开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
cdd_annot_dialog.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：54k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

cdd_annot_dialog.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: cdd_annot_dialog.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:27:54  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.39
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: cdd_annot_dialog.cpp,v 1000.2 2004/06/01 18:27:54 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Authors:  Paul Thiessen
  36. *
  37. * File Description:
  38. *      dialogs for annotating CDD's
  39. *
  40. * ===========================================================================
  41. */
  43. #ifdef _MSC_VER
  44. #pragma warning(disable:4018)   // disable signed/unsigned mismatch warning in MSVC
  45. #endif
  47. #include <ncbi_pch.hpp>
  48. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  50. #include <objects/cdd/Align_annot.hpp>
  51. #include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
  52. #include <objects/seqloc/Seq_interval.hpp>
  53. #include <objects/seqloc/Packed_seqint.hpp>
  54. #include <objects/pub/Pub.hpp>
  55. #include <objects/biblio/PubMedId.hpp>
  56. #include <objects/mmdb1/Biostruc_annot_set.hpp>
  57. #include <objects/mmdb1/Biostruc_descr.hpp>
  58. #include <objects/mmdb1/Biostruc_id.hpp>
  59. #include <objects/mmdb1/Mmdb_id.hpp>
  60. #include <objects/mmdb3/Biostruc_feature_set.hpp>
  61. #include <objects/mmdb3/Biostruc_feature_set_descr.hpp>
  62. #include <objects/mmdb3/Biostruc_feature.hpp>
  63. #include <objects/mmdb3/Chem_graph_pntrs.hpp>
  64. #include <objects/mmdb3/Residue_pntrs.hpp>
  65. #include <objects/mmdb3/Residue_interval_pntr.hpp>
  66. #include <objects/mmdb1/Molecule_id.hpp>
  67. #include <objects/mmdb1/Residue_id.hpp>
  68. #include <objects/cn3d/Cn3d_backbone_type.hpp>
  69. #include <objects/cn3d/Cn3d_backbone_style.hpp>
  70. #include <objects/cn3d/Cn3d_general_style.hpp>
  71. #include <objects/cn3d/Cn3d_style_settings.hpp>
  73. #include "cdd_annot_dialog.hpp"
  74. #include "structure_set.hpp"
  75. #include "messenger.hpp"
  76. #include "alignment_manager.hpp"
  77. #include "block_multiple_alignment.hpp"
  78. #include "sequence_set.hpp"
  79. #include "cn3d_tools.hpp"
  80. #include "chemical_graph.hpp"
  81. #include "molecule_identifier.hpp"
  82. #include "opengl_renderer.hpp"
  83. #include "show_hide_manager.hpp"
  86. ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  87. // The following is taken unmodified from wxDesigner's C++ header from cdd_annot_dialog.wdr
  88. ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  90. #include <wx/image.h>
  91. #include <wx/statline.h>
  92. #include <wx/spinbutt.h>
  93. #include <wx/spinctrl.h>
  94. #include <wx/splitter.h>
  95. #include <wx/listctrl.h>
  96. #include <wx/treectrl.h>
  97. #include <wx/notebook.h>
  99. // Declare window functions
  101. #define ID_L_ANNOT 10000
  102. #define ID_B_NEW_ANNOT 10001
  103. #define ID_B_HIGHLIGHT 10002
  104. #define ID_B_ANNOT_UP 10003
  105. #define ID_B_EDIT_ANNOT 10004
  106. #define ID_B_DEL_ANNOT 10005
  107. #define ID_B_ANNOT_DOWN 10006
  108. #define ID_L_EVID 10007
  109. #define ID_B_NEW_EVID 10008
  110. #define ID_B_SHOW 10009
  111. #define ID_B_EVID_UP 10010
  112. #define ID_B_EDIT_EVID 10011
  113. #define ID_B_DEL_EVID 10012
  114. #define ID_B_EVID_DOWN 10013
  115. wxSizer *SetupCDDAnnotDialog( wxPanel *parent, bool call_fit = TRUE, bool set_sizer = TRUE );
  117. #define ID_R_COMMENT 10014
  118. #define ID_ST_COMMENT 10015
  119. #define ID_T_COMMENT 10016
  120. #define ID_LINE 10017
  121. #define ID_R_PMID 10018
  122. #define ID_ST_PMID 10019
  123. #define ID_T_PMID 10020
  124. #define ID_R_STRUCTURE 10021
  125. #define ID_ST_STRUCTURE 10022
  126. #define ID_T_STRUCTURE 10023
  127. #define ID_B_RERANGE 10024
  128. #define ID_B_EDIT_OK 10025
  129. #define ID_B_EDIT_CANCEL 10026
  130. wxSizer *SetupEvidenceDialog( wxPanel *parent, bool call_fit = TRUE, bool set_sizer = TRUE );
  132. ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  134. USING_NCBI_SCOPE;
  135. USING_SCOPE(objects);
  138. BEGIN_SCOPE(Cn3D)
  140. // a "structure evidence" biostruc-annot-set has these qualities - basically, a specific
  141. // comment tag as the first entry in the set's description, and a 'name' descr in the feature set
  142. static const string STRUCTURE_EVIDENCE_COMMENT = "Used as Structure Evidence for CDD Annotation";
  143. #define IS_STRUCTURE_EVIDENCE_BSANNOT(evidence) 
  144.     ((evidence).IsBsannot() && 
  145.      (evidence).GetBsannot().IsSetDescr() && 
  146.      (evidence).GetBsannot().GetDescr().size() > 0 && 
  147.      (evidence).GetBsannot().GetDescr().front()->IsOther_comment() && 
  148.      (evidence).GetBsannot().GetDescr().front()->GetOther_comment() == STRUCTURE_EVIDENCE_COMMENT && 
  149.      (evidence).GetBsannot().GetFeatures().size() > 0 && 
  150.      (evidence).GetBsannot().GetFeatures().front()->IsSetDescr() && 
  151.      (evidence).GetBsannot().GetFeatures().front()->GetDescr().size() > 0 && 
  152.      (evidence).GetBsannot().GetFeatures().front()->GetDescr().front()->IsName())
  155. #define DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(var, id, type) 
  156.     type *var; 
  157.     var = wxDynamicCast(FindWindow(id), type); 
  158.     if (!var) { 
  159.         ERRORMSG("Can't find window with id " << id); 
  160.         return; 
  161.     }
  163. #define DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_FALSE_ON_ERR(var, id, type) 
  164.     type *var; 
  165.     var = wxDynamicCast(FindWindow(id), type); 
  166.     if (!var) { 
  167.         ERRORMSG("Can't find window with id " << id); 
  168.         return false; 
  169.     }
  171. BEGIN_EVENT_TABLE(CDDAnnotateDialog, wxDialog)
  172.     EVT_BUTTON      (-1,    CDDAnnotateDialog::OnButton)
  173.     EVT_LISTBOX     (-1,    CDDAnnotateDialog::OnSelection)
  174.     EVT_CLOSE       (       CDDAnnotateDialog::OnCloseWindow)
  175. END_EVENT_TABLE()
  177. CDDAnnotateDialog::CDDAnnotateDialog(wxWindow *parent, CDDAnnotateDialog **handle, StructureSet *set) :
  178.     wxDialog(parent, -1, "CDD Annotations", wxPoint(400, 100), wxDefaultSize,
  179.         wxCAPTION | wxSYSTEM_MENU | wxDIALOG_MODELESS | wxFRAME_NO_TASKBAR),    // not resizable
  180.     dialogHandle(handle), structureSet(set), annotSet(set->GetCDDAnnotSet())
  181. {
  182.     if (annotSet.Empty()) {
  183.         Destroy();
  184.         return;
  185.     }
  187.     // construct the panel
  188.     wxPanel *panel = new wxPanel(this, -1);
  189.     wxSizer *topSizer = SetupCDDAnnotDialog(panel, false);
  191.     // call sizer stuff
  192.     topSizer->Fit(panel);
  193.     SetClientSize(topSizer->GetMinSize());
  195.     // set initial GUI state
  196.     SetupGUIControls(0, 0);
  197. }
  199. CDDAnnotateDialog::~CDDAnnotateDialog(void)
  200. {
  201.     // so owner knows that this dialog has been destroyed
  202.     if (dialogHandle && *dialogHandle) *dialogHandle = NULL;
  203.     TRACEMSG("destroyed CDDAnnotateDialog");
  204. }
  206. void CDDAnnotateDialog::OnCloseWindow(wxCloseEvent& event)
  207. {
  208.     Destroy();
  209. }
  211. void CDDAnnotateDialog::GetCurrentHighlightedIntervals(IntervalList *intervals)
  212. {
  213.     const BlockMultipleAlignment *alignment = structureSet->alignmentManager->GetCurrentMultipleAlignment();
  214.     const Sequence *master = alignment->GetMaster();
  216.     // find intervals of aligned residues of the master sequence that are currently highlighted
  217.     intervals->clear();
  218.     int first = 0, last = 0;
  219.     while (first < master->Length()) {
  221.         // find first highlighted residue
  222.         while (first < master->Length() &&
  223.                !(GlobalMessenger()->IsHighlighted(master, first) &&
