
  89.     EVT_MENU_RANGE(MID_TAXONOMY_FULL, MID_TAXONOMY_ABBR,    SequenceViewerWindow::OnTaxonomy)
  90.     EVT_MENU      (MID_HIGHLIGHT_BLOCKS,                SequenceViewerWindow::OnHighlightBlocks)
  91. END_EVENT_TABLE()
  93. SequenceViewerWindow::SequenceViewerWindow(SequenceViewer *parentSequenceViewer) :
  94.     ViewerWindowBase(parentSequenceViewer, wxPoint(0,500), wxSize(1000,200)),
  95.     sequenceViewer(parentSequenceViewer), taxonomyTree(NULL)
  96. {
  97.     SetWindowTitle();
  99.     viewMenu->Append(MID_SHOW_HIDE_ROWS, "Show/Hide &Rows");
  100.     viewMenu->Append(MID_SCORE_THREADER, "Show PSSM+Contact &Scores");
  101.     viewMenu->Append(MID_SELF_HIT, "Show Se&lf-Hits");
  102.     wxMenu *subMenu = new wxMenu;
  103.     subMenu->Append(MID_EXPORT_FASTA, "&FASTA");
  104.     subMenu->Append(MID_EXPORT_A2M, "&A2M FASTA");
  105.     subMenu->Append(MID_EXPORT_TEXT, "&Text");
  106.     subMenu->Append(MID_EXPORT_HTML, "&HTML");
  107.     viewMenu->Append(MID_EXPORT, "&Export...", subMenu);
  108.     subMenu = new wxMenu;
  109.     subMenu->Append(MID_TAXONOMY_FULL, "&Full");
  110.     subMenu->Append(MID_TAXONOMY_ABBR, "&Abbreviated");
  111.     viewMenu->Append(MID_TAXONOMY, "Show Ta&xonomy...", subMenu);
  112.     viewMenu->Append(MID_HIGHLIGHT_BLOCKS, "&Highlight blocks");
  114.     editMenu->AppendSeparator();
  115.     subMenu = new wxMenu;
  116.     subMenu->Append(MID_SORT_IDENT, "By &Identifier");
  117.     subMenu->Append(MID_SORT_THREADER, "By &Score");
  118.     subMenu->Append(MID_FLOAT_PDBS, "Float &PDBs");
  119.     subMenu->Append(MID_FLOAT_HIGHLIGHTS, "Float Hi&ghlights");
  120.     subMenu->Append(MID_FLOAT_G_V, "Float &Geometry Violations");
  121.     subMenu->Append(MID_SORT_SELF_HIT, "By Self-&Hit");
  122.     subMenu->Append(MID_PROXIMITY_SORT, "&Proximity Sort", "", true);
  123.     editMenu->Append(MID_SORT_ROWS, "Sort &Rows...", subMenu);
  124.     editMenu->Append(MID_DELETE_ROW, "De&lete Row", "", true);
  126.     mouseModeMenu->Append(MID_MOVE_ROW, "&Move Row", "", true);
  128.     updateMenu = new wxMenu;
  129.     updateMenu->Append(MID_SHOW_UPDATES, "&Show Imports");
  130.     updateMenu->AppendSeparator();
  131.     updateMenu->Append(MID_REALIGN_ROW, "Realign &Individual Rows", "", true);
  132.     updateMenu->Append(MID_REALIGN_ROWS, "Realign Rows from &List");
  133.     updateMenu->AppendSeparator();
  134.     updateMenu->Append(MID_MARK_BLOCK, "Mark &Block", "", true);
  135.     updateMenu->Append(MID_CLEAR_MARKS, "&Clear Marks");
  136.     menuBar->Append(updateMenu, "&Imports");
  138.     EnableDerivedEditorMenuItems(false);
  140.     SetMenuBar(menuBar);
  141. }
  143. SequenceViewerWindow::~SequenceViewerWindow(void)
  144. {
  145.     if (taxonomyTree) delete taxonomyTree;
  146. }
  148. void SequenceViewerWindow::OnCloseWindow(wxCloseEvent& event)
  149. {
  150.     if (viewer) {
  151.         if (event.CanVeto()) {
  152.             Show(false);    // just hide the window if we can
  153.             event.Veto();
  154.             return;
  155.         }
  156.         SaveDialog(true, false);
  157.         viewer->RemoveBlockBoundaryRows();
  158.         viewer->GUIDestroyed(); // make sure SequenceViewer knows the GUI is gone
