开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
update_viewer_window.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：30k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

update_viewer_window.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: update_viewer_window.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:29:52  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.61
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: update_viewer_window.cpp,v 1000.2 2004/06/01 18:29:52 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Authors:  Paul Thiessen
  36. *
  37. * File Description:
  38. *      implementation of GUI part of update viewer
  39. *
  40. * ===========================================================================
  41. */
  43. #ifdef _MSC_VER
  44. #pragma warning(disable:4018)   // disable signed/unsigned mismatch warning in MSVC
  45. #endif
  47. #include <ncbi_pch.hpp>
  48. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  50. #ifdef __WXMSW__
  51. #include <windows.h>
  52. #include <wx/msw/winundef.h>
  53. #endif
  54. #include <wx/wx.h>
  55. #include <wx/stattext.h>
  57. #include "update_viewer_window.hpp"
  58. #include "update_viewer.hpp"
  59. #include "messenger.hpp"
  60. #include "sequence_display.hpp"
  61. #include "alignment_manager.hpp"
  62. #include "cn3d_threader.hpp"
  63. #include "wx_tools.hpp"
  64. #include "cn3d_tools.hpp"
  65. #include "molecule_identifier.hpp"
  66. #include "cn3d_ba_interface.hpp"
  68. USING_NCBI_SCOPE;
  71. BEGIN_SCOPE(Cn3D)
  73. BEGIN_EVENT_TABLE(UpdateViewerWindow, wxFrame)
  74.     INCLUDE_VIEWER_WINDOW_BASE_EVENTS
  75.     EVT_CLOSE     (                                     UpdateViewerWindow::OnCloseWindow)
  76.     EVT_MENU      (MID_DELETE_ALL_BLOCKS,               UpdateViewerWindow::OnDelete)
  77.     EVT_MENU      (MID_SORT_UPDATES_IDENTIFIER,         UpdateViewerWindow::OnSortUpdates)
  78.     EVT_MENU_RANGE(MID_THREAD_ONE, MID_THREAD_ALL,      UpdateViewerWindow::OnRunThreader)
  79.     EVT_MENU_RANGE(MID_MERGE_ONE, MID_MERGE_ALL,        UpdateViewerWindow::OnMerge)
  80.     EVT_MENU_RANGE(MID_DELETE_ONE, MID_DELETE_ALL,      UpdateViewerWindow::OnDelete)
  81.     EVT_MENU_RANGE(MID_IMPORT_SEQUENCES, MID_IMPORT_STRUCTURE,  UpdateViewerWindow::OnImport)
  82.     EVT_MENU_RANGE(MID_BLAST_ONE, MID_BLAST_NEIGHBOR,   UpdateViewerWindow::OnRunBlast)
  83.     EVT_MENU_RANGE(MID_SET_REGION, MID_RESET_REGIONS,   UpdateViewerWindow::OnSetRegion)
  84.     EVT_MENU_RANGE(MID_BLOCKALIGN_ONE, MID_BLOCKALIGN_ALL,  UpdateViewerWindow::OnBlockAlign)
  85. END_EVENT_TABLE()
  87. UpdateViewerWindow::UpdateViewerWindow(UpdateViewer *thisUpdateViewer) :
  88.     ViewerWindowBase(thisUpdateViewer, wxPoint(0,50), wxSize(1000,300)),
  89.     updateViewer(thisUpdateViewer)
  90. {
  91.     SetWindowTitle();
  93.     // Edit menu
  94.     editMenu->AppendSeparator();
  95.     wxMenu *subMenu = new wxMenu;
  96.     subMenu->Append(MID_SORT_UPDATES_IDENTIFIER, "By &Identifier");
  97.     editMenu->Append(MID_SORT_UPDATES, "So&rt Imports...", subMenu);
  98.     editMenu->AppendSeparator();
  99.     editMenu->Append(MID_IMPORT_SEQUENCES, "&Import Sequences");
  100.     editMenu->Append(MID_IMPORT_STRUCTURE, "Import S&tructure");
  101.     // insert at hard-coded location, since FindItem doesn't seem to work...
