开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
objostrasn.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：30k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

objostrasn.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: objostrasn.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/06/01 19:41:12  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.85
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: objostrasn.cpp,v 1000.3 2004/06/01 19:41:12 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author: Eugene Vasilchenko
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   !!! PUT YOUR DESCRIPTION HERE !!!
  39. *
  40. * ---------------------------------------------------------------------------
  41. * $Log: objostrasn.cpp,v $
  42. * Revision 1000.3  2004/06/01 19:41:12  gouriano
  43. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.85
  44. *
  45. * Revision 1.85  2004/05/17 21:03:03  gorelenk
  46. * Added include of PCH ncbi_pch.hpp
  47. *
  48. * Revision 1.84  2004/05/04 17:04:43  gouriano
  49. * Check double for being finite
  50. *
  51. * Revision 1.83  2004/01/05 14:25:21  gouriano
  52. * Added possibility to set serialization hooks by stack path
  53. *
  54. * Revision 1.82  2003/11/26 19:59:41  vasilche
  55. * GetPosition() and GetDataFormat() methods now are implemented
  56. * in parent classes CObjectIStream and CObjectOStream to avoid
  57. * pure virtual method call in destructors.
  58. *
  59. * Revision 1.81  2003/08/19 18:32:38  vasilche
  60. * Optimized reading and writing strings.
  61. * Avoid string reallocation when checking char values.
  62. * Try to reuse old string data when string reference counting is not working.
  63. *
  64. * Revision 1.80  2003/08/13 15:47:45  gouriano
  65. * implemented serialization of AnyContent objects
  66. *
  67. * Revision 1.79  2003/05/22 20:10:02  gouriano
  68. * added UTF8 strings
  69. *
  70. * Revision 1.78  2003/05/16 18:02:18  gouriano
  71. * revised exception error messages
  72. *
  73. * Revision 1.77  2003/03/26 16:14:23  vasilche
  74. * Removed TAB symbols. Some formatting.
  75. *
  76. * Revision 1.76  2003/02/04 17:06:26  gouriano
  77. * added check for NaN in WriteDouble
  78. *
  79. * Revision 1.75  2003/01/22 18:53:26  gouriano
  80. * corrected stream destruction
  81. *
  82. * Revision 1.74  2002/12/13 21:50:42  gouriano
  83. * corrected reading of choices
  84. *
  85. * Revision 1.73  2002/11/14 20:59:48  gouriano
  86. * added BeginChoice/EndChoice methods
  87. *
  88. * Revision 1.72  2002/10/25 14:49:27  vasilche
  89. * NCBI C Toolkit compatibility code extracted to libxcser library.
  90. * Serial streams flags names were renamed to fXxx.
  91. *
  92. * Names of flags
  93. *
  94. * Revision 1.71  2002/10/08 18:59:38  grichenk
  95. * Check for null pointers in containers (assert in debug mode,
  96. * warning in release).
  97. *
  98. * Revision 1.70  2002/08/26 18:32:30  grichenk
  99. * Added Get/SetAutoSeparator() to CObjectOStream to control
  100. * output of separators.
  101. *
  102. * Revision 1.69  2002/08/23 16:52:37  grichenk
  103. * Set separator to line-break by default
  104. *
  105. * Revision 1.68  2002/03/07 22:02:02  grichenk
  106. * Added "Separator" modifier for CObjectOStream
  107. *
  108. * Revision 1.67  2001/10/17 20:41:25  grichenk
  109. * Added CObjectOStream::CharBlock class
  110. *
  111. * Revision 1.66  2001/07/27 18:25:32  grichenk
  112. * Removed commented code
  113. *
  114. * Revision 1.65  2001/06/11 14:35:00  grichenk
  115. * Added support for numeric tags in ASN.1 specifications and data streams.
