sequtil.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: sequtil.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:42:11  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: sequtil.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:42:11 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Author:  Mati Shomrat
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *   
  38.  */   
  39. #include <ncbi_pch.hpp>
  40. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  41. #include <corelib/ncbiexpt.hpp>
  42. #include <util/sequtil/sequtil.hpp>
  43. #include <util/sequtil/sequtil_expt.hpp>
  44. BEGIN_NCBI_SCOPE
  45. const size_t CSeqUtil::kNumCodings = 10;
  46. CSeqUtil::ECodingType CSeqUtil::GetCodingType(TCoding coding)
  47. {
  48.     switch ( coding ) {
  49.         case e_Iupacna:
  50.         case e_Ncbi2na:
  51.         case e_Ncbi2na_expand:
  52.         case e_Ncbi4na:
  53.         case e_Ncbi4na_expand:
  54.         case e_Ncbi8na:
  55.             return e_CodingType_Na;
  56.         
  57.         case e_Iupacaa:
  58.         case e_Ncbi8aa:
  59.         case e_Ncbieaa:
  60.         case e_Ncbistdaa:
  61.             return e_CodingType_Aa;
  62.     }
  63.     NCBI_THROW(CSeqUtilException, eBadParameter, "");
  64. }
  65. END_NCBI_SCOPE
  66.  /*
  67. * ===========================================================================
  68. *
  69. * $Log: sequtil.cpp,v $
  70. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:42:11  gouriano
  71. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  72. *
  73. * Revision 1.2  2004/05/17 21:08:53  gorelenk
  74. * Added include of PCH ncbi_pch.hpp
  75. *
  76. * Revision 1.1  2003/10/08 13:34:10  shomrat
  77. * Initial version
  78. *
  79. *
  80. * ===========================================================================
  81. */