开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
sequtil_tables.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：138k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

sequtil_tables.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: sequtil_tables.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:42:27  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: sequtil_tables.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:42:27 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author:  Mati Shomrat
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *   Shared utility functions for the various sequtil classes.
  39.  */  
  41. #include <ncbi_pch.hpp>
  42. #include "sequtil_tables.hpp"
  44. BEGIN_NCBI_SCOPE
  45. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  46. //
  47. // Conversion Tables
  49. // IUPACna to IUPACna
  50. const Uint1 CIupacnaToIupacna::scm_Table[256] = {
  51.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  52.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  53.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  54.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  55.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  56.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  57.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  58.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  59.     0xff, 0x41, 0x42, 0x43, 0x44, 0xff, 0xff, 0x47,
  60.     0x48, 0xff, 0xff, 0x4b, 0xff, 0x4d, 0x4e, 0xff,
  61.     0xff, 0xff, 0x52, 0x53, 0x54, 0x54, 0x56, 0x57,
  62.     0xff, 0x59, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  63.     0xff, 0x41, 0x42, 0x43, 0x44, 0xff, 0xff, 0x47,
  64.     0x48, 0xff, 0xff, 0x4b, 0xff, 0x4d, 0x4e, 0xff,
  65.     0xff, 0xff, 0x52, 0x53, 0x54, 0x54, 0x56, 0x57,
  66.     0xff, 0x59, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  67.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  68.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  69.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  70.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  71.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  72.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  73.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  74.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  75.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  76.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  77.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  78.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  79.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  80.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  81.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  82.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff
  83. };
  86. // IUPACna to NCBI2na
  87. // A -> 0x0 A
  88. // B -> 0x1 C
  89. // C -> 0x1 C
  90. // D -> 0x2 G
  91. // G -> 0x2 G
  92. // H -> 0x0 A
  93. // K -> 0x2 G
  94. // M -> 0x1 C
  95. // N -> 0x0 A
  96. // R -> 0x2 G
  97. // S -> 0x1 C
  98. // T -> 0x3 T
  99. // V -> 0x0 A
  100. // W -> 0x3 T
  101. // Y -> 0x3 T
  102. // U -> 0x3 T
  103. const Uint1 CIupacnaTo2na::scm_Table[1024] = {
  104.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  105.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  106.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  107.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  108.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  109.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  110.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  111.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  112.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  113.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  114.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  115.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  116.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  117.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  118.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  119.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  120.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  121.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  122.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  123.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  124.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  125.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  126.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  127.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  128.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  129.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  130.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  131.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  132.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  133.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  134.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  135.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  136.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  137.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  138.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  139.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  140.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  141.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  142.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  143.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  144.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  145.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  146.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  147.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  148.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  149.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  150.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  151.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  152.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  153.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  154.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  155.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  156.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  157.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  158.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  159.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  160.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  161.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  162.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  163.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  164.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  165.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  166.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  167.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  168.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  169.     0x00, 0x00, 0x00, 0x00,
  170.     0x40, 0x10, 0x04, 0x01,
  171.     0x40, 0x10, 0x04, 0x01,
  172.     0x80, 0x20, 0x08, 0x02,
  173.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  174.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  175.     0x80, 0x20, 0x08, 0x02,
  176.     0x00, 0x00, 0x00, 0x00,
  177.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  178.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  179.     0x80, 0x20, 0x08, 0x02,
  180.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  181.     0x40, 0x10, 0x04, 0x01,
  182.     0x00, 0x00, 0x00, 0x00,
  183.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  184.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  185.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  186.     0x80, 0x20, 0x08, 0x02,
  187.     0x40, 0x10, 0x04, 0x01,
  188.     0xc0, 0x30, 0x0c, 0x03,
  189.     0xc0, 0x30, 0x0c, 0x03,
  190.     0x00, 0x00, 0x00, 0x00,
  191.     0xc0, 0x30, 0x0c, 0x03,
  192.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  193.     0xc0, 0x30, 0x0c, 0x03,
  194.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  195.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  196.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  197.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  198.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  199.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  200.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  201.     0x00, 0x00, 0x00, 0x00,
  202.     0x40, 0x10, 0x04, 0x01,
  203.     0x40, 0x10, 0x04, 0x01,
  204.     0x80, 0x20, 0x08, 0x02,
  205.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  206.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  207.     0x80, 0x20, 0x08, 0x02,
  208.     0x00, 0x00, 0x00, 0x00,
  209.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  210.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  211.     0x80, 0x20, 0x08, 0x02,
  212.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  213.     0x40, 0x10, 0x04, 0x01,
  214.     0x00, 0x00, 0x00, 0x00,
  215.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  216.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  217.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  218.     0x80, 0x20, 0x08, 0x02,
  219.     0x40, 0x10, 0x04, 0x01,
  220.     0xc0, 0x30, 0x0c, 0x03,
  221.     0xc0, 0x30, 0x0c, 0x03,
  222.     0x00, 0x00, 0x00, 0x00,
  223.     0xc0, 0x30, 0x0c, 0x03,
  224.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  225.     0xc0, 0x30, 0x0c, 0x03,