  224.                  alignment->IsAligned(0, first))) ++first;
  225.         if (first >= master->Length()) break;
  227.         // find last in contiguous stretch of highlighted residues
  228.         last = first;
  229.         while (last + 1 < master->Length() &&
  230.                GlobalMessenger()->IsHighlighted(master, last + 1) &&
  231.                alignment->IsAligned(0, last + 1)) ++last;
  233.         // create Seq-interval
  234.         CRef < CSeq_interval > interval(new CSeq_interval());
  235.         interval->SetFrom(first);
  236.         interval->SetTo(last);
  237.         master->FillOutSeqId(&(interval->SetId()));
  238.         intervals->push_back(interval);
  239.         first = last + 2;
  240.     }
  241. }
  243. void CDDAnnotateDialog::OnButton(wxCommandEvent& event)
  244. {
  245.     switch (event.GetId()) {
  246.         // annotation buttons
  247.         case ID_B_NEW_ANNOT:
  248.             NewAnnotation();
  249.             break;
  250.         case ID_B_DEL_ANNOT:
  251.             DeleteAnnotation();
  252.             break;
  253.         case ID_B_EDIT_ANNOT:
  254.             EditAnnotation();
  255.             break;
  256.         case ID_B_HIGHLIGHT:
  257.             HighlightAnnotation();
  258.             break;
  259.         case ID_B_ANNOT_UP: case ID_B_ANNOT_DOWN:
  260.             MoveAnnotation(event.GetId() == ID_B_ANNOT_UP);
  261.             break;
  263.         // evidence buttons
  264.         case ID_B_NEW_EVID:
  265.             NewEvidence();
  266.             break;
  267.         case ID_B_DEL_EVID:
  268.             DeleteEvidence();
  269.             break;
  270.         case ID_B_EDIT_EVID:
  271.             EditEvidence();
  272.             break;
  273.         case ID_B_SHOW:
  274.             ShowEvidence();
  275.             break;
  276.         case ID_B_EVID_UP: case ID_B_EVID_DOWN:
  277.             MoveEvidence(event.GetId() == ID_B_EVID_UP);
  278.             break;
  280.         default:
  281.             event.Skip();
  282.     }
  283. }
  285. void CDDAnnotateDialog::OnSelection(wxCommandEvent& event)
  286. {
  287.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(annots, ID_L_ANNOT, wxListBox)
  288.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(evids, ID_L_EVID, wxListBox)
  290.     if (event.GetEventObject() == annots)
  291.         SetupGUIControls(annots->GetSelection(), 0);
  292.     else
  293.         SetupGUIControls(annots->GetSelection(), evids->GetSelection());
  294. }
  296. void CDDAnnotateDialog::SetupGUIControls(int selectAnnot, int selectEvidence)
  297. {
  298.     // get GUI control pointers
  299.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(annots, ID_L_ANNOT, wxListBox)
  300.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(evids, ID_L_EVID, wxListBox)
  301.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bNewAnnot, ID_B_NEW_ANNOT, wxButton)
  302.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bDelAnnot, ID_B_DEL_ANNOT, wxButton)
  303.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bEditAnnot, ID_B_EDIT_ANNOT, wxButton)
  304.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bHighlight, ID_B_HIGHLIGHT, wxButton)
  305.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bAnnotUp, ID_B_ANNOT_UP, wxButton)
  306.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bAnnotDown, ID_B_ANNOT_DOWN, wxButton)
  307.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bNewEvid, ID_B_NEW_EVID, wxButton)
  308.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bDelEvid, ID_B_DEL_EVID, wxButton)
  309.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bEditEvid, ID_B_EDIT_EVID, wxButton)
  310.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bShow, ID_B_SHOW, wxButton)
  311.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bEvidUp, ID_B_EVID_UP, wxButton)
  312.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bEvidDown, ID_B_EVID_DOWN, wxButton)
  314.     bool readOnly;
  315.     RegistryGetBoolean(REG_ADVANCED_SECTION, REG_CDD_ANNOT_READONLY, &readOnly);
  317.     // fill out annots listbox
  318.     annots->Clear();
  319.     CAlign_annot *selectedAnnot = NULL;
  320.     CAlign_annot_set::Tdata::iterator a, ae = annotSet->Set().end();
  321.     for (a=annotSet->Set().begin(); a!=ae; ++a) {
  322.         if ((*a)->IsSetDescription())
  323.             annots->Append((*a)->GetDescription().c_str(), a->GetPointer());
  324.         else
  325.             annots->Append("(no description)", a->GetPointer());
  326.     }
  327.     if (selectAnnot < annots->GetCount())
  328.         annots->SetSelection(selectAnnot);
  329.     else if (annots->GetCount() > 0)
  330.         annots->SetSelection(0);
  331.     if (annots->GetCount() > 0)
  332.         selectedAnnot = reinterpret_cast<CAlign_annot*>(annots->GetClientData(annots->GetSelection()));
  334.     // fill out evidence listbox
  335.     evids->Clear();
  336.     CFeature_evidence *selectedEvid = NULL;
  337.     if (selectedAnnot && selectedAnnot->IsSetEvidence()) {
  338.         CAlign_annot::TEvidence::iterator e, ee = selectedAnnot->SetEvidence().end();
  339.         for (e=selectedAnnot->SetEvidence().begin(); e!=ee; ++e) {
  340.             // get evidence "title" depending on type
  341.             wxString evidTitle;
  342.             if ((*e)->IsComment())
  343.                 evidTitle.Printf("Comment: %s", (*e)->GetComment().c_str());
  344.             else if ((*e)->IsReference() && (*e)->GetReference().IsPmid())
  345.                 evidTitle.Printf("PMID: %i", (*e)->GetReference().GetPmid().Get());
  346.             else if (IS_STRUCTURE_EVIDENCE_BSANNOT(**e))
  347.                 evidTitle.Printf("Structure: %s",
  348.                     (*e)->GetBsannot().GetFeatures().front()->GetDescr().front()->GetName().c_str());
  349.             else
  350.                 evidTitle = "(unknown type)";
  351.             evids->Append(evidTitle, e->GetPointer());
  352.         }
  353.         if (selectEvidence < evids->GetCount())
  354.             evids->SetSelection(selectEvidence);
  355.         else if (evids->GetCount() > 0)
  356.             evids->SetSelection(0);
  357.         if (evids->GetCount() > 0)
  358.             selectedEvid = reinterpret_cast<CFeature_evidence*>(evids->GetClientData(evids->GetSelection()));
  359.     }
  361.     // set button states
  362.     bNewAnnot->Enable(!readOnly);
  363.     bDelAnnot->Enable(selectedAnnot != NULL && !readOnly);
  364.     bEditAnnot->Enable(selectedAnnot != NULL && !readOnly);
  365.     bHighlight->Enable(selectedAnnot != NULL);
  366.     bAnnotUp->Enable(annots->GetSelection() > 0 && !readOnly);
  367.     bAnnotDown->Enable(annots->GetSelection() < annots->GetCount() - 1 && !readOnly);
  368.     bNewEvid->Enable(selectedAnnot != NULL && !readOnly);
  369.     bDelEvid->Enable(selectedEvid != NULL && !readOnly);
  370.     bEditEvid->Enable(selectedEvid != NULL && !readOnly);
  371.     bShow->Enable(selectedEvid != NULL &&
  372.         ((selectedEvid->IsReference() && selectedEvid->GetReference().IsPmid()) ||
  373.          IS_STRUCTURE_EVIDENCE_BSANNOT(*selectedEvid) || selectedEvid->IsComment()));
  374.     bEvidUp->Enable(evids->GetSelection() > 0 && !readOnly);
  375.     bEvidDown->Enable(evids->GetSelection() < evids->GetCount() - 1 && !readOnly);
  376. }
  378. void CDDAnnotateDialog::NewAnnotation(void)
  379. {
  380.     IntervalList intervals;
  381.     GetCurrentHighlightedIntervals(&intervals);
  382.     if (intervals.size() == 0) {
  383.         ERRORMSG("No aligned+highlighted master residues!");
  384.         return;
  385.     }
  387.     // get description from user
  388.     wxString descr = wxGetTextFromUser(
  389.         "Enter a description for the new annotation:", "Description");
  390.     if (descr.size() == 0) return;
