生物技术

开发平台：
C/C++

set.ent：源码内容
							Seq-entry ::= set {
class phy-set ,
descr {
create-date
std {
year 1998 ,
month 10 ,
day 30 } ,
pub {
pub {
article {
title {
name "Evolution of the Fucaceae (Phaeophyceae) Inferred from
nrDNA-ITS" } ,
authors {
names
std {
{
name
name {
last "Serrao" ,
first "Ester" ,
initials "E.A." } } ,
{
name
name {
last "Alice" ,
first "Lawrence" ,
initials "L.A." } } ,
{
name
name {
last "Brawley" ,
first "Susan" ,
initials "S.H." } } } ,
affil
std {
affil "University of Algarve" ,
div "Centro de Ciencias do Mar, U.C.T.R.A." ,
city "Faro" ,
country "Portugal" ,
street "Campus de Gambelas" ,
postal-code "8000" } } ,
from
journal {
title {
iso-jta "J. Phycol." } ,
imp {
date
std {
year 1999 } ,
prepub in-press
}
}
}
}
} ,
update-date
std {
year 1999 ,
month 1 ,
day 20 } } ,
seq-set {
seq {
id {
genbank {
name "AF102903" ,
accession "AF102903" ,
version 1 } ,
gi 4580781 } ,
descr {
create-date
std {
year 1999 ,
month 4 ,
day 12 } ,
source {
org {
taxname "Fucus ceranoides" ,
db {
{
db "taxon" ,
tag
id 87146 } } ,
orgname {
name
binomial {
genus "Fucus" ,
species "ceranoides" } ,
lineage "Eukaryota; stramenopiles; Phaeophyceae/Xanthophyceae
group; Phaeophyceae; Fucales; Fucaceae; Fucus" ,
gcode 1 ,
mgcode 1 ,
div "PLN" } } ,
subtype {
{
subtype 23 ,
name "Great Britain: Isle of Man" } } } ,
molinfo {
biomol genomic ,
completeness no-ends } ,
title "Fucus ceranoides country Great Britain: Isle of Man 18S
ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S
ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and
26S ribosomal RNA gene, partial sequence." ,
pub {
pub {
sub {
authors {
names
std {
{
name
name {
last "Serrao" ,
first "Ester" ,
initials "E.A." } } ,
{
name
name {
last "Alice" ,
first "Lawrence" ,
initials "L.A." } } ,
{
name
name {
last "Brawley" ,
first "Susan" ,
initials "S.H." } } } ,
affil
std {
affil "University of Algarve" ,
div "Centro de Ciencias do Mar, U.C.T.R.A." ,
city "Faro" ,
country "Portugal" ,
street "Campus de Gambelas" ,
postal-code "8000" } } ,
date
std {
year 1998 ,
month 10 ,
day 30 } } } } } ,
inst {
repr raw ,
mol dna ,
length 1012 ,
seq-data
ncbi4na '84244114418218812218111121111828288282128444442821884241482
882242441288888991118118891888288818484425144224111212442288488188811424124118
118818881112288824282684244421441122442224228428812111244448241251112484884888
882228842224244444124128951244111418188848824842288288182218815184418411884412
51124244125148442822A248841442842444445844848318122812242224284222411181114224
112212411121262281914824918284118218244114411441144114413428836228848844828282
216234122212242241421881218181248112412811111288821424124418482884428222128124
184114112421424118424181282884241288421411822148411821821111288841124212288424
288224441118222844414218428848244148482848841242211824281412222884482828418244
484848284424412818414848822441142481142242241482212241148184811418884811442221
842411218212224222482411484148814842144884448248881244144822288888282288241414
144144444821111881244822422242248128842414442444141182848224848284424888842141
821841114418241824888884824441442812482222224422142414288821121211184218881188
28122822418251421'H } ,
annot {
{
data
ftable {
{
data
rna {
type rRNA ,
ext
name "18S ribosomal RNA" } ,
partial TRUE ,
location
int {
from 0 ,
to 15 ,
id
gi 4580781 ,
fuzz-from
lim lt } } ,
{
data
rna {
type rRNA ,
ext
name "5.8S ribosomal RNA" } ,
location
int {
from 493 ,
to 643 ,
id
gi 4580781 } } ,
{
data
rna {
type rRNA ,
ext
name "26S ribosomal RNA" } ,
partial TRUE ,
location
int {
from 997 ,
to 1011 ,
id
gi 4580781 ,
fuzz-to
lim gt } } ,
{
data
rna {
type other ,
ext
name "internal transcribed spacer 1" } ,
comment "ITS1" ,