  102.     editMenu->Insert(8, MID_DELETE_ALL_BLOCKS, "Delete A&ll Blocks", "", true);
  104.     // Mouse mode menu
  105.     menuBar->Enable(MID_SELECT_COLS, false);
  107.     // Algorithms menu
  108.     wxMenu *menu = new wxMenu;
  109.     menu->Append(MID_BLOCKALIGN_ONE, "B&lock Align Single", "", true);
  110.     menu->Append(MID_BLOCKALIGN_ALL, "Bloc&k Align All");
  111.     menu->AppendSeparator();
  112.     menu->Append(MID_BLAST_ONE, "&BLAST Single", "", true);
  113.     menu->Append(MID_BLAST_PSSM_ONE, "BLAST/&PSSM Single", "", true);
  114.     menu->Append(MID_BLAST_NEIGHBOR, "BLAST &Neighbor", "", true);
  115.     menu->AppendSeparator();
  116.     menu->Append(MID_THREAD_ONE, "Thread &Single", "", true);
  117.     menu->Append(MID_THREAD_ALL, "Thread &All");
  118.     menu->AppendSeparator();
  119.     menu->Append(MID_SET_REGION, "Set &Region", "", true);
  120.     menu->Append(MID_RESET_REGIONS, "Reset All Re&gions");
  121.     menuBar->Append(menu, "Al&gorithms");
  123.     // Alignments menu
  124.     menu = new wxMenu;
  125.     menu->Append(MID_MERGE_ONE, "&Merge Single", "", true);
  126.     menu->Append(MID_MERGE_NEIGHBOR, "Merge to &Neighbor", "", true);
  127.     menu->Append(MID_MERGE_ALL, "Merge &All");
  128.     menu->AppendSeparator();
  129.     menu->Append(MID_DELETE_ONE, "&Delete Single", "", true);
  130.     menu->Append(MID_DELETE_ALL, "Delete A&ll");
  131.     menuBar->Append(menu, "&Alignments");
  133.     // editor always on
  134.     EnableBaseEditorMenuItems(true);
  135.     menuBar->Check(MID_ENABLE_EDIT, true);
  136.     menuBar->Enable(MID_ENABLE_EDIT, false);
  138.     // set default mouse mode
  139.     viewerWidget->SetMouseMode(SequenceViewerWidget::eDragHorizontal);
  140.     menuBar->Check(MID_DRAG_HORIZ, true);
  141.     menuBar->Check(MID_SELECT_RECT, false);
  143.     SetMenuBar(menuBar);
  144. }
  146. UpdateViewerWindow::~UpdateViewerWindow(void)
  147. {
  148. }
  150. void UpdateViewerWindow::OnCloseWindow(wxCloseEvent& event)
  151. {
  152.     if (viewer) {
  153.         if (event.CanVeto()) {
  154.             Show(false);    // just hide the window if we can
  155.             event.Veto();
  156.             return;
  157.         }
  158.         SaveDialog(true, false);
  159.         viewer->GUIDestroyed(); // make sure UpdateViewer knows the GUI is gone
  160.         GlobalMessenger()->UnPostRedrawSequenceViewer(viewer);  // don't try to redraw after destroyed!
  161.     }
  162.     Destroy();
  163. }
  165. void UpdateViewerWindow::SetWindowTitle(void)
  166. {
  167.     SetTitle(wxString(GetWorkingTitle().c_str()) + " - Import Viewer");
  168. }
  170. void UpdateViewerWindow::EnableDerivedEditorMenuItems(bool enabled)
  171. {
  172. }
  174. void UpdateViewerWindow::OnRunThreader(wxCommandEvent& event)
  175. {
  176.     switch (event.GetId()) {
  177.         case MID_THREAD_ONE:
  178.             CancelAllSpecialModesExcept(MID_THREAD_ONE);
  179.             if (DoThreadSingle())
  180.                 SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  181.             else
  182.                 ThreadSingleOff();
  183.             break;
  184.         case MID_THREAD_ALL: {
  185.             if (!updateViewer->alignmentManager->GetCurrentMultipleAlignment()) {
  186.                 ERRORMSG("Can't run threader without existing core alignment");
  187.                 return;
  188.             }
  189.             if (updateViewer->GetCurrentAlignments().size() == 0) return;
  191.             // base nRS estimate on first update...
  192.             globalThreaderOptions.nRandomStarts = Threader::EstimateNRandomStarts(
  193.                 updateViewer->alignmentManager->GetCurrentMultipleAlignment(),
  194.                 updateViewer->GetCurrentAlignments().front());
  195.             ThreaderOptionsDialog optDialog(this, globalThreaderOptions);
  196.             if (optDialog.ShowModal() == wxCANCEL) return;  // user cancelled
  198.             if (!optDialog.GetValues(&globalThreaderOptions)) {
  199.                 ERRORMSG("Error retrieving options values from dialog");
  200.                 return;
  201.             }
  203.             RaiseLogWindow();
  204.             SetCursor(*wxHOURGLASS_CURSOR);
  205.             updateViewer->alignmentManager->ThreadAllUpdates(globalThreaderOptions);
  206.             SetCursor(wxNullCursor);
  207.             break;
  208.         }
  209.     }
  210. }
