开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
bzip2recover.c
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：16k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

bzip2recover.c：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: bzip2recover.c,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 15:43:04  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  11. /*-----------------------------------------------------------*/
  12. /*--- Block recoverer program for bzip2                   ---*/
  13. /*---                                      bzip2recover.c ---*/
  14. /*-----------------------------------------------------------*/
  16. /*--
  17.   This program is bzip2recover, a program to attempt data 
  18.   salvage from damaged files created by the accompanying
  19.   bzip2-1.0 program.
  21.   Copyright (C) 1996-2002 Julian R Seward.  All rights reserved.
  23.   Redistribution and use in source and binary forms, with or without
  24.   modification, are permitted provided that the following conditions
  25.   are met:
  27.   1. Redistributions of source code must retain the above copyright
  28.      notice, this list of conditions and the following disclaimer.
  30.   2. The origin of this software must not be misrepresented; you must 
  31.      not claim that you wrote the original software.  If you use this 
  32.      software in a product, an acknowledgment in the product 
  33.      documentation would be appreciated but is not required.
  35.   3. Altered source versions must be plainly marked as such, and must
  36.      not be misrepresented as being the original software.
  38.   4. The name of the author may not be used to endorse or promote 
  39.      products derived from this software without specific prior written 
  40.      permission.
  42.   THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE AUTHOR ``AS IS'' AND ANY EXPRESS
  43.   OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
  44.   WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
  45.   ARE DISCLAIMED.  IN NO EVENT SHALL THE AUTHOR BE LIABLE FOR ANY
  46.   DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
  47.   DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE
  48.   GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS
  49.   INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY,
  50.   WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING
  51.   NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
  52.   SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  54.   Julian Seward, Cambridge, UK.
  55.   jseward@acm.org
  56.   bzip2/libbzip2 version 1.0 of 21 March 2000
  57. --*/
  59. /*--
  60.   This program is a complete hack and should be rewritten
  61.   properly.  It isn't very complicated.
  62. --*/
  64. #include <stdio.h>
  65. #include <errno.h>
  66. #include <stdlib.h>
  67. #include <string.h>
  70. /* This program records bit locations in the file to be recovered.
  71.    That means that if 64-bit ints are not supported, we will not
  72.    be able to recover .bz2 files over 512MB (2^32 bits) long.
  73.    On GNU supported platforms, we take advantage of the 64-bit
  74.    int support to circumvent this problem.  Ditto MSVC.
  76.    This change occurred in version 1.0.2; all prior versions have
  77.    the 512MB limitation.
  78. */
  79. #ifdef __GNUC__
  80.    typedef  unsigned long long int  MaybeUInt64;
  81. #  define MaybeUInt64_FMT "%Lu"
  82. #else
  83. #ifdef _MSC_VER
  84.    typedef  unsigned __int64  MaybeUInt64;
  85. #  define MaybeUInt64_FMT "%I64u"
  86. #else
  87.    typedef  unsigned int   MaybeUInt64;
  88. #  define MaybeUInt64_FMT "%u"
  89. #endif
  90. #endif
  92. typedef  unsigned int   UInt32;
  93. typedef  int            Int32;
  94. typedef  unsigned char  UChar;
  95. typedef  char           Char;
  96. typedef  unsigned char  Bool;
  97. #define True    ((Bool)1)
  98. #define False   ((Bool)0)
  101. #define BZ_MAX_FILENAME 2000
  103. Char inFileName[BZ_MAX_FILENAME];
  104. Char outFileName[BZ_MAX_FILENAME];
  105. Char progName[BZ_MAX_FILENAME];
  107. MaybeUInt64 bytesOut = 0;
  108. MaybeUInt64 bytesIn  = 0;
  111. /*---------------------------------------------------*/
  112. /*--- Header bytes                                ---*/
  113. /*---------------------------------------------------*/
  115. #define BZ_HDR_B 0x42                         /* 'B' */
  116. #define BZ_HDR_Z 0x5a                         /* 'Z' */
  117. #define BZ_HDR_h 0x68                         /* 'h' */
  118. #define BZ_HDR_0 0x30                         /* '0' */
  119.  