  116. *
  117. * Revision 1.64  2001/06/07 17:12:51  grichenk
  118. * Redesigned checking and substitution of non-printable characters
  119. * in VisibleString
  120. *
  121. * Revision 1.63  2001/05/17 15:07:08  lavr
  122. * Typos corrected
  123. *
  124. * Revision 1.62  2001/04/25 20:41:53  vakatov
  125. * <limits.h>, <float.h>  --->  <corelib/ncbi_limits.h>
  126. *
  127. * Revision 1.61  2001/01/03 15:22:27  vasilche
  128. * Fixed limited buffer size for REAL data in ASN.1 binary format.
  129. * Fixed processing non ASCII symbols in ASN.1 text format.
  130. *
  131. * Revision 1.60  2000/12/26 22:24:13  vasilche
  132. * Fixed errors of compilation on Mac.
  133. *
  134. * Revision 1.59  2000/12/15 21:29:02  vasilche
  135. * Moved some typedefs/enums from corelib/ncbistd.hpp.
  136. * Added flags to CObjectIStream/CObjectOStream: eFlagAllowNonAsciiChars.
  137. * TByte typedef replaced by Uint1.
  138. *
  139. * Revision 1.58  2000/12/15 15:38:45  vasilche
  140. * Added support of Int8 and long double.
  141. * Enum values now have type Int4 instead of long.
  142. *
  143. * Revision 1.57  2000/12/04 19:02:41  beloslyu
  144. * changes for FreeBSD
  145. *
  146. * Revision 1.56  2000/11/07 17:25:40  vasilche
  147. * Fixed encoding of XML:
  148. *     removed unnecessary apostrophes in OCTET STRING
  149. *     removed unnecessary content in NULL
  150. * Added module names to CTypeInfo and CEnumeratedTypeValues
  151. *
  152. * Revision 1.55  2000/10/20 15:51:42  vasilche
  153. * Fixed data error processing.
  154. * Added interface for constructing container objects directly into output stream.
  155. * object.hpp, object.inl and object.cpp were split to
  156. * objectinfo.*, objecttype.*, objectiter.* and objectio.*.
  157. *
  158. * Revision 1.54  2000/10/17 18:45:35  vasilche
  159. * Added possibility to turn off object cross reference detection in
  160. * CObjectIStream and CObjectOStream.
  161. *
  162. * Revision 1.53  2000/10/13 20:22:55  vasilche
  163. * Fixed warnings on 64 bit compilers.
  164. * Fixed missing typename in templates.
  165. *
  166. * Revision 1.52  2000/10/13 16:28:39  vasilche
  167. * Reduced header dependency.
  168. * Avoid use of templates with virtual methods.
  169. * Reduced amount of different maps used.
  170. * All this lead to smaller compiled code size (libraries and programs).
  171. *
  172. * Revision 1.51  2000/10/05 15:52:50  vasilche
  173. * Avoid using snprintf because it's missing on osf1_gcc
  174. *
  175. * Revision 1.50  2000/10/05 13:17:17  vasilche
  176. * Added missing #include <stdio.h>
  177. *
  178. * Revision 1.49  2000/10/04 19:18:59  vasilche
  179. * Fixed processing floating point data.
  180. *
  181. * Revision 1.48  2000/10/03 17:22:44  vasilche
  182. * Reduced header dependency.
  183. * Reduced size of debug libraries on WorkShop by 3 times.
  184. * Fixed tag allocation for parent classes.
  185. * Fixed CObject allocation/deallocation in streams.
  186. * Moved instantiation of several templates in separate source file.
  187. *
  188. * Revision 1.47  2000/09/29 16:18:24  vasilche
  189. * Fixed binary format encoding/decoding on 64 bit compulers.
  190. * Implemented CWeakMap<> for automatic cleaning map entries.
  191. * Added cleaning local hooks via CWeakMap<>.
  192. * Renamed ReadTypeName -> ReadFileHeader, ENoTypeName -> ENoFileHeader.
  193. * Added some user interface methods to CObjectIStream, CObjectOStream and
  194. * CObjectStreamCopier.