  212. void UpdateViewerWindow::OnMerge(wxCommandEvent& event)
  213. {
  214.     switch (event.GetId()) {
  215.         case MID_MERGE_ONE:
  216.             CancelAllSpecialModesExcept(MID_MERGE_ONE);
  217.             if (DoMergeSingle())
  218.                 SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  219.             else
  220.                 MergeSingleOff();
  221.             break;
  222.         case MID_MERGE_NEIGHBOR:
  223.             CancelAllSpecialModesExcept(MID_MERGE_NEIGHBOR);
  224.             if (DoMergeNeighbor())
  225.                 SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  226.             else
  227.                 MergeNeighborOff();
  228.             break;
  229.         case MID_MERGE_ALL:
  230.         {
  231.             AlignmentManager::UpdateMap all;    // construct map/list of all updates
  232.             const ViewerBase::AlignmentList& currentUpdates = updateViewer->GetCurrentAlignments();
  233.             if (currentUpdates.size() > 0) {
  234.                 ViewerBase::AlignmentList::const_iterator u, ue = currentUpdates.end();
  235.                 for (u=currentUpdates.begin(); u!=ue; ++u) all[*u] = true;
  236.                 updateViewer->alignmentManager->MergeUpdates(all, false);
  237.             }
  238.             break;
  239.         }
  240.     }
  241. }
  243. void UpdateViewerWindow::OnDelete(wxCommandEvent& event)
  244. {
  245.     switch (event.GetId()) {
  246.         case MID_DELETE_ALL_BLOCKS:
  247.             CancelAllSpecialModesExcept(MID_DELETE_ALL_BLOCKS);
  248.             if (DoDeleteAllBlocks())
  249.                 SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  250.             else
  251.                 DeleteAllBlocksOff();
  252.             break;
  253.         case MID_DELETE_ONE:
  254.             CancelAllSpecialModesExcept(MID_DELETE_ONE);
  255.             if (DoDeleteSingle())
  256.                 SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  257.             else
  258.                 DeleteSingleOff();
  259.             break;
  260.         case MID_DELETE_ALL: {
  261.             ViewerBase::AlignmentList empty;
  262.             updateViewer->ReplaceAlignments(empty);
  263.             break;
  264.         }
  265.     }
  266. }
  268. bool UpdateViewerWindow::SaveDialog(bool prompt, bool canCancel)
  269. {
  270.     // quick & dirty check for whether save is necessary, by whether Undo is enabled
  271.     if (!menuBar->IsEnabled(MID_UNDO)) return true;
  273.     int option = wxID_YES;
  275.     if (prompt) {
  276.         option = wxYES_NO | wxYES_DEFAULT | wxICON_EXCLAMATION | wxCENTRE;
  277.         if (canCancel) option |= wxCANCEL;
  279.         wxMessageDialog dialog(NULL, "Do you want to keep the changes to these updates?", "", option);
  280.         option = dialog.ShowModal();
  282.         if (option == wxID_CANCEL) return false; // user cancelled this operation
  283.     }
  285.     if (option == wxID_YES)
  286.         updateViewer->SaveAlignments();     // save data
  287.     else {
  288.         updateViewer->Revert(); // revert to original
  289.         updateViewer->EnableStacks();       // but keep undo stack active
  290.     }
  292.     return true;
  293. }
  295. void UpdateViewerWindow::OnImport(wxCommandEvent& event)
  296. {
  297.     if (event.GetId() == MID_IMPORT_SEQUENCES) updateViewer->ImportSequences();
  298.     else if (event.GetId() == MID_IMPORT_STRUCTURE) updateViewer->ImportStructure();
  299. }
  301. void UpdateViewerWindow::OnRunBlast(wxCommandEvent& event)
  302. {
  303.     switch (event.GetId()) {
  304.         case MID_BLAST_ONE:
  305.             CancelAllSpecialModesExcept(MID_BLAST_ONE);
  306.             if (DoBlastSingle())
  307.                 SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  308.             else
  309.                 BlastSingleOff();
  310.             break;
  311.         case MID_BLAST_PSSM_ONE:
  312.             CancelAllSpecialModesExcept(MID_BLAST_PSSM_ONE);
  313.             if (DoBlastPSSMSingle())
  314.                 SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  315.             else
  316.                 BlastPSSMSingleOff();
  317.             break;
  318.         case MID_BLAST_NEIGHBOR:
  319.             CancelAllSpecialModesExcept(MID_BLAST_NEIGHBOR);
  320.             if (DoBlastNeighborSingle())