  121. /*---------------------------------------------------*/
  122. /*--- I/O errors                                  ---*/
  123. /*---------------------------------------------------*/
  125. /*---------------------------------------------*/
  126. void readError ( void )
  127. {
  128.    fprintf ( stderr,
  129.              "%s: I/O error reading `%s', possible reason follows.n",
  130.             progName, inFileName );
  131.    perror ( progName );
  132.    fprintf ( stderr, "%s: warning: output file(s) may be incomplete.n",
  133.              progName );
  134.    exit ( 1 );
  135. }
  138. /*---------------------------------------------*/
  139. void writeError ( void )
  140. {
  141.    fprintf ( stderr,
  142.              "%s: I/O error reading `%s', possible reason follows.n",
  143.             progName, inFileName );
  144.    perror ( progName );
  145.    fprintf ( stderr, "%s: warning: output file(s) may be incomplete.n",
  146.              progName );
  147.    exit ( 1 );
  148. }
  151. /*---------------------------------------------*/
  152. void mallocFail ( Int32 n )
  153. {
  154.    fprintf ( stderr,
  155.              "%s: malloc failed on request for %d bytes.n",
  156.             progName, n );
  157.    fprintf ( stderr, "%s: warning: output file(s) may be incomplete.n",
  158.              progName );
  159.    exit ( 1 );
  160. }
  163. /*---------------------------------------------*/
  164. void tooManyBlocks ( Int32 max_handled_blocks )
  165. {
  166.    fprintf ( stderr,
  167.              "%s: `%s' appears to contain more than %d blocksn",
  168.             progName, inFileName, max_handled_blocks );
  169.    fprintf ( stderr,
  170.              "%s: and cannot be handled.  To fix, increasen",
  171.              progName );
  172.    fprintf ( stderr, 
  173.              "%s: BZ_MAX_HANDLED_BLOCKS in bzip2recover.c, and recompile.n",
  174.              progName );
  175.    exit ( 1 );
  176. }
  180. /*---------------------------------------------------*/
  181. /*--- Bit stream I/O                              ---*/
  182. /*---------------------------------------------------*/
  184. typedef
  185.    struct {
  186.       FILE*  handle;
  187.       Int32  buffer;
  188.       Int32  buffLive;
  189.       Char   mode;
  190.    }
  191.    BitStream;
  194. /*---------------------------------------------*/
  195. BitStream* bsOpenReadStream ( FILE* stream )
  196. {
  197.    BitStream *bs = malloc ( sizeof(BitStream) );
  198.    if (bs == NULL) mallocFail ( sizeof(BitStream) );
  199.    bs->handle = stream;
  200.    bs->buffer = 0;
  201.    bs->buffLive = 0;
  202.    bs->mode = 'r';
  203.    return bs;
  204. }
  207. /*---------------------------------------------*/
  208. BitStream* bsOpenWriteStream ( FILE* stream )
  209. {
  210.    BitStream *bs = malloc ( sizeof(BitStream) );
  211.    if (bs == NULL) mallocFail ( sizeof(BitStream) );
  212.    bs->handle = stream;
  213.    bs->buffer = 0;
  214.    bs->buffLive = 0;
  215.    bs->mode = 'w';
  216.    return bs;
  217. }
  220. /*---------------------------------------------*/
  221. void bsPutBit ( BitStream* bs, Int32 bit )
  222. {
  223.    if (bs->buffLive == 8) {
  224.       Int32 retVal = putc ( (UChar) bs->buffer, bs->handle );
  225.       if (retVal == EOF) writeError();
  226.       bytesOut++;
  227.       bs->buffLive = 1;
  228.       bs->buffer = bit & 0x1;
  229.    } else {
  230.       bs->buffer = ( (bs->buffer << 1) | (bit & 0x1) );
  231.       bs->buffLive++;
  232.    };
