开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
sequence_viewer.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：27k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

sequence_viewer.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: sequence_viewer.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.4  2004/06/01 18:29:12  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.67
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: sequence_viewer.cpp,v 1000.4 2004/06/01 18:29:12 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Authors:  Paul Thiessen
  36. *
  37. * File Description:
  38. *      implementation of non-GUI part of main sequence/alignment viewer
  39. *
  40. * ===========================================================================
  41. */
  43. #ifdef _MSC_VER
  44. #pragma warning(disable:4018)   // disable signed/unsigned mismatch warning in MSVC
  45. #endif
  47. #include <ncbi_pch.hpp>
  48. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  50. #include <memory>
  52. #include "sequence_viewer.hpp"
  53. #include "sequence_viewer_window.hpp"
  54. #include "sequence_display.hpp"
  55. #include "messenger.hpp"
  56. #include "alignment_manager.hpp"
  57. #include "structure_set.hpp"
  58. #include "molecule_identifier.hpp"
  59. #include "cn3d_tools.hpp"
  60. #include "sequence_set.hpp"
  62. USING_NCBI_SCOPE;
  65. BEGIN_SCOPE(Cn3D)
  67. SequenceViewer::SequenceViewer(AlignmentManager *alnMgr) :
  68.     // not sure why this cast is necessary, but MSVC requires it...
  69.     ViewerBase(reinterpret_cast<ViewerWindowBase**>(&sequenceWindow), alnMgr),
  70.     sequenceWindow(NULL)
  71. {
  72. }
  74. SequenceViewer::~SequenceViewer(void)
  75. {
  76. }
  78. void SequenceViewer::CreateSequenceWindow(bool showNow)
  79. {
  80.     if (sequenceWindow) {
  81.         sequenceWindow->Show(showNow);
  82.         if (showNow)
  83.             GlobalMessenger()->PostRedrawSequenceViewer(this);
  84.     } else {
  85.         SequenceDisplay *display = GetCurrentDisplay();
  86.         if (display) {
  87.             sequenceWindow = new SequenceViewerWindow(this);
  88.             sequenceWindow->NewDisplay(display, true);
  89.             sequenceWindow->ScrollToColumn(display->GetStartingColumn());
  90.             sequenceWindow->Show(showNow);
  91.             // ScrollTo causes immediate redraw, so don't need a second one
  92.             GlobalMessenger()->UnPostRedrawSequenceViewer(this);
  93.         }
  94.     }
  95. }
  97. void SequenceViewer::SaveAlignment(void)
  98. {
  99.     KeepCurrent();
  101.     // go back into the original pairwise alignment data and save according to the
  102.     // current edited BlockMultipleAlignment and display row order
  103.     vector < int > rowOrder;
  104.     const SequenceDisplay *display = GetCurrentDisplay();
  105.     for (int i=0; i<display->rows.size(); ++i) {
  106.         DisplayRowFromAlignment *alnRow = dynamic_cast<DisplayRowFromAlignment*>(display->rows[i]);
  107.         if (alnRow) rowOrder.push_back(alnRow->row);
  108.     }
  109.     alignmentManager->SavePairwiseFromMultiple(GetCurrentAlignments().back(), rowOrder);
  110. }
  112. void SequenceViewer::DisplayAlignment(BlockMultipleAlignment *alignment)
  113. {
  114.     SequenceDisplay *display = new SequenceDisplay(true, viewerWindow);
  115.     for (int row=0; row<alignment->NRows(); ++row)
  116.         display->AddRowFromAlignment(row, alignment);
  118.     // set starting scroll to a few residues left of the first aligned block
  119.     display->SetStartingColumn(alignment->GetFirstAlignedBlockPosition() - 5);
  121.     AlignmentList alignments;
  122.     alignments.push_back(alignment);
  123.     InitData(&alignments, display);
  124.     if (sequenceWindow)
  125.         sequenceWindow->UpdateDisplay(display);
  126.     else
