开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
id1_fetch.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：31k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

id1_fetch.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: id1_fetch.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:30:30  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.50
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: id1_fetch.cpp,v 1000.2 2004/06/01 18:30:30 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author:  Denis Vakatov, Aleksey Grichenko, Aaron Ucko
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *   New IDFETCH network client (get data from "ID1")
  39.  */
  41. #include <ncbi_pch.hpp>
  42. #include <corelib/ncbiapp.hpp>
  43. #include <corelib/ncbienv.hpp>
  44. #include <corelib/ncbiargs.hpp>
  45. #include <corelib/ncbireg.hpp>
  47. #include <connect/ncbi_core_cxx.hpp>
  49. #include <serial/enumvalues.hpp>
  50. #include <serial/objostrasnb.hpp>
  51. #include <serial/iterator.hpp>
  53. #include <objects/entrez2/Entrez2_boolean_element.hpp>
  54. #include <objects/entrez2/Entrez2_boolean_exp.hpp>
  55. #include <objects/entrez2/Entrez2_boolean_reply.hpp>
  56. #include <objects/entrez2/Entrez2_db_id.hpp>
  57. #include <objects/entrez2/Entrez2_docsum.hpp>
  58. #include <objects/entrez2/Entrez2_docsum_data.hpp>
  59. #include <objects/entrez2/Entrez2_docsum_list.hpp>
  60. #include <objects/entrez2/Entrez2_eval_boolean.hpp>
  61. #include <objects/entrez2/Entrez2_id_list.hpp>
  62. #include <objects/entrez2/entrez2_client.hpp>
  63. #include <objects/general/Date.hpp>
  64. #include <objects/general/Date_std.hpp>
  65. #include <objects/general/Dbtag.hpp>
  66. #include <objects/general/Object_id.hpp>
  67. #include <objects/id1/ID1Seq_hist.hpp>
  68. #include <objects/id1/ID1server_maxcomplex.hpp>
  69. #include <objects/id1/id1_client.hpp>
  71. #include <objmgr/graph_ci.hpp>
  72. #include <objmgr/object_manager.hpp>
  73. #include <objmgr/scope.hpp>
  74. #include <objmgr/seq_vector.hpp>
  75. #include <objtools/data_loaders/genbank/gbloader.hpp>
  77. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  78. #include <objects/seq/Seq_descr.hpp>
  79. #include <objects/seq/Seq_hist_rec.hpp>
  80. #include <objects/seq/Seqdesc.hpp>
  81. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  82. #include <objects/seqloc/Textseq_id.hpp>
  83. #include <objects/seqres/Byte_graph.hpp>
  84. #include <objects/seqres/Seq_graph.hpp>
  85. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  86. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  87. #if 1
  88. #include <objtools/flat/flat_ncbi_formatter.hpp>
  89. #else
  90. #include <objmgr/util/genbank.hpp>
  91. #endif
  92. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  94. #include <memory>
  95. #include <algorithm>
  98. BEGIN_NCBI_SCOPE
  99. USING_SCOPE(NCBI_NS_NCBI::objects); // MSVC requires qualification (!)
  102. /////////////////////////////////
  103. //  CId1FetchApp::
  104. //
  106. class CId1FetchApp : public CNcbiApplication
  107. {
  108.     virtual void Init(void);
  109.     virtual int  Run (void);
  110.     virtual void Exit(void);
  112. private:
  113.     bool LookUpGI(int gi);
  114.     int  LookUpFastaSeqID(const string& s);
  115.     int  LookUpFlatSeqID(const string& s);
  117.     void WriteFastaIDs     (const list< CRef< CSeq_id > >& ids);
  119.     void WriteHistoryTable (const CID1server_back& id1_reply);
  120.     void WriteQualityScores(CBioseq_Handle& handle);
  122.     CNcbiOstream*        m_OutputFile;
  123.     CID1Client           m_ID1Client;
  124.     CEntrez2Client       m_E2Client;
  125.     CRef<CObjectManager> m_ObjMgr;
  126.     CRef<CScope>         m_Scope;
  127. };
  130. void CId1FetchApp::Init(void)
  131. {
  132.     // Prepare command line descriptions
  133.     //
  135.     // Create
  136.     auto_ptr<CArgDescriptions> arg_desc(new CArgDescriptions);
  138.     // GI
  139.     arg_desc->AddOptionalKey
  140.         ("gi", "SeqEntryID",
  141.          "GI id of the Seq-Entry to fetch",
  142.          CArgDescriptions::eInteger);
  143.     arg_desc->SetConstraint
  144.         ("gi", new CArgAllow_Integers(0, 99999999));
  146.     // Output format
  147.     arg_desc->AddDefaultKey
  148.         ("fmt", "OutputFormat",
  149.          "Format to dump the resulting data in",
  150.          CArgDescriptions::eString, "asn");
  151.     arg_desc->SetConstraint
  152.         ("fmt", &(*new CArgAllow_Strings,
  153.                   "asn", "asnb", "xml", "genbank", "genpept", "fasta",
  154.                   "quality", "docsum"));
  156.     // Output datafile
  157.     arg_desc->AddDefaultKey
  158.         ("out", "ResultFile",
  159.          "File to dump the resulting data to",
  160.          CArgDescriptions::eOutputFile, "-", CArgDescriptions::fBinary);
  162.     // Log file
  163.     arg_desc->AddOptionalKey
  164.         ("log", "LogFile",
  165.          "File to post errors and messages to",
  166.          CArgDescriptions::eOutputFile,
  167.          0);
  169.     // Database to use
  170.     arg_desc->AddOptionalKey
  171.         ("db", "Database", // was "-d" in `idfetch'
  172.          "Database to use",
  173.          CArgDescriptions::eString);
  174.     