  321.                 SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  322.             else
  323.                 BlastNeighborSingleOff();
  324.             break;
  325.     }
  326. }
  328. void UpdateViewerWindow::OnSortUpdates(wxCommandEvent& event)
  329. {
  330.     if (event.GetId() == MID_SORT_UPDATES_IDENTIFIER)
  331.         updateViewer->SortByIdentifier();
  332. }
  334. void UpdateViewerWindow::OnSetRegion(wxCommandEvent& event)
  335. {
  336.     if (event.GetId() == MID_SET_REGION) {
  337.         CancelAllSpecialModesExcept(MID_SET_REGION);
  338.         if (DoSetRegion())
  339.             SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  340.         else
  341.             SetRegionOff();
  342.     }
  344.     else if (event.GetId() == MID_RESET_REGIONS) {
  345. UpdateViewer::AlignmentList::const_iterator a, ae = updateViewer->GetCurrentAlignments().end();
  346.         for (a=updateViewer->GetCurrentAlignments().begin(); a!=ae; ++a) {
  347.             (*a)->alignSlaveFrom = -1;
  348.             (*a)->alignSlaveTo = -1;
  349.         }
  350.     }
  351. }
  353. void UpdateViewerWindow::OnBlockAlign(wxCommandEvent& event)
  354. {
  355.     if (event.GetId() == MID_BLOCKALIGN_ONE) {
  356.         CancelAllSpecialModesExcept(MID_BLOCKALIGN_ONE);
  357.         if (DoBlockAlignSingle())
  358.             SetCursor(*wxCROSS_CURSOR);
  359.         else
  360.             BlockAlignSingleOff();
  361.     }
  363.     else if (event.GetId() == MID_BLOCKALIGN_ALL) {
  364.         updateViewer->alignmentManager->BlockAlignAllUpdates();
  365.     }
  366. }
  369. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  370. // ThreaderOptionsDialog implementation
  371. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  373. BEGIN_EVENT_TABLE(ThreaderOptionsDialog, wxDialog)
  374.     EVT_BUTTON(-1,  ThreaderOptionsDialog::OnButton)
  375.     EVT_CLOSE (     ThreaderOptionsDialog::OnCloseWindow)
  376. END_EVENT_TABLE()
  378. ThreaderOptionsDialog::ThreaderOptionsDialog(wxWindow* parent, const ThreaderOptions& initialOptions) :
  379.     wxDialog(parent, -1, "Set Threader Options", wxDefaultPosition, wxDefaultSize,
  380.         wxCAPTION | wxSYSTEM_MENU) // not resizable
  381. {
  382.     // the following code is modified (heavily) from wxDesigner C++ output from threader_dialog.wdr
  383.     wxPanel *panel = new wxPanel(this, -1);
  384.     wxBoxSizer *item0 = new wxBoxSizer(wxVERTICAL);
  385.     wxBoxSizer *item1 = new wxBoxSizer(wxVERTICAL);
  386.     wxStaticBox *item3 = new wxStaticBox(panel, -1, "Threader Options");
  387.     wxStaticBoxSizer *item2 = new wxStaticBoxSizer(item3, wxHORIZONTAL);
  388.     wxFlexGridSizer *grid = new wxFlexGridSizer(3, 5, 0);
  390.     // PSSM weight
  391.     wxStaticText *item5 = new wxStaticText(panel, -1, "Weighting of PSSM/Contact score? [0 .. 1], 1 = PSSM only", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0);
  392.     grid->Add(item5, 0, wxALIGN_RIGHT|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5);
  393.     fpWeight = new FloatingPointSpinCtrl(panel,
  394.         0.0, 1.0, 0.05, initialOptions.weightPSSM,
  395.         wxDefaultPosition, wxSize(80, SPIN_CTRL_HEIGHT), 0,
  396.         wxDefaultPosition, wxSize(-1, SPIN_CTRL_HEIGHT));
  397.     grid->Add(fpWeight->GetTextCtrl(), 0, wxALIGN_CENTRE|wxLEFT|wxTOP|wxBOTTOM, 5);
  398.     grid->Add(fpWeight->GetSpinButton(), 0, wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxRIGHT|wxTOP|wxBOTTOM, 5);
  400.     // loop lengths
  401.     wxStaticText *item8 = new wxStaticText(panel, -1, "Loop length multiplier? [0.1 .. 10]", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0);
  402.     grid->Add(item8, 0, wxALIGN_RIGHT|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5);
  403.     fpLoops = new FloatingPointSpinCtrl(panel,
  404.         0.1, 10.0, 0.25, initialOptions.loopLengthMultiplier,
  405.         wxDefaultPosition, wxSize(80, SPIN_CTRL_HEIGHT), 0,
  406.         wxDefaultPosition, wxSize(-1, SPIN_CTRL_HEIGHT));
  407.     grid->Add(fpLoops->GetTextCtrl(), 0, wxALIGN_CENTRE|wxLEFT|wxTOP|wxBOTTOM, 5);
  408.     grid->Add(fpLoops->GetSpinButton(), 0, wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxRIGHT|wxTOP|wxBOTTOM, 5);
  410.     // random starts
  411.     wxStaticText *item11 = new wxStaticText(panel, -1, "Number of random starts? [1 .. 1000]", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0);
  412.     grid->Add(item11, 0, wxALIGN_RIGHT|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5);