  226.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  227.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  228.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  229.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  230.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  231.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  232.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  233.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  234.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  235.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  236.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  237.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  238.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  239.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  240.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  241.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  242.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  243.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  244.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  245.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  246.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  247.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  248.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  249.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  250.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  251.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  252.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  253.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  254.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  255.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  256.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  257.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  258.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  259.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  260.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  261.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  262.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  263.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  264.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  265.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  266.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  267.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  268.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  269.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  270.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  271.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  272.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  273.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  274.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  275.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  276.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  277.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  278.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  279.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  280.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  281.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  282.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  283.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  284.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  285.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  286.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  287.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  288.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  289.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  290.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  291.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  292.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  293.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  294.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  295.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  296.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  297.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  298.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  299.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  300.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  301.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  302.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  303.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  304.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  305.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  306.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  307.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  308.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  309.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  310.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  311.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  312.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  313.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  314.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  315.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  316.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  317.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  318.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  319.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  320.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  321.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  322.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  323.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  324.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  325.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  326.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  327.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  328.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  329.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  330.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  331.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  332.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  333.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  334.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  335.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  336.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  337.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  338.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  339.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  340.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  341.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  342.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  343.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  344.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  345.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  346.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  347.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  348.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  349.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  350.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  351.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  352.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  353.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  354.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  355.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  356.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  357.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  358.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  359.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff
  360. };
  363. // IUPACna to NCBI2na_expand
  364. const Uint1 CIupacnaTo2naExpand::scm_Table[256] = {
  365.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  366.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  367.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  368.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  369.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  370.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  371.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  372.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  373.     0xff, 0x0, 0x1, 0x1, 0x2, 0xff, 0xff, 0x2,
  374.     0x0, 0xff, 0xff, 0x2, 0xff, 0x1, 0x0, 0xff,
  375.     0xff, 0xff, 0x2, 0x1, 0x3, 0x3, 0x0, 0x3,
  376.     0xff, 0x3, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  377.     0xff, 0x0, 0x1, 0x1, 0x2, 0xff, 0xff, 0x2,
  378.     0x0, 0xff, 0xff, 0x2, 0xff, 0x1, 0x0, 0xff,
  379.     0xff, 0xff, 0x2, 0x1, 0x3, 0x3, 0x0, 0x3,
  380.     0xff, 0x3, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  381.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  382.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  383.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  384.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  385.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  386.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  387.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  388.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  389.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  390.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  391.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  392.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  393.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  394.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  395.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  396.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff
  397. };
  400. // IUPACna to NCBI4na
  401. const Uint1 CIupacnaTo4na::scm_Table[512] = {
  402.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  403.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  404.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  405.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  406.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  407.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  408.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  409.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  410.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  411.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  412.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  413.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  414.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  415.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  416.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  417.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  418.     0xff,0xff,  0x10,0x1,  0xe0,0xe,  0x20,0x2,
  419.     0xd0,0xd,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0x40,0x4,
  420.     0xb0,0xb,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xc0,0xc,