  175.     // Entity number
  176.     arg_desc->AddOptionalKey
  177.         ("ent", "EntityNumber", // was "-e" in `idfetch'
  178.          "(Sub)entity number (retrieval number) to dump",
  179.          CArgDescriptions::eInteger);
  180.     arg_desc->SetConstraint
  181.         ("ent", new CArgAllow_Integers(0, 99999999));
  183.     // Type of lookup
  184.     arg_desc->AddDefaultKey
  185.         ("lt", "LookupType", // combination of "-i" (!) and "-n" in `idfetch'
  186.          "Type of lookup",
  187.          CArgDescriptions::eString, "entry");
  188.     arg_desc->SetConstraint
  189.         ("lt", &(*new CArgAllow_Strings,
  190.                  "entry", "state", "ids", "history", "revisions", "none"));
  191.     
  192.     // File with list of stuff to dump
  193.     arg_desc->AddOptionalKey
  194.         ("in", "RequestFile", // was "-G" (!) in `idfetch'
  195.          "File with list of GIs, (versioned) accessions, FASTA SeqIDs to dump",
  196.          CArgDescriptions::eInputFile, CArgDescriptions::fPreOpen);
  197.          
  198.     // Maximum complexity
  199.     arg_desc->AddDefaultKey
  200.         ("maxplex", "MaxComplexity", // was "-c" in `idfetch'
  201.          "Maximum complexity to return",
  202.          CArgDescriptions::eString, "entry");
  203.     arg_desc->SetConstraint
  204.         ("maxplex", &(*new CArgAllow_Strings,
  205.                       "entry", "bioseq", "bioseq-set", "nuc-prot",
  206.                       "pub-set"));
  207.     
  208.     // Flattened SeqID
  209.     arg_desc->AddOptionalKey
  210.         ("flat", "FlatID", // was "-f" in `idfetch'
  211.          "Flattened SeqID; format can ben"
  212.          "t'type([name][,[accession][,[release][,version]]])'"
  213.          " [e.g., '5(HUMHBB)'],n"
  214.          "ttype=accession[.version], or type:number",
  215.          CArgDescriptions::eString);
  216.     
  217.     // FASTA-style SeqID
  218.     arg_desc->AddOptionalKey
  219.         ("fasta", "FastaID", // was "-s" in `idfetch'
  220.          "FASTA-style SeqID, in the form "type|data"; choices aren"
  221.          "tlcl|int lcl|str bbs|int bbm|int gim|int gb|acc|loc emb|acc|locn"
  222.          "tpir|acc|name sp|acc|name pat|country|patent|seq ref|acc|name|reln"
  223.          "tgnl|db|id gi|int dbj|acc|loc prf|acc|name pdb|entry|chainn"
  224.          "ttpg|acc|name tpe|acc|name tpd|acc|name",
  225.          CArgDescriptions::eString);
  227.     // Generate GI list by Entrez query
  228.     arg_desc->AddOptionalKey
  229.         ("query", "EntrezQueryString", // was "-q" in `idfetch'
  230.          "Generate GI list by Entrez query given on command line",
  231.          CArgDescriptions::eString);
  232.     arg_desc->AddOptionalKey
  233.         ("qf", "EntrezQueryFile", // was "-Q" in `idfetch'
  234.          "Generate GI list by Entrez query in given file",
  235.          CArgDescriptions::eInputFile, CArgDescriptions::fPreOpen);
  237.     // Program description
  238.     string prog_description =
  239.         "Fetch SeqEntry from ID server by its GI ID, possibly obtained fromn"
  240.         "its SeqID or an Entrez query";
  241.     arg_desc->SetUsageContext(GetArguments().GetProgramBasename(),
  242.                               prog_description, false);
  245.     arg_desc->AddDefaultKey
  246.         ("repeat", "repeat",
  247.          "Repeat fetch number of times",
  248.          CArgDescriptions::eInteger, "1");
  250.     // Pass argument descriptions to the application
  251.     //
  253.     SetupArgDescriptions(arg_desc.release());
  254. }
  257. // Workaround for "replace_if"
  258. inline bool s_IsControl(char c)
  259. {
  260.     return iscntrl(c) ? true : false;
  261. }
  264. int CId1FetchApp::Run(void)
  265. {
  266.     // Process command line args
  267.     const CArgs& args = GetArgs();
  269.     // Setup and tune logging facilities
  270.     if ( args["log"] ) {
  271.         SetDiagStream( &args["log"].AsOutputFile() );
  272.     }
  273. #ifdef _DEBUG
  274.     // SetDiagTrace(eDT_Enable);
  275.     SetDiagPostLevel(eDiag_Info);
  276.     SetDiagPostFlag(eDPF_All);
  277. #endif
  279.     // Make sure the combination of arguments is valid
  280.     {{
  281.         int id_count = 0;
  282.         const string& fmt = args["fmt"].AsString();
  284.         if (args["gi"])     id_count++;
  285.         if (args["in"])     id_count++;
  286.         if (args["flat"])   id_count++;