  195. *
  196. * Revision 1.46  2000/09/26 17:38:22  vasilche
  197. * Fixed incomplete choiceptr implementation.
  198. * Removed temporary comments.
  199. *
  200. * Revision 1.45  2000/09/18 20:00:24  vasilche
  201. * Separated CVariantInfo and CMemberInfo.
  202. * Implemented copy hooks.
  203. * All hooks now are stored in CTypeInfo/CMemberInfo/CVariantInfo.
  204. * Most type specific functions now are implemented via function pointers instead of virtual functions.
  205. *
  206. * Revision 1.44  2000/09/01 13:16:19  vasilche
  207. * Implemented class/container/choice iterators.
  208. * Implemented CObjectStreamCopier for copying data without loading into memory.
  209. *
  210. * Revision 1.43  2000/08/15 19:44:50  vasilche
  211. * Added Read/Write hooks:
  212. * CReadObjectHook/CWriteObjectHook for objects of specified type.
  213. * CReadClassMemberHook/CWriteClassMemberHook for specified members.
  214. * CReadChoiceVariantHook/CWriteChoiceVariant for specified choice variants.
  215. * CReadContainerElementHook/CWriteContainerElementsHook for containers.
  216. *
  217. * Revision 1.42  2000/07/03 18:42:46  vasilche
  218. * Added interface to typeinfo via CObjectInfo and CConstObjectInfo.
  219. * Reduced header dependency.
  220. *
  221. * Revision 1.41  2000/06/16 16:31:21  vasilche
  222. * Changed implementation of choices and classes info to allow use of the same classes in generated and user written classes.
  223. *
  224. * Revision 1.40  2000/06/07 19:46:00  vasilche
  225. * Some code cleaning.
  226. * Macros renaming in more clear way.
  227. * BEGIN_NAMED_*_INFO, ADD_*_MEMBER, ADD_NAMED_*_MEMBER.
  228. *
  229. * Revision 1.39  2000/06/01 19:07:05  vasilche
  230. * Added parsing of XML data.
  231. *
  232. * Revision 1.38  2000/05/24 20:08:48  vasilche
  233. * Implemented XML dump.
  234. *
  235. * Revision 1.37  2000/05/09 19:04:56  vasilche
  236. * Fixed bug in storing float point number to text ASN.1 format.
  237. *
  238. * Revision 1.36  2000/04/28 16:58:13  vasilche
  239. * Added classes CByteSource and CByteSourceReader for generic reading.
  240. * Added delayed reading of choice variants.
  241. *
  242. * Revision 1.35  2000/04/13 14:50:27  vasilche
  243. * Added CObjectIStream::Open() and CObjectOStream::Open() for easier use.
  244. *
  245. * Revision 1.34  2000/04/06 16:11:00  vasilche
  246. * Fixed bug with iterators in choices.
  247. * Removed unneeded calls to ReadExternalObject/WriteExternalObject.
  248. * Added output buffering to text ASN.1 data.
  249. *
  250. * Revision 1.33  2000/02/17 20:02:45  vasilche
  251. * Added some standard serialization exceptions.
  252. * Optimized text/binary ASN.1 reading.
  253. * Fixed wrong encoding of StringStore in ASN.1 binary format.
  254. * Optimized logic of object collection.
  255. *
  256. * Revision 1.32  2000/02/01 21:47:23  vasilche
  257. * Added CGeneratedChoiceTypeInfo for generated choice classes.
  258. * Added buffering to CObjectIStreamAsn.
  259. * Removed CMemberInfo subclasses.
  260. * Added support for DEFAULT/OPTIONAL members.
  261. *
  262. * Revision 1.31  2000/01/11 14:16:46  vasilche
  263. * Fixed pow ambiguity.
  264. *
  265. * Revision 1.30  2000/01/10 19:46:41  vasilche
  266. * Fixed encoding/decoding of REAL type.