  421.     0xff,0xff,  0x30,0x3,  0xf0,0xf,  0xff,0xff,
  422.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0x50,0x5,  0x60,0x6,
  423.     0x80,0x8,  0x80,0x8,  0x70,0x7,  0x90,0x9,
  424.     0xff,0xff,  0xa0,0xa,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  425.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  426.     0xff,0xff,  0x10,0x1,  0xe0,0xe,  0x20,0x2,
  427.     0xd0,0xd,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0x40,0x4,
  428.     0xb0,0xb,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xc0,0xc,
  429.     0xff,0xff,  0x30,0x3,  0xf0,0xf,  0xff,0xff,
  430.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0x50,0x5,  0x60,0x6,
  431.     0x80,0x8,  0x80,0x8,  0x70,0x7,  0x90,0x9,
  432.     0xff,0xff,  0xa0,0xa,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  433.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  434.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  435.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  436.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  437.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  438.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  439.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  440.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  441.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  442.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  443.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  444.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  445.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  446.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  447.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  448.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  449.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  450.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  451.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  452.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  453.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  454.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  455.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  456.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  457.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  458.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  459.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  460.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  461.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  462.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  463.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  464.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,
  465.     0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff,  0xff,0xff
  466. };
  469. // IUPACna to NCBI8na
  470. const Uint1 CIupacnaTo8na::scm_Table[256] = {
  471.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  472.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  473.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  474.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  475.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  476.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  477.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  478.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  479.     0xff, 0x1, 0xe, 0x2, 0xd, 0xff, 0xff, 0x4,
  480.     0xb, 0xff, 0xff, 0xc, 0xff, 0x3, 0xf, 0xff,
  481.     0xff, 0xff, 0x5, 0x6, 0x8, 0x8, 0x7, 0x9,
  482.     0xff, 0xa, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  483.     0xff, 0x1, 0xe, 0x2, 0xd, 0xff, 0xff, 0x4,
  484.     0xb, 0xff, 0xff, 0xc, 0xff, 0x3, 0xf, 0xff,
  485.     0xff, 0xff, 0x5, 0x6, 0x8, 0x8, 0x7, 0x9,
  486.     0xff, 0xa, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  487.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  488.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  489.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  490.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  491.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  492.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  493.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  494.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  495.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  496.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  497.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  498.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  499.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  500.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  501.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  502.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff
  503. };
  506. // NCBI2na to IUPACna
  507. const Uint1 C2naToIupacna::scm_Table[1024] = {
  508.     0x41, 0x41, 0x41, 0x41,    0x41, 0x41, 0x41, 0x43,
  509.     0x41, 0x41, 0x41, 0x47,    0x41, 0x41, 0x41, 0x54,
  510.     0x41, 0x41, 0x43, 0x41,    0x41, 0x41, 0x43, 0x43,
  511.     0x41, 0x41, 0x43, 0x47,    0x41, 0x41, 0x43, 0x54,
  512.     0x41, 0x41, 0x47, 0x41,    0x41, 0x41, 0x47, 0x43,
  513.     0x41, 0x41, 0x47, 0x47,    0x41, 0x41, 0x47, 0x54,
  514.     0x41, 0x41, 0x54, 0x41,    0x41, 0x41, 0x54, 0x43,
  515.     0x41, 0x41, 0x54, 0x47,    0x41, 0x41, 0x54, 0x54,
  516.     0x41, 0x43, 0x41, 0x41,    0x41, 0x43, 0x41, 0x43,
  517.     0x41, 0x43, 0x41, 0x47,    0x41, 0x43, 0x41, 0x54,
  518.     0x41, 0x43, 0x43, 0x41,    0x41, 0x43, 0x43, 0x43,
  519.     0x41, 0x43, 0x43, 0x47,    0x41, 0x43, 0x43, 0x54,
  520.     0x41, 0x43, 0x47, 0x41,    0x41, 0x43, 0x47, 0x43,
  521.     0x41, 0x43, 0x47, 0x47,    0x41, 0x43, 0x47, 0x54,
  522.     0x41, 0x43, 0x54, 0x41,    0x41, 0x43, 0x54, 0x43,
  523.     0x41, 0x43, 0x54, 0x47,    0x41, 0x43, 0x54, 0x54,
  524.     0x41, 0x47, 0x41, 0x41,    0x41, 0x47, 0x41, 0x43,
  525.     0x41, 0x47, 0x41, 0x47,    0x41, 0x47, 0x41, 0x54,
  526.     0x41, 0x47, 0x43, 0x41,    0x41, 0x47, 0x43, 0x43,
  527.     0x41, 0x47, 0x43, 0x47,    0x41, 0x47, 0x43, 0x54,
  528.     0x41, 0x47, 0x47, 0x41,    0x41, 0x47, 0x47, 0x43,
  529.     0x41, 0x47, 0x47, 0x47,    0x41, 0x47, 0x47, 0x54,
  530.     0x41, 0x47, 0x54, 0x41,    0x41, 0x47, 0x54, 0x43,
  531.     0x41, 0x47, 0x54, 0x47,    0x41, 0x47, 0x54, 0x54,
  532.     0x41, 0x54, 0x41, 0x41,    0x41, 0x54, 0x41, 0x43,
  533.     0x41, 0x54, 0x41, 0x47,    0x41, 0x54, 0x41, 0x54,
  534.     0x41, 0x54, 0x43, 0x41,    0x41, 0x54, 0x43, 0x43,
  535.     0x41, 0x54, 0x43, 0x47,    0x41, 0x54, 0x43, 0x54,
  536.     0x41, 0x54, 0x47, 0x41,    0x41, 0x54, 0x47, 0x43,
  537.     0x41, 0x54, 0x47, 0x47,    0x41, 0x54, 0x47, 0x54,
  538.     0x41, 0x54, 0x54, 0x41,    0x41, 0x54, 0x54, 0x43,
  539.     0x41, 0x54, 0x54, 0x47,    0x41, 0x54, 0x54, 0x54,
  540.     0x43, 0x41, 0x41, 0x41,    0x43, 0x41, 0x41, 0x43,
  541.     0x43, 0x41, 0x41, 0x47,    0x43, 0x41, 0x41, 0x54,
  542.     0x43, 0x41, 0x43, 0x41,    0x43, 0x41, 0x43, 0x43,
  543.     0x43, 0x41, 0x43, 0x47,    0x43, 0x41, 0x43, 0x54,
  544.     0x43, 0x41, 0x47, 0x41,    0x43, 0x41, 0x47, 0x43,
  545.     0x43, 0x41, 0x47, 0x47,    0x43, 0x41, 0x47, 0x54,
  546.     0x43, 0x41, 0x54, 0x41,    0x43, 0x41, 0x54, 0x43,
  547.     0x43, 0x41, 0x54, 0x47,    0x43, 0x41, 0x54, 0x54,
  548.     0x43, 0x43, 0x41, 0x41,    0x43, 0x43, 0x41, 0x43,
  549.     0x43, 0x43, 0x41, 0x47,    0x43, 0x43, 0x41, 0x54,
  550.     0x43, 0x43, 0x43, 0x41,    0x43, 0x43, 0x43, 0x43,
  551.     0x43, 0x43, 0x43, 0x47,    0x43, 0x43, 0x43, 0x54,
  552.     0x43, 0x43, 0x47, 0x41,    0x43, 0x43, 0x47, 0x43,
  553.     0x43, 0x43, 0x47, 0x47,    0x43, 0x43, 0x47, 0x54,
  554.     0x43, 0x43, 0x54, 0x41,    0x43, 0x43, 0x54, 0x43,
  555.     0x43, 0x43, 0x54, 0x47,    0x43, 0x43, 0x54, 0x54,
  556.     0x43, 0x47, 0x41, 0x41,    0x43, 0x47, 0x41, 0x43,
  557.     0x43, 0x47, 0x41, 0x47,    0x43, 0x47, 0x41, 0x54,
  558.     0x43, 0x47, 0x43, 0x41,    0x43, 0x47, 0x43, 0x43,
  559.     0x43, 0x47, 0x43, 0x47,    0x43, 0x47, 0x43, 0x54,
  560.     0x43, 0x47, 0x47, 0x41,    0x43, 0x47, 0x47, 0x43,
  561.     0x43, 0x47, 0x47, 0x47,    0x43, 0x47, 0x47, 0x54,
  562.     0x43, 0x47, 0x54, 0x41,    0x43, 0x47, 0x54, 0x43,
  563.     0x43, 0x47, 0x54, 0x47,    0x43, 0x47, 0x54, 0x54,
  564.     0x43, 0x54, 0x41, 0x41,    0x43, 0x54, 0x41, 0x43,
  565.     0x43, 0x54, 0x41, 0x47,    0x43, 0x54, 0x41, 0x54,
  566.     0x43, 0x54, 0x43, 0x41,    0x43, 0x54, 0x43, 0x43,
  567.     0x43, 0x54, 0x43, 0x47,    0x43, 0x54, 0x43, 0x54,
  568.     0x43, 0x54, 0x47, 0x41,    0x43, 0x54, 0x47, 0x43,
  569.     0x43, 0x54, 0x47, 0x47,    0x43, 0x54, 0x47, 0x54,
  570.     0x43, 0x54, 0x54, 0x41,    0x43, 0x54, 0x54, 0x43,
  571.     0x43, 0x54, 0x54, 0x47,    0x43, 0x54, 0x54, 0x54,
  572.     0x47, 0x41, 0x41, 0x41,    0x47, 0x41, 0x41, 0x43,
  573.     0x47, 0x41, 0x41, 0x47,    0x47, 0x41, 0x41, 0x54,
  574.     0x47, 0x41, 0x43, 0x41,    0x47, 0x41, 0x43, 0x43,
  575.     0x47, 0x41, 0x43, 0x47,    0x47, 0x41, 0x43, 0x54,
  576.     0x47, 0x41, 0x47, 0x41,    0x47, 0x41, 0x47, 0x43,
  577.     0x47, 0x41, 0x47, 0x47,    0x47, 0x41, 0x47, 0x54,
  578.     0x47, 0x41, 0x54, 0x41,    0x47, 0x41, 0x54, 0x43,
  579.     0x47, 0x41, 0x54, 0x47,    0x47, 0x41, 0x54, 0x54,
  580.     0x47, 0x43, 0x41, 0x41,    0x47, 0x43, 0x41, 0x43,
  581.     0x47, 0x43, 0x41, 0x47,    0x47, 0x43, 0x41, 0x54,
  582.     0x47, 0x43, 0x43, 0x41,    0x47, 0x43, 0x43, 0x43,
  583.     0x47, 0x43, 0x43, 0x47,    0x47, 0x43, 0x43, 0x54,
  584.     0x47, 0x43, 0x47, 0x41,    0x47, 0x43, 0x47, 0x43,
  585.     0x47, 0x43, 0x47, 0x47,    0x47, 0x43, 0x47, 0x54,
  586.     0x47, 0x43, 0x54, 0x41,    0x47, 0x43, 0x54, 0x43,
  587.     0x47, 0x43, 0x54, 0x47,    0x47, 0x43, 0x54, 0x54,
  588.     0x47, 0x47, 0x41, 0x41,    0x47, 0x47, 0x41, 0x43,
  589.     0x47, 0x47, 0x41, 0x47,    0x47, 0x47, 0x41, 0x54,
  590.     0x47, 0x47, 0x43, 0x41,    0x47, 0x47, 0x43, 0x43,
  591.     0x47, 0x47, 0x43, 0x47,    0x47, 0x47, 0x43, 0x54,
  592.     0x47, 0x47, 0x47, 0x41,    0x47, 0x47, 0x47, 0x43,
  593.     0x47, 0x47, 0x47, 0x47,    0x47, 0x47, 0x47, 0x54,
  594.     0x47, 0x47, 0x54, 0x41,    0x47, 0x47, 0x54, 0x43,
  595.     0x47, 0x47, 0x54, 0x47,    0x47, 0x47, 0x54, 0x54,
  596.     0x47, 0x54, 0x41, 0x41,    0x47, 0x54, 0x41, 0x43,
