生物技术

开发平台：
C/C++

sequtil_shared.hpp：源码内容
							/*
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 * PRODUCTION $Log: sequtil_shared.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 16:03:02  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
 * PRODUCTION
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 */
#ifndef UTIL_SEQUTIL___SEQUTIL_SHARED__HPP
#define UTIL_SEQUTIL___SEQUTIL_SHARED__HPP
/*  $Id: sequtil_shared.hpp,v 1000.0 2003/10/29 16:03:02 gouriano Exp $
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 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
 * ===========================================================================
 *
 * Author:  Mati Shomrat
 *
 * File Description:
 *   Shared utility functions for the various sequtil classes.
 */   
#include <corelib/ncbistd.hpp>
#include <util/sequtil/sequtil.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
SIZE_TYPE convert_1_to_1(const char* src, 
                         TSeqPos pos, TSeqPos length,
                         char* dst, 
                         const Uint1* table);
SIZE_TYPE convert_1_to_2(const char* src,
                         TSeqPos pos, TSeqPos length,
                         char* dst,
                         const Uint1* table);
SIZE_TYPE convert_1_to_4(const char* src, 
                         TSeqPos pos, TSeqPos length,
                         char* dst, 
                         const Uint1* table);
SIZE_TYPE copy_1_to_1_reverse(const char* src,
                              TSeqPos pos, TSeqPos length,
                              char* dst, 
                              const Uint1* table);
SIZE_TYPE revcmp(char* buf, TSeqPos pos, TSeqPos length, const Uint1* table);
size_t GetBasesPerByte(CSeqUtil::TCoding coding);
template <typename C>
bool OutOfRange(TSeqPos pos, const C& container, CSeqUtil::TCoding coding)
{
    size_t bases_per_byte = GetBasesPerByte(coding);
    
    if ( (pos < 0)  ||  
        (pos > (container.size() * bases_per_byte) - 1) ) {
        return true;
    }
    return false;
}
template <typename C>
void ResizeDst(C& container, CSeqUtil::TCoding coding, TSeqPos length)
{
    size_t bases_per_byte = GetBasesPerByte(coding);
    
    size_t new_size = length / bases_per_byte;
    if ( (length %  bases_per_byte) != 0 ) {
        ++new_size;
    }
    
    if ( container.size() < new_size ) {
        container.resize(new_size);
    }
}
template <typename C>
void AdjustLength(C& container, CSeqUtil::TCoding coding, 
                  TSeqPos pos, TSeqPos& length)
{
    size_t bases_per_byte = GetBasesPerByte(coding);
    
    if ( pos + length > container.size() * bases_per_byte ) {
        length = container.size() * bases_per_byte - pos;
    }
}
END_NCBI_SCOPE
#endif  /* UTIL_SEQUTIL___SEQUTIL_SHARED__HPP */
/*
* ===========================================================================
*
* $Log: sequtil_shared.hpp,v $
* Revision 1000.0  2003/10/29 16:03:02  gouriano
* PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
*
* Revision 1.1  2003/10/08 13:36:07  shomrat
* Initial version
*
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*/

						