  413.     iStarts = new IntegerSpinCtrl(panel,
  414.         1, 1000, 5, initialOptions.nRandomStarts,
  415.         wxDefaultPosition, wxSize(80, SPIN_CTRL_HEIGHT), 0,
  416.         wxDefaultPosition, wxSize(-1, SPIN_CTRL_HEIGHT));
  417.     grid->Add(iStarts->GetTextCtrl(), 0, wxALIGN_CENTRE|wxLEFT|wxTOP|wxBOTTOM, 5);
  418.     grid->Add(iStarts->GetSpinButton(), 0, wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxRIGHT|wxTOP|wxBOTTOM, 5);
  420.     // # results
  421.     wxStaticText *item14 = new wxStaticText(panel, -1, "Number of result alignments per row? [1 .. 20]", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0);
  422.     grid->Add(item14, 0, wxALIGN_RIGHT|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5);
  423.     iResults = new IntegerSpinCtrl(panel,
  424.         1, 20, 1, initialOptions.nResultAlignments,
  425.         wxDefaultPosition, wxSize(80, SPIN_CTRL_HEIGHT), 0,
  426.         wxDefaultPosition, wxSize(-1, SPIN_CTRL_HEIGHT));
  427.     grid->Add(iResults->GetTextCtrl(), 0, wxALIGN_CENTRE|wxLEFT|wxTOP|wxBOTTOM, 5);
  428.     grid->Add(iResults->GetSpinButton(), 0, wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxRIGHT|wxTOP|wxBOTTOM, 5);
  430.     // terminal residue cutoff
  431.     wxStaticText *item16 = new wxStaticText(panel, -1, "Terminal residue cutoff? [-1..N], -1 = unrestricted", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0);
  432.     grid->Add(item16, 0, wxALIGN_RIGHT|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5);
  433.     iCutoff = new IntegerSpinCtrl(panel,
  434.         -1, 100000, 1, initialOptions.terminalResidueCutoff,
  435.         wxDefaultPosition, wxSize(80, SPIN_CTRL_HEIGHT), 0,
  436.         wxDefaultPosition, wxSize(-1, SPIN_CTRL_HEIGHT));
  437.     grid->Add(iCutoff->GetTextCtrl(), 0, wxALIGN_CENTRE|wxLEFT|wxTOP|wxBOTTOM, 5);
  438.     grid->Add(iCutoff->GetSpinButton(), 0, wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxRIGHT|wxTOP|wxBOTTOM, 5);
  440.     // merge results
  441.     wxStaticText *item17 = new wxStaticText(panel, -1, "Merge results after each row is threaded?", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0);
  442.     grid->Add(item17, 0, wxALIGN_RIGHT|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5);
  443.     bMerge = new wxCheckBox(panel, -1, "", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0);
  444.     bMerge->SetValue(initialOptions.mergeAfterEachSequence);
  445.     grid->Add(bMerge, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5);
  446.     grid->Add(20, SPIN_CTRL_HEIGHT, 0, wxALIGN_CENTRE|wxRIGHT|wxTOP|wxBOTTOM, 5);
  448.     // freeze blocks
  449.     wxStaticText *item19 = new wxStaticText(panel, -1, "Freeze isolated blocks?", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0);
  450.     grid->Add(item19, 0, wxALIGN_RIGHT|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5);
  451.     bFreeze = new wxCheckBox(panel, -1, "", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0);
  452.     bFreeze->SetValue(initialOptions.freezeIsolatedBlocks);
  453.     grid->Add(bFreeze, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5);
  454.     grid->Add(20, SPIN_CTRL_HEIGHT, 0, wxALIGN_CENTRE|wxRIGHT|wxTOP|wxBOTTOM, 5);
  456.     item2->Add(grid, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5);
  457.     item1->Add(item2, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5);
  458.     wxBoxSizer *item21 = new wxBoxSizer(wxHORIZONTAL);
  460.     bOK = new wxButton(panel, -1, "OK", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0);
  461.     bOK->SetDefault();
  462.     item21->Add(bOK, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5);
  464.     bCancel = new wxButton(panel, -1, "Cancel", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0);
  465.     item21->Add(bCancel, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5);
  467.     item1->Add(item21, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5);
  468.     item0->Add(item1, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5);
  469.     panel->SetAutoLayout(true);
  470.     panel->SetSizer(item0);
  471.     item0->Fit(this);
  472.     item0->Fit(panel);
  473.     item0->SetSizeHints(this);
  474. }
  476. ThreaderOptionsDialog::~ThreaderOptionsDialog(void)
  477. {
  478.     delete fpWeight;
  479.     delete fpLoops;
  480.     delete iStarts;
  481.     delete iResults;
  482.     delete iCutoff;
  483. }