  159.         GlobalMessenger()->UnPostRedrawSequenceViewer(viewer);  // don't try to redraw after destroyed!
  160.     }
  161.     Destroy();
  162. }
  164. void SequenceViewerWindow::SetWindowTitle(void)
  165. {
  166.     SetTitle(wxString(GetWorkingTitle().c_str()) + " - Sequence/Alignment Viewer");
  167. }
  169. void SequenceViewerWindow::EnableDerivedEditorMenuItems(bool enabled)
  170. {
  171.     if (menuBar->FindItem(MID_SHOW_HIDE_ROWS)) {
  172.         bool editable = (sequenceViewer->GetCurrentDisplay() &&
  173.             sequenceViewer->GetCurrentDisplay()->IsEditable());
  174.         if (editable)
  175.             menuBar->Enable(MID_SHOW_HIDE_ROWS, !enabled);  // can't show/hide when editor is on
  176.         else
  177.             menuBar->Enable(MID_SHOW_HIDE_ROWS, false);     // can't show/hide in non-alignment display
  178.         menuBar->Enable(MID_DELETE_ROW, enabled);           // can only delete row when editor is on
  179.         menuBar->Enable(MID_SORT_ROWS, enabled);
  180.         menuBar->Enable(MID_MOVE_ROW, enabled);             // can only move row when editor is on
  181.         menuBar->Enable(MID_REALIGN_ROW, enabled);          // can only realign rows when editor is on
  182.         menuBar->Enable(MID_REALIGN_ROWS, enabled);         // can only realign rows when editor is on
  183.         menuBar->Enable(MID_MARK_BLOCK, enabled);
  184.         menuBar->Enable(MID_CLEAR_MARKS, enabled);
  185.         menuBar->Enable(MID_SELF_HIT, editable);
  186.         menuBar->Enable(MID_TAXONOMY, editable);
  187.         menuBar->Enable(MID_SCORE_THREADER, editable);
  188.         menuBar->Enable(MID_HIGHLIGHT_BLOCKS, editable);
  189.         if (!enabled) CancelDerivedSpecialModesExcept(-1);
  190.     }
  191. }
  193. void SequenceViewerWindow::OnDeleteRow(wxCommandEvent& event)
  194. {
  195.     if (event.GetId() == MID_DELETE_ROW) {
  196.         CancelAllSpecialModesExcept(MID_DELETE_ROW);
  197.         if (DoDeleteRow())
  198.             SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  199.         else
  200.             DeleteRowOff();
  201.     }
  202. }
  204. void SequenceViewerWindow::OnMoveRow(wxCommandEvent& event)
  205. {
  206.     OnMouseMode(event); // set checks via base class
  207.     viewerWidget->SetMouseMode(SequenceViewerWidget::eDragVertical);
  208. }
  210. bool SequenceViewerWindow::RequestEditorEnable(bool enable)
  211. {
  212.     // turn on editor
  213.     if (enable) {
  214.         return QueryShowAllRows();
  215.     }
  217.     // turn off editor
  218.     else {
  219.         return SaveDialog(true, true);
  220.     }
  221. }
  223. bool SequenceViewerWindow::SaveDialog(bool prompt, bool canCancel)
  224. {
  225.     static bool overrideCanCancel = false, prevPrompt, prevCanCancel;
  226.     if (overrideCanCancel) {
  227.         prompt = prevPrompt;
  228.         canCancel = prevCanCancel;
  229.         overrideCanCancel = false;
  230.     }
  232.     // if editor is checked on, then this save command was initiated outside the menu;
  233.     // if so, then need to turn off editor pretending it was done from 'enable editor' menu item
  234.     if (menuBar->IsChecked(MID_ENABLE_EDIT)) {
  235.         overrideCanCancel = true;
  236.         prevPrompt = prompt;
  237.         prevCanCancel = canCancel;
  238.         Command(MID_ENABLE_EDIT);
  239.         return true;
  240.     }
  242.     // quick & dirty check for whether save is necessary, by whether Undo is enabled
  243.     if (!menuBar->IsEnabled(MID_UNDO)) {
  244.         viewer->KeepCurrent();  // remove any unnecessary copy from stack
  245.         return true;
  246.     }
  248.     int option = wxID_YES;
  250.     if (prompt) {