  127.         CreateSequenceWindow(false);
  129.     // allow alignment export
  130.     sequenceWindow->EnableExport(true);
  131. }
  133. void SequenceViewer::DisplaySequences(const SequenceList *sequenceList)
  134. {
  135.     SequenceDisplay *display = new SequenceDisplay(false, viewerWindow);
  137.     // populate each line of the display with one sequence, with blank lines inbetween
  138.     SequenceList::const_iterator s, se = sequenceList->end();
  139.     for (s=sequenceList->begin(); s!=se; ++s) {
  141.         // only do sequences from structure if this is a single-structure data file
  142.         if (!(*s)->parentSet->IsMultiStructure() &&
  143.             (*s)->parentSet->objects.front()->mmdbID != (*s)->identifier->mmdbID) continue;
  145.         if (display->NRows() > 0) display->AddRowFromString("");
  147.         // whole sequence on one row
  148.         display->AddRowFromSequence(*s, 0, (*s)->Length() - 1);
  149.     }
  151.     InitData(NULL, display);
  152.     if (sequenceWindow)
  153.         sequenceWindow->UpdateDisplay(display);
  154.     else
  155.         CreateSequenceWindow(false);
  157.     // forbid alignment export
  158.     sequenceWindow->EnableExport(false);
  159. }
  161. void SequenceViewer::TurnOnEditor(void)
  162. {
  163.     if (!sequenceWindow) CreateSequenceWindow(false);
  164.     sequenceWindow->TurnOnEditor();
  165. }
  167. static void DumpFASTA(bool isA2M, const BlockMultipleAlignment *alignment,
  168.     const vector < int >& rowOrder,
  169.     BlockMultipleAlignment::eUnalignedJustification justification, CNcbiOstream& os)
  170. {
  171.     // do whole alignment for now
  172.     int firstCol = 0, lastCol = alignment->AlignmentWidth() - 1, nColumns = 70;
  173.     if (firstCol < 0 || lastCol >= alignment->AlignmentWidth() || firstCol > lastCol || nColumns < 1) {
  174.         ERRORMSG("DumpFASTA() - nonsensical display region parameters");
  175.         return;
  176.     }
  178.     // first fill out ids
  179.     typedef map < const MoleculeIdentifier * , list < string > > IDMap;
  180.     IDMap idMap;
  181.     int row;
  182.     bool anyRepeat = false;
  184.     for (row=0; row<alignment->NRows(); ++row) {
  185.         const Sequence *seq = alignment->GetSequenceOfRow(row);
  186.         list < string >& titleList = idMap[seq->identifier];
  187.         CNcbiOstrstream oss;
  188.         oss << '>';
  190.         if (titleList.size() == 0) {
  192.             // create full title line for first instance of this sequence
  193.             bool prevID = false;
  194.             if (seq->identifier->gi != MoleculeIdentifier::VALUE_NOT_SET) {
  195.                 oss << "gi|" << seq->identifier->gi;
  196.                 prevID = true;
  197.             }
  198.             if (seq->identifier->pdbID.size() > 0) {
  199.                 if (prevID) oss << '|';
  200.                 if (seq->identifier->pdbID == "query" || seq->identifier->pdbID == "consensus") {
  201.                     oss << "lcl|" << seq->identifier->pdbID;
  202.                 } else {
  203.                     oss << "pdb|" << seq->identifier->pdbID;
  204.                     if (seq->identifier->pdbChain != ' ')
  205.                         oss << '|' << (char) seq->identifier->pdbChain << " Chain "
  206.                            << (char) seq->identifier->pdbChain << ',';
  207.                 }
  208.                 prevID = true;
  209.             }
  210.             if (seq->identifier->accession.size() > 0) {
  211.                 if (prevID) oss << '|';
  212.                 oss << seq->identifier->accession;
  213.                 prevID = true;
  214.             }
  215.             if (seq->description.size() > 0)
  216.                 oss << ' ' << seq->description;
  218.         } else {
  219.             // add repeat id
