bond.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: bond.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/04/12 17:30:59  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.8
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: bond.hpp,v 1000.1 2004/04/12 17:30:59 gouriano Exp $
  10. * ===========================================================================
  11. *
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. *
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. * Authors:  Paul Thiessen
  35. *
  36. * File Description:
  37. *      Classes to hold chemical bonds
  38. *
  39. * ===========================================================================
  40. */
  41. #ifndef CN3D_BOND__HPP
  42. #define CN3D_BOND__HPP
  43. #include <objects/mmdb1/Inter_residue_bond.hpp>
  44. #include <objects/mmdb1/Atom_pntr.hpp>
  45. #include "structure_base.hpp"
  46. BEGIN_SCOPE(Cn3D)
  47. class AtomSet;
  48. // A Bond is a link between two atoms, referenced by Atom-pntr (molecule,
  49. // residue, and atom IDs).
  50. class Bond : public StructureBase
  51. {
  52. public:
  53.     enum eBondOrder {
  54.         eSingle = ncbi::objects::CInter_residue_bond::eBond_order_single,
  55.         ePartialDouble = ncbi::objects::CInter_residue_bond::eBond_order_partial_double,
  56.         eAromatic = ncbi::objects::CInter_residue_bond::eBond_order_aromatic,
  57.         eDouble = ncbi::objects::CInter_residue_bond::eBond_order_double,
  58.         eTriple = ncbi::objects::CInter_residue_bond::eBond_order_triple,
  59.         eOther = ncbi::objects::CInter_residue_bond::eBond_order_other,
  60.         eUnknown = ncbi::objects::CInter_residue_bond::eBond_order_unknown,
  61.         eVirtual,           // special identifier for virtual bonds (no "normal" bond order)
  62.         eRealDisulfide,     // special flag for real disulfides (bonds between cysteine sulfur atoms)
  63.         eVirtualDisulfide   // virtual disulfide - links C-alphas with disulfide color when bb trace
  64.     };
  65.     Bond(StructureBase *parent);
  66.     // public data
  67.     AtomPntr atom1, atom2;
  68.     eBondOrder order;
  69.     const Bond *previousVirtual, *nextVirtual;
  70.     // public methods
  71.     bool Draw(const AtomSet *data) const;
  72. };
  73. const Bond* MakeBond(StructureBase *parent,
  74.     const ncbi::objects::CAtom_pntr& atomPtr1, const ncbi::objects::CAtom_pntr& atomPtr2,
  75.     int bondOrder = Bond::eUnknown);
  76. const Bond* MakeBond(StructureBase *parent,
  77.     int mID1, int rID1, int aID1, int mID2, int rID2, int aID2,
  78.     int bondOrder = Bond::eUnknown);
  79. END_SCOPE(Cn3D)
  80. #endif // CN3D_BOND__HPP
  81. /*
  82. * ---------------------------------------------------------------------------
  83. * $Log: bond.hpp,v $
  84. * Revision 1000.1  2004/04/12 17:30:59  gouriano
  85. * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.8
  86. *
  87. * Revision 1.8  2004/02/19 17:04:44  thiessen
  88. * remove cn3d/ from include paths; add pragma to disable annoying msvc warning
  89. *
  90. * Revision 1.7  2003/02/03 19:20:01  thiessen
  91. * format changes: move CVS Log to bottom of file, remove std:: from .cpp files, and use new diagnostic macros
  92. *
  93. * Revision 1.6  2001/03/23 04:18:20  thiessen
  94. * parse and display disulfides
  95. *
  96. * Revision 1.5  2000/08/11 12:59:13  thiessen
  97. * added worm; get 3d-object coords from asn1
  98. *
  99. * Revision 1.4  2000/08/03 15:12:29  thiessen
  100. * add skeleton of style and show/hide managers
  101. *
  102. * Revision 1.3  2000/07/27 13:30:10  thiessen
  103. * remove 'using namespace ...' from all headers
  104. *
  105. * Revision 1.2  2000/07/16 23:18:33  thiessen
  106. * redo of drawing system
  107. *
  108. * Revision 1.1  2000/07/11 13:49:26  thiessen
  109. * add modules to parse chemical graph; many improvements
  110. *
  111. */