  597.     0x47, 0x54, 0x41, 0x47,    0x47, 0x54, 0x41, 0x54,
  598.     0x47, 0x54, 0x43, 0x41,    0x47, 0x54, 0x43, 0x43,
  599.     0x47, 0x54, 0x43, 0x47,    0x47, 0x54, 0x43, 0x54,
  600.     0x47, 0x54, 0x47, 0x41,    0x47, 0x54, 0x47, 0x43,
  601.     0x47, 0x54, 0x47, 0x47,    0x47, 0x54, 0x47, 0x54,
  602.     0x47, 0x54, 0x54, 0x41,    0x47, 0x54, 0x54, 0x43,
  603.     0x47, 0x54, 0x54, 0x47,    0x47, 0x54, 0x54, 0x54,
  604.     0x54, 0x41, 0x41, 0x41,    0x54, 0x41, 0x41, 0x43,
  605.     0x54, 0x41, 0x41, 0x47,    0x54, 0x41, 0x41, 0x54,
  606.     0x54, 0x41, 0x43, 0x41,    0x54, 0x41, 0x43, 0x43,
  607.     0x54, 0x41, 0x43, 0x47,    0x54, 0x41, 0x43, 0x54,
  608.     0x54, 0x41, 0x47, 0x41,    0x54, 0x41, 0x47, 0x43,
  609.     0x54, 0x41, 0x47, 0x47,    0x54, 0x41, 0x47, 0x54,
  610.     0x54, 0x41, 0x54, 0x41,    0x54, 0x41, 0x54, 0x43,
  611.     0x54, 0x41, 0x54, 0x47,    0x54, 0x41, 0x54, 0x54,
  612.     0x54, 0x43, 0x41, 0x41,    0x54, 0x43, 0x41, 0x43,
  613.     0x54, 0x43, 0x41, 0x47,    0x54, 0x43, 0x41, 0x54,
  614.     0x54, 0x43, 0x43, 0x41,    0x54, 0x43, 0x43, 0x43,
  615.     0x54, 0x43, 0x43, 0x47,    0x54, 0x43, 0x43, 0x54,
  616.     0x54, 0x43, 0x47, 0x41,    0x54, 0x43, 0x47, 0x43,
  617.     0x54, 0x43, 0x47, 0x47,    0x54, 0x43, 0x47, 0x54,
  618.     0x54, 0x43, 0x54, 0x41,    0x54, 0x43, 0x54, 0x43,
  619.     0x54, 0x43, 0x54, 0x47,    0x54, 0x43, 0x54, 0x54,
  620.     0x54, 0x47, 0x41, 0x41,    0x54, 0x47, 0x41, 0x43,
  621.     0x54, 0x47, 0x41, 0x47,    0x54, 0x47, 0x41, 0x54,
  622.     0x54, 0x47, 0x43, 0x41,    0x54, 0x47, 0x43, 0x43,
  623.     0x54, 0x47, 0x43, 0x47,    0x54, 0x47, 0x43, 0x54,
  624.     0x54, 0x47, 0x47, 0x41,    0x54, 0x47, 0x47, 0x43,
  625.     0x54, 0x47, 0x47, 0x47,    0x54, 0x47, 0x47, 0x54,
  626.     0x54, 0x47, 0x54, 0x41,    0x54, 0x47, 0x54, 0x43,
  627.     0x54, 0x47, 0x54, 0x47,    0x54, 0x47, 0x54, 0x54,
  628.     0x54, 0x54, 0x41, 0x41,    0x54, 0x54, 0x41, 0x43,
  629.     0x54, 0x54, 0x41, 0x47,    0x54, 0x54, 0x41, 0x54,
  630.     0x54, 0x54, 0x43, 0x41,    0x54, 0x54, 0x43, 0x43,
  631.     0x54, 0x54, 0x43, 0x47,    0x54, 0x54, 0x43, 0x54,
  632.     0x54, 0x54, 0x47, 0x41,    0x54, 0x54, 0x47, 0x43,
  633.     0x54, 0x54, 0x47, 0x47,    0x54, 0x54, 0x47, 0x54,
  634.     0x54, 0x54, 0x54, 0x41,    0x54, 0x54, 0x54, 0x43,
  635.     0x54, 0x54, 0x54, 0x47,    0x54, 0x54, 0x54, 0x54
  636. };
  639. // NCBI2na to NCBI2na_expand
  640. //
  641. //for ( bases[0] = 0; bases[0] < 4; ++bases[0] ) {
  642. //        for ( bases[1] = 0; bases[1] < 4; ++bases[1] ) {
  643. //            for ( bases[2] = 0; bases[2] < 4; ++bases[2] ) {
  644. //                for ( bases[3] = 0; bases[3] < 4; ++bases[3] ) {
  645. //                    Uint1 index =  (bases[0] << 6) | (bases[1] << 4) |
  646. //                                   (bases[2] << 2) | bases[3];
  647. //                    for ( int i = 0; i < 4; ++i ) {
  648. //                        s_Table[index*4 + i] = bases[i];
  649. //                    }
  650. //                }
  651. //            }
  652. //        }
  653. //    }
  654. //
  655. const Uint1 C2naTo2naExpand::scm_Table[1024] = {
  656.     0x0, 0x0, 0x0, 0x0,    0x0, 0x0, 0x0, 0x1,
  657.     0x0, 0x0, 0x0, 0x2,    0x0, 0x0, 0x0, 0x3,
  658.     0x0, 0x0, 0x1, 0x0,    0x0, 0x0, 0x1, 0x1,
  659.     0x0, 0x0, 0x1, 0x2,    0x0, 0x0, 0x1, 0x3,
  660.     0x0, 0x0, 0x2, 0x0,    0x0, 0x0, 0x2, 0x1,
  661.     0x0, 0x0, 0x2, 0x2,    0x0, 0x0, 0x2, 0x3,
  662.     0x0, 0x0, 0x3, 0x0,    0x0, 0x0, 0x3, 0x1,
  663.     0x0, 0x0, 0x3, 0x2,    0x0, 0x0, 0x3, 0x3,
  664.     0x0, 0x1, 0x0, 0x0,    0x0, 0x1, 0x0, 0x1,
  665.     0x0, 0x1, 0x0, 0x2,    0x0, 0x1, 0x0, 0x3,
  666.     0x0, 0x1, 0x1, 0x0,    0x0, 0x1, 0x1, 0x1,
  667.     0x0, 0x1, 0x1, 0x2,    0x0, 0x1, 0x1, 0x3,
  668.     0x0, 0x1, 0x2, 0x0,    0x0, 0x1, 0x2, 0x1,
  669.     0x0, 0x1, 0x2, 0x2,    0x0, 0x1, 0x2, 0x3,
  670.     0x0, 0x1, 0x3, 0x0,    0x0, 0x1, 0x3, 0x1,
  671.     0x0, 0x1, 0x3, 0x2,    0x0, 0x1, 0x3, 0x3,
  672.     0x0, 0x2, 0x0, 0x0,    0x0, 0x2, 0x0, 0x1,
  673.     0x0, 0x2, 0x0, 0x2,    0x0, 0x2, 0x0, 0x3,
  674.     0x0, 0x2, 0x1, 0x0,    0x0, 0x2, 0x1, 0x1,
  675.     0x0, 0x2, 0x1, 0x2,    0x0, 0x2, 0x1, 0x3,
  676.     0x0, 0x2, 0x2, 0x0,    0x0, 0x2, 0x2, 0x1,
  677.     0x0, 0x2, 0x2, 0x2,    0x0, 0x2, 0x2, 0x3,
  678.     0x0, 0x2, 0x3, 0x0,    0x0, 0x2, 0x3, 0x1,
  679.     0x0, 0x2, 0x3, 0x2,    0x0, 0x2, 0x3, 0x3,
  680.     0x0, 0x3, 0x0, 0x0,    0x0, 0x3, 0x0, 0x1,
  681.     0x0, 0x3, 0x0, 0x2,    0x0, 0x3, 0x0, 0x3,
  682.     0x0, 0x3, 0x1, 0x0,    0x0, 0x3, 0x1, 0x1,
  683.     0x0, 0x3, 0x1, 0x2,    0x0, 0x3, 0x1, 0x3,
  684.     0x0, 0x3, 0x2, 0x0,    0x0, 0x3, 0x2, 0x1,
  685.     0x0, 0x3, 0x2, 0x2,    0x0, 0x3, 0x2, 0x3,
  686.     0x0, 0x3, 0x3, 0x0,    0x0, 0x3, 0x3, 0x1,
  687.     0x0, 0x3, 0x3, 0x2,    0x0, 0x3, 0x3, 0x3,
  688.     0x1, 0x0, 0x0, 0x0,    0x1, 0x0, 0x0, 0x1,
  689.     0x1, 0x0, 0x0, 0x2,    0x1, 0x0, 0x0, 0x3,
  690.     0x1, 0x0, 0x1, 0x0,    0x1, 0x0, 0x1, 0x1,
  691.     0x1, 0x0, 0x1, 0x2,    0x1, 0x0, 0x1, 0x3,
  692.     0x1, 0x0, 0x2, 0x0,    0x1, 0x0, 0x2, 0x1,
  693.     0x1, 0x0, 0x2, 0x2,    0x1, 0x0, 0x2, 0x3,
  694.     0x1, 0x0, 0x3, 0x0,    0x1, 0x0, 0x3, 0x1,
  695.     0x1, 0x0, 0x3, 0x2,    0x1, 0x0, 0x3, 0x3,
  696.     0x1, 0x1, 0x0, 0x0,    0x1, 0x1, 0x0, 0x1,
  697.     0x1, 0x1, 0x0, 0x2,    0x1, 0x1, 0x0, 0x3,
  698.     0x1, 0x1, 0x1, 0x0,    0x1, 0x1, 0x1, 0x1,
  699.     0x1, 0x1, 0x1, 0x2,    0x1, 0x1, 0x1, 0x3,
  700.     0x1, 0x1, 0x2, 0x0,    0x1, 0x1, 0x2, 0x1,
  701.     0x1, 0x1, 0x2, 0x2,    0x1, 0x1, 0x2, 0x3,
  702.     0x1, 0x1, 0x3, 0x0,    0x1, 0x1, 0x3, 0x1,
  703.     0x1, 0x1, 0x3, 0x2,    0x1, 0x1, 0x3, 0x3,
  704.     0x1, 0x2, 0x0, 0x0,    0x1, 0x2, 0x0, 0x1,
  705.     0x1, 0x2, 0x0, 0x2,    0x1, 0x2, 0x0, 0x3,
  706.     0x1, 0x2, 0x1, 0x0,    0x1, 0x2, 0x1, 0x1,
  707.     0x1, 0x2, 0x1, 0x2,    0x1, 0x2, 0x1, 0x3,
  708.     0x1, 0x2, 0x2, 0x0,    0x1, 0x2, 0x2, 0x1,
  709.     0x1, 0x2, 0x2, 0x2,    0x1, 0x2, 0x2, 0x3,
  710.     0x1, 0x2, 0x3, 0x0,    0x1, 0x2, 0x3, 0x1,
  711.     0x1, 0x2, 0x3, 0x2,    0x1, 0x2, 0x3, 0x3,
  712.     0x1, 0x3, 0x0, 0x0,    0x1, 0x3, 0x0, 0x1,
  713.     0x1, 0x3, 0x0, 0x2,    0x1, 0x3, 0x0, 0x3,
  714.     0x1, 0x3, 0x1, 0x0,    0x1, 0x3, 0x1, 0x1,
  715.     0x1, 0x3, 0x1, 0x2,    0x1, 0x3, 0x1, 0x3,
  716.     0x1, 0x3, 0x2, 0x0,    0x1, 0x3, 0x2, 0x1,
  717.     0x1, 0x3, 0x2, 0x2,    0x1, 0x3, 0x2, 0x3,
  718.     0x1, 0x3, 0x3, 0x0,    0x1, 0x3, 0x3, 0x1,
  719.     0x1, 0x3, 0x3, 0x2,    0x1, 0x3, 0x3, 0x3,
  720.     0x2, 0x0, 0x0, 0x0,    0x2, 0x0, 0x0, 0x1,
  721.     0x2, 0x0, 0x0, 0x2,    0x2, 0x0, 0x0, 0x3,
  722.     0x2, 0x0, 0x1, 0x0,    0x2, 0x0, 0x1, 0x1,
  723.     0x2, 0x0, 0x1, 0x2,    0x2, 0x0, 0x1, 0x3,
  724.     0x2, 0x0, 0x2, 0x0,    0x2, 0x0, 0x2, 0x1,
  725.     0x2, 0x0, 0x2, 0x2,    0x2, 0x0, 0x2, 0x3,
  726.     0x2, 0x0, 0x3, 0x0,    0x2, 0x0, 0x3, 0x1,
  727.     0x2, 0x0, 0x3, 0x2,    0x2, 0x0, 0x3, 0x3,
  728.     0x2, 0x1, 0x0, 0x0,    0x2, 0x1, 0x0, 0x1,
  729.     0x2, 0x1, 0x0, 0x2,    0x2, 0x1, 0x0, 0x3,
  730.     0x2, 0x1, 0x1, 0x0,    0x2, 0x1, 0x1, 0x1,
  731.     0x2, 0x1, 0x1, 0x2,    0x2, 0x1, 0x1, 0x3,
  732.     0x2, 0x1, 0x2, 0x0,    0x2, 0x1, 0x2, 0x1,
  733.     0x2, 0x1, 0x2, 0x2,    0x2, 0x1, 0x2, 0x3,
  734.     0x2, 0x1, 0x3, 0x0,    0x2, 0x1, 0x3, 0x1,
  735.     0x2, 0x1, 0x3, 0x2,    0x2, 0x1, 0x3, 0x3,
  736.     0x2, 0x2, 0x0, 0x0,    0x2, 0x2, 0x0, 0x1,
  737.     0x2, 0x2, 0x0, 0x2,    0x2, 0x2, 0x0, 0x3,
  738.     0x2, 0x2, 0x1, 0x0,    0x2, 0x2, 0x1, 0x1,
  739.     0x2, 0x2, 0x1, 0x2,    0x2, 0x2, 0x1, 0x3,
  740.     0x2, 0x2, 0x2, 0x0,    0x2, 0x2, 0x2, 0x1,
  741.     0x2, 0x2, 0x2, 0x2,    0x2, 0x2, 0x2, 0x3,
  742.     0x2, 0x2, 0x3, 0x0,    0x2, 0x2, 0x3, 0x1,
  743.     0x2, 0x2, 0x3, 0x2,    0x2, 0x2, 0x3, 0x3,
  744.     0x2, 0x3, 0x0, 0x0,    0x2, 0x3, 0x0, 0x1,
  745.     0x2, 0x3, 0x0, 0x2,    0x2, 0x3, 0x0, 0x3,
  746.     0x2, 0x3, 0x1, 0x0,    0x2, 0x3, 0x1, 0x1,
  747.     0x2, 0x3, 0x1, 0x2,    0x2, 0x3, 0x1, 0x3,
  748.     0x2, 0x3, 0x2, 0x0,    0x2, 0x3, 0x2, 0x1,
  749.     0x2, 0x3, 0x2, 0x2,    0x2, 0x3, 0x2, 0x3,
  750.     0x2, 0x3, 0x3, 0x0,    0x2, 0x3, 0x3, 0x1,
  751.     0x2, 0x3, 0x3, 0x2,    0x2, 0x3, 0x3, 0x3,
  752.     0x3, 0x0, 0x0, 0x0,    0x3, 0x0, 0x0, 0x1,
  753.     0x3, 0x0, 0x0, 0x2,    0x3, 0x0, 0x0, 0x3,
  754.     0x3, 0x0, 0x1, 0x0,    0x3, 0x0, 0x1, 0x1,
  755.     0x3, 0x0, 0x1, 0x2,    0x3, 0x0, 0x1, 0x3,
  756.     0x3, 0x0, 0x2, 0x0,    0x3, 0x0, 0x2, 0x1,
  757.     0x3, 0x0, 0x2, 0x2,    0x3, 0x0, 0x2, 0x3,
  758.     0x3, 0x0, 0x3, 0x0,    0x3, 0x0, 0x3, 0x1,
  759.     0x3, 0x0, 0x3, 0x2,    0x3, 0x0, 0x3, 0x3,
  760.     0x3, 0x1, 0x0, 0x0,    0x3, 0x1, 0x0, 0x1,
  761.     0x3, 0x1, 0x0, 0x2,    0x3, 0x1, 0x0, 0x3,
  762.     0x3, 0x1, 0x1, 0x0,    0x3, 0x1, 0x1, 0x1,
  763.     0x3, 0x1, 0x1, 0x2,    0x3, 0x1, 0x1, 0x3,
  764.     0x3, 0x1, 0x2, 0x0,    0x3, 0x1, 0x2, 0x1,
  765.     0x3, 0x1, 0x2, 0x2,    0x3, 0x1, 0x2, 0x3,
  766.     0x3, 0x1, 0x3, 0x0,    0x3, 0x1, 0x3, 0x1,
  767.     0x3, 0x1, 0x3, 0x2,    0x3, 0x1, 0x3, 0x3,
  768.     0x3, 0x2, 0x0, 0x0,    0x3, 0x2, 0x0, 0x1,
  769.     0x3, 0x2, 0x0, 0x2,    0x3, 0x2, 0x0, 0x3,
  770.     0x3, 0x2, 0x1, 0x0,    0x3, 0x2, 0x1, 0x1,
  771.     0x3, 0x2, 0x1, 0x2,    0x3, 0x2, 0x1, 0x3,
  772.     0x3, 0x2, 0x2, 0x0,    0x3, 0x2, 0x2, 0x1,
  773.     0x3, 0x2, 0x2, 0x2,    0x3, 0x2, 0x2, 0x3,
  774.     0x3, 0x2, 0x3, 0x0,    0x3, 0x2, 0x3, 0x1,
  775.     0x3, 0x2, 0x3, 0x2,    0x3, 0x2, 0x3, 0x3,
  776.     0x3, 0x3, 0x0, 0x0,    0x3, 0x3, 0x0, 0x1,
  777.     0x3, 0x3, 0x0, 0x2,    0x3, 0x3, 0x0, 0x3,
  778.     0x3, 0x3, 0x1, 0x0,    0x3, 0x3, 0x1, 0x1,
  779.     0x3, 0x3, 0x1, 0x2,    0x3, 0x3, 0x1, 0x3,
  780.     0x3, 0x3, 0x2, 0x0,    0x3, 0x3, 0x2, 0x1,
  781.     0x3, 0x3, 0x2, 0x2,    0x3, 0x3, 0x2, 0x3,
  782.     0x3, 0x3, 0x3, 0x0,    0x3, 0x3, 0x3, 0x1,
  783.     0x3, 0x3, 0x3, 0x2,    0x3, 0x3, 0x3, 0x3
  784. };
  787. // NCBI2na to NCBI4na
  788. /*
  789.     static Uint1 convert[4] = { 0x1, 0x2, 0x4, 0x8 };
  790.     for ( base[0] = 0; base[0] < 4; ++base[0] ) {
  791.         for ( base[1] = 0; base[1] < 4; ++base[1] ) {
  792.             for ( base[2] = 0; base[2] < 4; ++base[2] ) {