  392.     // create a new annotation
  393.     CRef < CAlign_annot > annot(new CAlign_annot());
  394.     annot->SetDescription(descr.c_str());
  396.     // fill out location
  397.     if (intervals.size() == 1) {
  398.         annot->SetLocation().SetInt(*(intervals.front()));
  399.     } else {
  400.         CPacked_seqint *packed = new CPacked_seqint();
  401.         packed->Set() = intervals;  // copy list
  402.         annot->SetLocation().SetPacked_int(*packed);
  403.     }
  405.     // add to annotation list
  406.     annotSet->Set().push_back(annot);
  407.     structureSet->SetDataChanged(StructureSet::eUserAnnotationData);
  409.     // update GUI
  410.     SetupGUIControls(annotSet->Get().size() - 1, 0);
  411. }
  413. void CDDAnnotateDialog::DeleteAnnotation(void)
  414. {
  415.     // get selection
  416.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(annots, ID_L_ANNOT, wxListBox)
  417.     if (annots->GetCount() == 0 || annots->GetSelection() < 0) return;
  418.     CAlign_annot *selectedAnnot =
  419.         reinterpret_cast<CAlign_annot*>(annots->GetClientData(annots->GetSelection()));
  420.     if (!selectedAnnot) {
  421.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::DeleteAnnotation() - error getting annotation pointer");
  422.         return;
  423.     }
  425.     // confirm with user
  426.     int confirm = wxMessageBox("This will remove the selected annotation and all then"
  427.         "evidence associated with it. Is this correct?", "Confirm", wxOK | wxCANCEL | wxCENTRE, this);
  428.     if (confirm != wxOK) return;
  430.     // actually delete the annotation
  431.     CAlign_annot_set::Tdata::iterator a, ae = annotSet->Set().end();
  432.     for (a=annotSet->Set().begin(); a!=ae; ++a) {
  433.         if (*a == selectedAnnot) {
  434.             annotSet->Set().erase(a);
  435.             structureSet->SetDataChanged(StructureSet::eUserAnnotationData);
  436.             break;
  437.         }
  438.     }
  440.     // update GUI
  441.     SetupGUIControls(0, 0);
  442. }
  444. void CDDAnnotateDialog::EditAnnotation(void)
  445. {
  446.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(annots, ID_L_ANNOT, wxListBox)
  447.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(evids, ID_L_EVID, wxListBox)
  449.     // get selection
  450.     if (annots->GetCount() == 0 || annots->GetSelection() < 0) return;
  451.     CAlign_annot *selectedAnnot =
  452.         reinterpret_cast<CAlign_annot*>(annots->GetClientData(annots->GetSelection()));
  453.     if (!selectedAnnot) {
  454.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::EditAnnotation() - error getting annotation pointer");
  455.         return;
  456.     }
  458.     IntervalList intervals;
  459.     GetCurrentHighlightedIntervals(&intervals);
  460.     if (intervals.size() > 0) {
  461.         // move the annotation?
  462.         int move = wxMessageBox("Do you want to move the annotation to the currentlyn"
  463.             "highlighted and aligned residues?", "Move?", wxYES_NO | wxCANCEL | wxCENTRE, this);
  464.         if (move == wxCANCEL)
  465.             return;
  466.         else if (move == wxYES) {
  467.             // change location
  468.             if (intervals.size() == 1) {
  469.                 selectedAnnot->SetLocation().SetInt(*(intervals.front()));
  470.             } else {
  471.                 CPacked_seqint *packed = new CPacked_seqint();
  472.                 packed->Set() = intervals;  // copy list
  473.                 selectedAnnot->SetLocation().SetPacked_int(*packed);
  474.             }
  475.             structureSet->SetDataChanged(StructureSet::eUserAnnotationData);
  476.         }
  477.     }
  479.     // edit description
  480.     wxString initial;
  481.     if (selectedAnnot->IsSetDescription()) initial = selectedAnnot->GetDescription().c_str();
  482.     wxString descr = wxGetTextFromUser(
  483.         "Enter a description for the new annotation:", "Description", initial);
  484.     if (descr.size() > 0 && descr != selectedAnnot->GetDescription().c_str()) {
  485.         selectedAnnot->SetDescription(descr.c_str());
  486.         structureSet->SetDataChanged(StructureSet::eUserAnnotationData);
  487.     }
  489.     // update GUI
  490.     SetupGUIControls(annots->GetSelection(), evids->GetSelection());
  491. }
  493. bool CDDAnnotateDialog::HighlightInterval(const ncbi::objects::CSeq_interval& interval)
  494. {
  495.     const BlockMultipleAlignment *alignment = structureSet->alignmentManager->GetCurrentMultipleAlignment();
  496.     const Sequence *master = alignment->GetMaster();
  498.     // make sure annotation sequence matches master sequence
  499.     if (!master->identifier->MatchesSeqId(interval.GetId())) {
  500.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::HighlightInterval() - interval Seq-id/master sequence mismatch");
  501.         return false;
  502.     }
  504.     // do the highlighting
  505.     return alignment->HighlightAlignedColumnsOfMasterRange(interval.GetFrom(), interval.GetTo());
  506. }
  508. void CDDAnnotateDialog::HighlightAnnotation(void)
  509. {
  510.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(annots, ID_L_ANNOT, wxListBox)
  512.     // get selection
  513.     if (annots->GetCount() == 0 || annots->GetSelection() < 0) return;
  514.     CAlign_annot *selectedAnnot =
  515.         reinterpret_cast<CAlign_annot*>(annots->GetClientData(annots->GetSelection()));
  516.     if (!selectedAnnot) {
  517.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::HighlightAnnotation() - error getting annotation pointer");
  518.         return;
  519.     }
  521.     // highlight annotation's intervals
  522.     GlobalMessenger()->RemoveAllHighlights(true);
  523.     bool okay = true;
  524.     if (selectedAnnot->GetLocation().IsInt()) {
  525.         okay = HighlightInterval(selectedAnnot->GetLocation().GetInt());
  526.     } else if (selectedAnnot->GetLocation().IsPacked_int()) {
  527.         CPacked_seqint::Tdata::iterator s,
  528.             se = selectedAnnot->SetLocation().SetPacked_int().Set().end();
  529.         for (s=selectedAnnot->SetLocation().SetPacked_int().Set().begin(); s!=se; ++s) {
  530.             if (!HighlightInterval(**s))
  531.                 okay = false;
  532.         }
  533.     }
  534.     if (!okay)
  535.         wxMessageBox("WARNING: this annotation specifies master residues outside the aligned blocks;"
  536.             " see the message log for details.", "Annotation Error",
  537.             wxOK | wxCENTRE | wxICON_ERROR, this);
  538. }
  540. void CDDAnnotateDialog::MoveAnnotation(bool moveUp)
  541. {
  542.     // get selection
  543.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(annots, ID_L_ANNOT, wxListBox)
  544.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(evids, ID_L_EVID, wxListBox)
  545.     if (annots->GetCount() == 0 || annots->GetSelection() < 0) return;
  546.     CAlign_annot *selectedAnnot =
  547.         reinterpret_cast<CAlign_annot*>(annots->GetClientData(annots->GetSelection()));
  548.     if (!selectedAnnot) {
  549.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::MoveAnnotation() - error getting annotation pointer");
  550.         return;
  551.     }
  553.     CAlign_annot_set::Tdata::iterator a, ae = annotSet->Set().end(), aPrev = ae, aSwap = ae;
  554.     CRef < CAlign_annot > tmp;
  555.     for (a=annotSet->Set().begin(); a!=ae; ++a) {
  557.         if (*a == selectedAnnot) {
  558.             // figure out which (prev or next) annot field to swap with
  559.             if (moveUp && aPrev != ae)
  560.                 aSwap = aPrev;
  561.             else if (!moveUp && (++(aSwap = a)) != ae)
  562.                 ;
  563.             else
  564.                 return;
  566.             // do the swap and update GUI
  567.             tmp = *aSwap;
  568.             *aSwap = *a;