  251.         option = wxYES_NO | wxYES_DEFAULT | wxICON_EXCLAMATION | wxCENTRE;
  252.         if (canCancel) option |= wxCANCEL;
  254.         wxMessageDialog dialog(NULL, "Do you want to keep the changes to this alignment?", "", option);
  255.         option = dialog.ShowModal();
  257.         if (option == wxID_CANCEL) return false; // user cancelled this operation
  258.     }
  260.     if (option == wxID_YES) {
  261.         sequenceViewer->SaveAlignment();    // save data
  262.     } else {
  263.         sequenceViewer->Revert();  // revert to original
  264. UpdateDisplay(sequenceViewer->GetCurrentDisplay());
  265. }
  267.     return true;
  268. }
  270. void SequenceViewerWindow::OnShowHideRows(wxCommandEvent& event)
  271. {
  272.     vector < const Sequence * > slaveSequences;
  273.     sequenceViewer->alignmentManager->GetAlignmentSetSlaveSequences(&slaveSequences);
  274.     wxString *titleStrs = new wxString[slaveSequences.size()];
  275.     for (int i=0; i<slaveSequences.size(); ++i)
  276.         titleStrs[i] = slaveSequences[i]->identifier->ToString().c_str();
  278.     vector < bool > visibilities;
  279.     sequenceViewer->alignmentManager->GetAlignmentSetSlaveVisibilities(&visibilities);
  281.     wxString title = "Show/Hide Slaves of ";
  282.     title.Append(sequenceViewer->alignmentManager->GetCurrentMultipleAlignment()->GetMaster()->identifier->ToString().c_str());
  283.     ShowHideDialog dialog(
  284.         titleStrs, &visibilities, sequenceViewer->alignmentManager, true,
  285.         this, -1, title, wxPoint(250, 50));
  286.     dialog.ShowModal();
  287.     //delete titleStrs;    // apparently deleted by wxWindows
  288. }
  290. bool SequenceViewerWindow::QueryShowAllRows(void)
  291. {
  292.     vector < bool > visibilities;
  293.     sequenceViewer->alignmentManager->GetAlignmentSetSlaveVisibilities(&visibilities);
  295.     int i;
  296.     for (i=0; i<visibilities.size(); ++i) if (!visibilities[i]) break;
  297.     if (i == visibilities.size()) return true;  // we're okay if all rows already visible
  299.     // if some rows hidden, ask user whether to show all rows, or cancel
  300.     wxMessageDialog query(NULL,
  301.         "This operation requires all alignment rows to be visible. Do you wish to show all rows now?",
  302.         "Query", wxOK | wxCANCEL | wxCENTRE | wxICON_QUESTION);
  304.     if (query.ShowModal() == wxID_CANCEL) return false;   // user cancelled
  306.     // show all rows
  307.     for (i=0; i<visibilities.size(); ++i) visibilities[i] = true;
  308.     sequenceViewer->alignmentManager->ShowHideCallbackFunction(visibilities);
  309.     return true;
  310. }
  312. // process events from the realign menu
  313. void SequenceViewerWindow::OnShowUpdates(wxCommandEvent& event)
  314. {
  315.     sequenceViewer->alignmentManager->ShowUpdateWindow();
  316. }
  318. void SequenceViewerWindow::OnRealign(wxCommandEvent& event)
  319. {
  320.     // setup one-at-a-time row realignment
  321.     if (event.GetId() == MID_REALIGN_ROW) {
  322.         CancelAllSpecialModesExcept(MID_REALIGN_ROW);
  323.         if (DoRealignRow())
  324.             SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  325.         else
  326.             RealignRowOff();
  327.         return;
  328.     }
  330.     // bring up selection dialog for realigning multiple rows
  331.     if (sequenceViewer->GetCurrentAlignments().size() == 0) {
  332.         ERRORMSG("SequenceViewerWindow::OnRealign() - no alignment!");
  333.         return;
  334.     }
  335.     BlockMultipleAlignment *alignment = sequenceViewer->GetCurrentAlignments().front();
  337.     // get titles of current slave display rows (*not* rows from the AlignmentSet!)