  267. * Fixed encoding/decoding of StringStore.
  268. * Fixed encoding/decoding of NULL type.
  269. * Fixed error reporting.
  270. * Reduced object map (only classes).
  271. *
  272. * Revision 1.29  1999/12/17 19:05:04  vasilche
  273. * Simplified generation of GetTypeInfo methods.
  274. *
  275. * Revision 1.28  1999/10/25 20:19:51  vasilche
  276. * Fixed strings representation in text ASN.1 files.
  277. *
  278. * Revision 1.27  1999/10/04 16:22:18  vasilche
  279. * Fixed bug with old ASN.1 structures.
  280. *
  281. * Revision 1.26  1999/09/24 18:19:19  vasilche
  282. * Removed dependency on NCBI toolkit.
  283. *
  284. * Revision 1.25  1999/09/23 21:16:08  vasilche
  285. * Removed dependence on asn.h
  286. *
  287. * Revision 1.24  1999/09/23 20:25:04  vasilche
  288. * Added support HAVE_NCBI_C
  289. *
  290. * Revision 1.23  1999/09/23 18:57:01  vasilche
  291. * Fixed bugs with overloaded methods in objistr*.hpp & objostr*.hpp
  292. *
  293. * Revision 1.22  1999/08/13 20:22:58  vasilche
  294. * Fixed lot of bugs in datatool
  295. *
  296. * Revision 1.21  1999/08/13 15:53:52  vasilche
  297. * C++ analog of asntool: datatool
  298. *
  299. * Revision 1.20  1999/07/22 19:48:57  vasilche
  300. * Reversed hack with embedding old ASN.1 output to new.
  301. *
  302. * Revision 1.19  1999/07/22 19:40:57  vasilche
  303. * Fixed bug with complex object graphs (pointers to members of other objects).
  304. *
  305. * Revision 1.18  1999/07/22 17:33:56  vasilche
  306. * Unified reading/writing of objects in all three formats.
  307. *
  308. * Revision 1.17  1999/07/21 14:20:07  vasilche
  309. * Added serialization of bool.
  310. *
  311. * Revision 1.16  1999/07/20 18:23:12  vasilche
  312. * Added interface to old ASN.1 routines.
  313. * Added fixed choice of subclasses to use for pointers.
  314. *
  315. * Revision 1.15  1999/07/19 15:50:36  vasilche
  316. * Added interface to old ASN.1 routines.
  317. * Added naming of key/value in STL map.
  318. *
  319. * Revision 1.14  1999/07/15 19:35:30  vasilche
  320. * Implemented map<K, V>.
  321. * Changed ASN.1 text formatting.
  322. *
  323. * Revision 1.13  1999/07/15 16:54:49  vasilche
  324. * Implemented vector<X> & vector<char> as special case.
  325. *
  326. * Revision 1.12  1999/07/14 18:58:10  vasilche
  327. * Fixed ASN.1 types/field naming.
  328. *
  329. * Revision 1.11  1999/07/13 20:18:20  vasilche
  330. * Changed types naming.
  331. *
  332. * Revision 1.10  1999/07/09 16:32:54  vasilche
  333. * Added OCTET STRING write/read.
  334. *
  335. * Revision 1.9  1999/07/07 21:15:03  vasilche
  336. * Cleaned processing of string types (string, char*, const char*).
  337. *
  338. * Revision 1.8  1999/07/02 21:31:59  vasilche
  339. * Implemented reading from ASN.1 binary format.
  340. *
  341. * Revision 1.7  1999/07/01 17:55:34  vasilche
  342. * Implemented ASN.1 binary write.
  343. *
  344. * Revision 1.6  1999/06/30 16:05:00  vasilche
  345. * Added support for old ASN.1 structures.
  346. *
  347. * Revision 1.5  1999/06/24 14:44:58  vasilche
  348. * Added binary ASN.1 output.