  485. bool ThreaderOptionsDialog::GetValues(ThreaderOptions *options)
  486. {
  487.     options->mergeAfterEachSequence = bMerge->GetValue();
  488.     options->freezeIsolatedBlocks = bFreeze->GetValue();
  489.     return (
  490.         fpWeight->GetDouble(&options->weightPSSM) &&
  491.         fpLoops->GetDouble(&options->loopLengthMultiplier) &&
  492.         iStarts->GetInteger(&options->nRandomStarts) &&
  493.         iResults->GetInteger(&options->nResultAlignments) &&
  494.         iCutoff->GetInteger(&options->terminalResidueCutoff)
  495.     );
  496. }
  498. void ThreaderOptionsDialog::OnCloseWindow(wxCloseEvent& event)
  499. {
  500.     EndModal(wxCANCEL);
  501. }
  503. void ThreaderOptionsDialog::OnButton(wxCommandEvent& event)
  504. {
  505.     if (event.GetEventObject() == bOK) {
  506.         ThreaderOptions dummy;
  507.         if (GetValues(&dummy))  // can't successfully quit if values aren't valid
  508.             EndModal(wxOK);
  509.         else
  510.             wxBell();
  511.     } else if (event.GetEventObject() == bCancel) {
  512.         EndModal(wxCANCEL);
  513.     } else {
  514.         event.Skip();
  515.     }
  516. }
  519. ///// RegionDialog stuff; window setup taken from region_dialog.wdr
  521. #define ID_TEXT 10000
  522. #define ID_T_TITLE 10001
  523. #define ID_TEXTCTRL 10002
  524. #define ID_SPINBUTTON 10003
  525. #define ID_B_OK 10004
  526. #define ID_B_CANCEL 10005
  528. BEGIN_EVENT_TABLE(RegionDialog, wxDialog)
  529.     EVT_BUTTON(-1,  RegionDialog::OnButton)
  530.     EVT_CLOSE (     RegionDialog::OnCloseWindow)
  531. END_EVENT_TABLE()
  533. RegionDialog::RegionDialog(wxWindow* parentFrame,
  534.         const Sequence* sequence, int initialFrom, int initialTo) :
  535.     wxDialog(parentFrame, -1, "Set Alignment Region", wxDefaultPosition, wxDefaultSize,
  536.         wxCAPTION | wxSYSTEM_MENU) // not resizable
  537. {
  538.     wxPanel *parent = new wxPanel(this, -1);
  539.     wxBoxSizer *item0 = new wxBoxSizer( wxVERTICAL );
  541.     wxStaticBox *item2 = new wxStaticBox( parent, -1, "Region" );
  542.     wxStaticBoxSizer *item1 = new wxStaticBoxSizer( item2, wxVERTICAL );
  544.     wxFlexGridSizer *item3 = new wxFlexGridSizer( 1, 0, 0, 0 );
  545.     item3->AddGrowableCol( 1 );
  547.     wxStaticText *item4 = new wxStaticText( parent, ID_TEXT, "Sequence:", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  548.     item3->Add( item4, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  550.     wxString title;
  551.     title.Printf("%s, length %i", sequence->identifier->ToString().c_str(), sequence->Length());
  552.     wxStaticText *item5 = new wxStaticText( parent, ID_T_TITLE, title, wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  553.     item3->Add( item5, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5 );
  555.     item1->Add( item3, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5 );
  557.     wxFlexGridSizer *item6 = new wxFlexGridSizer( 1, 0, 0, 0 );
  558.     item6->AddGrowableCol( 1 );
  559.     item6->AddGrowableRow( 4 );
  561.     wxStaticText *item7 = new wxStaticText( parent, ID_TEXT, "From:", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  562.     item6->Add( item7, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  564.     iFrom = new IntegerSpinCtrl(parent, 0, sequence->Length(), 1, initialFrom,
  565.         wxDefaultPosition, wxSize(80, SPIN_CTRL_HEIGHT), 0,
  566.         wxDefaultPosition, wxSize(-1, SPIN_CTRL_HEIGHT));
  567.     item6->Add( iFrom->GetTextCtrl(), 0, wxALIGN_CENTRE|wxLEFT|wxTOP|wxBOTTOM, 5 );
  568.     item6->Add( iFrom->GetSpinButton(), 0, wxALIGN_CENTRE|wxRIGHT|wxTOP|wxBOTTOM, 5 );
  570.     wxStaticText *item10 = new wxStaticText( parent, ID_TEXT, "To:", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  571.     item6->Add( item10, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  573.     iTo = new IntegerSpinCtrl(parent, 0, sequence->Length(), 1, initialTo,
  574.         wxDefaultPosition, wxSize(80, SPIN_CTRL_HEIGHT), 0,
  575.         wxDefaultPosition, wxSize(-1, SPIN_CTRL_HEIGHT));
  576.     item6->Add( iTo->GetTextCtrl(), 0, wxALIGN_CENTRE|wxLEFT|wxTOP|wxBOTTOM, 5 );
  577.     item6->Add( iTo->GetSpinButton(), 0, wxALIGN_CENTRE|wxRIGHT|wxTOP|wxBOTTOM, 5 );
  579.     item1->Add( item6, 0, wxGROW|wxALIGN_CENTER_VERTICAL|wxALL, 5 );
  581.     item0->Add( item1, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  583.     wxBoxSizer *item13 = new wxBoxSizer( wxHORIZONTAL );