  220.             oss << "lcl|instance #" << (titleList.size() + 1) << " of " << seq->identifier->ToString();
  221.             anyRepeat = true;
  222.         }
  224.         titleList.resize(titleList.size() + 1);
  225.         oss << 'n' << '';
  226.         auto_ptr<char> data(oss.str());
  227.         titleList.back() = data.get();
  228.     }
  230.     static const int eAllRepeats=0, eFakeRepeatIDs=1, eNoRepeats=2;
  231.     int choice = eAllRepeats;
  233.     if (anyRepeat) {
  234.         wxArrayString choices;
  235.         choices.Add("Include all repeats with normal IDs");
  236.         choices.Add("Include all repeats, but use unique IDs");
  237.         choices.Add("Include no repeated sequences");
  238.         choice = wxGetSingleChoiceIndex("How do you want to handle repeated sequences?",
  239.             "Choose repeat type", choices);
  240.         if (choice < 0) return; // cancelled
  241.     }
  243.     // output each alignment row (in order of the display)
  244.     int paragraphStart, nParags = 0, i;
  245.     char ch;
  246.     Vector color, bgColor;
  247.     bool highlighted, drawBG;
  248.     for (row=0; row<alignment->NRows(); ++row) {
  249.         const Sequence *seq = alignment->GetSequenceOfRow(rowOrder[row]);
  251.         // output title
  252.         list < string >& titleList = idMap[seq->identifier];
  253.         if (choice == eAllRepeats) {
  254.             os << titleList.front();    // use full id
  255.         } else if (choice == eFakeRepeatIDs) {
  256.             os << titleList.front();
  257.             titleList.pop_front();      // move to next (fake) id
  258.         } else if (choice == eNoRepeats) {
  259.             if (titleList.size() > 0) {
  260.                 os << titleList.front();
  261.                 titleList.clear();      // remove all ids after first instance
  262.             } else {
  263.                 continue;
  264.             }
  265.         }
  267.         // split alignment up into "paragraphs", each with nColumns
  268.         for (paragraphStart=0; (firstCol+paragraphStart)<=lastCol; paragraphStart+=nColumns, ++nParags) {
  269.             for (i=0; i<nColumns && (firstCol+paragraphStart+i)<=lastCol; ++i) {
  270.                 if (alignment->GetCharacterTraitsAt(firstCol+paragraphStart+i, rowOrder[row], justification,
  271.                         &ch, &color, &highlighted, &drawBG, &bgColor)) {
  272.                     if (ch == '~')
  273.                         os << (isA2M ? '.' : '-');
  274.                     else
  275.                         os << (isA2M ? ch : (char) toupper(ch));
  276.                 } else
  277.                     ERRORMSG("GetCharacterTraitsAt failed!");
  278.             }
  279.             os << 'n';
  280.         }
  281.     }
  282. }
  284. static void DumpText(bool doHTML, const BlockMultipleAlignment *alignment,
  285.     const vector < int >& rowOrder,
  286.     BlockMultipleAlignment::eUnalignedJustification justification, CNcbiOstream& os)
  287. {
  289. #define LEFT_JUSTIFY resetiosflags(IOS_BASE::right) << setiosflags(IOS_BASE::left)
  290. #define RIGHT_JUSTIFY resetiosflags(IOS_BASE::left) << setiosflags(IOS_BASE::right)
  292.     // do whole alignment for now
  293.     int firstCol = 0, lastCol = alignment->AlignmentWidth() - 1, nColumns = 60;
  295.     if (firstCol < 0 || lastCol >= alignment->AlignmentWidth() || firstCol > lastCol || nColumns < 1) {
  296.         ERRORMSG("DumpText() - nonsensical display region parameters");
  297.         return;
  298.     }
  300.     // HTML colors
  301.     static const string
  302.         bgColor("#FFFFFF"), rulerColor("#700777"), numColor("#229922");
  304.     // set up the titles and uids, figure out how much space any seqLoc string will take
  305.     vector < string > titles(alignment->NRows()), uids(doHTML ? alignment->NRows() : 0);