location
int {
from 16 ,
to 492 ,
strand plus ,
id
gi 4580781 } } ,
{
data
rna {
type other ,
ext
name "internal transcribed spacer 2" } ,
comment "ITS2" ,
location
int {
from 644 ,
to 996 ,
strand plus ,
id
gi 4580781 } } } } } } ,
seq {
id {
genbank {
name "AF102904" ,
accession "AF102904" ,
version 1 } ,
gi 4580782 } ,
descr {
create-date
std {
year 1999 ,
month 4 ,
day 12 } ,
source {
org {
taxname "Fucus spiralis" ,
db {
{
db "taxon" ,
tag
id 87149 } } ,
orgname {
name
binomial {
genus "Fucus" ,
species "spiralis" } ,
lineage "Eukaryota; stramenopiles; Phaeophyceae/Xanthophyceae
group; Phaeophyceae; Fucales; Fucaceae; Fucus" ,
gcode 1 ,
mgcode 1 ,
div "PLN" } } ,
subtype {
{
subtype 23 ,
name "Spain: Canary Islands" } } } ,
molinfo {
biomol genomic ,
completeness no-ends } ,
title "Fucus spiralis country Spain: Canary Islands 18S ribosomal RNA
gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA
gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 26S ribosomal
RNA gene, partial sequence." ,
pub {
pub {
sub {
authors {
names
std {
{
name
name {
last "Serrao" ,
first "Ester" ,
initials "E.A." } } ,
{
name
name {
last "Alice" ,
first "Lawrence" ,
initials "L.A." } } ,
{
name
name {
last "Brawley" ,
first "Susan" ,
initials "S.H." } } } ,
affil
std {
affil "University of Algarve" ,
div "Centro de Ciencias do Mar, U.C.T.R.A." ,
city "Faro" ,
country "Portugal" ,
street "Campus de Gambelas" ,
postal-code "8000" } } ,
date
std {
year 1998 ,
month 10 ,
day 30 } } } } } ,
inst {
repr raw ,
mol dna ,
length 1024 ,
seq-data
ncbi4na '88822481448411228424411441821881221811112111182828828212844
444282188424148288224244128888888111811888188828881848442414422411121244228848
818881142412411811881888111228882428228424442144112244222422842881211124444824
124111248488488888822884222424444412412881124411141818884882484228828818221881
418441841188441241124244124148442822824884144284244444484484811812281224222428
422241118111422411221241112121221111482411828411821824411441144114411422814228
848844428282214224122242241421881218181248112412811111288821424124418482884428
222128124184114112421424111842418124828842412884214118221484118218211112888491
242122884242882244411182228444142184288482441484828488412422118242814122222844
828284182444848482844244128184148488224411424811422422414822122411481848114188
848114422218424112182122242224824114841488148421448844482488812441448222888882
822882414141441444448211118812448224422122481288424144424441411828482248482844
248888421418218411144182418248888848244411482812484222224422142414288821121211
18421888118828122822418211421'H } ,
annot {
{
data
ftable {
{
data
rna {
type rRNA ,
ext
name "18S ribosomal RNA" } ,
partial TRUE ,
location
int {
from 0 ,
to 31 ,
id
gi 4580782 ,
fuzz-from
lim lt } } ,
{
data
rna {
type rRNA ,
ext
name "5.8S ribosomal RNA" } ,
location
int {
from 502 ,
to 654 ,
id
gi 4580782 } } ,
{
data
rna {
type rRNA ,
ext
name "26S ribosomal RNA" } ,
partial TRUE ,
location
int {
from 1009 ,
to 1023 ,
id
gi 4580782 ,
fuzz-to
lim gt } } ,
{
data
rna {
type other ,
ext
name "internal transcribed spacer 1" } ,
comment "ITS1" ,
location
int {
from 32 ,
to 501 ,
strand plus ,
id
gi 4580782 } } ,
{
data
rna {
type other ,
ext
name "internal transcribed spacer 2" } ,
comment "ITS2" ,
location
int {
from 655 ,
to 1008 ,
strand plus ,
id
gi 4580782 } } } } } } } ,
annot {
{
data
align {
{
type partial ,
dim 77 ,
segs
denseg {
dim 77 ,
numseg 10 ,
ids {
gi 4580781 } ,
starts {
1 ,
3 ,
3 ,
1 ,
2 ,
4 ,
1 ,
1 ,
1 ,
20 } ,
lens {
1 ,
3 ,
3 ,
1 ,
2 ,
4 ,
1 ,
1 ,
1 ,
20 } ,
strands {
unknown ,
unknown ,
unknown ,
unknown ,
unknown ,
unknown ,
unknown ,
unknown ,
unknown ,
unknown } } } } } } }

						