  585.     wxButton *item14 = new wxButton( parent, ID_B_OK, "OK", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  586.     item14->SetDefault();
  587.     item13->Add( item14, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  589.     wxButton *item15 = new wxButton( parent, ID_B_CANCEL, "Cancel", wxDefaultPosition, wxDefaultSize, 0 );
  590.     item13->Add( item15, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  592.     item0->Add( item13, 0, wxALIGN_CENTRE|wxALL, 5 );
  594.     parent->SetAutoLayout( TRUE );
  595.     parent->SetSizer( item0 );
  596.     item0->Fit( this );
  597.     item0->Fit( parent );
  598.     item0->SetSizeHints( this );
  599. }
  601. RegionDialog::~RegionDialog(void)
  602. {
  603.     delete iFrom;
  604.     delete iTo;
  605. }
  607. void RegionDialog::OnCloseWindow(wxCloseEvent& event)
  608. {
  609.     EndModal(wxCANCEL);
  610. }
  612. void RegionDialog::OnButton(wxCommandEvent& event)
  613. {
  614.     if (event.GetId() == ID_B_OK) {
  615.         int dummy1, dummy2;
  616.         if (GetValues(&dummy1, &dummy2))  // can't successfully quit if values aren't valid
  617.             EndModal(wxOK);
  618.         else
  619.             wxBell();
  620.     } else if (event.GetId() == ID_B_CANCEL) {
  621.         EndModal(wxCANCEL);
  622.     } else {
  623.         event.Skip();
  624.     }
  625. }
  627. bool RegionDialog::GetValues(int *from, int *to)
  628. {
  629.     return (iFrom->GetInteger(from) && iTo->GetInteger(to));
  630. }
  632. END_SCOPE(Cn3D)
  634. /*
  635. * ---------------------------------------------------------------------------
  636. * $Log: update_viewer_window.cpp,v $
  637. * Revision 1000.2  2004/06/01 18:29:52  gouriano
  638. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.61
  639. *
  640. * Revision 1.61  2004/05/21 21:41:40  gorelenk
  641. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  642. *
  643. * Revision 1.60  2004/03/15 18:38:52  thiessen
  644. * prefer prefix vs. postfix ++/-- operators
  645. *
  646. * Revision 1.59  2004/02/19 17:05:21  thiessen
  647. * remove cn3d/ from include paths; add pragma to disable annoying msvc warning
  648. *
  649. * Revision 1.58  2003/09/25 15:14:09  thiessen
  650. * add Reset All Regions command
  651. *
  652. * Revision 1.57  2003/02/03 19:20:08  thiessen
  653. * format changes: move CVS Log to bottom of file, remove std:: from .cpp files, and use new diagnostic macros
  654. *
  655. * Revision 1.56  2003/01/31 17:18:59  thiessen
  656. * many small additions and changes...
  657. *
  658. * Revision 1.55  2003/01/29 01:41:06  thiessen
  659. * add merge neighbor instead of merge near highlight
  660. *
  661. * Revision 1.54  2003/01/23 20:03:05  thiessen
  662. * add BLAST Neighbor algorithm
  663. *
  664. * Revision 1.53  2002/12/19 14:15:37  thiessen
  665. * mac fixes to menus, add icon
  666. *
  667. * Revision 1.52  2002/10/13 22:58:08  thiessen
  668. * add redo ability to editor
  669. *
  670. * Revision 1.51  2002/09/19 12:51:08  thiessen
  671. * fix block aligner / update bug; add distance select for other molecules only
  672. *
  673. * Revision 1.50  2002/09/16 21:24:58  thiessen
  674. * add block freezing to block aligner
  675. *
  676. * Revision 1.49  2002/09/09 13:38:23  thiessen
  677. * separate save and save-as
  678. *
  679. * Revision 1.48  2002/08/15 22:13:18  thiessen
  680. * update for wx2.3.2+ only; add structure pick dialog; fix MultitextDialog bug
  681. *
  682. * Revision 1.47  2002/08/13 20:46:38  thiessen
  683. * add global block aligner
  684. *
  685. * Revision 1.46  2002/08/01 01:55:16  thiessen
  686. * add block aligner options dialog
  687. *
  688. * Revision 1.45  2002/07/26 15:28:48  thiessen
  689. * add Alejandro's block alignment algorithm
  690. *
  691. * Revision 1.44  2002/07/03 13:39:40  thiessen
  692. * fix for redundant sequence removal
  693. *
  694. * Revision 1.43  2002/06/05 17:25:47  thiessen
  695. * change 'update' to 'import' in GUI
  696. *
  697. * Revision 1.42  2002/06/05 14:28:41  thiessen
  698. * reorganize handling of window titles
  699. *
  700. * Revision 1.41  2002/05/22 17:17:10  thiessen
  701. * progress on BLAST interface ; change custom spin ctrl implementation
  702. *
  703. * Revision 1.40  2002/05/17 19:10:27  thiessen
  704. * preliminary range restriction for BLAST/PSSM
  705. *
  706. * Revision 1.39  2002/05/07 20:22:47  thiessen
  707. * fix for BLAST/PSSM
  708. *