  306.     int alnRow, row, maxTitleLength = 0, maxSeqLocStrLength = 0, leftMargin, decimalLength;
  307.     for (alnRow=0; alnRow<alignment->NRows(); ++alnRow) {
  308.         row = rowOrder[alnRow]; // translate display row -> data row
  309.         const Sequence *sequence = alignment->GetSequenceOfRow(row);
  311.         titles[row] = sequence->identifier->ToString();
  312.         if (titles[row].size() > maxTitleLength) maxTitleLength = titles[row].size();
  313.         decimalLength = ((int) log10((double) sequence->Length())) + 1;
  314.         if (decimalLength > maxSeqLocStrLength) maxSeqLocStrLength = decimalLength;
  316.         // uid for link to entrez
  317.         if (doHTML) {
  318.             // prefer gi's, since accessions can be outdated
  319.             if (sequence->identifier->gi != MoleculeIdentifier::VALUE_NOT_SET) {
  320.                 CNcbiOstrstream uidoss;
  321.                 uidoss << sequence->identifier->gi << '';
  322.                 uids[row] = uidoss.str();
  323.                 delete uidoss.str();
  324.             } else if (sequence->identifier->pdbID.size() > 0) {
  325.                 if (sequence->identifier->pdbID != "query" &&
  326.                     sequence->identifier->pdbID != "consensus") {
  327.                     uids[row] = sequence->identifier->pdbID;
  328.                     if (sequence->identifier->pdbChain != ' ')
  329.                         uids[row] += (char) sequence->identifier->pdbChain;
  330.                 }
  331.             } else if (sequence->identifier->accession.size() > 0) {
  332.                 uids[row] = sequence->identifier->accession;
  333.             }
  334.         }
  335.     }
  336.     leftMargin = maxTitleLength + maxSeqLocStrLength + 2;
  338.     // need to keep track of first, last seqLocs for each row in each paragraph;
  339.     // find seqLoc of first residue >= firstCol
  340.     vector < int > lastShownSeqLocs(alignment->NRows());
  341.     int alnLoc, i;
  342.     char ch;
  343.     Vector color, bgCol;
  344.     bool highlighted, drawBG;
  345.     for (alnRow=0; alnRow<alignment->NRows(); ++alnRow) {
  346.         row = rowOrder[alnRow]; // translate display row -> data row
  347.         lastShownSeqLocs[row] = -1;
  348.         for (alnLoc=0; alnLoc<firstCol; ++alnLoc) {
  349.             if (!alignment->GetCharacterTraitsAt(alnLoc, row, justification,
  350.                     &ch, &color, &highlighted, &drawBG, &bgCol))
  351.                 ch = '~';
  352.             if (ch != '~') lastShownSeqLocs[row]++;
  353.         }
  354.     }
  356.     // header
  357.     if (doHTML)
  358.         os << "<HTML><TITLE>Alignment Exported From Cn3D</TITLE>n" <<
  359.             "<BODY BGCOLOR=" << bgColor << ">n";
  361.     // split alignment up into "paragraphs", each with nColumns
  362.     if (doHTML) os << "<TABLE>n";
  363.     int paragraphStart, nParags = 0;
  364.     for (paragraphStart=0; (firstCol+paragraphStart)<=lastCol; paragraphStart+=nColumns, ++nParags) {
  366.         // start table row
  367.         if (doHTML)
  368.             os << "<tr><td><pre>n";
  369.         else
  370.             if (paragraphStart > 0) os << 'n';
  372.         // do ruler
  373.         int nMarkers = 0, width;
  374.         if (doHTML) os << "<font color=" << rulerColor << '>';
  375.         for (i=0; i<nColumns && (firstCol+paragraphStart+i)<=lastCol; ++i) {
  376.             if ((paragraphStart+i+1)%10 == 0) {
  377.                 if (nMarkers == 0)
  378.                     width = leftMargin + i + 1;
  379.                 else
  380.                     width = 10;
  381.                 os << RIGHT_JUSTIFY << setw(width) << (paragraphStart+i+1);
  382.                 ++nMarkers;
  383.             }
  384.         }
  385.         if (doHTML) os << "</font>";
  386.         os << 'n';
  387.         if (doHTML) os << "<font color=" << rulerColor << '>';
