生物技术

开发平台：
C/C++

sequtil_convert.cpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: sequtil_convert.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:42:14  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
/*  $Id: sequtil_convert.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:42:14 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
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 *  purpose.
 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
 * ===========================================================================
 *
 * Author:  Mati Shomrat
 *
 * File Description:
 *      Sequence conversion utility.
 */   
#include <ncbi_pch.hpp>
#include <corelib/ncbistd.hpp>
#include <corelib/ncbistr.hpp>
#include <vector>
#include <util/sequtil/sequtil_convert.hpp>
#include "sequtil_convert_imp.hpp"
BEGIN_NCBI_SCOPE
//  -- Conversion methods
// string to string
SIZE_TYPE CSeqConvert::Convert
(const string& src,
 TCoding src_coding,
 TSeqPos pos,
 TSeqPos length,
 string& dst, 
 TCoding dst_coding)
{
    return CSeqConvert_imp::Convert(src, src_coding,
                                    pos, length,
                                    dst, dst_coding);
}
// string to vector
SIZE_TYPE CSeqConvert::Convert
(const string& src,
 TCoding src_coding,
 TSeqPos pos,
 TSeqPos length,
 vector< char >& dst,
 TCoding dst_coding)
{
    return CSeqConvert_imp::Convert(src, src_coding,
                                    pos, length,
                                    dst, dst_coding);
}
// vector to string
SIZE_TYPE CSeqConvert::Convert
(const vector< char >& src,
 TCoding src_coding,
 TSeqPos pos,
 TSeqPos length,
 string& dst,
 TCoding dst_coding)
{
    return CSeqConvert_imp::Convert(src, src_coding,
                                    pos, length,
                                    dst, dst_coding);
}
// vector to vector
SIZE_TYPE CSeqConvert::Convert
(const vector< char >& src,
 TCoding src_coding,
 TSeqPos pos,
 TSeqPos length,
 vector< char >& dst,
 TCoding dst_coding)
{
    return CSeqConvert_imp::Convert(src, src_coding,
                                    pos, length,
                                    dst, dst_coding);
}
// char* to char*
SIZE_TYPE CSeqConvert::Convert
(const char src[],
 TCoding src_coding,
 TSeqPos pos,
 TSeqPos length,
 char dst[],
 TCoding dst_coding)
{
    return CSeqConvert_imp::Convert(src, src_coding,
                                    pos, length,
                                    dst, dst_coding);
}
//  -- Get part of a sequence (same coding conversion)
SIZE_TYPE CSeqConvert::Subseq
(const string& src,
 TCoding coding,
 TSeqPos pos,
 TSeqPos length,
 string& dst)
{
    return CSeqConvert_imp::Subseq(src, coding, pos, length, dst);
}
SIZE_TYPE CSeqConvert::Subseq
(const string& src,
 TCoding coding,
 TSeqPos pos,
 TSeqPos length,
 vector<char>& dst)
{
    return CSeqConvert_imp::Subseq(src, coding, pos, length, dst);
}
SIZE_TYPE CSeqConvert::Subseq
(const vector<char>& src,
 TCoding coding,
 TSeqPos pos,
 TSeqPos length,
 string& dst)
{
    return CSeqConvert_imp::Subseq(src, coding, pos, length, dst);
}
SIZE_TYPE CSeqConvert::Subseq
(const vector<char>& src,
 TCoding coding,
 TSeqPos pos,
 TSeqPos length,
 vector<char>& dst)
{
    return CSeqConvert_imp::Subseq(src, coding, pos, length, dst);
}
SIZE_TYPE CSeqConvert::Subseq
(const char* src,
 TCoding coding,
 TSeqPos pos,
 TSeqPos length,
 char* dst)
{
    return CSeqConvert_imp::Subseq(src, coding, pos, length, dst);
}
// -- Packing
SIZE_TYPE CSeqConvert::Pack
(const string& src,
 TCoding src_coding,
 vector<char>& dst,
 TCoding& dst_coding,
 TSeqPos length)
{
    return CSeqConvert_imp::Pack(src, src_coding, dst, dst_coding, length);
}
SIZE_TYPE CSeqConvert::Pack
(const vector<char>& src,
 TCoding src_coding,
 vector<char>& dst,
 TCoding& dst_coding,
 TSeqPos length)
{
    return CSeqConvert_imp::Pack(src, src_coding, dst, dst_coding, length);
}
SIZE_TYPE CSeqConvert::Pack
(const char* src,
 TSeqPos length,
 TCoding src_coding,
 char* dst,
 TCoding& dst_coding)
{
    return CSeqConvert_imp::Pack(src, length, src_coding, dst, dst_coding);
}
END_NCBI_SCOPE
 /*
* ===========================================================================
*
* $Log: sequtil_convert.cpp,v $
* Revision 1000.1  2004/06/01 19:42:14  gouriano
* PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
*
* Revision 1.2  2004/05/17 21:08:53  gorelenk
* Added include of PCH ncbi_pch.hpp
*
* Revision 1.1  2003/10/08 13:34:37  shomrat
* Initial version
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*/

						