  233. }
  236. /*---------------------------------------------*/
  237. /*--
  238.    Returns 0 or 1, or 2 to indicate EOF.
  239. --*/
  240. Int32 bsGetBit ( BitStream* bs )
  241. {
  242.    if (bs->buffLive > 0) {
  243.       bs->buffLive --;
  244.       return ( ((bs->buffer) >> (bs->buffLive)) & 0x1 );
  245.    } else {
  246.       Int32 retVal = getc ( bs->handle );
  247.       if ( retVal == EOF ) {
  248.          if (errno != 0) readError();
  249.          return 2;
  250.       }
  251.       bs->buffLive = 7;
  252.       bs->buffer = retVal;
  253.       return ( ((bs->buffer) >> 7) & 0x1 );
  254.    }
  255. }
  258. /*---------------------------------------------*/
  259. void bsClose ( BitStream* bs )
  260. {
  261.    Int32 retVal;
  263.    if ( bs->mode == 'w' ) {
  264.       while ( bs->buffLive < 8 ) {
  265.          bs->buffLive++;
  266.          bs->buffer <<= 1;
  267.       };
  268.       retVal = putc ( (UChar) (bs->buffer), bs->handle );
  269.       if (retVal == EOF) writeError();
  270.       bytesOut++;
  271.       retVal = fflush ( bs->handle );
  272.       if (retVal == EOF) writeError();
  273.    }
  274.    retVal = fclose ( bs->handle );
  275.    if (retVal == EOF) {
  276.       if (bs->mode == 'w') writeError(); else readError();
  277.    }
  278.    free ( bs );
  279. }
  282. /*---------------------------------------------*/
  283. void bsPutUChar ( BitStream* bs, UChar c )
  284. {
  285.    Int32 i;
  286.    for (i = 7; i >= 0; i--)
  287.       bsPutBit ( bs, (((UInt32) c) >> i) & 0x1 );
  288. }
  291. /*---------------------------------------------*/
  292. void bsPutUInt32 ( BitStream* bs, UInt32 c )
  293. {
  294.    Int32 i;
  296.    for (i = 31; i >= 0; i--)
  297.       bsPutBit ( bs, (c >> i) & 0x1 );
  298. }
  301. /*---------------------------------------------*/
  302. Bool endsInBz2 ( Char* name )
  303. {
  304.    Int32 n = strlen ( name );
  305.    if (n <= 4) return False;
  306.    return
  307.       (name[n-4] == '.' &&
  308.        name[n-3] == 'b' &&
  309.        name[n-2] == 'z' &&
  310.        name[n-1] == '2');
  311. }
  314. /*---------------------------------------------------*/
  315. /*---                                             ---*/
  316. /*---------------------------------------------------*/
  318. /* This logic isn't really right when it comes to Cygwin. */
  319. #ifdef _WIN32
  320. #  define  BZ_SPLIT_SYM  '\'  /* path splitter on Windows platform */
  321. #else
  322. #  define  BZ_SPLIT_SYM  '/'   /* path splitter on Unix platform */
  323. #endif
  325. #define BLOCK_HEADER_HI  0x00003141UL
  326. #define BLOCK_HEADER_LO  0x59265359UL
  328. #define BLOCK_ENDMARK_HI 0x00001772UL
  329. #define BLOCK_ENDMARK_LO 0x45385090UL
  331. /* Increase if necessary.  However, a .bz2 file with > 50000 blocks
  332.    would have an uncompressed size of at least 40GB, so the chances
  333.    are low you'll need to up this.
  334. */
  335. #define BZ_MAX_HANDLED_BLOCKS 50000
  337. MaybeUInt64 bStart [BZ_MAX_HANDLED_BLOCKS];
  338. MaybeUInt64 bEnd   [BZ_MAX_HANDLED_BLOCKS];
  339. MaybeUInt64 rbStart[BZ_MAX_HANDLED_BLOCKS];
  340. MaybeUInt64 rbEnd  [BZ_MAX_HANDLED_BLOCKS];
  342. Int32 main ( Int32 argc, Char** argv )
  343. {
  344.    FILE*       inFile;
  345.    FILE*       outFile;
  346.    BitStream*  bsIn, *bsWr;
  347.    Int32       b, wrBlock, currBlock, rbCtr;
  348.    MaybeUInt64 bitsRead;
  350.    UInt32      buffHi, buffLo, blockCRC;
  351.    Char*       p;
  353.    strcpy ( progName, argv[0] );
  354.    inFileName[0] = outFileName[0] = 0;
  356.    fprintf ( stderr, 
  357.              "bzip2recover 1.0.2: extracts blocks from damaged .bz2 files.n" );
