生物技术

开发平台：
C/C++

sequtil_tables.hpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: sequtil_tables.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 16:03:19  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef UTIL_SEQUTIL___SEQUTIL_TABLES__HPP
#define UTIL_SEQUTIL___SEQUTIL_TABLES__HPP
/*  $Id: sequtil_tables.hpp,v 1000.0 2003/10/29 16:03:19 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
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 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 * Author:  Mati Shomrat
 *
 * File Description:
 *   Conversion tables
 */   
#include <corelib/ncbistd.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//
// Conversion Tables
// IUPACna -> ....
//===========================================================================
// IUPACna to IUPACna
// Size: 256 (1 column)
// each IUPACna is mapped to itself, lower case letters are mapped
// to upper case, U / u are mapped to T
class CIupacnaToIupacna
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CIupacnaToIupacna(void);
    static const Uint1 scm_Table[256];
};
// IUPACna to NCBI2na
// Size: 1024 (256 rows * 4 columns)
class CIupacnaTo2na
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CIupacnaTo2na(void);
    static const Uint1 scm_Table[1024];
};
// IUPACna to NCBI2na_expand
// Size: 256
class CIupacnaTo2naExpand
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CIupacnaTo2naExpand(void);
    static const Uint1 scm_Table[256];
};
// IUPACna to NCBI4na
// Size: 512 (256 rown * 2 columns)
class CIupacnaTo4na
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CIupacnaTo4na(void);
    static void Init(void);
    static const Uint1 scm_Table[512];
};
// IUPACna to NCBI8na
// Size: 256
class CIupacnaTo8na
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CIupacnaTo8na(void);
    static const Uint1 scm_Table[256];
};
// NCBI2na -> ....
//===========================================================================
// NCBI2na to IUPACna
// Size: 1024 (256 rows * 4 columns)
class C2naToIupacna
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    C2naToIupacna(void);
    static const Uint1    scm_Table[1024];
};
// NCBI2na to NCBI2na_expand
// Size: 1024 (256 rows * 4 columns)
class C2naTo2naExpand
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    C2naTo2naExpand(void);
    static const Uint1    scm_Table[1024];
};
// NCBI2na to NCBI4na
// We use 2 tables for this conversion; a straight forward table in 
// the case when the starting position of the conversion (within a 
// ncbi2na byte) is 0 or 2. this table maps a single ncbi2na byte to
// 2 ncbi4na bytes.
// a second table is used when the offset is 1 or 3. this table consist 
// of 3 columns. for a given ncbi2na byte the first column is the mapping of
// the lower 2 bits (1st base) in the ncbi2na byte, the second is the 
// mapping of bases 2 and 3 and the 3rd column is the mapping of the 4th base.
class C2naTo4na
{
public:
    static const Uint1* GetTable(bool boundry) { 
        return boundry ? scm_Table0 : scm_Table1;
    }
private:
    C2naTo4na(void);
    static const Uint1    scm_Table0[512];
    static const Uint1    scm_Table1[768];
};
// NCBI2na to NCBI8na (NCBI4na_expand)
// each ncbi2na byte is mapped to 4 ncbi8na bytes
class C2naTo8na
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    C2naTo8na(void);
    static const Uint1    scm_Table[1024];
};
// NCBI2na_expand -> ....
//===========================================================================
// NCBI2na_expand to IUPACna
// 0 -> A
// 1 -> C
// 2 -> G
// 3 -> T
class C2naExpandToIupacna
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    C2naExpandToIupacna(void);
    static const Uint1    scm_Table[256];
};
// NCBI4na -> ....
//===========================================================================
// NCBI4na to IUPACna
// each ncbi4na byte maps to 2 iupacna bytes
class C4naToIupacna
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    C4naToIupacna(void);
    static const Uint1    scm_Table[512];
};
// NCBI4na to NCBI2na
// depending on the initial offset 4 bases that are packed in
// a single ncbi2na byte might come from either 2 or 3 ncbi4na bytes.
// we use 2 different tables to accomodate to 2 cases.
// 0  -> 3  (gap -> T)
// 1  -> 0  (A -> A)
// 2  -> 1  (C -> C)
// 3  -> 1  (M -> C)
// 4  -> 2  (G -> G)
// 5  -> 2  (R -> G)
// 6  -> 1  (S -> C)
// 7  -> 0  (V -> A)
// 8  -> 3  (T -> T)
// 9  -> 3  (W -> T)
// 10 -> 3  (Y -> T)
// 11 -> 0  (H -> A)
// 12 -> 2  (K -> G)
// 13 -> 2  (D -> G)
// 14 -> 1  (B -> C)
// 15 -> 0  (N -> A)
class C4naTo2na
{
public:
    static const Uint1* GetTable(size_t offset) {
        return (offset == 0) ? scm_Table0 : scm_Table1;
    }
private:
    C4naTo2na(void);
    static const Uint1    scm_Table0[512];
    static const Uint1    scm_Table1[768];
};
// NCBI4na to NCBI2na_expand
// each ncbi4na byte maps to 2 iupacna bytes
// gap -> 3 T
// A   -> 0 A
// C   -> 1 C
// M   -> 1 C
// G   -> 2 G
// R   -> 2 G
// S   -> 1 C
// V   -> 0 A
// T   -> 3 T
// W   -> 3 T
// Y   -> 3 T
// H   -> 0 A
// K   -> 2 G
// D   -> 2 G
// B   -> 1 C
// N   -> 0 A
class C4naTo2naExpand
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    C4naTo2naExpand(void);
    static const Uint1    scm_Table[512];