  388.         for (i=0; i<leftMargin; ++i) os << ' ';
  389.         for (i=0; i<nColumns && (firstCol+paragraphStart+i)<=lastCol; ++i) {
  390.             if ((paragraphStart+i+1)%10 == 0)
  391.                 os << '|';
  392.             else if ((paragraphStart+i+1)%5 == 0)
  393.                 os << '*';
  394.             else
  395.                 os << '.';
  396.         }
  397.         if (doHTML) os << "</font>";
  398.         os << 'n';
  400.         int nDisplayedResidues;
  402.         // output each alignment row
  403.         for (alnRow=0; alnRow<alignment->NRows(); ++alnRow) {
  404.             row = rowOrder[alnRow]; // translate display row -> data row
  405.             const Sequence *sequence = alignment->GetSequenceOfRow(row);
  407.             // actual sequence characters and colors; count how many non-gaps in each row
  408.             nDisplayedResidues = 0;
  409.             string rowChars;
  410.             vector < string > rowColors;
  411.             for (i=0; i<nColumns && (firstCol+paragraphStart+i)<=lastCol; ++i) {
  412.                 if (!alignment->GetCharacterTraitsAt(firstCol+paragraphStart+i, row, justification,
  413.                         &ch, &color, &highlighted, &drawBG, &bgCol))
  414.                     ch = '?';
  415.                 rowChars += ch;
  416.                 wxString colorStr;
  417.                 colorStr.Printf("#%02x%02x%02x",
  418.                     (int) (color[0]*255), (int) (color[1]*255), (int) (color[2]*255));
  419.                 rowColors.push_back(colorStr.c_str());
  420.                 if (ch != '~') ++nDisplayedResidues;
  421.             }
  423.             // title
  424.             if (doHTML && uids[row].size() > 0) {
  425.                 os << "<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi"
  426.                     << "?cmd=Search&doptcmdl=GenPept&db=Protein&term="
  427.                     << uids[row] << "" onMouseOut="window.status=''"n"
  428.                     << "onMouseOver="window.status='"
  429.                     << ((sequence->description.size() > 0) ? sequence->description : titles[row])
  430.                     << "';return true">"
  431.                     << setw(0) << titles[row] << "</a>";
  432.             } else {
  433.                 os << setw(0) << titles[row];
  434.             }
  435.             os << setw(maxTitleLength+1-titles[row].size()) << ' ';
  437.             // left start pos (output 1-numbered for humans...)
  438.             if (doHTML) os << "<font color=" << numColor << '>';
  439.             if (nDisplayedResidues > 0)
  440.                 os << RIGHT_JUSTIFY << setw(maxSeqLocStrLength) << (lastShownSeqLocs[row]+2) << ' ';
  441.             else
  442.                 os << RIGHT_JUSTIFY << setw(maxSeqLocStrLength) << ' ' << ' ';
  444.             // dump sequence, applying color changes only when necessary
  445.             if (doHTML) {
  446.                 string prevColor;
  447.                 for (i=0; i<rowChars.size(); ++i) {
  448.                     if (rowColors[i] != prevColor) {
  449.                         os << "</font><font color=" << rowColors[i] << '>';
  450.                         prevColor = rowColors[i];
  451.                     }
  452.                     os << rowChars[i];
  453.                 }
  454.                 os << "</font>";
  455.             } else
  456.                 os << rowChars;
  458.             // right end pos
  459.             if (nDisplayedResidues > 0) {
  460.                 os << ' ';
  461.                 if (doHTML) os << "<font color=" << numColor << '>';
  462.                 os << LEFT_JUSTIFY << setw(0) << (lastShownSeqLocs[row]+nDisplayedResidues+1);
  463.                 if (doHTML) os << "</font>";
  464.             }
  465.             os << 'n';
