生物技术

开发平台：
C/C++

sequtil_convert_imp.hpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: sequtil_convert_imp.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 16:02:38  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.2
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef UTIL_SEQUTIL___SEQUTIL_CONVERT_IMP__HPP
#define UTIL_SEQUTIL___SEQUTIL_CONVERT_IMP__HPP
/*  $Id: sequtil_convert_imp.hpp,v 1000.0 2003/10/29 16:02:38 gouriano Exp $
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 *               National Center for Biotechnology Information
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 * Author:  Mati Shomrat
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 * File Description:
 *   
 */   
#include <corelib/ncbistd.hpp>
#include <corelib/ncbiexpt.hpp>
#include <util/sequtil/sequtil.hpp>
#include "sequtil_shared.hpp"
BEGIN_NCBI_SCOPE
class CSeqConvert_imp
{
public:
    typedef CSeqUtil::TCoding TCoding;
    // Conversion
    template <typename SrcCont, typename DstCont>
    static SIZE_TYPE Convert
    (const SrcCont& src,
     TCoding src_coding,
     TSeqPos pos,
     TSeqPos length,
     DstCont& dst, 
     TCoding dst_coding)
    {
        _ASSERT(!OutOfRange(pos, src, src_coding));
        
        if ( src.empty()  ||  (length == 0) ) {
            return 0;
        }
        
        AdjustLength(src, src_coding, pos, length);
        ResizeDst(dst, dst_coding, length);
        
        return Convert(&*src.begin(), src_coding, pos, length,
            &*dst.begin(), dst_coding);
    }
    static SIZE_TYPE Convert(const char* src, TCoding src_coding,
                             TSeqPos pos, TSeqPos length,
                             char* dst, TCoding dst_coding);
    // Subseq
    template <typename SrcCont, typename DstCont>
    static SIZE_TYPE Subseq
    (const SrcCont& src,
     TCoding coding,
     TSeqPos pos,
     TSeqPos length,
     DstCont& dst)
    {
        _ASSERT(!OutOfRange(pos, src, coding));
        if ( src.empty()  ||  (length == 0) ) {
            return 0;
        }
        
        AdjustLength(src, coding, pos, length);
        ResizeDst(dst, coding, length);
        
        return Subseq(&*src.begin(), coding, pos, length, &*dst.begin());
    }
    static SIZE_TYPE Subseq(const char* src, TCoding coding,
                            TSeqPos pos, TSeqPos length,
                            char* dst);
    // Pack
    template <typename SrcCont, typename DstCont>
    static SIZE_TYPE Pack
    (const SrcCont& src,
     TCoding src_coding,
     DstCont& dst,
     TCoding& dst_coding,
     TSeqPos length)
    {
        if ( src.empty()  ||  (length == 0) ) {
            return 0;
        }
        
        AdjustLength(src, src_coding, 0, length);
        // we allocate enough memory for ncbi4na coding
        // if the result will be ncbi2na coding we'll resize (see below)
        ResizeDst(dst, CSeqUtil::e_Ncbi4na, length);
        
        SIZE_TYPE res = Pack(&*src.begin(), length, src_coding, 
                             &*dst.begin(), dst_coding);
        if ( dst_coding == CSeqUtil::e_Ncbi2na ) {
            size_t new_size = res / 4;
            if ( (res % 4) != 0 ) {
                ++new_size;
            }
            dst.resize(new_size);
        }
        return res;
    }
    static SIZE_TYPE Pack(const char* src, TSeqPos length, TCoding src_coding,
                          char* dst, TCoding& dst_coding);
private:
    // Conversion methods:
    // --- NA conversions:
    // iupacna -> ...
    static SIZE_TYPE x_ConvertIupacnaToIupacna(const char* src, TSeqPos pos,
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_ConvertIupacnaTo2na(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_ConvertIupacnaTo2naExpand(const char* src, TSeqPos pos,
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_ConvertIupacnaTo4na(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_ConvertIupacnaTo8na(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    // ncbi2na -> ...
    static SIZE_TYPE x_Convert2naToIupacna(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_Convert2naTo2naExpand(const char* src, TSeqPos pos,
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_Convert2naTo4na(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_Convert2naTo8na(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    // ncbi2na_expand -> ...
    static SIZE_TYPE x_Convert2naExpandToIupacna(const char* src, TSeqPos pos,
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_Convert2naExpandTo2na(const char* src, TSeqPos pos,
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_Convert2naExpandTo4na(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_Convert2naExpandTo8na(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    // ncbi4na -> ...
    static SIZE_TYPE x_Convert4naToIupacna(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_Convert4naTo2na(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_Convert4naTo2naExpand(const char* src, TSeqPos pos,
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_Convert4naTo8na(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    // ncbi8na (ncbi4na_expand) -> ...
    static SIZE_TYPE x_Convert8naToIupacna(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_Convert8naTo2na(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_Convert8naTo2naExpand(const char* src, TSeqPos pos,
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_Convert8naTo4na(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    // --- AA conversions:
    // iupacaa -> ...
    static SIZE_TYPE x_ConvertIupacaaToEaa(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_ConvertIupacaaToStdaa(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    // ncbieaa -> ...
    static SIZE_TYPE x_ConvertEaaToIupacaa(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_ConvertEaaToStdaa(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    // ncbistdaa (ncbi8aa) -> ...
    static SIZE_TYPE x_ConvertStdaaToIupacaa(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    static SIZE_TYPE x_ConvertStdaaToEaa(const char* src, TSeqPos pos, 
        TSeqPos length, char* dst);
    
    // Test for amibiguous bases (not A,C,G or T) starting at position 0.
    static bool x_HasAmbig(const char* src, TCoding src_coding, size_t length);
    static bool x_HasAmbigNcbi8na(const char* src, size_t length);
    static bool x_HasAmbigNcbi4na(const char* src, size_t length);
    static bool x_HasAmbigIupacna(const char* src, size_t length);
};
END_NCBI_SCOPE
#endif  /* UTIL_SEQUTIL___SEQUTIL_CONVERT_IMP__HPP */
/*
* ===========================================================================
*
* $Log: sequtil_convert_imp.hpp,v $
* Revision 1000.0  2003/10/29 16:02:38  gouriano
* PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.2
*
* Revision 1.2  2003/10/14 14:51:02  ucko
* Fix for GCC 2.95, whose operator[] const returns a copy rather than a
* const reference, by substituting *x.begin().
*
* Revision 1.1  2003/10/08 13:35:10  shomrat
* Initial version
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