};
// NCBI4na to NCBI8na (NCBI4na_expand)
// expand a single ncbi4na byte to 2 ncbi8na bytes
class C4naTo8na
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    C4naTo8na(void);
    static const Uint1    scm_Table[512];
};
// NCBI8na -> ....
//===========================================================================
// NCBI8na to IUPACna
// map ncbi8na byte to an iupacna one.
class C8naToIupacna
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    C8naToIupacna(void);
    static const Uint1    scm_Table[256];
};
// NCBI8na to NCBI2na
// map ncbi8na byte to the corresponding ncbi2na 2 bits based on the offset
// of the byte in the 4 bytes comprising the single ncbi2na byte.
class C8naTo2na
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    C8naTo2na(void);
    static const Uint1    scm_Table[1024];
};
// IUPACaa to NCBIstdaa
class CIupacaaToStdaa
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CIupacaaToStdaa(void);
    static const Uint1    scm_Table[256];
};
// NCBIeaa to IUPACaa
class CEaaToIupacaa
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CEaaToIupacaa(void);
    static const Uint1    scm_Table[256];
};
// NCBIeaa to NCBIstdaa
class CEaaToStdaa
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CEaaToStdaa(void);
    static const Uint1    scm_Table[256];
};
// NCBIstdaa to IUPACaa
class CStdaaToIupacaa
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CStdaaToIupacaa(void);
    static const Uint1    scm_Table[256];
};
// NCBIstdaa to NCBIeaa
class CStdaaToEaa
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CStdaaToEaa(void);
    static const Uint1    scm_Table[256];
};
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//
// Reverse Tables
// NCBI2na
class C2naReverse
{
public:
    static const Uint1* GetTable(size_t offset) { return scm_Tables[offset]; }
private:
    C2naReverse(void);
    static const Uint1    scm_Table3[256];  // offset 3 - byte boundry
    static const Uint1    scm_Table2[512];  // offset 2
    static const Uint1    scm_Table1[512];  // offset 1
    static const Uint1    scm_Table0[512];  // offset 0
    static const Uint1*   scm_Tables[4];
};
// NCBI4na
class C4naReverse
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    C4naReverse(void);
    static const Uint1    scm_Table[256];
};
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//
// Complement Tables
// IUPACna
class CIupacnaCmp
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CIupacnaCmp(void);
    static const Uint1    scm_Table[256];
};
// NCBI2na
class C2naCmp
{
public:
    static const Uint1* GetTable(size_t offset) { return scm_Tables[offset]; }
private:
    C2naCmp(void);
    static const Uint1    scm_Table1[512];
    static const Uint1    scm_Table2[512];
    static const Uint1    scm_Table3[512];
    static const Uint1*   scm_Tables[4];
};
// NCBI4na
// 0  -> 0
// 1  -> 8
// 2  -> 4
// 3  -> 12
// 4  -> 2
// 5  -> 10
// 6  -> 9
// 7  -> 14
// 8  -> 1
// 9  -> 6
// 10 -> 5
// 11 -> 13
// 12 -> 3
// 13 -> 11
// 14 -> 7
// 15 -> 15
class C4naCmp
{
public:
    static const Uint1* GetTable(size_t offset) {
        return (offset == 0) ? scm_Table0 : scm_Table1;
    }
private:
    C4naCmp(void);
    static const Uint1    scm_Table0[256];
    static const Uint1    scm_Table1[512];
};
// NCBI8na
class C8naCmp
{
public:
    static const Uint1* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    C8naCmp(void);
    static const Uint1    scm_Table[256];
};
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//
// ReverseComplement Tables
// NCBI2na
class C2naRevCmp
{
public:
    static const Uint1* GetTable(size_t offset) { return scm_Tables[offset]; }
private:
    C2naRevCmp(void);
    static const Uint1*   scm_Tables[4];
    static const Uint1    scm_Table0[512];
    static const Uint1    scm_Table1[512];
    static const Uint1    scm_Table2[512];
    static const Uint1    scm_Table3[256];
};
class C4naRevCmp
{
public:
    static const Uint1* GetTable(size_t offset) { 
        return (offset == 0) ? scm_Table0 : scm_Table1; 
    }
private:
    C4naRevCmp(void);
    static const Uint1*   scm_Tables[4];
    static const Uint1    scm_Table0[512];
    static const Uint1    scm_Table1[256];
};
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//
// Ambiguity Tables
// IUPACna
class CIupacnaAmbig
{
public:
    static const bool* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CIupacnaAmbig(void);
    static const bool    scm_Table[256];
};
// NCBI4na
class CNcbi4naAmbig
{
public:
    static const bool* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CNcbi4naAmbig(void);
    static const bool    scm_Table[256];
};
// NCBI8na
class CNcbi8naAmbig
{
public:
    static const bool* GetTable(void) { return scm_Table; }
private:
    CNcbi8naAmbig(void);
    static const bool    scm_Table[256];
};
END_NCBI_SCOPE
#endif  /* UTIL_SEQUTIL___SEQUTIL_TABLES__HPP */
 /*
* ===========================================================================
*
* $Log: sequtil_tables.hpp,v $
* Revision 1000.0  2003/10/29 16:03:19  gouriano
* PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
*
* Revision 1.1  2003/10/08 13:36:41  shomrat
* Initial version
*
*
* ===========================================================================
*/

						