  793.                 for ( base[3] = 0; base[3] < 4; ++base[3] ) {
  794.                     Uint1 index =  (base[0] << 6) | (base[1] << 4) |
  795.                                    (base[2] << 2) | base[3];
  796.                     scm_Table0[index * 2] = 
  797.                         (convert[base[0]] << 4) | convert[base[1]];
  798.                     scm_Table0[index * 2 + 1] = 
  799.                         (convert[base[2]] << 4) | convert[base[3]];
  800.                 }
  801.             }
  802.         }
  803.     }
  804. */
  805. const Uint1 C2naTo4na::scm_Table0[512] = {
  806.     0x11, 0x11,    0x11, 0x12,    0x11, 0x14,    0x11, 0x18,
  807.     0x11, 0x21,    0x11, 0x22,    0x11, 0x24,    0x11, 0x28,
  808.     0x11, 0x41,    0x11, 0x42,    0x11, 0x44,    0x11, 0x48,
  809.     0x11, 0x81,    0x11, 0x82,    0x11, 0x84,    0x11, 0x88,
  810.     0x12, 0x11,    0x12, 0x12,    0x12, 0x14,    0x12, 0x18,
  811.     0x12, 0x21,    0x12, 0x22,    0x12, 0x24,    0x12, 0x28,
  812.     0x12, 0x41,    0x12, 0x42,    0x12, 0x44,    0x12, 0x48,
  813.     0x12, 0x81,    0x12, 0x82,    0x12, 0x84,    0x12, 0x88,
  814.     0x14, 0x11,    0x14, 0x12,    0x14, 0x14,    0x14, 0x18,
  815.     0x14, 0x21,    0x14, 0x22,    0x14, 0x24,    0x14, 0x28,
  816.     0x14, 0x41,    0x14, 0x42,    0x14, 0x44,    0x14, 0x48,
  817.     0x14, 0x81,    0x14, 0x82,    0x14, 0x84,    0x14, 0x88,
  818.     0x18, 0x11,    0x18, 0x12,    0x18, 0x14,    0x18, 0x18,
  819.     0x18, 0x21,    0x18, 0x22,    0x18, 0x24,    0x18, 0x28,
  820.     0x18, 0x41,    0x18, 0x42,    0x18, 0x44,    0x18, 0x48,
  821.     0x18, 0x81,    0x18, 0x82,    0x18, 0x84,    0x18, 0x88,
  822.     0x21, 0x11,    0x21, 0x12,    0x21, 0x14,    0x21, 0x18,
  823.     0x21, 0x21,    0x21, 0x22,    0x21, 0x24,    0x21, 0x28,
  824.     0x21, 0x41,    0x21, 0x42,    0x21, 0x44,    0x21, 0x48,
  825.     0x21, 0x81,    0x21, 0x82,    0x21, 0x84,    0x21, 0x88,
  826.     0x22, 0x11,    0x22, 0x12,    0x22, 0x14,    0x22, 0x18,
  827.     0x22, 0x21,    0x22, 0x22,    0x22, 0x24,    0x22, 0x28,
  828.     0x22, 0x41,    0x22, 0x42,    0x22, 0x44,    0x22, 0x48,
  829.     0x22, 0x81,    0x22, 0x82,    0x22, 0x84,    0x22, 0x88,
  830.     0x24, 0x11,    0x24, 0x12,    0x24, 0x14,    0x24, 0x18,
  831.     0x24, 0x21,    0x24, 0x22,    0x24, 0x24,    0x24, 0x28,
  832.     0x24, 0x41,    0x24, 0x42,    0x24, 0x44,    0x24, 0x48,
  833.     0x24, 0x81,    0x24, 0x82,    0x24, 0x84,    0x24, 0x88,
  834.     0x28, 0x11,    0x28, 0x12,    0x28, 0x14,    0x28, 0x18,
  835.     0x28, 0x21,    0x28, 0x22,    0x28, 0x24,    0x28, 0x28,
  836.     0x28, 0x41,    0x28, 0x42,    0x28, 0x44,    0x28, 0x48,
  837.     0x28, 0x81,    0x28, 0x82,    0x28, 0x84,    0x28, 0x88,
  838.     0x41, 0x11,    0x41, 0x12,    0x41, 0x14,    0x41, 0x18,
  839.     0x41, 0x21,    0x41, 0x22,    0x41, 0x24,    0x41, 0x28,
  840.     0x41, 0x41,    0x41, 0x42,    0x41, 0x44,    0x41, 0x48,
  841.     0x41, 0x81,    0x41, 0x82,    0x41, 0x84,    0x41, 0x88,
  842.     0x42, 0x11,    0x42, 0x12,    0x42, 0x14,    0x42, 0x18,
  843.     0x42, 0x21,    0x42, 0x22,    0x42, 0x24,    0x42, 0x28,
  844.     0x42, 0x41,    0x42, 0x42,    0x42, 0x44,    0x42, 0x48,
  845.     0x42, 0x81,    0x42, 0x82,    0x42, 0x84,    0x42, 0x88,
  846.     0x44, 0x11,    0x44, 0x12,    0x44, 0x14,    0x44, 0x18,
  847.     0x44, 0x21,    0x44, 0x22,    0x44, 0x24,    0x44, 0x28,
  848.     0x44, 0x41,    0x44, 0x42,    0x44, 0x44,    0x44, 0x48,
  849.     0x44, 0x81,    0x44, 0x82,    0x44, 0x84,    0x44, 0x88,
  850.     0x48, 0x11,    0x48, 0x12,    0x48, 0x14,    0x48, 0x18,
  851.     0x48, 0x21,    0x48, 0x22,    0x48, 0x24,    0x48, 0x28,
  852.     0x48, 0x41,    0x48, 0x42,    0x48, 0x44,    0x48, 0x48,
  853.     0x48, 0x81,    0x48, 0x82,    0x48, 0x84,    0x48, 0x88,
  854.     0x81, 0x11,    0x81, 0x12,    0x81, 0x14,    0x81, 0x18,
  855.     0x81, 0x21,    0x81, 0x22,    0x81, 0x24,    0x81, 0x28,
  856.     0x81, 0x41,    0x81, 0x42,    0x81, 0x44,    0x81, 0x48,
  857.     0x81, 0x81,    0x81, 0x82,    0x81, 0x84,    0x81, 0x88,
  858.     0x82, 0x11,    0x82, 0x12,    0x82, 0x14,    0x82, 0x18,
  859.     0x82, 0x21,    0x82, 0x22,    0x82, 0x24,    0x82, 0x28,
  860.     0x82, 0x41,    0x82, 0x42,    0x82, 0x44,    0x82, 0x48,
  861.     0x82, 0x81,    0x82, 0x82,    0x82, 0x84,    0x82, 0x88,
  862.     0x84, 0x11,    0x84, 0x12,    0x84, 0x14,    0x84, 0x18,
  863.     0x84, 0x21,    0x84, 0x22,    0x84, 0x24,    0x84, 0x28,
  864.     0x84, 0x41,    0x84, 0x42,    0x84, 0x44,    0x84, 0x48,
  865.     0x84, 0x81,    0x84, 0x82,    0x84, 0x84,    0x84, 0x88,
  866.     0x88, 0x11,    0x88, 0x12,    0x88, 0x14,    0x88, 0x18,
  867.     0x88, 0x21,    0x88, 0x22,    0x88, 0x24,    0x88, 0x28,
  868.     0x88, 0x41,    0x88, 0x42,    0x88, 0x44,    0x88, 0x48,
  869.     0x88, 0x81,    0x88, 0x82,    0x88, 0x84,    0x88, 0x88
  870. };
  872. /*
  873.     static Uint1 convert[4] = { 0x1, 0x2, 0x4, 0x8 };
  874.     for ( base[0] = 0; base[0] < 4; ++base[0] ) {
  875.         for ( base[1] = 0; base[1] < 4; ++base[1] ) {
  876.             for ( base[2] = 0; base[2] < 4; ++base[2] ) {
  877.                 for ( base[3] = 0; base[3] < 4; ++base[3] ) {
  878.                     Uint1 index =  (base[0] << 6) | (base[1] << 4) |
  879.                                    (base[2] << 2) | base[3];
  880.                     sm_TableOffset1[index * 3] = 
  881.                         0x0F & convert[base[0]];
  882.                     sm_TableOffset1[index * 3 + 1] =
  883.                         (convert[base[1]] << 4) | convert[base[2]]; 
  884.                     sm_TableOffset1[index * 3 + 2] = 
  885.                         (convert[base[3]] << 4) & 0xF0;
  886.                 }
  887.             }
  888.         }
  889.     }
  890. */
  891. const Uint1 C2naTo4na::scm_Table1[768] = {
  892.     0x1, 0x11, 0x10,  0x1, 0x11, 0x20,  0x1, 0x11, 0x40,  0x1, 0x11, 0x80,
  893.     0x1, 0x12, 0x10,  0x1, 0x12, 0x20,  0x1, 0x12, 0x40,  0x1, 0x12, 0x80,
  894.     0x1, 0x14, 0x10,  0x1, 0x14, 0x20,  0x1, 0x14, 0x40,  0x1, 0x14, 0x80,
  895.     0x1, 0x18, 0x10,  0x1, 0x18, 0x20,  0x1, 0x18, 0x40,  0x1, 0x18, 0x80,
  896.     0x1, 0x21, 0x10,  0x1, 0x21, 0x20,  0x1, 0x21, 0x40,  0x1, 0x21, 0x80,
  897.     0x1, 0x22, 0x10,  0x1, 0x22, 0x20,  0x1, 0x22, 0x40,  0x1, 0x22, 0x80,
  898.     0x1, 0x24, 0x10,  0x1, 0x24, 0x20,  0x1, 0x24, 0x40,  0x1, 0x24, 0x80,
  899.     0x1, 0x28, 0x10,  0x1, 0x28, 0x20,  0x1, 0x28, 0x40,  0x1, 0x28, 0x80,
  900.     0x1, 0x41, 0x10,  0x1, 0x41, 0x20,  0x1, 0x41, 0x40,  0x1, 0x41, 0x80,
  901.     0x1, 0x42, 0x10,  0x1, 0x42, 0x20,  0x1, 0x42, 0x40,  0x1, 0x42, 0x80,
  902.     0x1, 0x44, 0x10,  0x1, 0x44, 0x20,  0x1, 0x44, 0x40,  0x1, 0x44, 0x80,
  903.     0x1, 0x48, 0x10,  0x1, 0x48, 0x20,  0x1, 0x48, 0x40,  0x1, 0x48, 0x80,
  904.     0x1, 0x81, 0x10,  0x1, 0x81, 0x20,  0x1, 0x81, 0x40,  0x1, 0x81, 0x80,
  905.     0x1, 0x82, 0x10,  0x1, 0x82, 0x20,  0x1, 0x82, 0x40,  0x1, 0x82, 0x80,
  906.     0x1, 0x84, 0x10,  0x1, 0x84, 0x20,  0x1, 0x84, 0x40,  0x1, 0x84, 0x80,
  907.     0x1, 0x88, 0x10,  0x1, 0x88, 0x20,  0x1, 0x88, 0x40,  0x1, 0x88, 0x80,
  908.     0x2, 0x11, 0x10,  0x2, 0x11, 0x20,  0x2, 0x11, 0x40,  0x2, 0x11, 0x80,
  909.     0x2, 0x12, 0x10,  0x2, 0x12, 0x20,  0x2, 0x12, 0x40,  0x2, 0x12, 0x80,
  910.     0x2, 0x14, 0x10,  0x2, 0x14, 0x20,  0x2, 0x14, 0x40,  0x2, 0x14, 0x80,
  911.     0x2, 0x18, 0x10,  0x2, 0x18, 0x20,  0x2, 0x18, 0x40,  0x2, 0x18, 0x80,
  912.     0x2, 0x21, 0x10,  0x2, 0x21, 0x20,  0x2, 0x21, 0x40,  0x2, 0x21, 0x80,
  913.     0x2, 0x22, 0x10,  0x2, 0x22, 0x20,  0x2, 0x22, 0x40,  0x2, 0x22, 0x80,
  914.     0x2, 0x24, 0x10,  0x2, 0x24, 0x20,  0x2, 0x24, 0x40,  0x2, 0x24, 0x80,
  915.     0x2, 0x28, 0x10,  0x2, 0x28, 0x20,  0x2, 0x28, 0x40,  0x2, 0x28, 0x80,
  916.     0x2, 0x41, 0x10,  0x2, 0x41, 0x20,  0x2, 0x41, 0x40,  0x2, 0x41, 0x80,
  917.     0x2, 0x42, 0x10,  0x2, 0x42, 0x20,  0x2, 0x42, 0x40,  0x2, 0x42, 0x80,
  918.     0x2, 0x44, 0x10,  0x2, 0x44, 0x20,  0x2, 0x44, 0x40,  0x2, 0x44, 0x80,
  919.     0x2, 0x48, 0x10,  0x2, 0x48, 0x20,  0x2, 0x48, 0x40,  0x2, 0x48, 0x80,
  920.     0x2, 0x81, 0x10,  0x2, 0x81, 0x20,  0x2, 0x81, 0x40,  0x2, 0x81, 0x80,
  921.     0x2, 0x82, 0x10,  0x2, 0x82, 0x20,  0x2, 0x82, 0x40,  0x2, 0x82, 0x80,
  922.     0x2, 0x84, 0x10,  0x2, 0x84, 0x20,  0x2, 0x84, 0x40,  0x2, 0x84, 0x80,
  923.     0x2, 0x88, 0x10,  0x2, 0x88, 0x20,  0x2, 0x88, 0x40,  0x2, 0x88, 0x80,
  924.     0x4, 0x11, 0x10,  0x4, 0x11, 0x20,  0x4, 0x11, 0x40,  0x4, 0x11, 0x80,
  925.     0x4, 0x12, 0x10,  0x4, 0x12, 0x20,  0x4, 0x12, 0x40,  0x4, 0x12, 0x80,
  926.     0x4, 0x14, 0x10,  0x4, 0x14, 0x20,  0x4, 0x14, 0x40,  0x4, 0x14, 0x80,
  927.     0x4, 0x18, 0x10,  0x4, 0x18, 0x20,  0x4, 0x18, 0x40,  0x4, 0x18, 0x80,
  928.     0x4, 0x21, 0x10,  0x4, 0x21, 0x20,  0x4, 0x21, 0x40,  0x4, 0x21, 0x80,
  929.     0x4, 0x22, 0x10,  0x4, 0x22, 0x20,  0x4, 0x22, 0x40,  0x4, 0x22, 0x80,
  930.     0x4, 0x24, 0x10,  0x4, 0x24, 0x20,  0x4, 0x24, 0x40,  0x4, 0x24, 0x80,
  931.     0x4, 0x28, 0x10,  0x4, 0x28, 0x20,  0x4, 0x28, 0x40,  0x4, 0x28, 0x80,
  932.     0x4, 0x41, 0x10,  0x4, 0x41, 0x20,  0x4, 0x41, 0x40,  0x4, 0x41, 0x80,
  933.     0x4, 0x42, 0x10,  0x4, 0x42, 0x20,  0x4, 0x42, 0x40,  0x4, 0x42, 0x80,
  934.     0x4, 0x44, 0x10,  0x4, 0x44, 0x20,  0x4, 0x44, 0x40,  0x4, 0x44, 0x80,
  935.     0x4, 0x48, 0x10,  0x4, 0x48, 0x20,  0x4, 0x48, 0x40,  0x4, 0x48, 0x80,
  936.     0x4, 0x81, 0x10,  0x4, 0x81, 0x20,  0x4, 0x81, 0x40,  0x4, 0x81, 0x80,
  937.     0x4, 0x82, 0x10,  0x4, 0x82, 0x20,  0x4, 0x82, 0x40,  0x4, 0x82, 0x80,
  938.     0x4, 0x84, 0x10,  0x4, 0x84, 0x20,  0x4, 0x84, 0x40,  0x4, 0x84, 0x80,
  939.     0x4, 0x88, 0x10,  0x4, 0x88, 0x20,  0x4, 0x88, 0x40,  0x4, 0x88, 0x80,
  940.     0x8, 0x11, 0x10,  0x8, 0x11, 0x20,  0x8, 0x11, 0x40,  0x8, 0x11, 0x80,
  941.     0x8, 0x12, 0x10,  0x8, 0x12, 0x20,  0x8, 0x12, 0x40,  0x8, 0x12, 0x80,
  942.     0x8, 0x14, 0x10,  0x8, 0x14, 0x20,  0x8, 0x14, 0x40,  0x8, 0x14, 0x80,
  943.     0x8, 0x18, 0x10,  0x8, 0x18, 0x20,  0x8, 0x18, 0x40,  0x8, 0x18, 0x80,
  944.     0x8, 0x21, 0x10,  0x8, 0x21, 0x20,  0x8, 0x21, 0x40,  0x8, 0x21, 0x80,
  945.     0x8, 0x22, 0x10,  0x8, 0x22, 0x20,  0x8, 0x22, 0x40,  0x8, 0x22, 0x80,