  338.     SequenceDisplay::SequenceList sequences;
  339.     sequenceViewer->GetCurrentDisplay()->GetSequences(alignment, &sequences);
  340.     wxString *titleStrs = new wxString[sequences.size() - 1];
  341.     int i;
  342.     for (i=1; i<sequences.size(); ++i)  // assuming master is first sequence
  343.         titleStrs[i - 1] = sequences[i]->identifier->ToString().c_str();
  345.     vector < bool > selectedSlaves(sequences.size() - 1, false);
  347.     wxString title = "Realign Slaves of ";
  348.     title.Append(alignment->GetMaster()->identifier->ToString().c_str());
  349.     ShowHideDialog dialog(
  350.         titleStrs, &selectedSlaves,
  351.         NULL,   // no "apply" button or callback
  352.         true, this, -1, title, wxPoint(200, 100));
  353.     dialog.ShowModal();
  355.     // make list of slave rows to be realigned
  356.     vector < int > rowOrder, realignSlaves;
  357.     sequenceViewer->GetCurrentDisplay()->GetRowOrder(alignment, &rowOrder);
  358.     for (i=0; i<selectedSlaves.size(); ++i)
  359.         if (selectedSlaves[i])
  360.             realignSlaves.push_back(rowOrder[i + 1]);
  362.     // do the realignment
  363.     if (realignSlaves.size() >= 0)
  364.         sequenceViewer->alignmentManager->RealignSlaveSequences(alignment, realignSlaves);
  365. }
  367. #define MASTER_HAS_STRUCTURE 
  368.     (sequenceViewer->alignmentManager != NULL && 
  369.      sequenceViewer->alignmentManager->GetCurrentMultipleAlignment() != NULL && 
  370.      sequenceViewer->alignmentManager->GetCurrentMultipleAlignment()->GetSequenceOfRow(0)->molecule != NULL)
  372. void SequenceViewerWindow::OnSort(wxCommandEvent& event)
  373. {
  374.     switch (event.GetId()) {
  375.         case MID_SORT_IDENT:
  376.             if (DoProximitySort()) ProximitySortOff();
  377.             sequenceViewer->GetCurrentDisplay()->SortRowsByIdentifier();
  378.             break;
  379.         case MID_SORT_THREADER:
  380.         {
  381.             if (DoProximitySort()) ProximitySortOff();
  382.             GetFloatingPointDialog fpDialog(NULL,
  383.                 "Weighting of PSSM/Contact score? ([0..1], 1 = PSSM only)", "Enter PSSM Weight",
  384.                 0.0, 1.0, 0.05, (MASTER_HAS_STRUCTURE ?
  385.                     ((prevPSSMWeight >= 0.0) ? prevPSSMWeight : 0.5) : 1.0));
  386.             if (fpDialog.ShowModal() == wxOK) {
  387.                 double weightPSSM = prevPSSMWeight = fpDialog.GetValue();
  388.                 SetCursor(*wxHOURGLASS_CURSOR);
  389.                 sequenceViewer->GetCurrentDisplay()->SortRowsByThreadingScore(weightPSSM);
  390.                 SetCursor(wxNullCursor);
  391.             }
  392.             break;
  393.         }
  394.         case MID_FLOAT_HIGHLIGHTS:
  395.             if (DoProximitySort()) ProximitySortOff();
  396.             sequenceViewer->GetCurrentDisplay()->FloatHighlightsToTop();
  397.             break;
  398.         case MID_FLOAT_PDBS:
  399.             if (DoProximitySort()) ProximitySortOff();
  400.             sequenceViewer->GetCurrentDisplay()->FloatPDBRowsToTop();
  401.             break;
  402.         case MID_FLOAT_G_V:
  403.             if (DoProximitySort()) ProximitySortOff();
  404.             sequenceViewer->GetCurrentDisplay()->FloatGVToTop();
  405.             break;
  406.         case MID_SORT_SELF_HIT:
  407.             if (DoProximitySort()) ProximitySortOff();
  408.             sequenceViewer->GetCurrentDisplay()->SortRowsBySelfHit();
  409.             break;
  410.         case MID_PROXIMITY_SORT:
  411.             CancelAllSpecialModesExcept(MID_PROXIMITY_SORT);
  412.             if (DoProximitySort())
  413.                 SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  414.             else
  415.                 ProximitySortOff();
  416.             break;
  417.     }
  418. }
  420. void SequenceViewerWindow::OnScoreThreader(wxCommandEvent& event)
  421. {
  422.     GetFloatingPointDialog fpDialog(NULL,
  423.         "Weighting of PSSM/Contact score? ([0..1], 1 = PSSM only)", "Enter PSSM Weight",
  424.         0.0, 1.0, 0.05, (MASTER_HAS_STRUCTURE ?