  569.             *a = tmp;
  570.             structureSet->SetDataChanged(StructureSet::eUserAnnotationData);
  571.             SetupGUIControls(annots->GetSelection() + (moveUp ? -1 : 1), evids->GetSelection());
  572.             return;
  573.         }
  575.         aPrev = a;
  576.     }
  578.     ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::MoveAnnotation() - error finding selected annotation");
  579. }
  581. void CDDAnnotateDialog::NewEvidence(void)
  582. {
  583.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(annots, ID_L_ANNOT, wxListBox)
  585.     // get selected annotation
  586.     if (annots->GetCount() == 0 || annots->GetSelection() < 0) return;
  587.     CAlign_annot *selectedAnnot =
  588.         reinterpret_cast<CAlign_annot*>(annots->GetClientData(annots->GetSelection()));
  589.     if (!selectedAnnot) {
  590.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::NewEvidence() - error getting annotation pointer");
  591.         return;
  592.     }
  594.     // create default comment evidence
  595.     CRef < CFeature_evidence > newEvidence(new CFeature_evidence());
  596.     newEvidence->SetComment("");
  598.     // bring up evidence editor
  599.     CDDEvidenceDialog dialog(this, *newEvidence);
  600.     int result = dialog.ShowModal();
  602.     // add new evidence
  603.     if (result == wxOK) {
  604.         if (dialog.GetData(newEvidence.GetPointer())) {
  605.             selectedAnnot->SetEvidence().push_back(newEvidence);
  606.             SetupGUIControls(annots->GetSelection(), selectedAnnot->GetEvidence().size() - 1);
  607.             structureSet->SetDataChanged(StructureSet::eUserAnnotationData);
  608.         } else
  609.             ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::NewEvidence() - error getting dialog data");
  610.     }
  611. }
  613. void CDDAnnotateDialog::DeleteEvidence(void)
  614. {
  615.     // get selected annotation
  616.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(annots, ID_L_ANNOT, wxListBox)
  617.     if (annots->GetCount() == 0 || annots->GetSelection() < 0) return;
  618.     CAlign_annot *selectedAnnot =
  619.         reinterpret_cast<CAlign_annot*>(annots->GetClientData(annots->GetSelection()));
  620.     if (!selectedAnnot) {
  621.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::DeleteEvidence() - error getting annotation pointer");
  622.         return;
  623.     }
  625.     // get selected evidence
  626.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(evids, ID_L_EVID, wxListBox)
  627.     if (evids->GetCount() == 0 || evids->GetSelection() < 0) return;
  628.     CFeature_evidence *selectedEvidence =
  629.         reinterpret_cast<CFeature_evidence*>(evids->GetClientData(evids->GetSelection()));
  630.     if (!selectedEvidence) {
  631.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::DeleteEvidence() - error getting evidence pointer");
  632.         return;
  633.     }
  635.     // confirm with user
  636.     int confirm = wxMessageBox("This will remove the selected evidence fromn"
  637.         "the selected annotation. Is this correct?", "Confirm", wxOK | wxCANCEL | wxCENTRE, this);
  638.     if (confirm != wxOK) return;
  640.     // delete evidence from annotation's list
  641.     CAlign_annot::TEvidence::iterator e, ee = selectedAnnot->SetEvidence().end();
  642.     for (e=selectedAnnot->SetEvidence().begin(); e!=ee; ++e) {
  643.         if (*e == selectedEvidence) {
  644.             selectedAnnot->SetEvidence().erase(e);
  645.             structureSet->SetDataChanged(StructureSet::eUserAnnotationData);
  646.             break;
  647.         }
  648.     }
  649.     if (e == ee) {
  650.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::DeleteEvidence() - evidence pointer not found in annotation");
  651.         return;
  652.     }
  654.     // update GUI
  655.     SetupGUIControls(annots->GetSelection(), 0);
  656. }
  658. void CDDAnnotateDialog::EditEvidence(void)
  659. {
  660.     // get selected evidence
  661.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(evids, ID_L_EVID, wxListBox)
  662.     if (evids->GetCount() == 0 || evids->GetSelection() < 0) return;
  663.     CFeature_evidence *selectedEvidence =
  664.         reinterpret_cast<CFeature_evidence*>(evids->GetClientData(evids->GetSelection()));
  665.     if (!selectedEvidence) {
  666.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::DeleteEvidence() - error getting evidence pointer");
  667.         return;
  668.     }
  670.     // bring up evidence editor
  671.     CDDEvidenceDialog dialog(this, *selectedEvidence);
  672.     int result = dialog.ShowModal();
  674.     // update evidence
  675.     if (result == wxOK && dialog.HasDataChanged()) {
  676.         if (dialog.GetData(selectedEvidence)) {
  677.             DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(annots, ID_L_ANNOT, wxListBox)
  678.             structureSet->SetDataChanged(StructureSet::eUserAnnotationData);
  679.             SetupGUIControls(annots->GetSelection(), evids->GetSelection());
  680.         } else
  681.             ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::EditEvidence() - error getting dialog data");
  682.     }
  683. }
  685. typedef struct {
  686.     int alignedMoleculeID;
  687.     int from, to;
  688.     int hits;
  689. } ChainInfo;
  691. static const StructureObject * HighlightResidues(const StructureSet *set, const CBiostruc_annot_set& annot)
  692. {
  693.     try {
  694.         if (!annot.IsSetId() || annot.GetId().size() == 0 || !annot.GetId().front()->IsMmdb_id())
  695.             throw "no MMDB ID found in annotation";
  696.         int mmdbID = annot.GetId().front()->GetMmdb_id().Get();
  698.         // map object to aligned molecule ID and interval of alignment on that chain
  699.         typedef map < const StructureObject * , ChainInfo > ObjectMap;
  700.         ObjectMap annotObjects;
  702.         // first find all objects with the annotation's mmdbID; fill out chain id and interval
  703.         const BlockMultipleAlignment *alignment = set->alignmentManager->GetCurrentMultipleAlignment();
  704.         if (!alignment) throw "no alignment";
  705.         BlockMultipleAlignment::UngappedAlignedBlockList alignedBlocks;
  706.         alignment->GetUngappedAlignedBlocks(&alignedBlocks);
  707.         if (alignedBlocks.size() == 0) throw "no aligned blocks";
  708.         for (int row=0; row<alignment->NRows(); ++row) {
  709.             const StructureObject *object;
  710.             const Sequence *seq = alignment->GetSequenceOfRow(row);
  711.             if (!seq->molecule || seq->molecule->identifier->mmdbID != mmdbID ||
  712.                 !seq->molecule->GetParentOfType(&object))
  713.                 continue;
  714.             ChainInfo& ci = annotObjects[object];
  715.             ci.alignedMoleculeID = seq->molecule->id;
  716.             ci.from = alignedBlocks.front()->GetRangeOfRow(row)->from;
  717.             ci.to = alignedBlocks.back()->GetRangeOfRow(row)->to;
  718.             ci.hits = 0;
  719.         }
  720.         if (annotObjects.size() == 0)
  721.             throw "no chain of annotation's MMDB ID in the alignment";
  723.         GlobalMessenger()->RemoveAllHighlights(true);
  724.         CCn3d_style_settings globalStyleSettings;
  725.         set->styleManager->GetGlobalStyle().SaveSettingsToASN(&globalStyleSettings);
  727.         // iterate over molecule/residue intervals
  728.         if (annot.GetFeatures().size() > 0 &&
  729.             annot.GetFeatures().front()->GetFeatures().size() > 0 &&
  730.             annot.GetFeatures().front()->GetFeatures().front()->IsSetLocation() &&
  731.             annot.GetFeatures().front()->GetFeatures().front()->GetLocation().IsSubgraph() &&
  732.             annot.GetFeatures().front()->GetFeatures().front()->GetLocation().
