开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
bzlib_private.h
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：14k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

bzlib_private.h：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: bzlib_private.h,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/02/12 21:59:57  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CORE_001] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  11. /*-------------------------------------------------------------*/
  12. /*--- Private header file for the library.                  ---*/
  13. /*---                                       bzlib_private.h ---*/
  14. /*-------------------------------------------------------------*/
  16. /*--
  17.   This file is a part of bzip2 and/or libbzip2, a program and
  18.   library for lossless, block-sorting data compression.
  20.   Copyright (C) 1996-2002 Julian R Seward.  All rights reserved.
  22.   Redistribution and use in source and binary forms, with or without
  23.   modification, are permitted provided that the following conditions
  24.   are met:
  26.   1. Redistributions of source code must retain the above copyright
  27.      notice, this list of conditions and the following disclaimer.
  29.   2. The origin of this software must not be misrepresented; you must 
  30.      not claim that you wrote the original software.  If you use this 
  31.      software in a product, an acknowledgment in the product 
  32.      documentation would be appreciated but is not required.
  34.   3. Altered source versions must be plainly marked as such, and must
  35.      not be misrepresented as being the original software.
  37.   4. The name of the author may not be used to endorse or promote 
  38.      products derived from this software without specific prior written 
  39.      permission.
  41.   THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE AUTHOR ``AS IS'' AND ANY EXPRESS
  42.   OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
  43.   WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
  44.   ARE DISCLAIMED.  IN NO EVENT SHALL THE AUTHOR BE LIABLE FOR ANY
  45.   DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
  46.   DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE
  47.   GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS
  48.   INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY,
  49.   WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING
  50.   NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
  51.   SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  53.   Julian Seward, Cambridge, UK.
  54.   jseward@acm.org
  55.   bzip2/libbzip2 version 1.0 of 21 March 2000
  57.   This program is based on (at least) the work of:
  58.      Mike Burrows
  59.      David Wheeler
  60.      Peter Fenwick
  61.      Alistair Moffat
  62.      Radford Neal
  63.      Ian H. Witten
  64.      Robert Sedgewick
  65.      Jon L. Bentley
  67.   For more information on these sources, see the manual.
  68. --*/
  71. #ifndef _BZLIB_PRIVATE_H
  72. #define _BZLIB_PRIVATE_H
  74. #include <stdlib.h>
  76. #ifndef BZ_NO_STDIO
  77. #include <stdio.h>
  78. #include <ctype.h>
  79. #include <string.h>
  80. #endif
  82. #include "bzlib.h"
  86. /*-- General stuff. --*/
  88. #define BZ_VERSION  "1.0.2, 30-Dec-2001"
  90. typedef char            Char;
  91. typedef unsigned char   Bool;