  287.         if (args["fasta"])  id_count++;
  288.         if (args["query"])  id_count++;
  289.         if (args["qf"])     id_count++;
  291.         if (id_count != 1) {
  292.             NCBI_THROW(CArgException,eNoArg,
  293.                 "You must supply exactly one argument"
  294.                 " indicating what to look up.");
  295.         }
  296.         if ((args["query"]  ||  args["qf"]  ||  fmt == "docsum")
  297.             &&  !args["db"]) {
  298.             ERR_POST("No Entrez database supplied.  Try -db Nucleotide or "
  299.                      "-db Protein.");
  300.             return -1;
  301.         }
  302.         if ((fmt == "genbank"  ||  fmt == "genpept"  ||  fmt == "quality")
  303.             &&  args["lt"].AsString() != "entry") {
  304.             ERR_POST("The output format '" << fmt
  305.                      << "' is only available for Seq-Entries.");
  306.             return -1;
  307.         }
  308.     }}
  310.     // Setup application registry, error log, and MT-lock for CONNECT library
  311.     CONNECT_Init(&GetConfig());
  313.     m_E2Client.SetDefaultRequest().SetTool("id1_fetch");
  315.     // Open output file
  316.     m_OutputFile = &args["out"].AsOutputFile();
  318.     // Set up object manager
  319.     m_ObjMgr = new CObjectManager;
  320.     m_Scope = new CScope(*m_ObjMgr);
  321.     m_ObjMgr->RegisterDataLoader( *new CGBDataLoader("GENBANK"));
  322.     m_Scope->AddDataLoader("GENBANK");
  324.     int repeat = args["repeat"].AsInteger();
  325.     for ( int pass = 0; pass < repeat; ++pass ) {
  326.     if (args["gi"]) {
  327.         if ( !LookUpGI(args["gi"].AsInteger()) )
  328.             return -1;
  329.     }
  331.     if (args["fasta"]) {
  332.         int gi = LookUpFastaSeqID(args["fasta"].AsString());
  333.         if (gi <= 0  ||  !LookUpGI(gi)) {
  334.             return -1;
  335.         }
  336.     }
  338.     if (args["flat"]) {
  339.         int gi = LookUpFlatSeqID(args["flat"].AsString());
  340.         if (gi <= 0  ||  !LookUpGI(gi)) {
  341.             return -1;
  342.         }
  343.     }
  345.     if (args["in"]) {
  346.         CNcbiIstream& is = args["in"].AsInputFile();
  347.         while (is  &&  !is.eof()) {
  348.             string id;
  349.             int    gi;
  351.             is >> id;
  352.             if (id.empty()) {
  353.                 break;
  354.             }
  355.             if (id.find('|') != NPOS) {
  356.                 gi = LookUpFastaSeqID(id);
  357.             } else if (id.find_first_of(":=(") != NPOS) {
  358.                 gi = LookUpFlatSeqID(id);
  359.             } else {
  360.                 gi = NStr::StringToInt(id);
  361.             }
  363.             if (gi <= 0  ||  !LookUpGI(gi)) {
  364.                 return -1;
  365.             }
  366.         }
  367.     }
  369.     if (args["query"]  ||  args["qf"]) {
  370.         // Form query
  371.         CRef<CEntrez2_boolean_element> e2_element
  372.             (new CEntrez2_boolean_element);
  374.         if (args["query"]) {
  375.             e2_element->SetStr(args["query"].AsString());
  376.         } else {
  377.             CNcbiIstream& is = args["qf"].AsInputFile();
  378.             CNcbiOstrstream oss;
  379.             oss << is.rdbuf();
  380.             string& str = e2_element->SetStr();
  381.             str.assign(oss.str(), oss.pcount());
  382.             oss.freeze(false);
  383.             replace_if(str.begin(), str.end(), s_IsControl, ' ');
  384.         }
  386.         // Make the actual query
  387.         CRef<CEntrez2_boolean_reply> reply;
  388.         {{
  389.             CEntrez2_eval_boolean eb;
  390.             eb.SetReturn_UIDs(true);
  391.             CEntrez2_boolean_exp& query = eb.SetQuery();
  392.             query.SetExp().push_back(e2_element);
  393.             query.SetDb() = CEntrez2_db_id(args["db"].AsString());
  394.             reply = m_E2Client.AskEval_boolean(eb);
  395.         }}
  396.         if ( !reply->GetCount() ) {
  397.             ERR_POST("Entrez query returned no results.");
  398.             return -1;
  399.         }
  401.         // Query succeeded; proceed to next stage of lookup
  402.         for (CEntrez2_id_list::TConstUidIterator it
  403.                  = reply->GetUids().GetConstUidIterator();
  404.              !it.AtEnd();  ++it) {
  405.             if ( !LookUpGI(*it) ) {