  349. *
  350. * Revision 1.4  1999/06/18 16:26:49  vasilche
  351. * Fixed bug with unget() in MSVS
  352. *
  353. * Revision 1.3  1999/06/17 20:42:07  vasilche
  354. * Fixed storing/loading of pointers.
  355. *
  356. * Revision 1.2  1999/06/16 20:35:34  vasilche
  357. * Cleaned processing of blocks of data.
  358. * Added input from ASN.1 text format.
  359. *
  360. * Revision 1.1  1999/06/15 16:19:51  vasilche
  361. * Added ASN.1 object output stream.
  362. *
  363. * Revision 1.5  1999/06/10 21:06:49  vasilche
  364. * Working binary output and almost working binary input.
  365. *
  366. * Revision 1.4  1999/06/07 20:10:03  vasilche
  367. * Avoid using of numeric_limits.
  368. *
  369. * Revision 1.3  1999/06/07 19:30:27  vasilche
  370. * More bug fixes
  371. *
  372. * Revision 1.2  1999/06/04 20:51:47  vasilche
  373. * First compilable version of serialization.
  374. *
  375. * Revision 1.1  1999/05/19 19:56:55  vasilche
  376. * Commit just in case.
  377. *
  378. * ===========================================================================
  379. */
  381. #include <ncbi_pch.hpp>
  382. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  383. #include <corelib/ncbi_limits.h>
  385. #include <serial/objostrasn.hpp>
  386. #include <serial/objistr.hpp>
  387. #include <serial/objcopy.hpp>
  388. #include <serial/memberid.hpp>
  389. #include <serial/enumvalues.hpp>
  390. #include <serial/memberlist.hpp>
  391. #include <serial/objhook.hpp>
  392. #include <serial/classinfo.hpp>
  393. #include <serial/choice.hpp>
  394. #include <serial/continfo.hpp>
  395. #include <serial/delaybuf.hpp>
  397. #include <stdio.h>
  398. #include <math.h>
  400. BEGIN_NCBI_SCOPE
  402. CObjectOStream* CObjectOStream::OpenObjectOStreamAsn(CNcbiOstream& out,
  403.                                                      bool deleteOut)
  404. {
  405.     return new CObjectOStreamAsn(out, deleteOut);
  406. }
  408. CObjectOStreamAsn::CObjectOStreamAsn(CNcbiOstream& out,
  409.                                      EFixNonPrint how)
  410.     : CObjectOStream(eSerial_AsnText, out), m_FixMethod(how)
  411. {
  412.     m_Output.SetBackLimit(80);
  413.     SetSeparator("n");
  414.     SetAutoSeparator(true);
  415. }
  417. CObjectOStreamAsn::CObjectOStreamAsn(CNcbiOstream& out,
  418.                                      bool deleteOut,
  419.                                      EFixNonPrint how)
  420.     : CObjectOStream(eSerial_AsnText, out, deleteOut), m_FixMethod(how)
  421. {
  422.     m_Output.SetBackLimit(80);
  423.     SetSeparator("n");
  424.     SetAutoSeparator(true);
  425. }
  427. CObjectOStreamAsn::~CObjectOStreamAsn(void)
  428. {
  429. }
  431. string CObjectOStreamAsn::GetPosition(void) const
  432. {
  433.     return "line "+NStr::UIntToString(m_Output.GetLine());
  434. }
  436. void CObjectOStreamAsn::WriteFileHeader(TTypeInfo type)
  437. {
  438.     if ( true || m_Output.ZeroIndentLevel() ) {
  439.         WriteId(type->GetName());
  440.         m_Output.PutString(" ::= ");
  441.     }
  442. }
  444. inline
  445. void CObjectOStreamAsn::WriteEnum(TEnumValueType value,
  446.                                   const string& valueName)
  447. {
  448.     if ( !valueName.empty() )
  449.         m_Output.PutString(valueName);
  450.     else