  92. typedef unsigned char   UChar;
  93. typedef int             Int32;
  94. typedef unsigned int    UInt32;
  95. typedef short           Int16;
  96. typedef unsigned short  UInt16;
  98. #define True  ((Bool)1)
  99. #define False ((Bool)0)
  101. #ifndef __GNUC__
  102. #define __inline__  /* */
  103. #endif 
  105. #ifndef BZ_NO_STDIO
  106. extern void BZ2_bz__AssertH__fail ( int errcode );
  107. #define AssertH(cond,errcode) 
  108.    { if (!(cond)) BZ2_bz__AssertH__fail ( errcode ); }
  109. #if BZ_DEBUG
  110. #define AssertD(cond,msg) 
  111.    { if (!(cond)) {       
  112.       fprintf ( stderr,   
  113.         "nnlibbzip2(debug build): internal errornt%sn", msg );
  114.       exit(1); 
  115.    }}
  116. #else
  117. #define AssertD(cond,msg) /* */
  118. #endif
  119. #define VPrintf0(zf) 
  120.    fprintf(stderr,zf)
  121. #define VPrintf1(zf,za1) 
  122.    fprintf(stderr,zf,za1)
  123. #define VPrintf2(zf,za1,za2) 
  124.    fprintf(stderr,zf,za1,za2)
  125. #define VPrintf3(zf,za1,za2,za3) 
  126.    fprintf(stderr,zf,za1,za2,za3)
  127. #define VPrintf4(zf,za1,za2,za3,za4) 
  128.    fprintf(stderr,zf,za1,za2,za3,za4)
  129. #define VPrintf5(zf,za1,za2,za3,za4,za5) 
  130.    fprintf(stderr,zf,za1,za2,za3,za4,za5)
  131. #else
  132. extern void bz_internal_error ( int errcode );
  133. #define AssertH(cond,errcode) 
  134.    { if (!(cond)) bz_internal_error ( errcode ); }
  135. #define AssertD(cond,msg) /* */
  136. #define VPrintf0(zf) /* */
  137. #define VPrintf1(zf,za1) /* */
  138. #define VPrintf2(zf,za1,za2) /* */
  139. #define VPrintf3(zf,za1,za2,za3) /* */
  140. #define VPrintf4(zf,za1,za2,za3,za4) /* */
  141. #define VPrintf5(zf,za1,za2,za3,za4,za5) /* */
  142. #endif
  145. #define BZALLOC(nnn) (strm->bzalloc)(strm->opaque,(nnn),1)
  146. #define BZFREE(ppp)  (strm->bzfree)(strm->opaque,(ppp))
  149. /*-- Header bytes. --*/
  151. #define BZ_HDR_B 0x42   /* 'B' */
  152. #define BZ_HDR_Z 0x5a   /* 'Z' */
  153. #define BZ_HDR_h 0x68   /* 'h' */
  154. #define BZ_HDR_0 0x30   /* '0' */
  155.   
  156. /*-- Constants for the back end. --*/
  158. #define BZ_MAX_ALPHA_SIZE 258
  159. #define BZ_MAX_CODE_LEN    23
  161. #define BZ_RUNA 0
  162. #define BZ_RUNB 1
  164. #define BZ_N_GROUPS 6
  165. #define BZ_G_SIZE   50
  166. #define BZ_N_ITERS  4
  168. #define BZ_MAX_SELECTORS (2 + (900000 / BZ_G_SIZE))
  172. /*-- Stuff for randomising repetitive blocks. --*/
  174. extern Int32 BZ2_rNums[512];
  176. #define BZ_RAND_DECLS                          
  177.    Int32 rNToGo;                               
  178.    Int32 rTPos                                 
  180. #define BZ_RAND_INIT_MASK                      
  181.    s->rNToGo = 0;                              
  182.    s->rTPos  = 0                               
  184. #define BZ_RAND_MASK ((s->rNToGo == 1) ? 1 : 0)
  186. #define BZ_RAND_UPD_MASK                       
  187.    if (s->rNToGo == 0) {                       
  188.       s->rNToGo = BZ2_rNums[s->rTPos];         
  189.       s->rTPos++;                              
  190.       if (s->rTPos == 512) s->rTPos = 0;       
  191.    }                                           
  192.    s->rNToGo--;
  196. /*-- Stuff for doing CRCs. --*/
  198. extern UInt32 BZ2_crc32Table[256];
  200. #define BZ_INITIALISE_CRC(crcVar)              
  201. {                                              
  202.    crcVar = 0xffffffffL;                       