  406.                 return -1;
  407.             }
  408.         }
  409.     }
  410.     }
  411.     return 0;
  412. }
  415. bool CId1FetchApp::LookUpGI(int gi)
  416. {    
  417.     const CArgs&             args       = GetArgs();
  418.     const string&            fmt        = args["fmt"].AsString();
  419.     const string&            lt         = args["lt"].AsString();
  420.     CConstRef<CSerialObject> reply_object;
  421.     bool                     use_objmgr = false;
  423.     if (lt == "none") {
  424.         *m_OutputFile << gi << NcbiEndl;
  425.         return true;  // Done
  426.     } else if (fmt == "docsum") {
  427.         // Handling this here costs some efficiency when the GI came
  428.         // from an Entrez query in the first place, but wins on generality.
  429.         CEntrez2_id_list uids;
  430.         uids.SetDb() = CEntrez2_db_id(args["db"].AsString());
  431.         uids.SetNum(1);
  432.         uids.SetUids().resize(uids.sm_UidSize);
  433.         {{
  434.             CEntrez2_id_list::TUidIterator it = uids.GetUidIterator();
  435.             *it = gi;
  436.         }}
  437.         CRef<CEntrez2_docsum_list> docs = m_E2Client.AskGet_docsum(uids);
  438.         if ( !docs->GetCount() ) {
  439.             ERR_POST("Entrez query returned no results.");
  440.             return false;
  441.         }
  443.         string caption, title;
  444.         for (CTypeConstIterator<CEntrez2_docsum_data> it = ConstBegin(*docs);
  445.              it;  ++it) {
  446.             // Should this be case-insensitive?
  447.             if (it->GetField_name() == "Caption") {
  448.                 caption = it->GetField_value();
  449.             } else if (it->GetField_name() == "Title") {
  450.                 title = it->GetField_value();
  451.             }
  452.         }
  453.         *m_OutputFile << '>';
  454.         if ( !caption.empty() ) {
  455.             *m_OutputFile << caption;
  456.         }
  457.         *m_OutputFile << ' ';
  458.         if ( !title.empty() ) {
  459.             *m_OutputFile << title;
  460.         }
  461.     } else if (lt == "entry") {
  462.         use_objmgr = true;
  463.     } else if (lt == "state") {
  464.         CRef<CID1server_back> id1_reply(new CID1server_back);
  465.         int state = m_ID1Client.AskGetgistate(gi, id1_reply);
  466.         if (fmt == "fasta") {
  467.             *m_OutputFile << "gi = " << gi << ", states: ";
  468.             switch (state & 0xff) {
  469.             case  0: *m_OutputFile << "NONEXISTENT"; break; // was "NOT EXIST"
  470.             case 10: *m_OutputFile << "DELETED";     break;
  471.             case 20: *m_OutputFile << "REPLACED";    break;
  472.             case 40: *m_OutputFile << "LIVE";        break;
  473.             default: *m_OutputFile << "UNKNOWN";     break;
  474.             }
  475.             if (state & 0x100) {
  476.                 *m_OutputFile << "|SUPPRESSED";
  477.             }
  478.             if (state & 0x200) {
  479.                 *m_OutputFile << "|WITHDRAWN";
  480.             }
  481.             if (state & 0x400) {
  482.                 *m_OutputFile << "|CONFIDENTIAL";
  483.             }
  484.         } else {
  485.             reply_object = id1_reply;
  486.         }
  487.     } else if (lt == "ids") {
  488. #if 1
  489.         CRef<CID1server_back> id1_reply(new CID1server_back);
  490.         CID1server_back::TIds ids
  491.             = m_ID1Client.AskGetseqidsfromgi(gi, id1_reply);
  492.         if (fmt == "fasta") {
  493.             WriteFastaIDs(ids);
  494.         } else {
  495.             reply_object = id1_reply;
  496.         }
  497. #else
  498.         use_objmgr = true;
  499. #endif
  500.     } else if (lt == "history"  ||  lt == "revisions") {
  501.         CRef<CID1server_back> id1_reply(new CID1server_back);
  502.         // ignore result -- it's simpler to use id1_reply
  503.         if (lt == "history") {
  504.             m_ID1Client.AskGetgihist(gi, id1_reply);
  505.         } else {
  506.             m_ID1Client.AskGetgirev(gi, id1_reply);
  507.         }
  508.         if (fmt == "fasta") {
  509.             WriteHistoryTable(*id1_reply);
  510.         } else {
  511.             reply_object = id1_reply;
  512.         }
  513.     }
  515.     CBioseq_Handle handle;
  516.     if (use_objmgr) {
  517.         // What about db, ent, and maxplex?
