sm_pam250.c
上传用户:yhdzpy8989
上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: sm_pam250.c,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/02/12 22:05:44  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CORE_001] Dev-tree R1.1
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: sm_pam250.c,v 1000.0 2004/02/12 22:05:44 gouriano Exp $
  10. * ===========================================================================
  11. *
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. *
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. * Author:  Aaron Ucko (via ./convert_scoremat.pl)
  35. *
  36. * File Description:
  37. *   Protein alignment score matrices; shared between the two toolkits.
  38. *
  39. * ===========================================================================
  40. */
  41. #include <util/tables/raw_scoremat.h>
  42. /* This matrix was produced by "pam" Version 1.0.7 [01-Feb-98] */
  43. /* using Dayhoff et al. (1978) mutability data. */
  44. /* PAM 250 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049 */
  45. /* Expected score = -0.844, Entropy = 0.354 bits */
  46. /* Lowest score = -8, Highest score = 17 */
  47. static const TNCBIScore s_Pam250PSM[24][24] = {
  48.     /*       A,  R,  N,  D,  C,  Q,  E,  G,  H,  I,  L,  K,
  49.              M,  F,  P,  S,  T,  W,  Y,  V,  B,  Z,  X,  * */
  50.     /*A*/ {  2, -2,  0,  0, -2,  0,  0,  1, -1, -1, -2, -1,
  51.             -1, -3,  1,  1,  1, -6, -3,  0,  0,  0,  0, -8 },
  52.     /*R*/ { -2,  6,  0, -1, -4,  1, -1, -3,  2, -2, -3,  3,
  53.              0, -4,  0,  0, -1,  2, -4, -2, -1,  0, -1, -8 },
  54.     /*N*/ {  0,  0,  2,  2, -4,  1,  1,  0,  2, -2, -3,  1,
  55.             -2, -3,  0,  1,  0, -4, -2, -2,  2,  1,  0, -8 },
  56.     /*D*/ {  0, -1,  2,  4, -5,  2,  3,  1,  1, -2, -4,  0,
  57.             -3, -6, -1,  0,  0, -7, -4, -2,  3,  3, -1, -8 },
  58.     /*C*/ { -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5,
  59.             -5, -4, -3,  0, -2, -8,  0, -2, -4, -5, -3, -8 },
  60.     /*Q*/ {  0,  1,  1,  2, -5,  4,  2, -1,  3, -2, -2,  1,
  61.             -1, -5,  0, -1, -1, -5, -4, -2,  1,  3, -1, -8 },
  62.     /*E*/ {  0, -1,  1,  3, -5,  2,  4,  0,  1, -2, -3,  0,
  63.             -2, -5, -1,  0,  0, -7, -4, -2,  3,  3, -1, -8 },
  64.     /*G*/ {  1, -3,  0,  1, -3, -1,  0,  5, -2, -3, -4, -2,
  65.             -3, -5,  0,  1,  0, -7, -5, -1,  0,  0, -1, -8 },
  66.     /*H*/ { -1,  2,  2,  1, -3,  3,  1, -2,  6, -2, -2,  0,
  67.             -2, -2,  0, -1, -1, -3,  0, -2,  1,  2, -1, -8 },
  68.     /*I*/ { -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2,  5,  2, -2,
  69.              2,  1, -2, -1,  0, -5, -1,  4, -2, -2, -1, -8 },
  70.     /*L*/ { -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2,  2,  6, -3,
  71.              4,  2, -3, -3, -2, -2, -1,  2, -3, -3, -1, -8 },
  72.     /*K*/ { -1,  3,  1,  0, -5,  1,  0, -2,  0, -2, -3,  5,
  73.              0, -5, -1,  0,  0, -3, -4, -2,  1,  0, -1, -8 },
  74.     /*M*/ { -1,  0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2,  2,  4,  0,
  75.              6,  0, -2, -2, -1, -4, -2,  2, -2, -2, -1, -8 },
  76.     /*F*/ { -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2,  1,  2, -5,
  77.              0,  9, -5, -3, -3,  0,  7, -1, -4, -5, -2, -8 },
  78.     /*P*/ {  1,  0,  0, -1, -3,  0, -1,  0,  0, -2, -3, -1,
  79.             -2, -5,  6,  1,  0, -6, -5, -1, -1,  0, -1, -8 },
  80.     /*S*/ {  1,  0,  1,  0,  0, -1,  0,  1, -1, -1, -3,  0,
  81.             -2, -3,  1,  2,  1, -2, -3, -1,  0,  0,  0, -8 },
  82.     /*T*/ {  1, -1,  0,  0, -2, -1,  0,  0, -1,  0, -2,  0,
  83.             -1, -3,  0,  1,  3, -5, -3,  0,  0, -1,  0, -8 },
  84.     /*W*/ { -6,  2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3,
  85.             -4,  0, -6, -2, -5, 17,  0, -6, -5, -6, -4, -8 },
  86.     /*Y*/ { -3, -4, -2, -4,  0, -4, -4, -5,  0, -1, -1, -4,
  87.             -2,  7, -5, -3, -3,  0, 10, -2, -3, -4, -2, -8 },
  88.     /*V*/ {  0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2,  4,  2, -2,
  89.              2, -1, -1, -1,  0, -6, -2,  4, -2, -2, -1, -8 },
  90.     /*B*/ {  0, -1,  2,  3, -4,  1,  3,  0,  1, -2, -3,  1,
  91.             -2, -4, -1,  0,  0, -5, -3, -2,  3,  2, -1, -8 },
  92.     /*Z*/ {  0,  0,  1,  3, -5,  3,  3,  0,  2, -2, -3,  0,
  93.             -2, -5,  0,  0, -1, -6, -4, -2,  2,  3, -1, -8 },
  94.     /*X*/ {  0, -1,  0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
  95.             -1, -2, -1,  0,  0, -4, -2, -1, -1, -1, -1, -8 },
  96.     /***/ { -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
  97.             -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,  1 }
  98. };
  99. const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Pam250 = {
  100.     "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*",
  101.     s_Pam250PSM[0],
  102.     -8
  103. };