  946.     0x8, 0x24, 0x10,  0x8, 0x24, 0x20,  0x8, 0x24, 0x40,  0x8, 0x24, 0x80,
  947.     0x8, 0x28, 0x10,  0x8, 0x28, 0x20,  0x8, 0x28, 0x40,  0x8, 0x28, 0x80,
  948.     0x8, 0x41, 0x10,  0x8, 0x41, 0x20,  0x8, 0x41, 0x40,  0x8, 0x41, 0x80,
  949.     0x8, 0x42, 0x10,  0x8, 0x42, 0x20,  0x8, 0x42, 0x40,  0x8, 0x42, 0x80,
  950.     0x8, 0x44, 0x10,  0x8, 0x44, 0x20,  0x8, 0x44, 0x40,  0x8, 0x44, 0x80,
  951.     0x8, 0x48, 0x10,  0x8, 0x48, 0x20,  0x8, 0x48, 0x40,  0x8, 0x48, 0x80,
  952.     0x8, 0x81, 0x10,  0x8, 0x81, 0x20,  0x8, 0x81, 0x40,  0x8, 0x81, 0x80,
  953.     0x8, 0x82, 0x10,  0x8, 0x82, 0x20,  0x8, 0x82, 0x40,  0x8, 0x82, 0x80,
  954.     0x8, 0x84, 0x10,  0x8, 0x84, 0x20,  0x8, 0x84, 0x40,  0x8, 0x84, 0x80,
  955.     0x8, 0x88, 0x10,  0x8, 0x88, 0x20,  0x8, 0x88, 0x40,  0x8, 0x88, 0x80
  956. };
  959. // NCBI2na to NCBI8na (NCBI4na_expand)
  960. /*
  961.     static Uint1 convert[] = { 0x01, 0x02, 0x04, 0x08 };
  962.     Uint1 base[4];
  964.     for ( base[0] = 0; base[0] < 4; ++(base[0]) ) {
  965.         for ( base[1] = 0; base[1] < 4; ++(base[1]) ) {
  966.             for ( base[2] = 0; base[2] < 4; ++(base[2]) ) {
  967.                 for ( base[3] = 0; base[3] < 4; ++(base[3]) ) {
  968.                     Uint1 index = 
  969.                         (base[0] << 6) | (base[1] << 4) | (base[2] << 2) | base[3];
  970.                     for ( size_t i = 0; i < 4; ++i ) {
  971.                         sm_Table[index * 4 + i] = convert[base[i]];
  972.                     }
  973.                 }
  974.             }
  975.         }
  976.     }
  977. */
  978. const Uint1 C2naTo8na::scm_Table[1024] = {
  979.     0x1,0x1,0x1,0x1, 0x1,0x1,0x1,0x2, 0x1,0x1,0x1,0x4, 0x1,0x1,0x1,0x8,
  980.     0x1,0x1,0x2,0x1, 0x1,0x1,0x2,0x2, 0x1,0x1,0x2,0x4, 0x1,0x1,0x2,0x8,
  981.     0x1,0x1,0x4,0x1, 0x1,0x1,0x4,0x2, 0x1,0x1,0x4,0x4, 0x1,0x1,0x4,0x8,
  982.     0x1,0x1,0x8,0x1, 0x1,0x1,0x8,0x2, 0x1,0x1,0x8,0x4, 0x1,0x1,0x8,0x8,
  983.     0x1,0x2,0x1,0x1, 0x1,0x2,0x1,0x2, 0x1,0x2,0x1,0x4, 0x1,0x2,0x1,0x8,
  984.     0x1,0x2,0x2,0x1, 0x1,0x2,0x2,0x2, 0x1,0x2,0x2,0x4, 0x1,0x2,0x2,0x8,
  985.     0x1,0x2,0x4,0x1, 0x1,0x2,0x4,0x2, 0x1,0x2,0x4,0x4, 0x1,0x2,0x4,0x8,
  986.     0x1,0x2,0x8,0x1, 0x1,0x2,0x8,0x2, 0x1,0x2,0x8,0x4, 0x1,0x2,0x8,0x8,
  987.     0x1,0x4,0x1,0x1, 0x1,0x4,0x1,0x2, 0x1,0x4,0x1,0x4, 0x1,0x4,0x1,0x8,
  988.     0x1,0x4,0x2,0x1, 0x1,0x4,0x2,0x2, 0x1,0x4,0x2,0x4, 0x1,0x4,0x2,0x8,
  989.     0x1,0x4,0x4,0x1, 0x1,0x4,0x4,0x2, 0x1,0x4,0x4,0x4, 0x1,0x4,0x4,0x8,
  990.     0x1,0x4,0x8,0x1, 0x1,0x4,0x8,0x2, 0x1,0x4,0x8,0x4, 0x1,0x4,0x8,0x8,
  991.     0x1,0x8,0x1,0x1, 0x1,0x8,0x1,0x2, 0x1,0x8,0x1,0x4, 0x1,0x8,0x1,0x8,
  992.     0x1,0x8,0x2,0x1, 0x1,0x8,0x2,0x2, 0x1,0x8,0x2,0x4, 0x1,0x8,0x2,0x8,
  993.     0x1,0x8,0x4,0x1, 0x1,0x8,0x4,0x2, 0x1,0x8,0x4,0x4, 0x1,0x8,0x4,0x8,
  994.     0x1,0x8,0x8,0x1, 0x1,0x8,0x8,0x2, 0x1,0x8,0x8,0x4, 0x1,0x8,0x8,0x8,
  995.     0x2,0x1,0x1,0x1, 0x2,0x1,0x1,0x2, 0x2,0x1,0x1,0x4, 0x2,0x1,0x1,0x8,
  996.     0x2,0x1,0x2,0x1, 0x2,0x1,0x2,0x2, 0x2,0x1,0x2,0x4, 0x2,0x1,0x2,0x8,
  997.     0x2,0x1,0x4,0x1, 0x2,0x1,0x4,0x2, 0x2,0x1,0x4,0x4, 0x2,0x1,0x4,0x8,
  998.     0x2,0x1,0x8,0x1, 0x2,0x1,0x8,0x2, 0x2,0x1,0x8,0x4, 0x2,0x1,0x8,0x8,
  999.     0x2,0x2,0x1,0x1, 0x2,0x2,0x1,0x2, 0x2,0x2,0x1,0x4, 0x2,0x2,0x1,0x8,
  1000.     0x2,0x2,0x2,0x1, 0x2,0x2,0x2,0x2, 0x2,0x2,0x2,0x4, 0x2,0x2,0x2,0x8,
  1001.     0x2,0x2,0x4,0x1, 0x2,0x2,0x4,0x2, 0x2,0x2,0x4,0x4, 0x2,0x2,0x4,0x8,
  1002.     0x2,0x2,0x8,0x1, 0x2,0x2,0x8,0x2, 0x2,0x2,0x8,0x4, 0x2,0x2,0x8,0x8,
  1003.     0x2,0x4,0x1,0x1, 0x2,0x4,0x1,0x2, 0x2,0x4,0x1,0x4, 0x2,0x4,0x1,0x8,
  1004.     0x2,0x4,0x2,0x1, 0x2,0x4,0x2,0x2, 0x2,0x4,0x2,0x4, 0x2,0x4,0x2,0x8,
  1005.     0x2,0x4,0x4,0x1, 0x2,0x4,0x4,0x2, 0x2,0x4,0x4,0x4, 0x2,0x4,0x4,0x8,
  1006.     0x2,0x4,0x8,0x1, 0x2,0x4,0x8,0x2, 0x2,0x4,0x8,0x4, 0x2,0x4,0x8,0x8,
  1007.     0x2,0x8,0x1,0x1, 0x2,0x8,0x1,0x2, 0x2,0x8,0x1,0x4, 0x2,0x8,0x1,0x8,
  1008.     0x2,0x8,0x2,0x1, 0x2,0x8,0x2,0x2, 0x2,0x8,0x2,0x4, 0x2,0x8,0x2,0x8,
  1009.     0x2,0x8,0x4,0x1, 0x2,0x8,0x4,0x2, 0x2,0x8,0x4,0x4, 0x2,0x8,0x4,0x8,
  1010.     0x2,0x8,0x8,0x1, 0x2,0x8,0x8,0x2, 0x2,0x8,0x8,0x4, 0x2,0x8,0x8,0x8,
  1011.     0x4,0x1,0x1,0x1, 0x4,0x1,0x1,0x2, 0x4,0x1,0x1,0x4, 0x4,0x1,0x1,0x8,
  1012.     0x4,0x1,0x2,0x1, 0x4,0x1,0x2,0x2, 0x4,0x1,0x2,0x4, 0x4,0x1,0x2,0x8,
  1013.     0x4,0x1,0x4,0x1, 0x4,0x1,0x4,0x2, 0x4,0x1,0x4,0x4, 0x4,0x1,0x4,0x8,
  1014.     0x4,0x1,0x8,0x1, 0x4,0x1,0x8,0x2, 0x4,0x1,0x8,0x4, 0x4,0x1,0x8,0x8,
  1015.     0x4,0x2,0x1,0x1, 0x4,0x2,0x1,0x2, 0x4,0x2,0x1,0x4, 0x4,0x2,0x1,0x8,
  1016.     0x4,0x2,0x2,0x1, 0x4,0x2,0x2,0x2, 0x4,0x2,0x2,0x4, 0x4,0x2,0x2,0x8,
  1017.     0x4,0x2,0x4,0x1, 0x4,0x2,0x4,0x2, 0x4,0x2,0x4,0x4, 0x4,0x2,0x4,0x8,
  1018.     0x4,0x2,0x8,0x1, 0x4,0x2,0x8,0x2, 0x4,0x2,0x8,0x4, 0x4,0x2,0x8,0x8,
  1019.     0x4,0x4,0x1,0x1, 0x4,0x4,0x1,0x2, 0x4,0x4,0x1,0x4, 0x4,0x4,0x1,0x8,
  1020.     0x4,0x4,0x2,0x1, 0x4,0x4,0x2,0x2, 0x4,0x4,0x2,0x4, 0x4,0x4,0x2,0x8,
  1021.     0x4,0x4,0x4,0x1, 0x4,0x4,0x4,0x2, 0x4,0x4,0x4,0x4, 0x4,0x4,0x4,0x8,
  1022.     0x4,0x4,0x8,0x1, 0x4,0x4,0x8,0x2, 0x4,0x4,0x8,0x4, 0x4,0x4,0x8,0x8,
  1023.     0x4,0x8,0x1,0x1, 0x4,0x8,0x1,0x2, 0x4,0x8,0x1,0x4, 0x4,0x8,0x1,0x8,
  1024.     0x4,0x8,0x2,0x1, 0x4,0x8,0x2,0x2, 0x4,0x8,0x2,0x4, 0x4,0x8,0x2,0x8,
  1025.     0x4,0x8,0x4,0x1, 0x4,0x8,0x4,0x2, 0x4,0x8,0x4,0x4, 0x4,0x8,0x4,0x8,
  1026.     0x4,0x8,0x8,0x1, 0x4,0x8,0x8,0x2, 0x4,0x8,0x8,0x4, 0x4,0x8,0x8,0x8,
  1027.     0x8,0x1,0x1,0x1, 0x8,0x1,0x1,0x2, 0x8,0x1,0x1,0x4, 0x8,0x1,0x1,0x8,
  1028.     0x8,0x1,0x2,0x1, 0x8,0x1,0x2,0x2, 0x8,0x1,0x2,0x4, 0x8,0x1,0x2,0x8,
  1029.     0x8,0x1,0x4,0x1, 0x8,0x1,0x4,0x2, 0x8,0x1,0x4,0x4, 0x8,0x1,0x4,0x8,
  1030.     0x8,0x1,0x8,0x1, 0x8,0x1,0x8,0x2, 0x8,0x1,0x8,0x4, 0x8,0x1,0x8,0x8,
  1031.     0x8,0x2,0x1,0x1, 0x8,0x2,0x1,0x2, 0x8,0x2,0x1,0x4, 0x8,0x2,0x1,0x8,
  1032.     0x8,0x2,0x2,0x1, 0x8,0x2,0x2,0x2, 0x8,0x2,0x2,0x4, 0x8,0x2,0x2,0x8,
  1033.     0x8,0x2,0x4,0x1, 0x8,0x2,0x4,0x2, 0x8,0x2,0x4,0x4, 0x8,0x2,0x4,0x8,
  1034.     0x8,0x2,0x8,0x1, 0x8,0x2,0x8,0x2, 0x8,0x2,0x8,0x4, 0x8,0x2,0x8,0x8,
  1035.     0x8,0x4,0x1,0x1, 0x8,0x4,0x1,0x2, 0x8,0x4,0x1,0x4, 0x8,0x4,0x1,0x8,
  1036.     0x8,0x4,0x2,0x1, 0x8,0x4,0x2,0x2, 0x8,0x4,0x2,0x4, 0x8,0x4,0x2,0x8,
  1037.     0x8,0x4,0x4,0x1, 0x8,0x4,0x4,0x2, 0x8,0x4,0x4,0x4, 0x8,0x4,0x4,0x8,
  1038.     0x8,0x4,0x8,0x1, 0x8,0x4,0x8,0x2, 0x8,0x4,0x8,0x4, 0x8,0x4,0x8,0x8,
  1039.     0x8,0x8,0x1,0x1, 0x8,0x8,0x1,0x2, 0x8,0x8,0x1,0x4, 0x8,0x8,0x1,0x8,
  1040.     0x8,0x8,0x2,0x1, 0x8,0x8,0x2,0x2, 0x8,0x8,0x2,0x4, 0x8,0x8,0x2,0x8,
  1041.     0x8,0x8,0x4,0x1, 0x8,0x8,0x4,0x2, 0x8,0x8,0x4,0x4, 0x8,0x8,0x4,0x8,
  1042.     0x8,0x8,0x8,0x1, 0x8,0x8,0x8,0x2, 0x8,0x8,0x8,0x4, 0x8,0x8,0x8,0x8
  1043. };
  1045. // NCBI2na_expand to IUPACna
  1046. // 0 -> A
  1047. // 1 -> C
  1048. // 2 -> G
  1049. // 3 -> T
  1050. const Uint1 C2naExpandToIupacna::scm_Table[256] = {
  1051.     0x41, 0x43, 0x47, 0x54, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1052.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1053.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1054.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1055.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1056.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1057.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1058.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1059.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1060.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1061.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1062.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1063.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1064.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1065.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1066.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1067.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1068.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1069.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1070.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1071.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1072.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1073.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1074.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1075.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1076.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1077.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1078.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1079.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1080.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1081.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff,
  1082.     0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff, 0xff
  1083. };
  1086. // NCBI4na to IUPACna
  1087. // 0  '-'  -> N
  1088. // 1  'A'  -> N
  1089. // 2  'C'  -> N
  1090. // 3  'M'  -> N
  1091. // 4  'G'  -> N
  1092. // 5  'R'  -> N
  1093. // 6  'S'  -> N
  1094. // 7  'V'  -> N
  1095. // 8  'T'  -> N
  1096. // 9  'W'  -> N
  1097. // 10 'Y'  -> N
  1098. // 11 'H'  -> N
  1099. // 12 'K'  -> N
  1100. // 13 'D'  -> N
  1101. // 14 'B'  -> N
  1102. // 15 'N'  -> N
  1103. const Uint1 C4naToIupacna::scm_Table[512] = {
  1104.     0x4e,0x4e,    0x4e,0x41,    0x4e,0x43,    0x4e,0x4d,
  1105.     0x4e,0x47,    0x4e,0x52,    0x4e,0x53,    0x4e,0x56,
  1106.     0x4e,0x54,    0x4e,0x57,    0x4e,0x59,    0x4e,0x48,
  1107.     0x4e,0x4b,    0x4e,0x44,    0x4e,0x42,    0x4e,0x4e,
  1108.     0x41,0x4e,    0x41,0x41,    0x41,0x43,    0x41,0x4d,
  1109.     0x41,0x47,    0x41,0x52,    0x41,0x53,    0x41,0x56,
  1110.     0x41,0x54,    0x41,0x57,    0x41,0x59,    0x41,0x48,
  1111.     0x41,0x4b,    0x41,0x44,    0x41,0x42,    0x41,0x4e,
  1112.     0x43,0x4e,    0x43,0x41,    0x43,0x43,    0x43,0x4d,
  1113.     0x43,0x47,    0x43,0x52,    0x43,0x53,    0x43,0x56,
  1114.     0x43,0x54,    0x43,0x57,    0x43,0x59,    0x43,0x48,
  1115.     0x43,0x4b,    0x43,0x44,    0x43,0x42,    0x43,0x4e,
  1116.     0x4d,0x4e,    0x4d,0x41,    0x4d,0x43,    0x4d,0x4d,
  1117.     0x4d,0x47,    0x4d,0x52,    0x4d,0x53,    0x4d,0x56,
  1118.     0x4d,0x54,    0x4d,0x57,    0x4d,0x59,    0x4d,0x48,
  1119.     0x4d,0x4b,    0x4d,0x44,    0x4d,0x42,    0x4d,0x4e,
  1120.     0x47,0x4e,    0x47,0x41,    0x47,0x43,    0x47,0x4d,