  733.                 GetSubgraph().IsResidues() &&
  734.             annot.GetFeatures().front()->GetFeatures().front()->GetLocation().
  735.                 GetSubgraph().GetResidues().IsInterval() &&
  736.             annot.GetFeatures().front()->GetFeatures().front()->GetLocation().
  737.                 GetSubgraph().GetResidues().GetInterval().size() > 0)
  738.         {
  740.             ObjectMap::iterator o, oe = annotObjects.end();
  741.             CResidue_pntrs::TInterval::const_iterator i, ie =
  742.                 annot.GetFeatures().front()->GetFeatures().front()->GetLocation().
  743.                     GetSubgraph().GetResidues().GetInterval().end();
  744.             for (i=annot.GetFeatures().front()->GetFeatures().front()->GetLocation().
  745.                     GetSubgraph().GetResidues().GetInterval().begin(); i!=ie; ++i)
  746.             {
  747.                 // for each object
  748.                 for (o=annotObjects.begin(); o!=oe; ++o) {
  750.                     // find molecule with annotation's moleculeID
  751.                     ChemicalGraph::MoleculeMap::const_iterator
  752.                         m = o->first->graph->molecules.find((*i)->GetMolecule_id().Get());
  753.                     if (m == o->first->graph->molecules.end())
  754.                         throw "molecule with annotation's specified molecule ID not found in object";
  756.                         // make sure this stuff is visible in global style
  757.                         if (m->second->IsProtein()) {
  758.                             if (globalStyleSettings.GetProtein_backbone().GetType() == eCn3d_backbone_type_off &&
  759.                                 !globalStyleSettings.GetProtein_sidechains().GetIs_on())
  760.                             {
  761.                                 globalStyleSettings.SetProtein_backbone().SetType(eCn3d_backbone_type_trace);
  762.                             }
  763.                         } else if (m->second->IsNucleotide()) {
  764.                             if (globalStyleSettings.GetNucleotide_backbone().GetType() == eCn3d_backbone_type_off &&
  765.                                 !globalStyleSettings.GetNucleotide_sidechains().GetIs_on())
  766.                             {
  767.                                 globalStyleSettings.SetNucleotide_backbone().SetType(eCn3d_backbone_type_trace);
  768.                             }
  769.                         } else if (m->second->IsSolvent()) {
  770.                             globalStyleSettings.SetSolvents().SetIs_on(true);
  771.                         } else if (m->second->IsHeterogen()) {
  772.                             globalStyleSettings.SetHeterogens().SetIs_on(true);
  773.                         }
  775.                         for (int r=(*i)->GetFrom().Get(); r<=(*i)->GetTo().Get(); ++r) {
  776.                         // highlight residues in interval
  777.                         if (o == annotObjects.begin()) {
  778.                             if (r >= 1 && r <= m->second->NResidues())
  779.                                 GlobalMessenger()->ToggleHighlight(m->second, r);
  780.                             else
  781.                                 throw "annotation's residue ID out of molecule's residue range";
  782.                         }
  784.                         // count hits of annotated residues in aligned chain+interval
  785.                         if (o->second.alignedMoleculeID == m->second->id &&
  786.                                 r >= o->second.from && r <= o->second.to)
  787.                             (o->second.hits)++;
  788.                     }
  789.                 }
  790.             }
  792.             set->styleManager->SetGlobalStyle(globalStyleSettings);
  794.             // return object with most hits of annotation to aligned chain region
  795.             const StructureObject *bestObject = NULL;
  796.             for (o=annotObjects.begin(); o!=oe; ++o)
  797.                 if (!bestObject || o->second.hits > annotObjects[bestObject].hits)
  798.                     bestObject = o->first;
  799.             return bestObject;
  801.         } else
  802.             throw "unrecognized annotation structure";
  804.     } catch (const char *err) {
  805.         ERRORMSG("HighlightResidues() - " << err);
  806.     }
  807.     return NULL;
  808. }
  810. void CDDAnnotateDialog::ShowEvidence(void)
  811. {
  812.     // get selected evidence
  813.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(evids, ID_L_EVID, wxListBox)
  814.     if (evids->GetCount() == 0 || evids->GetSelection() < 0) return;
  815.     CFeature_evidence *selectedEvidence =
  816.         reinterpret_cast<CFeature_evidence*>(evids->GetClientData(evids->GetSelection()));
  817.     if (!selectedEvidence) {
  818.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::ShowEvidence() - error getting evidence pointer");
  819.         return;
  820.     }
  822.     // launch URL given PMID
  823.     if (selectedEvidence->IsReference() && selectedEvidence->GetReference().IsPmid()) {
  824.         wxString url;
  825.         url.Printf("http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?"
  826.             "cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Abstract&list_uids=%i",
  827.             selectedEvidence->GetReference().GetPmid().Get());
  828.         LaunchWebPage(url);
  829.     }
  831.     // highlight residues if structure evidence
  832.     else if (IS_STRUCTURE_EVIDENCE_BSANNOT(*selectedEvidence)) {
  833.         const StructureObject *bestObject = HighlightResidues(structureSet, selectedEvidence->GetBsannot());
  834.         if (bestObject) {
  836.             // first, set show/hide to make only objects of this mmdb id visible
  837.             structureSet->showHideManager->MakeAllVisible();
  838.             StructureSet::ObjectList::const_iterator o, oe = structureSet->objects.end();
  839.             for (o=structureSet->objects.begin(); o!=oe; ++o)
  840.                 if ((*o)->mmdbID != bestObject->mmdbID)
  841.                     structureSet->showHideManager->Show(*o, false);
  842.             // now force redrawing of structures, so the frames that contains
  843.             // these objects aren't empty (otherwise, renderer won't show selected frame)
  844.             GlobalMessenger()->ProcessRedraws();
  846.             // now show the frame containing the "best" object (get display list from first molecule)
  847.             unsigned int displayList = bestObject->graph->molecules.find(1)->second->displayLists.front();
  848.             for (int frame=0; frame<structureSet->frameMap.size(); ++frame) {
  849.                 StructureSet::DisplayLists::const_iterator d, de = structureSet->frameMap[frame].end();
  850.                 for (d=structureSet->frameMap[frame].begin(); d!=de; ++d) {
  851.                     if (*d == displayList) { // is display list in this frame?