  203. }
  205. #define BZ_FINALISE_CRC(crcVar)                
  206. {                                              
  207.    crcVar = ~(crcVar);                         
  208. }
  210. #define BZ_UPDATE_CRC(crcVar,cha)              
  211. {                                              
  212.    crcVar = (crcVar << 8) ^                    
  213.             BZ2_crc32Table[(crcVar >> 24) ^    
  214.                            ((UChar)cha)];      
  215. }
  219. /*-- States and modes for compression. --*/
  221. #define BZ_M_IDLE      1
  222. #define BZ_M_RUNNING   2
  223. #define BZ_M_FLUSHING  3
  224. #define BZ_M_FINISHING 4
  226. #define BZ_S_OUTPUT    1
  227. #define BZ_S_INPUT     2
  229. #define BZ_N_RADIX 2
  230. #define BZ_N_QSORT 12
  231. #define BZ_N_SHELL 18
  232. #define BZ_N_OVERSHOOT (BZ_N_RADIX + BZ_N_QSORT + BZ_N_SHELL + 2)
  237. /*-- Structure holding all the compression-side stuff. --*/
  239. typedef
  240.    struct {
  241.       /* pointer back to the struct bz_stream */
  242.       bz_stream* strm;
  244.       /* mode this stream is in, and whether inputting */
  245.       /* or outputting data */
  246.       Int32    mode;
  247.       Int32    state;
  249.       /* remembers avail_in when flush/finish requested */
  250.       UInt32   avail_in_expect;
  252.       /* for doing the block sorting */
  253.       UInt32*  arr1;
  254.       UInt32*  arr2;
  255.       UInt32*  ftab;
  256.       Int32    origPtr;
  258.       /* aliases for arr1 and arr2 */
  259.       UInt32*  ptr;
  260.       UChar*   block;
  261.       UInt16*  mtfv;
  262.       UChar*   zbits;
  264.       /* for deciding when to use the fallback sorting algorithm */
  265.       Int32    workFactor;
  267.       /* run-length-encoding of the input */
  268.       UInt32   state_in_ch;
  269.       Int32    state_in_len;
  270.       BZ_RAND_DECLS;
  272.       /* input and output limits and current posns */
  273.       Int32    nblock;
  274.       Int32    nblockMAX;
  275.       Int32    numZ;
  276.       Int32    state_out_pos;
  278.       /* map of bytes used in block */
  279.       Int32    nInUse;
  280.       Bool     inUse[256];
  281.       UChar    unseqToSeq[256];
  283.       /* the buffer for bit stream creation */
  284.       UInt32   bsBuff;
  285.       Int32    bsLive;
  287.       /* block and combined CRCs */
  288.       UInt32   blockCRC;
  289.       UInt32   combinedCRC;
  291.       /* misc administratium */
  292.       Int32    verbosity;
  293.       Int32    blockNo;
  294.       Int32    blockSize100k;
  296.       /* stuff for coding the MTF values */
  297.       Int32    nMTF;
  298.       Int32    mtfFreq    [BZ_MAX_ALPHA_SIZE];
  299.       UChar    selector   [BZ_MAX_SELECTORS];
  300.       UChar    selectorMtf[BZ_MAX_SELECTORS];
  302.       UChar    len     [BZ_N_GROUPS][BZ_MAX_ALPHA_SIZE];
  303.       Int32    code    [BZ_N_GROUPS][BZ_MAX_ALPHA_SIZE];
  304.       Int32    rfreq   [BZ_N_GROUPS][BZ_MAX_ALPHA_SIZE];
  305.       /* second dimension: only 3 needed; 4 makes index calculations faster */
  306.       UInt32   len_pack[BZ_MAX_ALPHA_SIZE][4];
  308.    }
  309.    EState;
  313. /*-- externs for compression. --*/
  315. extern void 
  316. BZ2_blockSort ( EState* );
  318. extern void 
  319. BZ2_compressBlock ( EState*, Bool );
  321. extern void 
  322. BZ2_bsInitWrite ( EState* );
  324. extern void 