  1121.     0x47,0x47,    0x47,0x52,    0x47,0x53,    0x47,0x56,
  1122.     0x47,0x54,    0x47,0x57,    0x47,0x59,    0x47,0x48,
  1123.     0x47,0x4b,    0x47,0x44,    0x47,0x42,    0x47,0x4e,
  1124.     0x52,0x4e,    0x52,0x41,    0x52,0x43,    0x52,0x4d,
  1125.     0x52,0x47,    0x52,0x52,    0x52,0x53,    0x52,0x56,
  1126.     0x52,0x54,    0x52,0x57,    0x52,0x59,    0x52,0x48,
  1127.     0x52,0x4b,    0x52,0x44,    0x52,0x42,    0x52,0x4e,
  1128.     0x53,0x4e,    0x53,0x41,    0x53,0x43,    0x53,0x4d,
  1129.     0x53,0x47,    0x53,0x52,    0x53,0x53,    0x53,0x56,
  1130.     0x53,0x54,    0x53,0x57,    0x53,0x59,    0x53,0x48,
  1131.     0x53,0x4b,    0x53,0x44,    0x53,0x42,    0x53,0x4e,
  1132.     0x56,0x4e,    0x56,0x41,    0x56,0x43,    0x56,0x4d,
  1133.     0x56,0x47,    0x56,0x52,    0x56,0x53,    0x56,0x56,
  1134.     0x56,0x54,    0x56,0x57,    0x56,0x59,    0x56,0x48,
  1135.     0x56,0x4b,    0x56,0x44,    0x56,0x42,    0x56,0x4e,
  1136.     0x54,0x4e,    0x54,0x41,    0x54,0x43,    0x54,0x4d,
  1137.     0x54,0x47,    0x54,0x52,    0x54,0x53,    0x54,0x56,
  1138.     0x54,0x54,    0x54,0x57,    0x54,0x59,    0x54,0x48,
  1139.     0x54,0x4b,    0x54,0x44,    0x54,0x42,    0x54,0x4e,
  1140.     0x57,0x4e,    0x57,0x41,    0x57,0x43,    0x57,0x4d,
  1141.     0x57,0x47,    0x57,0x52,    0x57,0x53,    0x57,0x56,
  1142.     0x57,0x54,    0x57,0x57,    0x57,0x59,    0x57,0x48,
  1143.     0x57,0x4b,    0x57,0x44,    0x57,0x42,    0x57,0x4e,
  1144.     0x59,0x4e,    0x59,0x41,    0x59,0x43,    0x59,0x4d,
  1145.     0x59,0x47,    0x59,0x52,    0x59,0x53,    0x59,0x56,
  1146.     0x59,0x54,    0x59,0x57,    0x59,0x59,    0x59,0x48,
  1147.     0x59,0x4b,    0x59,0x44,    0x59,0x42,    0x59,0x4e,
  1148.     0x48,0x4e,    0x48,0x41,    0x48,0x43,    0x48,0x4d,
  1149.     0x48,0x47,    0x48,0x52,    0x48,0x53,    0x48,0x56,
  1150.     0x48,0x54,    0x48,0x57,    0x48,0x59,    0x48,0x48,
  1151.     0x48,0x4b,    0x48,0x44,    0x48,0x42,    0x48,0x4e,
  1152.     0x4b,0x4e,    0x4b,0x41,    0x4b,0x43,    0x4b,0x4d,
  1153.     0x4b,0x47,    0x4b,0x52,    0x4b,0x53,    0x4b,0x56,
  1154.     0x4b,0x54,    0x4b,0x57,    0x4b,0x59,    0x4b,0x48,
  1155.     0x4b,0x4b,    0x4b,0x44,    0x4b,0x42,    0x4b,0x4e,
  1156.     0x44,0x4e,    0x44,0x41,    0x44,0x43,    0x44,0x4d,
  1157.     0x44,0x47,    0x44,0x52,    0x44,0x53,    0x44,0x56,
  1158.     0x44,0x54,    0x44,0x57,    0x44,0x59,    0x44,0x48,
  1159.     0x44,0x4b,    0x44,0x44,    0x44,0x42,    0x44,0x4e,
  1160.     0x42,0x4e,    0x42,0x41,    0x42,0x43,    0x42,0x4d,
  1161.     0x42,0x47,    0x42,0x52,    0x42,0x53,    0x42,0x56,
  1162.     0x42,0x54,    0x42,0x57,    0x42,0x59,    0x42,0x48,
  1163.     0x42,0x4b,    0x42,0x44,    0x42,0x42,    0x42,0x4e,
  1164.     0x4e,0x4e,    0x4e,0x41,    0x4e,0x43,    0x4e,0x4d,
  1165.     0x4e,0x47,    0x4e,0x52,    0x4e,0x53,    0x4e,0x56,
  1166.     0x4e,0x54,    0x4e,0x57,    0x4e,0x59,    0x4e,0x48,
  1167.     0x4e,0x4b,    0x4e,0x44,    0x4e,0x42,    0x4e,0x4e
  1168. };
  1171. // NCBI4na to NCBI2na
  1172. // 0  -> 3  (gap -> T)
  1173. // 1  -> 0  (A -> A)
  1174. // 2  -> 1  (C -> C)
  1175. // 3  -> 1  (M -> C)
  1176. // 4  -> 2  (G -> G)
  1177. // 5  -> 2  (R -> G)
  1178. // 6  -> 1  (S -> C)
  1179. // 7  -> 0  (V -> A)
  1180. // 8  -> 3  (T -> T)
  1181. // 9  -> 3  (W -> T)
  1182. // 10 -> 3  (Y -> T)
  1183. // 11 -> 0  (H -> A)
  1184. // 12 -> 2  (K -> G)
  1185. // 13 -> 2  (D -> G)
  1186. // 14 -> 1  (B -> C)
  1187. // 15 -> 0  (N -> A)
  1188. /*
  1189.     for ( base[0] = 0; base[0] < 16; ++base[0] ) {
  1190.         for ( base[1] = 0; base[1] < 16; ++base[1] ) {
  1191.             Uint1 index = base[0] << 4 | base[1];
  1192.             sm_TableOffset0[index * 2] = 
  1193.                 (convert[base[0]] << 6) | (convert[base[1]] << 4);
  1194.             sm_TableOffset0[index * 2 + 1] = 
  1195.                 (convert[base[0]] << 2) | convert[base[1]];
  1196.         }
  1197.     }
  1198. */
  1199. const Uint1 C4naTo2na::scm_Table0[512] = {
  1200.     0xf0,0xf,    0xc0,0xc,    0xd0,0xd,    0xd0,0xd,
  1201.     0xe0,0xe,    0xe0,0xe,    0xd0,0xd,    0xc0,0xc,
  1202.     0xf0,0xf,    0xf0,0xf,    0xf0,0xf,    0xc0,0xc,
  1203.     0xe0,0xe,    0xe0,0xe,    0xd0,0xd,    0xc0,0xc,
  1204.     0x30,0x3,    0x0,0x0,    0x10,0x1,    0x10,0x1,
  1205.     0x20,0x2,    0x20,0x2,    0x10,0x1,    0x0,0x0,
  1206.     0x30,0x3,    0x30,0x3,    0x30,0x3,    0x0,0x0,
  1207.     0x20,0x2,    0x20,0x2,    0x10,0x1,    0x0,0x0,
  1208.     0x70,0x7,    0x40,0x4,    0x50,0x5,    0x50,0x5,
  1209.     0x60,0x6,    0x60,0x6,    0x50,0x5,    0x40,0x4,
  1210.     0x70,0x7,    0x70,0x7,    0x70,0x7,    0x40,0x4,
  1211.     0x60,0x6,    0x60,0x6,    0x50,0x5,    0x40,0x4,
  1212.     0x70,0x7,    0x40,0x4,    0x50,0x5,    0x50,0x5,
  1213.     0x60,0x6,    0x60,0x6,    0x50,0x5,    0x40,0x4,
  1214.     0x70,0x7,    0x70,0x7,    0x70,0x7,    0x40,0x4,
  1215.     0x60,0x6,    0x60,0x6,    0x50,0x5,    0x40,0x4,
  1216.     0xb0,0xb,    0x80,0x8,    0x90,0x9,    0x90,0x9,
  1217.     0xa0,0xa,    0xa0,0xa,    0x90,0x9,    0x80,0x8,
  1218.     0xb0,0xb,    0xb0,0xb,    0xb0,0xb,    0x80,0x8,
  1219.     0xa0,0xa,    0xa0,0xa,    0x90,0x9,    0x80,0x8,
  1220.     0xb0,0xb,    0x80,0x8,    0x90,0x9,    0x90,0x9,
  1221.     0xa0,0xa,    0xa0,0xa,    0x90,0x9,    0x80,0x8,
  1222.     0xb0,0xb,    0xb0,0xb,    0xb0,0xb,    0x80,0x8,
  1223.     0xa0,0xa,    0xa0,0xa,    0x90,0x9,    0x80,0x8,
  1224.     0x70,0x7,    0x40,0x4,    0x50,0x5,    0x50,0x5,
  1225.     0x60,0x6,    0x60,0x6,    0x50,0x5,    0x40,0x4,
  1226.     0x70,0x7,    0x70,0x7,    0x70,0x7,    0x40,0x4,
  1227.     0x60,0x6,    0x60,0x6,    0x50,0x5,    0x40,0x4,
  1228.     0x30,0x3,    0x0,0x0,    0x10,0x1,    0x10,0x1,
  1229.     0x20,0x2,    0x20,0x2,    0x10,0x1,    0x0,0x0,
  1230.     0x30,0x3,    0x30,0x3,    0x30,0x3,    0x0,0x0,
  1231.     0x20,0x2,    0x20,0x2,    0x10,0x1,    0x0,0x0,
  1232.     0xf0,0xf,    0xc0,0xc,    0xd0,0xd,    0xd0,0xd,
  1233.     0xe0,0xe,    0xe0,0xe,    0xd0,0xd,    0xc0,0xc,
  1234.     0xf0,0xf,    0xf0,0xf,    0xf0,0xf,    0xc0,0xc,
  1235.     0xe0,0xe,    0xe0,0xe,    0xd0,0xd,    0xc0,0xc,
  1236.     0xf0,0xf,    0xc0,0xc,    0xd0,0xd,    0xd0,0xd,
  1237.     0xe0,0xe,    0xe0,0xe,    0xd0,0xd,    0xc0,0xc,
  1238.     0xf0,0xf,    0xf0,0xf,    0xf0,0xf,    0xc0,0xc,
  1239.     0xe0,0xe,    0xe0,0xe,    0xd0,0xd,    0xc0,0xc,
  1240.     0xf0,0xf,    0xc0,0xc,    0xd0,0xd,    0xd0,0xd,
  1241.     0xe0,0xe,    0xe0,0xe,    0xd0,0xd,    0xc0,0xc,
  1242.     0xf0,0xf,    0xf0,0xf,    0xf0,0xf,    0xc0,0xc,
  1243.     0xe0,0xe,    0xe0,0xe,    0xd0,0xd,    0xc0,0xc,
  1244.     0x30,0x3,    0x0,0x0,    0x10,0x1,    0x10,0x1,
  1245.     0x20,0x2,    0x20,0x2,    0x10,0x1,    0x0,0x0,
  1246.     0x30,0x3,    0x30,0x3,    0x30,0x3,    0x0,0x0,
  1247.     0x20,0x2,    0x20,0x2,    0x10,0x1,    0x0,0x0,
  1248.     0xb0,0xb,    0x80,0x8,    0x90,0x9,    0x90,0x9,
  1249.     0xa0,0xa,    0xa0,0xa,    0x90,0x9,    0x80,0x8,
  1250.     0xb0,0xb,    0xb0,0xb,    0xb0,0xb,    0x80,0x8,
  1251.     0xa0,0xa,    0xa0,0xa,    0x90,0x9,    0x80,0x8,
  1252.     0xb0,0xb,    0x80,0x8,    0x90,0x9,    0x90,0x9,
  1253.     0xa0,0xa,    0xa0,0xa,    0x90,0x9,    0x80,0x8,
  1254.     0xb0,0xb,    0xb0,0xb,    0xb0,0xb,    0x80,0x8,
  1255.     0xa0,0xa,    0xa0,0xa,    0x90,0x9,    0x80,0x8,
  1256.     0x70,0x7,    0x40,0x4,    0x50,0x5,    0x50,0x5,
  1257.     0x60,0x6,    0x60,0x6,    0x50,0x5,    0x40,0x4,
  1258.     0x70,0x7,    0x70,0x7,    0x70,0x7,    0x40,0x4,
  1259.     0x60,0x6,    0x60,0x6,    0x50,0x5,    0x40,0x4,
  1260.     0x30,0x3,    0x0,0x0,    0x10,0x1,    0x10,0x1,
  1261.     0x20,0x2,    0x20,0x2,    0x10,0x1,    0x0,0x0,
  1262.     0x30,0x3,    0x30,0x3,    0x30,0x3,    0x0,0x0,
  1263.     0x20,0x2,    0x20,0x2,    0x10,0x1,    0x0,0x0
  1264. };
  1266. /*
  1267.     for ( base[0] = 0; base[0] < 16; ++base[0] ) {
  1268.         for ( base[1] = 0; base[1] < 16; ++base[1] ) {
  1269.             Uint1 index = base[0] << 4 | base[1];
  1270.             sm_TableOffset1[index * 3] = 
  1271.                 convert[base[1]] << 6;
  1272.             sm_TableOffset1[index * 3 + 1] = 
  1273.                 (convert[base[0]] << 4) | (convert[base[1]] << 2);
  1274.             sm_TableOffset1[index * 3 + 2] = 
  1275.                 convert[base[0]];
  1276.         }
  1277.     }
  1278. */
  1279. const Uint1 C4naTo2na::scm_Table1[768] = {
  1280.     0xc0,0x3c,0x3,    0x0,0x30,0x3,    0x40,0x34,0x3,    0x40,0x34,0x3,
  1281.     0x80,0x38,0x3,    0x80,0x38,0x3,    0x40,0x34,0x3,    0x0,0x30,0x3,
  1282.     0xc0,0x3c,0x3,    0xc0,0x3c,0x3,    0xc0,0x3c,0x3,    0x0,0x30,0x3,
  1283.     0x80,0x38,0x3,    0x80,0x38,0x3,    0x40,0x34,0x3,    0x0,0x30,0x3,
  1284.     0xc0,0xc,0x0,    0x0,0x0,0x0,    0x40,0x4,0x0,    0x40,0x4,0x0,
  1285.     0x80,0x8,0x0,    0x80,0x8,0x0,    0x40,0x4,0x0,    0x0,0x0,0x0,
  1286.     0xc0,0xc,0x0,    0xc0,0xc,0x0,    0xc0,0xc,0x0,    0x0,0x0,0x0,
  1287.     0x80,0x8,0x0,    0x80,0x8,0x0,    0x40,0x4,0x0,    0x0,0x0,0x0,
  1288.     0xc0,0x1c,0x1,    0x0,0x10,0x1,    0x40,0x14,0x1,    0x40,0x14,0x1,
  1289.     0x80,0x18,0x1,    0x80,0x18,0x1,    0x40,0x14,0x1,    0x0,0x10,0x1,
  1290.     0xc0,0x1c,0x1,    0xc0,0x1c,0x1,    0xc0,0x1c,0x1,    0x0,0x10,0x1,
  1291.     0x80,0x18,0x1,    0x80,0x18,0x1,    0x40,0x14,0x1,    0x0,0x10,0x1,
  1292.     0xc0,0x1c,0x1,    0x0,0x10,0x1,    0x40,0x14,0x1,    0x40,0x14,0x1,
  1293.     0x80,0x18,0x1,    0x80,0x18,0x1,    0x40,0x14,0x1,    0x0,0x10,0x1,
  1294.     0xc0,0x1c,0x1,    0xc0,0x1c,0x1,    0xc0,0x1c,0x1,    0x0,0x10,0x1,
  1295.     0x80,0x18,0x1,    0x80,0x18,0x1,    0x40,0x14,0x1,    0x0,0x10,0x1,
  1296.     0xc0,0x2c,0x2,    0x0,0x20,0x2,    0x40,0x24,0x2,    0x40,0x24,0x2,
  1297.     0x80,0x28,0x2,    0x80,0x28,0x2,    0x40,0x24,0x2,    0x0,0x20,0x2,
  1298.     0xc0,0x2c,0x2,    0xc0,0x2c,0x2,    0xc0,0x2c,0x2,    0x0,0x20,0x2,
  1299.     0x80,0x28,0x2,    0x80,0x28,0x2,    0x40,0x24,0x2,    0x0,0x20,0x2,
  1300.     0xc0,0x2c,0x2,    0x0,0x20,0x2,    0x40,0x24,0x2,    0x40,0x24,0x2,
  1301.     0x80,0x28,0x2,    0x80,0x28,0x2,    0x40,0x24,0x2,    0x0,0x20,0x2,
  1302.     0xc0,0x2c,0x2,    0xc0,0x2c,0x2,    0xc0,0x2c,0x2,    0x0,0x20,0x2,