  425.             ((prevPSSMWeight >= 0.0) ? prevPSSMWeight : 0.5) : 1.0));
  426.     if (fpDialog.ShowModal() == wxOK) {
  427.         double weightPSSM = prevPSSMWeight = fpDialog.GetValue();
  428.         SetCursor(*wxHOURGLASS_CURSOR);
  429.         if (sequenceViewer->GetCurrentDisplay()->IsEditable())
  430.             sequenceViewer->GetCurrentDisplay()->CalculateRowScoresWithThreader(weightPSSM);
  431.         SetCursor(wxNullCursor);
  432.     }
  433. }
  435. void SequenceViewerWindow::OnMarkBlock(wxCommandEvent& event)
  436. {
  437.     switch (event.GetId()) {
  438.         case MID_MARK_BLOCK:
  439.             CancelAllSpecialModesExcept(MID_MARK_BLOCK);
  440.             if (DoMarkBlock())
  441.                 SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  442.             else
  443.                 MarkBlockOff();
  444.             break;
  445.         case MID_CLEAR_MARKS:
  446.             if (sequenceViewer->GetCurrentAlignments().size() > 0 &&
  447.                     sequenceViewer->GetCurrentAlignments().front()->ClearMarks())
  448.                 GlobalMessenger()->PostRedrawSequenceViewer(sequenceViewer);
  449.             break;
  450.     }
  451. }
  453. void SequenceViewerWindow::TurnOnEditor(void)
  454. {
  455.     if (!menuBar->IsChecked(MID_ENABLE_EDIT))
  456.         Command(SequenceViewerWindow::MID_ENABLE_EDIT);
  457. }
  459. void SequenceViewerWindow::OnExport(wxCommandEvent& event)
  460. {
  461.     SequenceViewer::eExportType type;
  462.     if (event.GetId() == MID_EXPORT_FASTA) type = SequenceViewer::asFASTA;
  463.     else if (event.GetId() == MID_EXPORT_A2M) type = SequenceViewer::asFASTAa2m;
  464.     else if (event.GetId() == MID_EXPORT_TEXT) type = SequenceViewer::asText;
  465.     else if (event.GetId() == MID_EXPORT_HTML) type = SequenceViewer::asHTML;
  466.     sequenceViewer->ExportAlignment(type);
  467. }
  469. void SequenceViewerWindow::OnSelfHit(wxCommandEvent& event)
  470. {
  471.     if (sequenceViewer->GetCurrentAlignments().size() > 0) {
  472.         const BlockMultipleAlignment *multiple = sequenceViewer->GetCurrentAlignments().front();
  473.         sequenceViewer->alignmentManager->blaster->CalculateSelfHitScores(multiple);
  474.     }
  475. }
  477. void SequenceViewerWindow::OnTaxonomy(wxCommandEvent& event)
  478. {
  479.     if (!taxonomyTree) taxonomyTree = new TaxonomyTree();
  480.     if (sequenceViewer->GetCurrentAlignments().size() > 0)
  481.         taxonomyTree->ShowTreeForAlignment(this, sequenceViewer->GetCurrentAlignments().front(),
  482.             (event.GetId() == MID_TAXONOMY_ABBR));
  483. }
  485. void SequenceViewerWindow::OnHighlightBlocks(wxCommandEvent& event)
  486. {
  487.     if (sequenceViewer->GetCurrentAlignments().size() == 0) return;
  488.     GlobalMessenger()->RemoveAllHighlights(true);
  490.     const BlockMultipleAlignment *multiple = sequenceViewer->GetCurrentAlignments().front();
  491.     BlockMultipleAlignment::UngappedAlignedBlockList blocks;
  492.     multiple->GetUngappedAlignedBlocks(&blocks);
  493.     if (blocks.size() == 0) return;
  495.     BlockMultipleAlignment::UngappedAlignedBlockList::const_iterator b, be = blocks.end();
  496.     const Sequence *seq;
  497.     const Block::Range *range;
  498.     for (int row=0; row<multiple->NRows(); ++row) {
  499.         seq = multiple->GetSequenceOfRow(row);