  518.         CSeq_id id;
  519.         id.SetGi(gi);
  520.         handle = m_Scope->GetBioseqHandle(id);
  521.         if ( !handle ) {
  522.             ERR_POST(Fatal << "Bioseq not found: " << id.DumpAsFasta());
  523.         }
  524.         reply_object.Reset(&handle.GetTopLevelSeqEntry());
  525.     }
  527.     // Dump server response in the specified format
  528.     ESerialDataFormat format = eSerial_None;
  529.     if        (fmt == "asn") {
  530.         format = eSerial_AsnText;
  531.     } else if (fmt == "asnb") {
  532.         format = eSerial_AsnBinary;
  533.     } else if (fmt == "xml") {
  534.         format = eSerial_Xml;
  535.     } else if (fmt == "fasta"  &&  lt == "ids") {
  536.         if (use_objmgr) {
  537.             WriteFastaIDs(handle.GetBioseq().GetId());
  538.         }
  539.     } else if (fmt == "fasta"  &&  lt == "entry") {
  540.         CFastaOstream out(*m_OutputFile);
  541.         out.SetFlag(CFastaOstream::eAssembleParts);
  542.         out.Write(handle);
  543.     } else if (fmt == "quality") {
  544.         WriteQualityScores(handle);
  545.     } else if (fmt == "genbank"  ||  fmt == "genpept") {
  546.         bool gp = fmt == "genpept";
  547.         const CSeq_entry& entry = handle.GetTopLevelSeqEntry();
  548. #if 1
  549.         CFlatNCBIFormatter formatter(*new CFlatTextOStream(*m_OutputFile),
  550.                                      *m_Scope, IFlatFormatter::eMode_Entrez);
  551.         formatter.Format(entry, formatter,
  552.                          gp ? IFlatFormatter::fSkipNucleotides
  553.                          : IFlatFormatter::fSkipProteins);
  554. #else
  555.         CGenbankWriter(*m_OutputFile, *m_Scope,
  556.                        gp ? CGenbankWriter::eFormat_Genpept
  557.                        : CGenbankWriter::eFormat_Genbank)
  558.             .Write(entry);
  559. #endif
  560.     }
  562.     if (reply_object.NotEmpty()  &&  format != eSerial_None) {
  563.         auto_ptr<CObjectOStream> asn_output
  564.            (CObjectOStream::Open(format, *m_OutputFile));
  565.         // *asn_output << *reply_object;
  566.         asn_output->Write(reply_object, reply_object->GetThisTypeInfo());
  567.     }
  569.     if (fmt != "asnb") {
  570.         *m_OutputFile << NcbiEndl;
  571.     }
  573.     return true;  // Done
  574. }
  577. // Cleanup
  578. void CId1FetchApp::Exit(void)
  579. {
  580.     SOCK_ShutdownAPI();
  581.     SetDiagStream(0);
  582. }
  585. int CId1FetchApp::LookUpFastaSeqID(const string& s)
  586. {
  587.     CSeq_id id(s);
  588.     return m_ID1Client.AskGetgi(id);
  589. }
  592. int CId1FetchApp::LookUpFlatSeqID(const string& s)
  593. {
  594.     CSeq_id::E_Choice type = static_cast<CSeq_id::E_Choice>(atoi(s.c_str()));
  595.     SIZE_TYPE pos = s.find_first_of(":=(");
  596.     if (pos == NPOS) {
  597.         THROW0_TRACE(runtime_error("Malformatted flat ID " + s));
  598.     }
  599.     string data = s.substr(pos + 1);
  601.     switch (s[pos]) {
  602.     case ':':
  603.     case '=':
  604.     {
  605.         CSeq_id id(type, data, kEmptyStr);
  606.         return m_ID1Client.AskGetgi(id);
  607.     }
  608.     case '(':
  609.     {
  610.         data.erase(data.end() - 1);
  611.         // remove last character, which should be ')'
  612.         vector<string> pieces;
  613.         NStr::Tokenize(data, ",", pieces);
  614.         pieces.resize(4, kEmptyStr);
  615.         // name acc rel ver -> acc name ver rel
  616.         CSeq_id id(type, pieces[1], pieces[0], pieces[3], pieces[2]);
  617.         return m_ID1Client.AskGetgi(id);
  618.     }
  619.     default: // can't happen, but shut the compiler up
  620.         return -1;
  621.     }
  622. }
  625. void CId1FetchApp::WriteFastaIDs(const list< CRef< CSeq_id > >& ids)
  626. {
  627.     ITERATE (list< CRef< CSeq_id > >, it, ids) {
  628.         if (it != ids.begin()) {
  629.             *m_OutputFile << '|';
  630.         }
  631.         (*it)->WriteAsFasta(*m_OutputFile);
  632.     }
  633. }
  636. // for formatting text
  637. class CTextColumn
  638. {
  639. public:
  640.     CTextColumn() : m_Width(0) { }
  641.     CTextColumn& Add(string s) {
  642.         m_Strings.push_back(s);
  643.         if (s.size() > m_Width)
  644.             m_Width = s.size();
  645.         return *this;
  646.     }
  647.     string Get(unsigned int index) const {
  648.         const string& s = m_Strings[index];
  649.         return s + string(m_Width - s.size(), ' ');
  650.     }
  651.     SIZE_TYPE Width()  const { return m_Width; }
  652.     size_t    Height() const { return m_Strings.size(); }
  653.  