  467.             // setup to begin next parag
  468.             lastShownSeqLocs[row] += nDisplayedResidues;
  469.         }
  471.         // end table row
  472.         if (doHTML) os << "</pre></td></tr>n";
  473.     }
  475.     if (doHTML)
  476.         os << "</TABLE>n"
  477.             << "</BODY></HTML>n";
  479.     // additional sanity check on seqloc markers
  480.     if (firstCol == 0 && lastCol == alignment->AlignmentWidth()-1) {
  481.         for (alnRow=0; alnRow<alignment->NRows(); ++alnRow) {
  482.             row = rowOrder[alnRow]; // translate display row -> data row
  483.             if (lastShownSeqLocs[row] !=
  484.                     alignment->GetSequenceOfRow(row)->Length()-1) {
  485.                 ERRORMSG("DumpText: full display - seqloc markers don't add up for row " << row);
  486.                 break;
  487.             }
  488.         }
  489.         if (alnRow != alignment->NRows())
  490.             ERRORMSG("DumpText: full display - seqloc markers don't add up correctly");
  491.     }
  492. }
  494. void SequenceViewer::ExportAlignment(eExportType type)
  495. {
  496.     // get filename
  497.     wxString extension, wildcard;
  498.     if (type == asFASTA) { extension = ".fsa"; wildcard = "FASTA Files (*.fsa)|*.fsa"; }
  499.     else if (type == asFASTAa2m) { extension = ".a2m"; wildcard = "A2M FASTA (*.a2m)|*.a2m"; }
  500.     else if (type == asText) { extension = ".txt"; wildcard = "Text Files (*.txt)|*.txt"; }
  501.     else if (type == asHTML) { extension = ".html"; wildcard = "HTML Files (*.html)|*.html"; }
  503.     wxString outputFolder = wxString(GetUserDir().c_str(), GetUserDir().size() - 1); // remove trailing /
  504.     wxString baseName, outputFile;
  505.     wxSplitPath(GetWorkingFilename().c_str(), NULL, &baseName, NULL);
  506.     wxFileDialog dialog(sequenceWindow, "Choose a file for alignment export:", outputFolder,
  507. #ifdef __WXGTK__
  508.         baseName + extension,
  509. #else
  510.         baseName,
  511. #endif
  512.         wildcard, wxSAVE | wxOVERWRITE_PROMPT);
  513.     dialog.SetFilterIndex(0);
  514.     if (dialog.ShowModal() == wxID_OK)
  515.         outputFile = dialog.GetPath();
  517.     if (outputFile.size() > 0) {
  519.         // create output stream
  520.         auto_ptr<CNcbiOfstream> ofs(new CNcbiOfstream(outputFile.c_str(), IOS_BASE::out));
  521.         if (!(*ofs)) {
  522.             ERRORMSG("Unable to open output file " << outputFile.c_str());
  523.             return;
  524.         }
  526.         // map display row order to rows in BlockMultipleAlignment
  527.         vector < int > rowOrder;
  528.         const SequenceDisplay *display = GetCurrentDisplay();
  529.         for (int i=0; i<display->rows.size(); ++i) {
  530.             DisplayRowFromAlignment *alnRow = dynamic_cast<DisplayRowFromAlignment*>(display->rows[i]);
  531.             if (alnRow) rowOrder.push_back(alnRow->row);
  532.         }
  534.         // actually write the alignment
  535.         if (type == asFASTA || type == asFASTAa2m) {
  536.             INFOMSG("exporting" << (type == asFASTAa2m ? " A2M " : " ") << "FASTA to " << outputFile.c_str());
  537.             DumpFASTA((type == asFASTAa2m), alignmentManager->GetCurrentMultipleAlignment(),
  538.                 rowOrder, sequenceWindow->GetCurrentJustification(), *ofs);
  539.         } else if (type == asText || type == asHTML) {
  540.             INFOMSG("exporting " << (type == asText ? "text" : "HTML") << " to " << outputFile.c_str());
  541.             DumpText((type == asHTML), alignmentManager->GetCurrentMultipleAlignment(),
  542.                 rowOrder, sequenceWindow->GetCurrentJustification(), *ofs);
  543.         }
  544.     }
  545. }
  547. END_SCOPE(Cn3D)
  550. /*
  551. * ---------------------------------------------------------------------------
  552. * $Log: sequence_viewer.cpp,v $