  709. * Revision 1.38  2002/05/02 18:40:25  thiessen
  710. * do BLAST/PSSM for debug builds only, for testing
  711. *
  712. * Revision 1.37  2002/04/27 16:32:15  thiessen
  713. * fix small leaks/bugs found by BoundsChecker
  714. *
  715. * Revision 1.36  2002/04/26 13:46:42  thiessen
  716. * comment out all blast/pssm methods
  717. *
  718. * Revision 1.35  2002/04/15 15:34:55  thiessen
  719. * remove BLAST/PSSM for now
  720. *
  721. * Revision 1.34  2002/03/28 14:06:02  thiessen
  722. * preliminary BLAST/PSSM ; new CD startup style
  723. *
  724. * Revision 1.33  2002/03/04 15:52:15  thiessen
  725. * hide sequence windows instead of destroying ; add perspective/orthographic projection choice
  726. *
  727. * Revision 1.32  2002/02/21 22:01:49  thiessen
  728. * remember alignment range on demotion
  729. *
  730. * Revision 1.31  2002/02/21 12:26:30  thiessen
  731. * fix row delete bug ; remember threader options
  732. *
  733. * Revision 1.30  2002/02/13 14:53:30  thiessen
  734. * add update sort
  735. *
  736. * Revision 1.29  2002/02/12 17:19:23  thiessen
  737. * first working structure import
  738. *
  739. * Revision 1.28  2001/12/06 23:13:47  thiessen
  740. * finish import/align new sequences into single-structure data; many small tweaks
  741. *
  742. * Revision 1.27  2001/11/30 14:02:05  thiessen
  743. * progress on sequence imports to single structures
  744. *
  745. * Revision 1.26  2001/11/27 16:26:10  thiessen
  746. * major update to data management system
  747. *
  748. * Revision 1.25  2001/10/08 00:00:09  thiessen
  749. * estimate threader N random starts; edit CDD name
  750. *
  751. * Revision 1.24  2001/09/27 15:38:00  thiessen
  752. * decouple sequence import and BLAST
  753. *
  754. * Revision 1.23  2001/09/24 14:37:52  thiessen
  755. * more wxPanel stuff - fix for new heirarchy in wx 2.3.2+
  756. *
  757. * Revision 1.22  2001/09/24 13:29:55  thiessen
  758. * fix wxPanel issues
  759. *
  760. * Revision 1.21  2001/09/18 03:10:46  thiessen
  761. * add preliminary sequence import pipeline
  762. *
  763. * Revision 1.20  2001/08/24 18:53:43  thiessen
  764. * add filename to sequence viewer window titles
  765. *
  766. * Revision 1.19  2001/08/06 20:22:01  thiessen
  767. * add preferences dialog ; make sure OnCloseWindow get wxCloseEvent
  768. *
  769. * Revision 1.18  2001/06/01 21:48:26  thiessen
  770. * add terminal cutoff to threading
  771. *
  772. * Revision 1.17  2001/05/31 18:47:10  thiessen
  773. * add preliminary style dialog; remove LIST_TYPE; add thread single and delete all; misc tweaks
  774. *
  775. * Revision 1.16  2001/05/24 21:38:41  thiessen
  776. * fix threader options initial values
  777. *
  778. * Revision 1.15  2001/05/24 13:32:32  thiessen
  779. * further tweaks for GTK
  780. *
  781. * Revision 1.14  2001/05/23 17:45:40  thiessen
  782. * change dialog implementation to wxDesigner; interface changes
  783. *
  784. * Revision 1.13  2001/05/22 19:09:32  thiessen
  785. * many minor fixes to compile/run on Solaris/GTK
  786. *
  787. * Revision 1.12  2001/05/17 18:34:26  thiessen
  788. * spelling fixes; change dialogs to inherit from wxDialog
  789. *
  790. * Revision 1.11  2001/05/15 23:48:38  thiessen
  791. * minor adjustments to compile under Solaris/wxGTK
  792. *
  793. * Revision 1.10  2001/05/15 14:57:56  thiessen
  794. * add cn3d_tools; bring up log window when threading starts
  795. *
  796. * Revision 1.9  2001/05/02 13:46:29  thiessen
  797. * major revision of stuff relating to saving of updates; allow stored null-alignments
  798. *
  799. * Revision 1.8  2001/04/19 12:58:32  thiessen
  800. * allow merge and delete of individual updates
  801. *
  802. * Revision 1.7  2001/04/12 18:10:00  thiessen
  803. * add block freezing
  804. *
  805. * Revision 1.6  2001/04/04 00:27:15  thiessen
  806. * major update - add merging, threader GUI controls
  807. *
  808. * Revision 1.5  2001/03/28 23:02:17  thiessen
  809. * first working full threading
  810. *
  811. * Revision 1.4  2001/03/22 00:33:18  thiessen
  812. * initial threading working (PSSM only); free color storage in undo stack
  813. *
  814. * Revision 1.3  2001/03/17 14:06:49  thiessen
  815. * more workarounds for namespace/#define conflicts
  816. *
  817. * Revision 1.2  2001/03/13 01:25:06  thiessen
  818. * working undo system for >1 alignment (e.g., update window)
  819. *
  820. * Revision 1.1  2001/03/09 15:49:06  thiessen
  821. * major changes to add initial update viewer
  822. *
  823. */