  654. private:
  655.     SIZE_TYPE      m_Width;
  656.     vector<string> m_Strings;
  657. };
  660. void CId1FetchApp::WriteHistoryTable(const CID1server_back& id1_reply)
  661. {
  662.     CTextColumn gis, dates, dbs, numbers;
  663.     gis.Add("GI").Add("--");
  664.     dates.Add("Loaded").Add("------");
  665.     dbs.Add("DB").Add("--");
  666.     numbers.Add("Retrieval No.").Add("-------------");
  667.     for (CTypeConstIterator<CSeq_hist_rec> it = ConstBegin(id1_reply);
  668.          it;  ++it) {
  669.         int    gi = 0;
  670.         string dbname, number;
  672.         if ( it->GetDate().IsStr() ) {
  673.             dates.Add(it->GetDate().GetStr());
  674.         } else {
  675.             CNcbiOstrstream oss;
  676.             const CDate_std& date = it->GetDate().GetStd();
  677.             oss << setfill('0') << setw(2) << date.GetMonth() << '/'
  678.                 << setw(2) << date.GetDay() << '/' << date.GetYear();
  679.             dates.Add(CNcbiOstrstreamToString(oss));
  680.         }
  682.         ITERATE (CSeq_hist_rec::TIds, it2, it->GetIds()) {
  683.             if ( (*it2)->IsGi() ) {
  684.                 gi = (*it2)->GetGi();
  685.             } else if ( (*it2)->IsGeneral() ) {
  686.                 dbname = (*it2)->GetGeneral().GetDb();
  687.                 const CObject_id& tag = (*it2)->GetGeneral().GetTag();
  688.                 if ( tag.IsStr() ) {
  689.                     number = tag.GetStr();
  690.                 } else {
  691.                     number = NStr::IntToString(tag.GetId());
  692.                 }
  693.             }
  694.         }
  696.         gis.Add(NStr::IntToString(gi));
  697.         dbs.Add(dbname);
  698.         numbers.Add(number);
  699.     }
  701.     for (unsigned int n = 0;  n < gis.Height();  n++) {
  702.         *m_OutputFile << gis.Get(n) << "  " << dates.Get(n) << "  "
  703.                       << dbs.Get(n) << "  " << numbers.Get(n) << NcbiEndl;
  704.     }
  705. }
  709. void CId1FetchApp::WriteQualityScores(CBioseq_Handle& handle)
  710. {   
  711.     /* Test case:
  712.      * /net/ncbi/ncbi/ftp/genbank/quality_scores/gbvrt.qscore.gz
  713.      *  GI 13508865: gotseqentry.set.annot.data.graph
  714.      *  >AL590146.2 Phrap Quality (Length:121086, Min: 31, Max: 99)
  715.      *   99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99
  716.      *   ...
  717.      */
  718.     string id = FindBestChoice(handle.GetBioseqCore()->GetId(), CSeq_id::Score)
  719.         ->GetSeqIdString(true);
  720.     
  721.     for (CGraph_CI it(handle, 0, 0);  it;  ++it) {
  722.         string title = it->GetTitle();
  723.         if (title.find("uality") == NPOS) {
  724.             continue;
  725.         }
  727.         const CByte_graph& data = it->GetGraph().GetByte();
  728.         *m_OutputFile << '>' << id << ' ' << title
  729.                       << " (Length: " << it->GetNumval()
  730.                       << ", Min: " << data.GetMin()
  731.                       << ", Max: " << data.GetMax() << ')' << NcbiEndl;
  732.         for (SIZE_TYPE n = 0;  n < data.GetValues().size();  ++n) {
  733.             *m_OutputFile << setw(3) << static_cast<int>(data.GetValues()[n]);
  734.             if (n % 20 == 19) {
  735.                 *m_OutputFile << NcbiEndl;
  736.             }
  737.         }
  738.     }
  739. }
  741. END_NCBI_SCOPE
  745. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  746. //  MAIN
  747. //
  749. USING_NCBI_SCOPE;
  751. int main(int argc, const char* argv[]) 
  752. {
  753.     return CId1FetchApp().AppMain(argc, argv);
  754. }
  756. /*
  757. * ===========================================================================
  758. *
  759. * ---------------------------------------------------------------------------
  760. * $Log: id1_fetch.cpp,v $
  761. * Revision 1000.2  2004/06/01 18:30:30  gouriano
  762. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.50
  763. *
  764. * Revision 1.50  2004/05/21 21:41:40  gorelenk
  765. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  766. *
  767. * Revision 1.49  2004/04/26 20:46:11  ucko
  768. * Fix typo that accidentally introduced an implicit temporary CSeq_id.