  553. * Revision 1000.4  2004/06/01 18:29:12  gouriano
  554. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.67
  555. *
  556. * Revision 1.67  2004/05/21 21:41:39  gorelenk
  557. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  558. *
  559. * Revision 1.66  2004/03/15 18:32:03  thiessen
  560. * prefer prefix vs. postfix ++/-- operators
  561. *
  562. * Revision 1.65  2004/02/19 17:05:07  thiessen
  563. * remove cn3d/ from include paths; add pragma to disable annoying msvc warning
  564. *
  565. * Revision 1.64  2003/11/26 20:37:54  thiessen
  566. * prefer gi for URLs
  567. *
  568. * Revision 1.63  2003/11/20 22:08:50  thiessen
  569. * update Entrez url
  570. *
  571. * Revision 1.62  2003/10/13 14:16:31  thiessen
  572. * add -n option to not show alignment window
  573. *
  574. * Revision 1.61  2003/02/05 14:55:22  thiessen
  575. * always load single structure even if structureLimit == 0
  576. *
  577. * Revision 1.60  2003/02/03 19:20:05  thiessen
  578. * format changes: move CVS Log to bottom of file, remove std:: from .cpp files, and use new diagnostic macros
  579. *
  580. * Revision 1.59  2002/12/09 16:25:04  thiessen
  581. * allow negative score threshholds
  582. *
  583. * Revision 1.58  2002/12/06 17:07:15  thiessen
  584. * remove seqrow export format; add choice of repeat handling for FASTA export; export rows in display order
  585. *
  586. * Revision 1.57  2002/12/02 13:37:08  thiessen
  587. * add seqrow format export
  588. *
  589. * Revision 1.56  2002/10/13 22:58:08  thiessen
  590. * add redo ability to editor
  591. *
  592. * Revision 1.55  2002/09/09 13:38:23  thiessen
  593. * separate save and save-as
  594. *
  595. * Revision 1.54  2002/09/03 13:15:58  thiessen
  596. * add A2M export
  597. *
  598. * Revision 1.53  2002/08/15 22:13:16  thiessen
  599. * update for wx2.3.2+ only; add structure pick dialog; fix MultitextDialog bug
  600. *
  601. * Revision 1.52  2002/06/06 01:30:02  thiessen
  602. * fixes for linux/gcc
  603. *
  604. * Revision 1.51  2002/06/05 14:28:40  thiessen
  605. * reorganize handling of window titles
  606. *
  607. * Revision 1.50  2002/04/22 18:01:55  thiessen
  608. * add default extension for alignment export
  609. *
  610. * Revision 1.49  2002/04/22 14:27:28  thiessen
  611. * add alignment export
  612. *
  613. * Revision 1.48  2002/03/07 19:16:04  thiessen
  614. * don't auto-show sequence windows
  615. *
  616. * Revision 1.47  2002/03/04 15:52:14  thiessen
  617. * hide sequence windows instead of destroying ; add perspective/orthographic projection choice
  618. *
  619. * Revision 1.46  2002/03/01 15:48:05  thiessen
  620. * revert to single line per sequence
  621. *
  622. * Revision 1.45  2002/02/28 19:11:52  thiessen
  623. * wrap sequences in single-structure mode
  624. *
  625. * Revision 1.44  2001/12/06 23:13:45  thiessen
  626. * finish import/align new sequences into single-structure data; many small tweaks
  627. *
  628. * Revision 1.43  2001/11/30 14:02:05  thiessen
  629. * progress on sequence imports to single structures
  630. *
  631. * Revision 1.42  2001/10/01 16:04:24  thiessen
  632. * make CDD annotation window non-modal; add SetWindowTitle to viewers
  633. *
  634. * Revision 1.41  2001/04/05 22:55:36  thiessen
  635. * change bg color handling ; show geometry violations
  636. *
  637. * Revision 1.40  2001/04/04 00:27:14  thiessen
  638. * major update - add merging, threader GUI controls
  639. *
  640. * Revision 1.39  2001/03/30 03:07:34  thiessen
  641. * add threader score calculation & sorting
  642. *
  643. * Revision 1.38  2001/03/13 01:25:06  thiessen
  644. * working undo system for >1 alignment (e.g., update window)
  645. *
  646. * Revision 1.37  2001/03/09 15:49:04  thiessen
  647. * major changes to add initial update viewer
  648. *
  649. * Revision 1.36  2001/03/02 15:32:52  thiessen