  359.    if (argc != 2) {
  360.       fprintf ( stderr, "%s: usage is `%s damaged_file_name'.n",
  361.                         progName, progName );
  362.       switch (sizeof(MaybeUInt64)) {
  363.          case 8:
  364.             fprintf(stderr, 
  365.                     "trestrictions on size of recovered file: Nonen");
  366.             break;
  367.          case 4:
  368.             fprintf(stderr, 
  369.                     "trestrictions on size of recovered file: 512 MBn");
  370.             fprintf(stderr, 
  371.                     "tto circumvent, recompile with MaybeUInt64 as ann"
  372.                     "tunsigned 64-bit int.n");
  373.             break;
  374.          default:
  375.             fprintf(stderr, 
  376.                     "tsizeof(MaybeUInt64) is not 4 or 8 -- "
  377.                     "configuration error.n");
  378.             break;
  379.       }
  380.       exit(1);
  381.    }
  383.    if (strlen(argv[1]) >= BZ_MAX_FILENAME-20) {
  384.       fprintf ( stderr, 
  385.                 "%s: supplied filename is suspiciously (>= %d chars) long.  Bye!n",
  386.                 progName, strlen(argv[1]) );
  387.       exit(1);
  388.    }
  390.    strcpy ( inFileName, argv[1] );
  392.    inFile = fopen ( inFileName, "rb" );
  393.    if (inFile == NULL) {
  394.       fprintf ( stderr, "%s: can't read `%s'n", progName, inFileName );
  395.       exit(1);
  396.    }
  398.    bsIn = bsOpenReadStream ( inFile );
  399.    fprintf ( stderr, "%s: searching for block boundaries ...n", progName );
  401.    bitsRead = 0;
  402.    buffHi = buffLo = 0;
  403.    currBlock = 0;
  404.    bStart[currBlock] = 0;
  406.    rbCtr = 0;
  408.    while (True) {
  409.       b = bsGetBit ( bsIn );
  410.       bitsRead++;
  411.       if (b == 2) {
  412.          if (bitsRead >= bStart[currBlock] &&
  413.             (bitsRead - bStart[currBlock]) >= 40) {
  414.             bEnd[currBlock] = bitsRead-1;
  415.             if (currBlock > 0)
  416.                fprintf ( stderr, "   block %d runs from " MaybeUInt64_FMT 
  417.                                  " to " MaybeUInt64_FMT " (incomplete)n",
  418.                          currBlock,  bStart[currBlock], bEnd[currBlock] );
  419.          } else
  420.             currBlock--;
  421.          break;
  422.       }
  423.       buffHi = (buffHi << 1) | (buffLo >> 31);
  424.       buffLo = (buffLo << 1) | (b & 1);
  425.       if ( ( (buffHi & 0x0000ffff) == BLOCK_HEADER_HI 
  426.              && buffLo == BLOCK_HEADER_LO)
  427.            || 
  428.            ( (buffHi & 0x0000ffff) == BLOCK_ENDMARK_HI 
  429.              && buffLo == BLOCK_ENDMARK_LO)
  430.          ) {
  431.          if (bitsRead > 49) {
  432.             bEnd[currBlock] = bitsRead-49;
  433.          } else {
  434.             bEnd[currBlock] = 0;
  435.          }
  436.          if (currBlock > 0 &&
  437.      (bEnd[currBlock] - bStart[currBlock]) >= 130) {
  438.             fprintf ( stderr, "   block %d runs from " MaybeUInt64_FMT 
  439.                               " to " MaybeUInt64_FMT "n",
  440.                       rbCtr+1,  bStart[currBlock], bEnd[currBlock] );
  441.             rbStart[rbCtr] = bStart[currBlock];
  442.             rbEnd[rbCtr] = bEnd[currBlock];
  443.             rbCtr++;
  444.          }
  445.          if (currBlock >= BZ_MAX_HANDLED_BLOCKS)
  446.             tooManyBlocks(BZ_MAX_HANDLED_BLOCKS);
  447.          currBlock++;
  449.          bStart[currBlock] = bitsRead;
  450.       }
  451.    }
  453.    bsClose ( bsIn );
  455.    /*-- identified blocks run from 1 to rbCtr inclusive. --*/
  457.    if (rbCtr < 1) {
  458.       fprintf ( stderr,