  769. *
  770. * Revision 1.48  2004/04/26 16:53:17  ucko
  771. * Don't try to pass temporary CSeq_id objects, even by const reference,
  772. * as CSeq_id has no public copy constructor.
  773. *
  774. * Revision 1.47  2004/01/05 17:59:32  vasilche
  775. * Moved genbank loader and its readers sources to new location in objtools.
  776. * Genbank is now in library libncbi_xloader_genbank.
  777. * Id1 reader is now in library libncbi_xreader_id1.
  778. * OBJMGR_LIBS macro updated correspondingly.
  779. *
  780. * Old headers temporarily will contain redirection to new location
  781. * for compatibility:
  782. * objmgr/gbloader.hpp > objtools/data_loaders/genbank/gbloader.hpp
  783. * objmgr/reader_id1.hpp > objtools/data_loaders/genbank/readers/id1/reader_id1.hpp
  784. *
  785. * Revision 1.46  2003/10/21 13:48:48  grichenk
  786. * Redesigned type aliases in serialization library.
  787. * Fixed the code (removed CRef-s, added explicit
  788. * initializers etc.)
  789. *
  790. * Revision 1.45  2003/06/02 16:06:16  dicuccio
  791. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  792. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  793. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  794. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  795. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  796. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  797. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  798. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  799. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  800. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  801. * replaces the three libmmdb? libs.
  802. *
  803. * Revision 1.44  2003/05/13 17:14:17  ucko
  804. * Direct flat output to *m_OutputFile rather than hard-coding cout.
  805. *
  806. * Revision 1.43  2003/04/24 16:17:10  vasilche
  807. * Added '-repeat' option.
  808. * Updated includes.
  809. *
  810. * Revision 1.42  2003/04/09 16:00:15  ucko
  811. * Give all RPC clients unique basenames.
  812. *
  813. * Revision 1.41  2003/04/03 17:45:25  ucko
  814. * Switch to new (differently buggy ;-)) flat-file generator.
  815. * Drop s_SplitString, as NStr::Tokenize does the same thing.
  816. *
  817. * Revision 1.40  2003/03/10 18:48:48  kuznets
  818. * iterate->ITERATE
  819. *
  820. * Revision 1.39  2002/11/13 20:14:51  ucko
  821. * Rework to take advantage of new ID1 and Entrez2 client classes
  822. * generated by datatool
  823. *
  824. * Revision 1.38  2002/08/27 21:41:53  ucko
  825. * Use CFastaOstream rather than custom code.
  826. * Fix spelling of NONEXISTENT.
  827. *
  828. * Revision 1.37  2002/08/14 20:28:02  ucko
  829. * Fix behavior when given a list of IDs.
  830. *
  831. * Revision 1.36  2002/07/11 14:23:48  gouriano
  832. * exceptions replaced by CNcbiException-type ones
  833. *
  834. * Revision 1.35  2002/06/28 17:25:53  grichenk
  835. * +Error message if a GI was not found
  836. *
  837. * Revision 1.34  2002/06/12 16:51:55  lavr
  838. * Take advantage of CONNECT_Init()
  839. *
  840. * Revision 1.33  2002/06/07 16:11:40  ucko
  841. * GetTitle() is now in sequence::.
  842. *
  843. * Revision 1.32  2002/06/06 23:46:24  vakatov
  844. * Use GetTitle() from <objects/util/sequence.hpp>
  845. *
  846. * Revision 1.31  2002/05/06 16:13:46  ucko
  847. * Merge in Andrei Gourianov's changes to use the new OM (thanks!)
  848. * Remove some dead code.
  849. * Don't automatically turn on tracing, even when building with _DEBUG;
  850. * it is always possible to set DIAG_TRACE in the environment instead.
  851. * Move CVS log to end.
  852. *
  853. *
  854. * *** These four entries are from src/app/id1_fetch1/id1_fetch1.cpp ***
  855. * Revision 1.5  2002/05/06 03:31:52  vakatov
  856. * OM/OM1 renaming
  857. *
  858. * Revision 1.4  2002/05/03 21:28:21  ucko
  859. * Introduce T(Signed)SeqPos.