  500.         for (b = blocks.begin(); b!=be; ++b) {
  501.             range = (*b)->GetRangeOfRow(row);
  502.             GlobalMessenger()->AddHighlights(seq, range->from, range->to);
  503.         }
  504.     }
  505. }
  507. END_SCOPE(Cn3D)
  510. /*
  511. * ---------------------------------------------------------------------------
  512. * $Log: sequence_viewer_window.cpp,v $
  513. * Revision 1000.2  2004/06/01 18:29:17  gouriano
  514. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.54
  515. *
  516. * Revision 1.54  2004/05/21 21:41:40  gorelenk
  517. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  518. *
  519. * Revision 1.53  2004/03/15 18:32:03  thiessen
  520. * prefer prefix vs. postfix ++/-- operators
  521. *
  522. * Revision 1.52  2004/02/19 17:05:10  thiessen
  523. * remove cn3d/ from include paths; add pragma to disable annoying msvc warning
  524. *
  525. * Revision 1.51  2003/10/20 13:17:15  thiessen
  526. * add float geometry violations sorting
  527. *
  528. * Revision 1.50  2003/08/23 22:42:17  thiessen
  529. * add highlight blocks command
  530. *
  531. * Revision 1.49  2003/03/06 19:23:56  thiessen
  532. * fix for compilation problem (seqfeat macros)
  533. *
  534. * Revision 1.48  2003/02/03 19:20:06  thiessen
  535. * format changes: move CVS Log to bottom of file, remove std:: from .cpp files, and use new diagnostic macros
  536. *
  537. * Revision 1.47  2003/01/14 14:15:07  thiessen
  538. * default PSSM score = 1.0 when no structure
  539. *
  540. * Revision 1.46  2002/12/19 14:15:37  thiessen
  541. * mac fixes to menus, add icon
  542. *
  543. * Revision 1.45  2002/12/06 17:07:15  thiessen
  544. * remove seqrow export format; add choice of repeat handling for FASTA export; export rows in display order
  545. *
  546. * Revision 1.44  2002/12/02 13:37:09  thiessen
  547. * add seqrow format export
  548. *
  549. * Revision 1.43  2002/10/13 22:58:08  thiessen
  550. * add redo ability to editor
  551. *
  552. * Revision 1.42  2002/10/07 18:51:53  thiessen
  553. * add abbreviated taxonomy tree
  554. *
  555. * Revision 1.41  2002/10/04 18:45:28  thiessen
  556. * updates to taxonomy viewer
  557. *
  558. * Revision 1.40  2002/09/09 22:51:19  thiessen
  559. * add basic taxonomy tree viewer
  560. *
  561. * Revision 1.39  2002/09/09 13:38:23  thiessen
  562. * separate save and save-as
  563. *
  564. * Revision 1.38  2002/09/06 13:06:31  thiessen
  565. * fix menu accelerator conflicts
  566. *
  567. * Revision 1.37  2002/09/05 18:38:57  thiessen
  568. * add sort by highlights
  569. *
  570. * Revision 1.36  2002/09/03 13:15:58  thiessen
  571. * add A2M export
  572. *
  573. * Revision 1.35  2002/08/15 22:13:17  thiessen
  574. * update for wx2.3.2+ only; add structure pick dialog; fix MultitextDialog bug
  575. *
  576. * Revision 1.34  2002/06/13 14:54:07  thiessen
  577. * add sort by self-hit
  578. *
  579. * Revision 1.33  2002/06/13 13:32:39  thiessen
  580. * add self-hit calculation
  581. *
  582. * Revision 1.32  2002/06/05 17:25:47  thiessen
  583. * change 'update' to 'import' in GUI
  584. *
  585. * Revision 1.31  2002/06/05 14:28:40  thiessen
  586. * reorganize handling of window titles
  587. *
  588. * Revision 1.30  2002/05/17 19:10:27  thiessen
  589. * preliminary range restriction for BLAST/PSSM
  590. *
  591. * Revision 1.29  2002/04/22 14:27:29  thiessen
  592. * add alignment export
  593. *