  459.                 "%s: sorry, I couldn't find any block boundaries.n",
  460.                 progName );
  461.       exit(1);
  462.    };
  464.    fprintf ( stderr, "%s: splitting into blocksn", progName );
  466.    inFile = fopen ( inFileName, "rb" );
  467.    if (inFile == NULL) {
  468.       fprintf ( stderr, "%s: can't open `%s'n", progName, inFileName );
  469.       exit(1);
  470.    }
  471.    bsIn = bsOpenReadStream ( inFile );
  473.    /*-- placate gcc's dataflow analyser --*/
  474.    blockCRC = 0; bsWr = 0;
  476.    bitsRead = 0;
  477.    outFile = NULL;
  478.    wrBlock = 0;
  479.    while (True) {
  480.       b = bsGetBit(bsIn);
  481.       if (b == 2) break;
  482.       buffHi = (buffHi << 1) | (buffLo >> 31);
  483.       buffLo = (buffLo << 1) | (b & 1);
  484.       if (bitsRead == 47+rbStart[wrBlock]) 
  485.          blockCRC = (buffHi << 16) | (buffLo >> 16);
  487.       if (outFile != NULL && bitsRead >= rbStart[wrBlock]
  488.                           && bitsRead <= rbEnd[wrBlock]) {
  489.          bsPutBit ( bsWr, b );
  490.       }
  492.       bitsRead++;
  494.       if (bitsRead == rbEnd[wrBlock]+1) {
  495.          if (outFile != NULL) {
  496.             bsPutUChar ( bsWr, 0x17 ); bsPutUChar ( bsWr, 0x72 );
  497.             bsPutUChar ( bsWr, 0x45 ); bsPutUChar ( bsWr, 0x38 );
  498.             bsPutUChar ( bsWr, 0x50 ); bsPutUChar ( bsWr, 0x90 );
  499.             bsPutUInt32 ( bsWr, blockCRC );
  500.             bsClose ( bsWr );
  501.          }
  502.          if (wrBlock >= rbCtr) break;
  503.          wrBlock++;
  504.       } else
  505.       if (bitsRead == rbStart[wrBlock]) {
  506.          /* Create the output file name, correctly handling leading paths. 
  507.             (31.10.2001 by Sergey E. Kusikov) */
  508.          Char* split;
  509.          Int32 ofs, k;
  510.          for (k = 0; k < BZ_MAX_FILENAME; k++) 
  511.             outFileName[k] = 0;
  512.          strcpy (outFileName, inFileName);
  513.          split = strrchr (outFileName, BZ_SPLIT_SYM);
  514.          if (split == NULL) {
  515.             split = outFileName;
  516.          } else {
  517.             ++split;
  518.  }
  519.  /* Now split points to the start of the basename. */
  520.          ofs  = split - outFileName;
  521.          sprintf (split, "rec%5d", wrBlock+1);
  522.          for (p = split; *p != 0; p++) if (*p == ' ') *p = '0';
  523.          strcat (outFileName, inFileName + ofs);
  525.          if ( !endsInBz2(outFileName)) strcat ( outFileName, ".bz2" );
  527.          fprintf ( stderr, "   writing block %d to `%s' ...n",
  528.                            wrBlock+1, outFileName );
  530.          outFile = fopen ( outFileName, "wb" );
  531.          if (outFile == NULL) {
  532.             fprintf ( stderr, "%s: can't write `%s'n",
  533.                       progName, outFileName );
  534.             exit(1);
  535.          }
  536.          bsWr = bsOpenWriteStream ( outFile );
  537.          bsPutUChar ( bsWr, BZ_HDR_B );    
  538.          bsPutUChar ( bsWr, BZ_HDR_Z );    
  539.          bsPutUChar ( bsWr, BZ_HDR_h );    
  540.          bsPutUChar ( bsWr, BZ_HDR_0 + 9 );
  541.          bsPutUChar ( bsWr, 0x31 ); bsPutUChar ( bsWr, 0x41 );
  542.          bsPutUChar ( bsWr, 0x59 ); bsPutUChar ( bsWr, 0x26 );
  543.          bsPutUChar ( bsWr, 0x53 ); bsPutUChar ( bsWr, 0x59 );
  544.       }
  545.    }
  547.    fprintf ( stderr, "%s: finishedn", progName );
  548.    return 0;
  549. }
  553. /*-----------------------------------------------------------*/
  554. /*--- end                                  bzip2recover.c ---*/
  555. /*-----------------------------------------------------------*/