  852.                         structureSet->renderer->ShowFrameNumber(frame);
  853.                         frame = structureSet->frameMap.size(); // to exit out of next-up loop
  854.                         break;
  855.                     }
  856.                 }
  857.             }
  859.             wxMessageBox(
  860.                 selectedEvidence->GetBsannot().GetFeatures().front()->GetDescr().front()->GetName().c_str(),
  861.                 "Structure Evidence", wxOK | wxCENTRE, this);
  862.         }
  863.     }
  865.     else if (selectedEvidence->IsComment()) {
  866.         wxMessageBox(selectedEvidence->GetComment().c_str(), "Comment", wxOK | wxCENTRE, this);
  867.     }
  869.     else {
  870.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::ShowEvidence() - can't show that evidence type");
  871.     }
  872. }
  874. void CDDAnnotateDialog::MoveEvidence(bool moveUp)
  875. {
  876.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(annots, ID_L_ANNOT, wxListBox)
  877.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(evids, ID_L_EVID, wxListBox)
  879.     // get selected annotation
  880.     if (annots->GetCount() == 0 || annots->GetSelection() < 0) return;
  881.     CAlign_annot *selectedAnnot =
  882.         reinterpret_cast<CAlign_annot*>(annots->GetClientData(annots->GetSelection()));
  883.     if (!selectedAnnot) {
  884.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::MoveEvidence() - error getting annotation pointer");
  885.         return;
  886.     }
  888.     // get selected evidence
  889.     if (evids->GetCount() == 0 || evids->GetSelection() < 0) return;
  890.     CFeature_evidence *selectedEvidence =
  891.         reinterpret_cast<CFeature_evidence*>(evids->GetClientData(evids->GetSelection()));
  892.     if (!selectedEvidence) {
  893.         ERRORMSG("CDDAnnotateDialog::MoveEvidence() - error getting evidence pointer");
  894.         return;
  895.     }
  897.     CAlign_annot::TEvidence::iterator e, ee = selectedAnnot->SetEvidence().end(), ePrev = ee, eSwap = ee;
  898.     CRef < CFeature_evidence > tmp;
  899.     for (e=selectedAnnot->SetEvidence().begin(); e!=ee; ++e) {
  901.         if (*e == selectedEvidence) {
  902.             // figure out which (prev or next) evidence field to swap with
  903.             if (moveUp && ePrev != ee)
  904.                 eSwap = ePrev;
  905.             else if (!moveUp && (++(eSwap = e)) != ee)
  906.                 ;
  907.             else
  908.                 return;
  910.             // do the swap and update GUI
  911.             tmp = *eSwap;
  912.             *eSwap = *e;
  913.             *e = tmp;
  914.             structureSet->SetDataChanged(StructureSet::eUserAnnotationData);
  915.             SetupGUIControls(annots->GetSelection(), evids->GetSelection() + (moveUp ? -1 : 1));
  916.             return;
  917.         }
  919.         ePrev = e;
  920.     }
  921. }
  924. ///// CDDEvidenceDialog stuff /////
  926. BEGIN_EVENT_TABLE(CDDEvidenceDialog, wxDialog)
  927.     EVT_CLOSE       (       CDDEvidenceDialog::OnCloseWindow)
  928.     EVT_BUTTON      (-1,    CDDEvidenceDialog::OnButton)
  929.     EVT_RADIOBUTTON (-1,    CDDEvidenceDialog::OnChange)
  930.     EVT_TEXT        (-1,    CDDEvidenceDialog::OnChange)
  931. END_EVENT_TABLE()
  933. CDDEvidenceDialog::CDDEvidenceDialog(wxWindow *parent, const ncbi::objects::CFeature_evidence& initial) :
  934.     wxDialog(parent, -1, "CDD Annotations", wxPoint(400, 100), wxDefaultSize,
  935.         wxCAPTION | wxSYSTEM_MENU), // not resizable
  936.     changed(false), rerange(false)
  937. {
  938.     // construct the panel
  939.     wxPanel *panel = new wxPanel(this, -1);
  940.     wxSizer *topSizer = SetupEvidenceDialog(panel, false);
  942.     // call sizer stuff
  943.     topSizer->Fit(this);
  944.     topSizer->Fit(panel);
  945.     topSizer->SetSizeHints(this);
  947.     // set initial states
  948.     if (initial.IsComment()) {
  949.         DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(rComment, ID_R_COMMENT, wxRadioButton)
  950.         DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(tComment, ID_T_COMMENT, wxTextCtrl)
  951.         rComment->SetValue(true);
  952.         tComment->SetValue(initial.GetComment().c_str());
  953.         tComment->SetFocus();
  954.     } else if (initial.IsReference() && initial.GetReference().IsPmid()) {
  955.         DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(rPMID, ID_R_PMID, wxRadioButton)
  956.         DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(tPMID, ID_T_PMID, wxTextCtrl)
  957.         rPMID->SetValue(true);
  958.         wxString pmid;
  959.         pmid.Printf("%i", initial.GetReference().GetPmid().Get());
  960.         tPMID->SetValue(pmid);
  961.         tPMID->SetFocus();
  962.     } else if (IS_STRUCTURE_EVIDENCE_BSANNOT(initial)) {
  963.         DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(rSTRUCTURE, ID_R_STRUCTURE, wxRadioButton)
  964.         DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(tSTRUCTURE, ID_T_STRUCTURE, wxTextCtrl)
  965.         rSTRUCTURE->SetValue(true);
  966.         tSTRUCTURE->SetValue(
  967.             initial.GetBsannot().GetFeatures().front()->GetDescr().front()->GetName().c_str());
  968.     } else {
  969.         ERRORMSG("CDDEvidenceDialog::CDDEvidenceDialog() - "
  970.             "don't (yet) know how to edit this evidence type");
  971.     }
  972.     SetupGUIControls();
  973. }
  975. // same as hitting cancel button
  976. void CDDEvidenceDialog::OnCloseWindow(wxCloseEvent& event)
  977. {
  978.     EndModal(wxCANCEL);
  979. }
  981. void CDDEvidenceDialog::OnButton(wxCommandEvent& event)
  982. {
  983.     switch (event.GetId()) {
  984.         case ID_B_EDIT_OK: {
  985.             EndModal(wxOK);
  986.             break;
  987.         }
  988.         case ID_B_EDIT_CANCEL:
  989.             EndModal(wxCANCEL);
  990.             break;
  991.         case ID_B_RERANGE:
  992.             rerange = changed = true;
  993.             break;
  994.         default:
  995.             event.Skip();
  996.     }
  997. }
  999. void CDDEvidenceDialog::OnChange(wxCommandEvent& event)
  1000. {
  1001.     changed = true;
  1002.     SetupGUIControls();
  1003. }
  1005. void CDDEvidenceDialog::SetupGUIControls(void)
  1006. {
  1007.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(rComment, ID_R_COMMENT, wxRadioButton)
  1008.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(stComment, ID_ST_COMMENT, wxStaticText)
  1009.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(tComment, ID_T_COMMENT, wxTextCtrl)
  1010.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(rPMID, ID_R_PMID, wxRadioButton)
  1011.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(stPMID, ID_ST_PMID, wxStaticText)
  1012.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(tPMID, ID_T_PMID, wxTextCtrl)
  1013.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(rStructure, ID_R_STRUCTURE, wxRadioButton)
  1014.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(stStructure, ID_ST_STRUCTURE, wxStaticText)
  1015.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(tStructure, ID_T_STRUCTURE, wxTextCtrl)
  1016.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_ON_ERR(bStructure, ID_B_RERANGE, wxButton)
  1018. //    stComment->Enable(rComment->GetValue());
  1019.     tComment->Enable(rComment->GetValue());
  1020. //    stPMID->Enable(rPMID->GetValue());
  1021.     tPMID->Enable(rPMID->GetValue());
  1022. //    stStructure->Enable(rStructure->GetValue());
  1023.     tStructure->Enable(rStructure->GetValue());
  1024.     bStructure->Enable(rStructure->GetValue());
  1025. }
  1027. bool CDDEvidenceDialog::GetData(ncbi::objects::CFeature_evidence *evidence)
  1028. {
  1029.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_FALSE_ON_ERR(rComment, ID_R_COMMENT, wxRadioButton)
  1030.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_FALSE_ON_ERR(rPMID, ID_R_PMID, wxRadioButton)
  1031.     DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_FALSE_ON_ERR(rSTRUCTURE, ID_R_STRUCTURE, wxRadioButton)
  1033.     if (rComment->GetValue()) {
  1034.         DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_FALSE_ON_ERR(tComment, ID_T_COMMENT, wxTextCtrl)