  1303.     0x80,0x28,0x2,    0x80,0x28,0x2,    0x40,0x24,0x2,    0x0,0x20,0x2,
  1304.     0xc0,0x1c,0x1,    0x0,0x10,0x1,    0x40,0x14,0x1,    0x40,0x14,0x1,
  1305.     0x80,0x18,0x1,    0x80,0x18,0x1,    0x40,0x14,0x1,    0x0,0x10,0x1,
  1306.     0xc0,0x1c,0x1,    0xc0,0x1c,0x1,    0xc0,0x1c,0x1,    0x0,0x10,0x1,
  1307.     0x80,0x18,0x1,    0x80,0x18,0x1,    0x40,0x14,0x1,    0x0,0x10,0x1,
  1308.     0xc0,0xc,0x0,    0x0,0x0,0x0,    0x40,0x4,0x0,    0x40,0x4,0x0,
  1309.     0x80,0x8,0x0,    0x80,0x8,0x0,    0x40,0x4,0x0,    0x0,0x0,0x0,
  1310.     0xc0,0xc,0x0,    0xc0,0xc,0x0,    0xc0,0xc,0x0,    0x0,0x0,0x0,
  1311.     0x80,0x8,0x0,    0x80,0x8,0x0,    0x40,0x4,0x0,    0x0,0x0,0x0,
  1312.     0xc0,0x3c,0x3,    0x0,0x30,0x3,    0x40,0x34,0x3,    0x40,0x34,0x3,
  1313.     0x80,0x38,0x3,    0x80,0x38,0x3,    0x40,0x34,0x3,    0x0,0x30,0x3,
  1314.     0xc0,0x3c,0x3,    0xc0,0x3c,0x3,    0xc0,0x3c,0x3,    0x0,0x30,0x3,
  1315.     0x80,0x38,0x3,    0x80,0x38,0x3,    0x40,0x34,0x3,    0x0,0x30,0x3,
  1316.     0xc0,0x3c,0x3,    0x0,0x30,0x3,    0x40,0x34,0x3,    0x40,0x34,0x3,
  1317.     0x80,0x38,0x3,    0x80,0x38,0x3,    0x40,0x34,0x3,    0x0,0x30,0x3,
  1318.     0xc0,0x3c,0x3,    0xc0,0x3c,0x3,    0xc0,0x3c,0x3,    0x0,0x30,0x3,
  1319.     0x80,0x38,0x3,    0x80,0x38,0x3,    0x40,0x34,0x3,    0x0,0x30,0x3,
  1320.     0xc0,0x3c,0x3,    0x0,0x30,0x3,    0x40,0x34,0x3,    0x40,0x34,0x3,
  1321.     0x80,0x38,0x3,    0x80,0x38,0x3,    0x40,0x34,0x3,    0x0,0x30,0x3,
  1322.     0xc0,0x3c,0x3,    0xc0,0x3c,0x3,    0xc0,0x3c,0x3,    0x0,0x30,0x3,
  1323.     0x80,0x38,0x3,    0x80,0x38,0x3,    0x40,0x34,0x3,    0x0,0x30,0x3,
  1324.     0xc0,0xc,0x0,    0x0,0x0,0x0,    0x40,0x4,0x0,    0x40,0x4,0x0,
  1325.     0x80,0x8,0x0,    0x80,0x8,0x0,    0x40,0x4,0x0,    0x0,0x0,0x0,
  1326.     0xc0,0xc,0x0,    0xc0,0xc,0x0,    0xc0,0xc,0x0,    0x0,0x0,0x0,
  1327.     0x80,0x8,0x0,    0x80,0x8,0x0,    0x40,0x4,0x0,    0x0,0x0,0x0,
  1328.     0xc0,0x2c,0x2,    0x0,0x20,0x2,    0x40,0x24,0x2,    0x40,0x24,0x2,
  1329.     0x80,0x28,0x2,    0x80,0x28,0x2,    0x40,0x24,0x2,    0x0,0x20,0x2,
  1330.     0xc0,0x2c,0x2,    0xc0,0x2c,0x2,    0xc0,0x2c,0x2,    0x0,0x20,0x2,
  1331.     0x80,0x28,0x2,    0x80,0x28,0x2,    0x40,0x24,0x2,    0x0,0x20,0x2,
  1332.     0xc0,0x2c,0x2,    0x0,0x20,0x2,    0x40,0x24,0x2,    0x40,0x24,0x2,
  1333.     0x80,0x28,0x2,    0x80,0x28,0x2,    0x40,0x24,0x2,    0x0,0x20,0x2,
  1334.     0xc0,0x2c,0x2,    0xc0,0x2c,0x2,    0xc0,0x2c,0x2,    0x0,0x20,0x2,
  1335.     0x80,0x28,0x2,    0x80,0x28,0x2,    0x40,0x24,0x2,    0x0,0x20,0x2,
  1336.     0xc0,0x1c,0x1,    0x0,0x10,0x1,    0x40,0x14,0x1,    0x40,0x14,0x1,
  1337.     0x80,0x18,0x1,    0x80,0x18,0x1,    0x40,0x14,0x1,    0x0,0x10,0x1,
  1338.     0xc0,0x1c,0x1,    0xc0,0x1c,0x1,    0xc0,0x1c,0x1,    0x0,0x10,0x1,
  1339.     0x80,0x18,0x1,    0x80,0x18,0x1,    0x40,0x14,0x1,    0x0,0x10,0x1,
  1340.     0xc0,0xc,0x0,    0x0,0x0,0x0,    0x40,0x4,0x0,    0x40,0x4,0x0,
  1341.     0x80,0x8,0x0,    0x80,0x8,0x0,    0x40,0x4,0x0,    0x0,0x0,0x0,
  1342.     0xc0,0xc,0x0,    0xc0,0xc,0x0,    0xc0,0xc,0x0,    0x0,0x0,0x0,
  1343.     0x80,0x8,0x0,    0x80,0x8,0x0,    0x40,0x4,0x0,    0x0,0x0,0x0
  1344. };
  1347. // NCBI4na to NCBI2na_expand
  1348. // gap -> 3 T
  1349. // A   -> 0 A
  1350. // C   -> 1 C
  1351. // M   -> 1 C
  1352. // G   -> 2 G
  1353. // R   -> 2 G
  1354. // S   -> 1 C
  1355. // V   -> 0 A
  1356. // T   -> 3 T
  1357. // W   -> 3 T
  1358. // Y   -> 3 T
  1359. // H   -> 0 A
  1360. // K   -> 2 G
  1361. // D   -> 2 G
  1362. // B   -> 1 C
  1363. // N   -> 0 A
  1365. const Uint1 C4naTo2naExpand::scm_Table[512] = {
  1366.     0x3,0x3,    0x3,0x0,    0x3,0x1,    0x3,0x1,
  1367.     0x3,0x2,    0x3,0x2,    0x3,0x1,    0x3,0x0,
  1368.     0x3,0x3,    0x3,0x3,    0x3,0x3,    0x3,0x0,
  1369.     0x3,0x2,    0x3,0x2,    0x3,0x1,    0x3,0x0,
  1370.     0x0,0x3,    0x0,0x0,    0x0,0x1,    0x0,0x1,
  1371.     0x0,0x2,    0x0,0x2,    0x0,0x1,    0x0,0x0,
  1372.     0x0,0x3,    0x0,0x3,    0x0,0x3,    0x0,0x0,
  1373.     0x0,0x2,    0x0,0x2,    0x0,0x1,    0x0,0x0,
  1374.     0x1,0x3,    0x1,0x0,    0x1,0x1,    0x1,0x1,
  1375.     0x1,0x2,    0x1,0x2,    0x1,0x1,    0x1,0x0,
  1376.     0x1,0x3,    0x1,0x3,    0x1,0x3,    0x1,0x0,
  1377.     0x1,0x2,    0x1,0x2,    0x1,0x1,    0x1,0x0,
  1378.     0x1,0x3,    0x1,0x0,    0x1,0x1,    0x1,0x1,
  1379.     0x1,0x2,    0x1,0x2,    0x1,0x1,    0x1,0x0,
  1380.     0x1,0x3,    0x1,0x3,    0x1,0x3,    0x1,0x0,
  1381.     0x1,0x2,    0x1,0x2,    0x1,0x1,    0x1,0x0,
  1382.     0x2,0x3,    0x2,0x0,    0x2,0x1,    0x2,0x1,
  1383.     0x2,0x2,    0x2,0x2,    0x2,0x1,    0x2,0x0,
  1384.     0x2,0x3,    0x2,0x3,    0x2,0x3,    0x2,0x0,
  1385.     0x2,0x2,    0x2,0x2,    0x2,0x1,    0x2,0x0,
  1386.     0x2,0x3,    0x2,0x0,    0x2,0x1,    0x2,0x1,
  1387.     0x2,0x2,    0x2,0x2,    0x2,0x1,    0x2,0x0,
  1388.     0x2,0x3,    0x2,0x3,    0x2,0x3,    0x2,0x0,
  1389.     0x2,0x2,    0x2,0x2,    0x2,0x1,    0x2,0x0,
  1390.     0x1,0x3,    0x1,0x0,    0x1,0x1,    0x1,0x1,
  1391.     0x1,0x2,    0x1,0x2,    0x1,0x1,    0x1,0x0,
  1392.     0x1,0x3,    0x1,0x3,    0x1,0x3,    0x1,0x0,
  1393.     0x1,0x2,    0x1,0x2,    0x1,0x1,    0x1,0x0,
  1394.     0x0,0x3,    0x0,0x0,    0x0,0x1,    0x0,0x1,
  1395.     0x0,0x2,    0x0,0x2,    0x0,0x1,    0x0,0x0,
  1396.     0x0,0x3,    0x0,0x3,    0x0,0x3,    0x0,0x0,
  1397.     0x0,0x2,    0x0,0x2,    0x0,0x1,    0x0,0x0,
  1398.     0x3,0x3,    0x3,0x0,    0x3,0x1,    0x3,0x1,
  1399.     0x3,0x2,    0x3,0x2,    0x3,0x1,    0x3,0x0,
  1400.     0x3,0x3,    0x3,0x3,    0x3,0x3,    0x3,0x0,
  1401.     0x3,0x2,    0x3,0x2,    0x3,0x1,    0x3,0x0,
  1402.     0x3,0x3,    0x3,0x0,    0x3,0x1,    0x3,0x1,
  1403.     0x3,0x2,    0x3,0x2,    0x3,0x1,    0x3,0x0,
  1404.     0x3,0x3,    0x3,0x3,    0x3,0x3,    0x3,0x0,
  1405.     0x3,0x2,    0x3,0x2,    0x3,0x1,    0x3,0x0,
  1406.     0x3,0x3,    0x3,0x0,    0x3,0x1,    0x3,0x1,
  1407.     0x3,0x2,    0x3,0x2,    0x3,0x1,    0x3,0x0,
  1408.     0x3,0x3,    0x3,0x3,    0x3,0x3,    0x3,0x0,
  1409.     0x3,0x2,    0x3,0x2,    0x3,0x1,    0x3,0x0,
  1410.     0x0,0x3,    0x0,0x0,    0x0,0x1,    0x0,0x1,
  1411.     0x0,0x2,    0x0,0x2,    0x0,0x1,    0x0,0x0,
  1412.     0x0,0x3,    0x0,0x3,    0x0,0x3,    0x0,0x0,
  1413.     0x0,0x2,    0x0,0x2,    0x0,0x1,    0x0,0x0,
  1414.     0x2,0x3,    0x2,0x0,    0x2,0x1,    0x2,0x1,
  1415.     0x2,0x2,    0x2,0x2,    0x2,0x1,    0x2,0x0,
  1416.     0x2,0x3,    0x2,0x3,    0x2,0x3,    0x2,0x0,
  1417.     0x2,0x2,    0x2,0x2,    0x2,0x1,    0x2,0x0,
  1418.     0x2,0x3,    0x2,0x0,    0x2,0x1,    0x2,0x1,
  1419.     0x2,0x2,    0x2,0x2,    0x2,0x1,    0x2,0x0,
  1420.     0x2,0x3,    0x2,0x3,    0x2,0x3,    0x2,0x0,
  1421.     0x2,0x2,    0x2,0x2,    0x2,0x1,    0x2,0x0,
  1422.     0x1,0x3,    0x1,0x0,    0x1,0x1,    0x1,0x1,
  1423.     0x1,0x2,    0x1,0x2,    0x1,0x1,    0x1,0x0,
  1424.     0x1,0x3,    0x1,0x3,    0x1,0x3,    0x1,0x0,
  1425.     0x1,0x2,    0x1,0x2,    0x1,0x1,    0x1,0x0,
  1426.     0x0,0x3,    0x0,0x0,    0x0,0x1,    0x0,0x1,
  1427.     0x0,0x2,    0x0,0x2,    0x0,0x1,    0x0,0x0,
  1428.     0x0,0x3,    0x0,0x3,    0x0,0x3,    0x0,0x0,
  1429.     0x0,0x2,    0x0,0x2,    0x0,0x1,    0x0,0x0
  1430. };
  1433. // NCBI4na to NCBI8na (NCBI4na_expand)
  1434. /*
  1435.     for ( base[0] = 0; base[0] < 16; ++base[0] ) {
  1436.         for ( base[1] = 0; base[1] < 16; ++base[1] ) {
  1437.             Uint1 index = (base[0] << 4) | base[1];
  1438.             for( int i = 0; i < 2; ++i ) {
  1439.                 sm_Table[index * 2 + i] = base[i];
  1440.             }
  1441.         }
  1442.     }
  1443. */
  1444. const Uint1 C4naTo8na::scm_Table[512] = {
  1445.     0x0,0x0,    0x0,0x1,    0x0,0x2,    0x0,0x3,
  1446.     0x0,0x4,    0x0,0x5,    0x0,0x6,    0x0,0x7,
  1447.     0x0,0x8,    0x0,0x9,    0x0,0xa,    0x0,0xb,
  1448.     0x0,0xc,    0x0,0xd,    0x0,0xe,    0x0,0xf,
  1449.     0x1,0x0,    0x1,0x1,    0x1,0x2,    0x1,0x3,
  1450.     0x1,0x4,    0x1,0x5,    0x1,0x6,    0x1,0x7,
  1451.     0x1,0x8,    0x1,0x9,    0x1,0xa,    0x1,0xb,
  1452.     0x1,0xc,    0x1,0xd,    0x1,0xe,    0x1,0xf,
  1453.     0x2,0x0,    0x2,0x1,    0x2,0x2,    0x2,0x3,
  1454.     0x2,0x4,    0x2,0x5,    0x2,0x6,    0x2,0x7,
  1455.     0x2,0x8,    0x2,0x9,    0x2,0xa,    0x2,0xb,
  1456.     0x2,0xc,    0x2,0xd,    0x2,0xe,    0x2,0xf,
  1457.     0x3,0x0,    0x3,0x1,    0x3,0x2,    0x3,0x3,
  1458.     0x3,0x4,    0x3,0x5,    0x3,0x6,    0x3,0x7,
  1459.     0x3,0x8,    0x3,0x9,    0x3,0xa,    0x3,0xb,
  1460.     0x3,0xc,    0x3,0xd,    0x3,0xe,    0x3,0xf,
  1461.     0x4,0x0,    0x4,0x1,    0x4,0x2,    0x4,0x3,
  1462.     0x4,0x4,    0x4,0x5,    0x4,0x6,    0x4,0x7,
  1463.     0x4,0x8,    0x4,0x9,    0x4,0xa,    0x4,0xb,
  1464.     0x4,0xc,    0x4,0xd,    0x4,0xe,    0x4,0xf,
  1465.     0x5,0x0,    0x5,0x1,    0x5,0x2,    0x5,0x3,
  1466.     0x5,0x4,    0x5,0x5,    0x5,0x6,    0x5,0x7,
  1467.     0x5,0x8,    0x5,0x9,    0x5,0xa,    0x5,0xb,
  1468.     0x5,0xc,    0x5,0xd,    0x5,0xe,    0x5,0xf,
  1469.     0x6,0x0,    0x6,0x1,    0x6,0x2,    0x6,0x3,
  1470.     0x6,0x4,    0x6,0x5,    0x6,0x6,    0x6,0x7,
  1471.     0x6,0x8,    0x6,0x9,    0x6,0xa,    0x6,0xb,
  1472.     0x6,0xc,    0x6,0xd,    0x6,0xe,    0x6,0xf,
  1473.     0x7,0x0,    0x7,0x1,    0x7,0x2,    0x7,0x3,
  1474.     0x7,0x4,    0x7,0x5,    0x7,0x6,    0x7,0x7,
  1475.     0x7,0x8,    0x7,0x9,    0x7,0xa,    0x7,0xb,
  1476.     0x7,0xc,    0x7,0xd,    0x7,0xe,    0x7,0xf,
  1477.     0x8,0x0,    0x8,0x1,    0x8,0x2,    0x8,0x3,
  1478.     0x8,0x4,    0x8,0x5,    0x8,0x6,    0x8,0x7,
  1479.     0x8,0x8,    0x8,0x9,    0x8,0xa,    0x8,0xb,
  1480.     0x8,0xc,    0x8,0xd,    0x8,0xe,    0x8,0xf,
  1481.     0x9,0x0,    0x9,0x1,    0x9,0x2,    0x9,0x3,
  1482.     0x9,0x4,    0x9,0x5,    0x9,0x6,    0x9,0x7,
  1483.     0x9,0x8,    0x9,0x9,    0x9,0xa,    0x9,0xb,
  1484.     0x9,0xc,    0x9,0xd,    0x9,0xe,    0x9,0xf,
  1485.     0xa,0x0,    0xa,0x1,    0xa,0x2,    0xa,0x3,
  1486.     0xa,0x4,    0xa,0x5,    0xa,0x6,    0xa,0x7,
  1487.     0xa,0x8,    0xa,0x9,    0xa,0xa,    0xa,0xb,
  1488.     0xa,0xc,    0xa,0xd,    0xa,0xe,    0xa,0xf,
  1489.     0xb,0x0,    0xb,0x1,    0xb,0x2,    0xb,0x3,