  594. * Revision 1.28  2002/03/19 18:48:00  thiessen
  595. * small bug fixes; remember PSSM weight
  596. *
  597. * Revision 1.27  2002/03/04 15:52:14  thiessen
  598. * hide sequence windows instead of destroying ; add perspective/orthographic projection choice
  599. *
  600. * Revision 1.26  2002/02/13 14:53:30  thiessen
  601. * add update sort
  602. *
  603. * Revision 1.25  2001/12/06 23:13:45  thiessen
  604. * finish import/align new sequences into single-structure data; many small tweaks
  605. *
  606. * Revision 1.24  2001/10/20 20:16:32  thiessen
  607. * don't use wxDefaultPosition for dialogs (win2000 problem)
  608. *
  609. * Revision 1.23  2001/10/08 14:18:33  thiessen
  610. * fix show/hide dialog under wxGTK
  611. *
  612. * Revision 1.22  2001/10/01 16:04:24  thiessen
  613. * make CDD annotation window non-modal; add SetWindowTitle to viewers
  614. *
  615. * Revision 1.21  2001/09/06 13:10:10  thiessen
  616. * tweak show hide dialog layout
  617. *
  618. * Revision 1.20  2001/08/24 18:53:43  thiessen
  619. * add filename to sequence viewer window titles
  620. *
  621. * Revision 1.19  2001/06/21 02:02:34  thiessen
  622. * major update to molecule identification and highlighting ; add toggle highlight (via alt)
  623. *
  624. * Revision 1.18  2001/06/04 14:58:00  thiessen
  625. * add proximity sort; highlight sequence on browser launch
  626. *
  627. * Revision 1.17  2001/06/01 14:05:13  thiessen
  628. * add float PDB sort
  629. *
  630. * Revision 1.16  2001/05/17 18:34:26  thiessen
  631. * spelling fixes; change dialogs to inherit from wxDialog
  632. *
  633. * Revision 1.15  2001/05/15 23:48:37  thiessen
  634. * minor adjustments to compile under Solaris/wxGTK
  635. *
  636. * Revision 1.14  2001/05/11 02:10:42  thiessen
  637. * add better merge fail indicators; tweaks to windowing/taskbar
  638. *
  639. * Revision 1.13  2001/05/09 17:15:07  thiessen
  640. * add automatic block removal upon demotion
  641. *
  642. * Revision 1.12  2001/05/08 21:15:44  thiessen
  643. * add PSSM weight dialog for sorting
  644. *
  645. * Revision 1.11  2001/04/04 00:27:15  thiessen
  646. * major update - add merging, threader GUI controls
  647. *
  648. * Revision 1.10  2001/03/30 14:43:41  thiessen
  649. * show threader scores in status line; misc UI tweaks
  650. *
  651. * Revision 1.9  2001/03/30 03:07:34  thiessen
  652. * add threader score calculation & sorting
  653. *
  654. * Revision 1.8  2001/03/19 15:50:40  thiessen
  655. * add sort rows by identifier
  656. *
  657. * Revision 1.7  2001/03/17 14:06:49  thiessen
  658. * more workarounds for namespace/#define conflicts
  659. *
  660. * Revision 1.6  2001/03/13 01:25:06  thiessen
  661. * working undo system for >1 alignment (e.g., update window)
  662. *
  663. * Revision 1.5  2001/03/09 15:49:05  thiessen
  664. * major changes to add initial update viewer
  665. *
  666. * Revision 1.4  2001/03/06 20:20:51  thiessen
  667. * progress towards >1 alignment in a SequenceDisplay ; misc minor fixes
  668. *
  669. * Revision 1.3  2001/03/02 15:32:52  thiessen
  670. * minor fixes to save & show/hide dialogs, wx string headers
  671. *
  672. * Revision 1.2  2001/03/02 03:26:59  thiessen
  673. * fix dangling pointer upon app close
  674. *
  675. * Revision 1.1  2001/03/01 20:15:51  thiessen
  676. * major rearrangement of sequence viewer code into base and derived classes
  677. *
  678. */