  860. *
  861. * Revision 1.3  2002/04/10 21:02:21  gouriano
  862. * moved construction of iterators out of "for" loop initialization:
  863. * Sun Workshop compiler does not call destructors of such objects
  864. * in case we use break to exit the loop
  865. *
  866. * Revision 1.2  2002/04/10 16:07:30  gouriano
  867. * corrected data output in different formats
  868. *
  869. * Revision 1.1  2002/04/04 16:31:36  gouriano
  870. * id1_fetch1 - modified version of id1_fetch, which uses objmgr1
  871. *
  872. * Revision 1.29  2002/03/11 21:52:05  lavr
  873. * Print complete debug and trace information when compiled with _DEBUG
  874. *
  875. * Revision 1.28  2002/01/16 22:14:00  ucko
  876. * Removed CRef<> argument from choice variant setter, updated sources to
  877. * use references instead of CRef<>s
  878. *
  879. * Revision 1.27  2001/12/07 21:15:16  ucko
  880. * Remove duplicate includes.
  881. *
  882. * Revision 1.26  2001/12/07 21:11:01  grichenk
  883. * Fixed includes to work with the updated datatool
  884. *
  885. * Revision 1.25  2001/12/07 21:03:47  ucko
  886. * Add #includes required by new datatool version.
  887. *
  888. * Revision 1.24  2001/11/16 16:06:45  ucko
  889. * Handle new Entrez docsum interface properly.
  890. *
  891. * Revision 1.23  2001/10/26 14:49:16  ucko
  892. * Restructured to avoid CRefs as arguments.
  893. *
  894. * Revision 1.22  2001/10/23 20:05:12  ucko
  895. * Request ASCII from CSeq_vector.
  896. *
  897. * Revision 1.21  2001/10/17 21:17:53  ucko
  898. * Seq_vector now properly starts from zero rather than one; adjust code
  899. * that uses it accordingly.
  900. *
  901. * Revision 1.20  2001/10/12 19:32:58  ucko
  902. * move BREAK to a central location; move CBioseq::GetTitle to object manager
  903. *
  904. * Revision 1.19  2001/10/12 15:34:01  ucko
  905. * Edit in-source version of CVS log to avoid end-of-comment marker.  (Oops.)
  906. *
  907. * Revision 1.18  2001/10/12 15:29:08  ucko
  908. * Drop {src,include}/objects/util/asciiseqdata.* in favor of CSeq_vector.
  909. * Rewrite GenBank output code to take fuller advantage of the object manager.
  910. *
  911. * Revision 1.17  2001/10/10 16:02:53  ucko
  912. * Clean up includes.
  913. *
  914. * Revision 1.16  2001/10/04 19:11:56  ucko
  915. * Centralize (rudimentary) code to get a sequence's title.
  916. *
  917. * Revision 1.15  2001/09/25 20:31:13  ucko
  918. * Work around bug in Workshop's handling of declarations in for-loop
  919. * initializers.
  920. *
  921. * Revision 1.14  2001/09/25 20:12:02  ucko
  922. * More cleanups from Denis.
  923. * Put utility code in the objects namespace.
  924. * Moved utility code to {src,include}/objects/util (to become libxobjutil).
  925. * Moved static members of CGenbankWriter to above their first use.
  926. *
  927. * Revision 1.13  2001/09/25 13:26:36  lavr
  928. * CConn_ServiceStream() - arguments adjusted
  929. *
  930. * Revision 1.12  2001/09/24 03:22:09  vakatov
  931. * Un-#include <cstdlib> and <cctype> which break IRIX/MIPSpro compilation and
  932. * apparently are not needed after all
  933. *
  934. * Revision 1.11  2001/09/21 22:38:59  ucko
  935. * Cope with new Entrez interface; fix MSVC build.
  936. *
  937. * Revision 1.10  2001/09/05 16:25:56  ucko
  938. * Adapted to latest revision of object manager interface.
  939. *
  940. * Revision 1.9  2001/09/05 14:44:37  ucko
  941. * Use NStr::IntToString instead of Stringify.
  942. *
  943. * Revision 1.8  2001/09/04 16:20:53  ucko
  944. * Dramatically fleshed out id1_fetch
  945. *
  946. * Revision 1.7  2001/07/19 19:40:20  lavr
  947. * Typo fixed
  948. *
  949. * Revision 1.6  2001/06/01 18:43:44  vakatov
  950. * Comment out excessive debug/trace printout
  951. *
  952. * Revision 1.5  2001/05/16 17:55:37  grichenk
  953. * Redesigned support for non-blocking stream read operations
  954. *
  955. * Revision 1.4  2001/05/11 20:41:16  grichenk
  956. * Added support for non-blocking stream reading
  957. *
  958. * Revision 1.3  2001/05/11 14:06:45  grichenk
  959. * The first working revision
  960. *
  961. * Revision 1.2  2001/04/13 14:09:34  grichenk
  962. * Next debug version, still not working
  963. *
  964. * Revision 1.1  2001/04/10 22:39:04  vakatov
  965. * Initial revision.
  966. * Compiles and links, but apparently is not working yet.
  967. *
  968. * ===========================================================================
  969. */