  325. BZ2_hbAssignCodes ( Int32*, UChar*, Int32, Int32, Int32 );
  327. extern void 
  328. BZ2_hbMakeCodeLengths ( UChar*, Int32*, Int32, Int32 );
  332. /*-- states for decompression. --*/
  334. #define BZ_X_IDLE        1
  335. #define BZ_X_OUTPUT      2
  337. #define BZ_X_MAGIC_1     10
  338. #define BZ_X_MAGIC_2     11
  339. #define BZ_X_MAGIC_3     12
  340. #define BZ_X_MAGIC_4     13
  341. #define BZ_X_BLKHDR_1    14
  342. #define BZ_X_BLKHDR_2    15
  343. #define BZ_X_BLKHDR_3    16
  344. #define BZ_X_BLKHDR_4    17
  345. #define BZ_X_BLKHDR_5    18
  346. #define BZ_X_BLKHDR_6    19
  347. #define BZ_X_BCRC_1      20
  348. #define BZ_X_BCRC_2      21
  349. #define BZ_X_BCRC_3      22
  350. #define BZ_X_BCRC_4      23
  351. #define BZ_X_RANDBIT     24
  352. #define BZ_X_ORIGPTR_1   25
  353. #define BZ_X_ORIGPTR_2   26
  354. #define BZ_X_ORIGPTR_3   27
  355. #define BZ_X_MAPPING_1   28
  356. #define BZ_X_MAPPING_2   29
  357. #define BZ_X_SELECTOR_1  30
  358. #define BZ_X_SELECTOR_2  31
  359. #define BZ_X_SELECTOR_3  32
  360. #define BZ_X_CODING_1    33
  361. #define BZ_X_CODING_2    34
  362. #define BZ_X_CODING_3    35
  363. #define BZ_X_MTF_1       36
  364. #define BZ_X_MTF_2       37
  365. #define BZ_X_MTF_3       38
  366. #define BZ_X_MTF_4       39
  367. #define BZ_X_MTF_5       40
  368. #define BZ_X_MTF_6       41
  369. #define BZ_X_ENDHDR_2    42
  370. #define BZ_X_ENDHDR_3    43
  371. #define BZ_X_ENDHDR_4    44
  372. #define BZ_X_ENDHDR_5    45
  373. #define BZ_X_ENDHDR_6    46
  374. #define BZ_X_CCRC_1      47
  375. #define BZ_X_CCRC_2      48
  376. #define BZ_X_CCRC_3      49
  377. #define BZ_X_CCRC_4      50
  381. /*-- Constants for the fast MTF decoder. --*/
  383. #define MTFA_SIZE 4096
  384. #define MTFL_SIZE 16
  388. /*-- Structure holding all the decompression-side stuff. --*/
  390. typedef
  391.    struct {
  392.       /* pointer back to the struct bz_stream */
  393.       bz_stream* strm;
  395.       /* state indicator for this stream */
  396.       Int32    state;
  398.       /* for doing the final run-length decoding */
  399.       UChar    state_out_ch;
  400.       Int32    state_out_len;
  401.       Bool     blockRandomised;
  402.       BZ_RAND_DECLS;
  404.       /* the buffer for bit stream reading */
  405.       UInt32   bsBuff;
  406.       Int32    bsLive;
  408.       /* misc administratium */
  409.       Int32    blockSize100k;
  410.       Bool     smallDecompress;
  411.       Int32    currBlockNo;
  412.       Int32    verbosity;
  414.       /* for undoing the Burrows-Wheeler transform */
  415.       Int32    origPtr;
  416.       UInt32   tPos;
  417.       Int32    k0;
  418.       Int32    unzftab[256];
  419.       Int32    nblock_used;
  420.       Int32    cftab[257];
  421.       Int32    cftabCopy[257];
  423.       /* for undoing the Burrows-Wheeler transform (FAST) */
  424.       UInt32   *tt;
  426.       /* for undoing the Burrows-Wheeler transform (SMALL) */
  427.       UInt16   *ll16;
  428.       UChar    *ll4;
  430.       /* stored and calculated CRCs */
  431.       UInt32   storedBlockCRC;
  432.       UInt32   storedCombinedCRC;
  433.       UInt32   calculatedBlockCRC;
  434.       UInt32   calculatedCombinedCRC;
  436.       /* map of bytes used in block */
  437.       Int32    nInUse;
  438.       Bool     inUse[256];
  439.       Bool     inUse16[16];