  1035.         if (tComment->GetValue().size() > 0) {
  1036.             evidence->SetComment(tComment->GetValue().c_str());
  1037.             return true;
  1038.         } else {
  1039.             ERRORMSG("CDDEvidenceDialog::GetData() - comment must not be zero-length");
  1040.             return false;
  1041.         }
  1042.     }
  1044.     else if (rPMID->GetValue()) {
  1045.         DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_FALSE_ON_ERR(tPMID, ID_T_PMID, wxTextCtrl)
  1046.         unsigned long pmid;
  1047.         if (tPMID->GetValue().ToULong(&pmid)) {
  1048.             evidence->SetReference().SetPmid().Set(pmid);
  1049.             return true;
  1050.         } else {
  1051.             ERRORMSG("CDDEvidenceDialog::GetData() - PMID must be a positive integer");
  1052.             return false;
  1053.         }
  1054.     }
  1056.     else if (rSTRUCTURE->GetValue()) {
  1057.         DECLARE_AND_FIND_WINDOW_RETURN_FALSE_ON_ERR(tSTRUCTURE, ID_T_STRUCTURE, wxTextCtrl)
  1058.         // either leave existing range alone, or use new one if none present or rerange button pressed
  1059.         if (!evidence->IsBsannot() || rerange) {
  1060.             CBiostruc_annot_set *ref =
  1061.                 GlobalMessenger()->CreateBiostrucAnnotSetForHighlightsOnSingleObject();
  1062.             if (ref)
  1063.                 evidence->SetBsannot(*ref);
  1064.             else
  1065.                 return false;
  1066.         }
  1067.         // reset structure evidence tag
  1068.         CRef < CBiostruc_descr > descr(new CBiostruc_descr());
  1069.         descr->SetOther_comment(STRUCTURE_EVIDENCE_COMMENT);
  1070.         evidence->SetBsannot().SetDescr().clear();
  1071.         evidence->SetBsannot().SetDescr().push_front(descr);
  1072.         // reset name
  1073.         CRef < CBiostruc_feature_set_descr > name(new CBiostruc_feature_set_descr());
  1074.         name->SetName(tSTRUCTURE->GetValue().c_str());
  1075.         evidence->SetBsannot().SetFeatures().front()->SetDescr().clear();
  1076.         evidence->SetBsannot().SetFeatures().front()->SetDescr().push_front(name);
  1077.         return true;
  1078.     }
  1080.     ERRORMSG("CDDEvidenceDialog::GetData() - unknown evidence type");
  1081.     return false;
  1082. }
  1084. END_SCOPE(Cn3D)
  1087. ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  1088. // The following is taken unmodified from wxDesigner's C++ code from cdd_annot_dialog.wdr
  1089. ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  1091. wxSizer *SetupCDDAnnotDialog( wxPanel *parent, bool call_fit, bool set_sizer )
  1092. {
  1093.     wxBoxSizer *item0 = new wxBoxSizer( wxVERTICAL );
  1095.     wxFlexGridSizer *item1 = new wxFlexGridSizer( 1, 0, 0, 0 );
  1097.     wxStaticBox *item3 = new wxStaticBox( parent, -1, "Annotations" );
  1098.     wxStaticBoxSizer *item2 = new wxStaticBoxSizer( item3, wxVERTICAL );
  1100.     wxString *strs4 = (wxString*) NULL;
  1101.     wxListBox *item4 = new wxListBox( parent, ID_L_ANNOT, wxDefaultPosition, wxSize(200,100), 0, strs4, wxLB_SINGLE );
  1102.     item2->Add( item4, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5 );
  1104.     wxGridSizer *item5 = new wxGridSizer( 2, 0, 0, 0 );
  1106.     wxButton *item6 = new wxButton( parent, ID_B_NEW_ANNOT, "New", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1107.     item5->Add( item6, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1109.     wxButton *item7 = new wxButton( parent, ID_B_HIGHLIGHT, "Highlight", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1110.     item5->Add( item7, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1112.     wxButton *item8 = new wxButton( parent, ID_B_ANNOT_UP, "Move Up", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1113.     item5->Add( item8, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1115.     wxButton *item9 = new wxButton( parent, ID_B_EDIT_ANNOT, "Edit", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1116.     item5->Add( item9, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1118.     wxButton *item10 = new wxButton( parent, ID_B_DEL_ANNOT, "Delete", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1119.     item5->Add( item10, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1121.     wxButton *item11 = new wxButton( parent, ID_B_ANNOT_DOWN, "Move Down", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1122.     item5->Add( item11, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1124.     item2->Add( item5, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1126.     item1->Add( item2, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1128.     wxStaticBox *item13 = new wxStaticBox( parent, -1, "Evidence" );
  1129.     wxStaticBoxSizer *item12 = new wxStaticBoxSizer( item13, wxVERTICAL );
  1131.     wxString *strs14 = (wxString*) NULL;
  1132.     wxListBox *item14 = new wxListBox( parent, ID_L_EVID, wxDefaultPosition, wxSize(300,100), 0, strs14, wxLB_SINGLE );
  1133.     item12->Add( item14, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5 );
  1135.     wxGridSizer *item15 = new wxGridSizer( 2, 0, 0, 0 );
  1137.     wxButton *item16 = new wxButton( parent, ID_B_NEW_EVID, "New", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1138.     item15->Add( item16, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1140.     wxButton *item17 = new wxButton( parent, ID_B_SHOW, "Show", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1141.     item15->Add( item17, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1143.     wxButton *item18 = new wxButton( parent, ID_B_EVID_UP, "Move Up", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1144.     item15->Add( item18, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1146.     wxButton *item19 = new wxButton( parent, ID_B_EDIT_EVID, "Edit", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1147.     item15->Add( item19, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1149.     wxButton *item20 = new wxButton( parent, ID_B_DEL_EVID, "Delete", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1150.     item15->Add( item20, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1152.     wxButton *item21 = new wxButton( parent, ID_B_EVID_DOWN, "Move Down", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1153.     item15->Add( item21, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1155.     item12->Add( item15, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1157.     item1->Add( item12, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1159.     item0->Add( item1, 0, wxALIGN_CENTRE, 5 );
  1161.     if (set_sizer)
  1162.     {
  1163.         parent->SetAutoLayout( TRUE );
  1164.         parent->SetSizer( item0 );
  1165.         if (call_fit)
  1166.         {
  1167.             item0->Fit( parent );
  1168.             item0->SetSizeHints( parent );
  1169.         }
  1170.     }
  1172.     return item0;
  1173. }
  1175. wxSizer *SetupEvidenceDialog( wxPanel *parent, bool call_fit, bool set_sizer )
  1176. {
  1177.     wxBoxSizer *item0 = new wxBoxSizer( wxVERTICAL );
  1179.     wxStaticBox *item2 = new wxStaticBox( parent, -1, "Evidence Options" );
  1180.     wxStaticBoxSizer *item1 = new wxStaticBoxSizer( item2, wxVERTICAL );
  1182.     wxFlexGridSizer *item3 = new wxFlexGridSizer( 1, 0, 0, 0 );
  1183.     item3->AddGrowableCol( 2 );
  1185.     wxRadioButton *item4 = new wxRadioButton( parent, ID_R_COMMENT, "", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1186.     item3->Add( item4, 0, wxALIGN_BOTTOM|wxALIGN_CENTER_HORIZONTAL|wxALL, 5 );
  1188.     wxStaticText *item5 = new wxStaticText( parent, ID_ST_COMMENT, "Comment:", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1189.     item3->Add( item5, 0, wxALIGN_CENTRE|wxRIGHT|wxTOP|wxBOTTOM, 5 );
  1191.     wxTextCtrl *item6 = new wxTextCtrl( parent, ID_T_COMMENT, "", wxDefaultPosition, wxSize(150,-1), 0 );
  1192.     item3->Add( item6, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5 );
  1194.     item1->Add( item3, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL, 5 );
  1196.     wxStaticLine *item7 = new wxStaticLine( parent, ID_LINE, wxDefaultPosition, wxSize(20,-1), wxLI_HORIZONTAL );
  1197.     item1->Add( item7, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5 );