  650. * minor fixes to save & show/hide dialogs, wx string headers
  651. *
  652. * Revision 1.35  2001/03/01 20:15:51  thiessen
  653. * major rearrangement of sequence viewer code into base and derived classes
  654. *
  655. * Revision 1.34  2001/02/13 01:03:57  thiessen
  656. * backward-compatible domain ID's in output; add ability to delete rows
  657. *
  658. * Revision 1.33  2001/02/08 23:01:51  thiessen
  659. * hook up C-toolkit stuff for threading; working PSSM calculation
  660. *
  661. * Revision 1.32  2001/01/26 19:29:59  thiessen
  662. * limit undo stack size ; fix memory leak
  663. *
  664. * Revision 1.31  2000/12/29 19:23:39  thiessen
  665. * save row order
  666. *
  667. * Revision 1.30  2000/12/21 23:42:16  thiessen
  668. * load structures from cdd's
  669. *
  670. * Revision 1.29  2000/12/15 15:51:47  thiessen
  671. * show/hide system installed
  672. *
  673. * Revision 1.28  2000/11/30 15:49:39  thiessen
  674. * add show/hide rows; unpack sec. struc. and domain features
  675. *
  676. * Revision 1.27  2000/11/17 19:48:14  thiessen
  677. * working show/hide alignment row
  678. *
  679. * Revision 1.26  2000/11/12 04:02:59  thiessen
  680. * working file save including alignment edits
  681. *
  682. * Revision 1.25  2000/11/11 21:15:54  thiessen
  683. * create Seq-annot from BlockMultipleAlignment
  684. *
  685. * Revision 1.24  2000/11/03 01:12:44  thiessen
  686. * fix memory problem with alignment cloning
  687. *
  688. * Revision 1.23  2000/11/02 16:56:02  thiessen
  689. * working editor undo; dynamic slave transforms
  690. *
  691. * Revision 1.22  2000/10/19 12:40:54  thiessen
  692. * avoid multiple sequence redraws with scroll set
  693. *
  694. * Revision 1.21  2000/10/17 14:35:06  thiessen
  695. * added row shift - editor basically complete
  696. *
  697. * Revision 1.20  2000/10/16 20:03:07  thiessen
  698. * working block creation
  699. *
  700. * Revision 1.19  2000/10/12 19:20:45  thiessen
  701. * working block deletion
  702. *
  703. * Revision 1.18  2000/10/12 16:22:45  thiessen
  704. * working block split
  705. *
  706. * Revision 1.17  2000/10/12 02:14:56  thiessen
  707. * working block boundary editing
  708. *
  709. * Revision 1.16  2000/10/05 18:34:43  thiessen
  710. * first working editing operation
  711. *
  712. * Revision 1.15  2000/10/04 17:41:30  thiessen
  713. * change highlight color (cell background) handling
  714. *
  715. * Revision 1.14  2000/10/03 18:59:23  thiessen
  716. * added row/column selection
  717. *
  718. * Revision 1.13  2000/10/02 23:25:22  thiessen
  719. * working sequence identifier window in sequence viewer
  720. *
  721. * Revision 1.12  2000/09/20 22:22:27  thiessen
  722. * working conservation coloring; split and center unaligned justification
  723. *
  724. * Revision 1.11  2000/09/15 19:24:22  thiessen
  725. * allow repeated structures w/o different local id
  726. *
  727. * Revision 1.10  2000/09/14 14:55:34  thiessen
  728. * add row reordering; misc fixes
  729. *
  730. * Revision 1.9  2000/09/12 01:47:38  thiessen
  731. * fix minor but obscure bug
  732. *
  733. * Revision 1.8  2000/09/11 22:57:33  thiessen
  734. * working highlighting
  735. *
  736. * Revision 1.7  2000/09/11 14:06:29  thiessen
  737. * working alignment coloring
  738. *
  739. * Revision 1.6  2000/09/11 01:46:16  thiessen
  740. * working messenger for sequence<->structure window communication
  741. *
  742. * Revision 1.5  2000/09/08 20:16:55  thiessen
  743. * working dynamic alignment views
  744. *
  745. * Revision 1.4  2000/09/07 17:37:35  thiessen
  746. * minor fixes
  747. *
  748. * Revision 1.3  2000/09/03 18:46:49  thiessen
  749. * working generalized sequence viewer
  750. *
  751. * Revision 1.2  2000/08/30 23:46:28  thiessen
  752. * working alignment display
  753. *
  754. * Revision 1.1  2000/08/30 19:48:42  thiessen
  755. * working sequence window
  756. *
  757. */