  440.       UChar    seqToUnseq[256];
  442.       /* for decoding the MTF values */
  443.       UChar    mtfa   [MTFA_SIZE];
  444.       Int32    mtfbase[256 / MTFL_SIZE];
  445.       UChar    selector   [BZ_MAX_SELECTORS];
  446.       UChar    selectorMtf[BZ_MAX_SELECTORS];
  447.       UChar    len  [BZ_N_GROUPS][BZ_MAX_ALPHA_SIZE];
  449.       Int32    limit  [BZ_N_GROUPS][BZ_MAX_ALPHA_SIZE];
  450.       Int32    base   [BZ_N_GROUPS][BZ_MAX_ALPHA_SIZE];
  451.       Int32    perm   [BZ_N_GROUPS][BZ_MAX_ALPHA_SIZE];
  452.       Int32    minLens[BZ_N_GROUPS];
  454.       /* save area for scalars in the main decompress code */
  455.       Int32    save_i;
  456.       Int32    save_j;
  457.       Int32    save_t;
  458.       Int32    save_alphaSize;
  459.       Int32    save_nGroups;
  460.       Int32    save_nSelectors;
  461.       Int32    save_EOB;
  462.       Int32    save_groupNo;
  463.       Int32    save_groupPos;
  464.       Int32    save_nextSym;
  465.       Int32    save_nblockMAX;
  466.       Int32    save_nblock;
  467.       Int32    save_es;
  468.       Int32    save_N;
  469.       Int32    save_curr;
  470.       Int32    save_zt;
  471.       Int32    save_zn; 
  472.       Int32    save_zvec;
  473.       Int32    save_zj;
  474.       Int32    save_gSel;
  475.       Int32    save_gMinlen;
  476.       Int32*   save_gLimit;
  477.       Int32*   save_gBase;
  478.       Int32*   save_gPerm;
  480.    }
  481.    DState;
  485. /*-- Macros for decompression. --*/
  487. #define BZ_GET_FAST(cccc)                     
  488.     s->tPos = s->tt[s->tPos];                 
  489.     cccc = (UChar)(s->tPos & 0xff);           
  490.     s->tPos >>= 8;
  492. #define BZ_GET_FAST_C(cccc)                   
  493.     c_tPos = c_tt[c_tPos];                    
  494.     cccc = (UChar)(c_tPos & 0xff);            
  495.     c_tPos >>= 8;
  497. #define SET_LL4(i,n)                                          
  498.    { if (((i) & 0x1) == 0)                                    
  499.         s->ll4[(i) >> 1] = (s->ll4[(i) >> 1] & 0xf0) | (n); else    
  500.         s->ll4[(i) >> 1] = (s->ll4[(i) >> 1] & 0x0f) | ((n) << 4);  
  501.    }
  503. #define GET_LL4(i)                             
  504.    ((((UInt32)(s->ll4[(i) >> 1])) >> (((i) << 2) & 0x4)) & 0xF)
  506. #define SET_LL(i,n)                          
  507.    { s->ll16[i] = (UInt16)(n & 0x0000ffff);  
  508.      SET_LL4(i, n >> 16);                    
  509.    }
  511. #define GET_LL(i) 
  512.    (((UInt32)s->ll16[i]) | (GET_LL4(i) << 16))
  514. #define BZ_GET_SMALL(cccc)                            
  515.       cccc = BZ2_indexIntoF ( s->tPos, s->cftab );    
  516.       s->tPos = GET_LL(s->tPos);
  519. /*-- externs for decompression. --*/
  521. extern Int32 
  522. BZ2_indexIntoF ( Int32, Int32* );
  524. extern Int32 
  525. BZ2_decompress ( DState* );
  527. extern void 
  528. BZ2_hbCreateDecodeTables ( Int32*, Int32*, Int32*, UChar*,
  529.                            Int32,  Int32, Int32 );
  532. #endif
  535. /*-- BZ_NO_STDIO seems to make NULL disappear on some platforms. --*/
  537. #ifdef BZ_NO_STDIO
  538. #ifndef NULL
  539. #define NULL 0
  540. #endif
  541. #endif
  544. /*-------------------------------------------------------------*/
  545. /*--- end                                   bzlib_private.h ---*/
  546. /*-------------------------------------------------------------*/