  1199.     wxFlexGridSizer *item8 = new wxFlexGridSizer( 1, 0, 0, 0 );
  1200.     item8->AddGrowableCol( 2 );
  1202.     wxRadioButton *item9 = new wxRadioButton( parent, ID_R_PMID, "", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1203.     item8->Add( item9, 0, wxALIGN_BOTTOM|wxALIGN_CENTER_HORIZONTAL|wxALL, 5 );
  1205.     wxStaticText *item10 = new wxStaticText( parent, ID_ST_PMID, "Reference (PubMed ID):", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1206.     item8->Add( item10, 0, wxALIGN_CENTRE|wxRIGHT|wxTOP|wxBOTTOM, 5 );
  1208.     wxTextCtrl *item11 = new wxTextCtrl( parent, ID_T_PMID, "", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1209.     item8->Add( item11, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5 );
  1211.     item1->Add( item8, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL, 5 );
  1213.     wxStaticLine *item12 = new wxStaticLine( parent, ID_LINE, wxDefaultPosition, wxSize(20,-1), wxLI_HORIZONTAL );
  1214.     item1->Add( item12, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5 );
  1216.     wxFlexGridSizer *item13 = new wxFlexGridSizer( 1, 0, 0, 0 );
  1217.     item13->AddGrowableCol( 2 );
  1219.     wxRadioButton *item14 = new wxRadioButton( parent, ID_R_STRUCTURE, "", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1220.     item13->Add( item14, 0, wxALIGN_BOTTOM|wxALIGN_CENTER_HORIZONTAL|wxALL, 5 );
  1222.     wxStaticText *item15 = new wxStaticText( parent, ID_ST_STRUCTURE, "Structure:", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1223.     item13->Add( item15, 0, wxALIGN_CENTRE|wxRIGHT|wxTOP|wxBOTTOM, 5 );
  1225.     wxTextCtrl *item16 = new wxTextCtrl( parent, ID_T_STRUCTURE, "", wxDefaultPosition, wxSize(80,-1), 0 );
  1226.     item13->Add( item16, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5 );
  1228.     item1->Add( item13, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL, 5 );
  1230.     wxButton *item17 = new wxButton( parent, ID_B_RERANGE, "Reset Residues to Current Highlights", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1231.     item1->Add( item17, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1233.     item0->Add( item1, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5 );
  1235.     wxFlexGridSizer *item18 = new wxFlexGridSizer( 1, 0, 0, 0 );
  1237.     wxButton *item19 = new wxButton( parent, ID_B_EDIT_OK, "OK", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1238.     item19->SetDefault();
  1239.     item18->Add( item19, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1241.     item18->Add( 20, 20, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1243.     wxButton *item20 = new wxButton( parent, ID_B_EDIT_CANCEL, "Cancel", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  1244.     item18->Add( item20, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1246.     item0->Add( item18, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  1248.     if (set_sizer)
  1249.     {
  1250.         parent->SetAutoLayout( TRUE );
  1251.         parent->SetSizer( item0 );
  1252.         if (call_fit)
  1253.         {
  1254.             item0->Fit( parent );
  1255.             item0->SetSizeHints( parent );
  1256.         }
  1257.     }
  1259.     return item0;
  1260. }
  1263. /*
  1264. * ---------------------------------------------------------------------------
  1265. * $Log: cdd_annot_dialog.cpp,v $
  1266. * Revision 1000.2  2004/06/01 18:27:54  gouriano
  1267. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.39
  1268. *
  1269. * Revision 1.39  2004/05/21 21:41:38  gorelenk
  1270. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  1271. *
  1272. * Revision 1.38  2004/04/02 22:45:03  thiessen
  1273. * make stuff visible in global style on show evidence
  1274. *
  1275. * Revision 1.37  2004/03/15 18:16:33  thiessen
  1276. * prefer prefix vs. postfix ++/-- operators
  1277. *
  1278. * Revision 1.36  2004/02/19 17:04:45  thiessen
  1279. * remove cn3d/ from include paths; add pragma to disable annoying msvc warning
  1280. *
  1281. * Revision 1.35  2003/07/14 18:37:07  thiessen
  1282. * change GetUngappedAlignedBlocks() param types; other syntax changes
  1283. *
  1284. * Revision 1.34  2003/02/03 19:20:01  thiessen
  1285. * format changes: move CVS Log to bottom of file, remove std:: from .cpp files, and use new diagnostic macros
  1286. *
  1287. * Revision 1.33  2002/12/18 15:02:34  thiessen
  1288. * fixes for linux/gcc
  1289. *
  1290. * Revision 1.32  2002/12/12 23:07:18  thiessen
  1291. * improved handling of alignment annotation errors
  1292. *
  1293. * Revision 1.31  2002/11/25 15:02:20  thiessen
  1294. * changes for cdd annotation evidence show
  1295. *
  1296. * Revision 1.30  2002/11/21 18:07:25  thiessen
  1297. * show whole objects again on evidence show
  1298. *
  1299. * Revision 1.29  2002/11/12 20:35:36  thiessen
  1300. * use ShowDomainsWithHighlights for structure evidence show
  1301. *
  1302. * Revision 1.28  2002/11/06 00:18:10  thiessen
  1303. * fixes for new CRef/const rules in objects
  1304. *
  1305. * Revision 1.27  2002/09/06 18:28:46  thiessen
  1306. * fix show object bug
  1307. *
  1308. * Revision 1.26  2002/08/15 22:13:12  thiessen
  1309. * update for wx2.3.2+ only; add structure pick dialog; fix MultitextDialog bug
  1310. *
  1311. * Revision 1.25  2002/04/09 23:59:08  thiessen
  1312. * add cdd annotations read-only option
  1313. *
  1314. * Revision 1.24  2002/04/09 14:38:22  thiessen
  1315. * add cdd splash screen
  1316. *
  1317. * Revision 1.23  2002/03/28 14:06:02  thiessen
  1318. * preliminary BLAST/PSSM ; new CD startup style
  1319. *
  1320. * Revision 1.22  2002/02/12 21:15:59  thiessen
  1321. * add move up/down to CDD annotations
  1322. *
  1323. * Revision 1.21  2002/01/19 15:25:03  thiessen
  1324. * tweaks for DebugMT build to work
  1325. *
  1326. * Revision 1.20  2002/01/19 02:34:35  thiessen
  1327. * fixes for changes in asn serialization API
  1328. *
  1329. * Revision 1.19  2001/12/12 14:04:13  thiessen
  1330. * add missing object headers after object loader change
  1331. *
  1332. * Revision 1.18  2001/12/06 23:13:44  thiessen
  1333. * finish import/align new sequences into single-structure data; many small tweaks
  1334. *
  1335. * Revision 1.17  2001/11/30 14:02:05  thiessen
  1336. * progress on sequence imports to single structures
  1337. *
  1338. * Revision 1.16  2001/11/28 14:16:13  thiessen
  1339. * add 'show' to comment + structure name evidence
  1340. *
  1341. * Revision 1.15  2001/11/27 16:26:07  thiessen
  1342. * major update to data management system
  1343. *
  1344. * Revision 1.14  2001/10/30 02:54:11  thiessen
  1345. * add Biostruc cache
  1346. *
  1347. * Revision 1.13  2001/10/23 20:10:22  thiessen
  1348. * fix scaling of fonts in high-res PNG output
  1349. *
  1350. * Revision 1.12  2001/10/16 21:49:06  thiessen
  1351. * restructure MultiTextDialog; allow virtual bonds for alpha-only PDB's
  1352. *
  1353. * Revision 1.11  2001/10/14 09:27:46  thiessen
  1354. * add cdd evidence move up/down
  1355. *
  1356. * Revision 1.10  2001/10/01 16:04:23  thiessen
  1357. * make CDD annotation window non-modal; add SetWindowTitle to viewers
  1358. *
  1359. * Revision 1.9  2001/09/26 17:09:30  thiessen
  1360. * fix rerange bug
  1361. *
  1362. * Revision 1.8  2001/09/26 15:27:53  thiessen
  1363. * tweak sequence viewer widget for wx2.3.2, tweak cdd annotation
  1364. *
  1365. * Revision 1.7  2001/09/24 14:37:52  thiessen
  1366. * more wxPanel stuff - fix for new heirarchy in wx 2.3.2+
  1367. *
  1368. * Revision 1.6  2001/09/24 13:29:54  thiessen
  1369. * fix wxPanel issues
  1370. *
  1371. * Revision 1.5  2001/09/20 19:31:30  thiessen
  1372. * fixes for SGI and wxWin 2.3.2
  1373. *
  1374. * Revision 1.4  2001/08/27 00:06:23  thiessen
  1375. * add structure evidence to CDD annotation
  1376. *
  1377. * Revision 1.3  2001/08/06 20:22:00  thiessen
  1378. * add preferences dialog ; make sure OnCloseWindow get wxCloseEvent
  1379. *
  1380. * Revision 1.2  2001/07/19 19:14:38  thiessen
  1381. * working CDD alignment annotator ; misc tweaks
  1382. *
  1383. * Revision 1.1  2001/07/12 17:35:15  thiessen
  1384. * change domain mapping ; add preliminary cdd annotation GUI
  1385. *
  1386. */