  451.         m_Output.PutInt4(value);
  452. }
  454. void CObjectOStreamAsn::WriteEnum(const CEnumeratedTypeValues& values,
  455.                                   TEnumValueType value)
  456. {
  457.     WriteEnum(value, values.FindName(value, values.IsInteger()));
  458. }
  460. void CObjectOStreamAsn::CopyEnum(const CEnumeratedTypeValues& values,
  461.                                  CObjectIStream& in)
  462. {
  463.     TEnumValueType value = in.ReadEnum(values);
  464.     WriteEnum(value, values.FindName(value, values.IsInteger()));
  465. }
  467. void CObjectOStreamAsn::WriteBool(bool data)
  468. {
  469.     if ( data )
  470.         m_Output.PutString("TRUE");
  471.     else
  472.         m_Output.PutString("FALSE");
  473. }
  475. void CObjectOStreamAsn::WriteChar(char data)
  476. {
  477.     m_Output.PutChar(''');
  478.     m_Output.PutChar(data);
  479.     m_Output.PutChar(''');
  480. }
  482. void CObjectOStreamAsn::WriteInt4(Int4 data)
  483. {
  484.     m_Output.PutInt4(data);
  485. }
  487. void CObjectOStreamAsn::WriteUint4(Uint4 data)
  488. {
  489.     m_Output.PutUint4(data);
  490. }
  492. void CObjectOStreamAsn::WriteInt8(Int8 data)
  493. {
  494.     m_Output.PutInt8(data);
  495. }
  497. void CObjectOStreamAsn::WriteUint8(Uint8 data)
  498. {
  499.     m_Output.PutUint8(data);
  500. }
  502. void CObjectOStreamAsn::WriteDouble2(double data, size_t digits)
  503. {
  504.     if (isnan(data)) {
  505.         ThrowError(fInvalidData, "invalid double: not a number");
  506.     }
  507.     if (!finite(data)) {
  508.         ThrowError(fInvalidData, "invalid double: infinite");
  509.     }
  510.     if ( data == 0.0 ) {
  511.         m_Output.PutString("{ 0, 10, 0 }");
  512.         return;
  513.     }
  515.     char buffer[128];
  516.     // ensure buffer is large enough to fit result
  517.     // (additional bytes are for sign, dot and exponent)
  518.     _ASSERT(sizeof(buffer) > digits + 16);
  519.     int width = sprintf(buffer, "%.*e", int(digits-1), data);
  520.     if ( width <= 0 || width >= int(sizeof(buffer) - 1) )
  521.         ThrowError(fOverflow, "buffer overflow");
  522.     _ASSERT(int(strlen(buffer)) == width);
  523.     char* dotPos = strchr(buffer, '.');
  524.     _ASSERT(dotPos);
  525.     char* ePos = strchr(dotPos, 'e');
  526.     _ASSERT(ePos);
  528.     // now we have:
  529.     // mantissa with dot - buffer:ePos
  530.     // exponent - (ePos+1):
  532.     int exp;
  533.     // calculate exponent
  534.     if ( sscanf(ePos + 1, "%d", &exp) != 1 )
  535.         ThrowError(fFail, "double value conversion error");
  537.     // remove trailing zeroes
  538.     int fractDigits = int(ePos - dotPos - 1);
  539.     while ( fractDigits > 0 && ePos[-1] == '0' ) {
  540.         --ePos;
  541.         --fractDigits;
  542.     }
  544.     // now we have:
  545.     // mantissa with dot without trailing zeroes - buffer:ePos
  547.     m_Output.PutString("{ ");
  548.     m_Output.PutString(buffer, dotPos - buffer);
  549.     m_Output.PutString(dotPos + 1, fractDigits);
  550.     m_Output.PutString(", 10, ");
  551.     m_Output.PutInt4(exp - fractDigits);
  552.     m_Output.PutString(" }");
  553. }
  555. void CObjectOStreamAsn::WriteDouble(double data)
  556. {
  557.     WriteDouble2(data, DBL_DIG);
  558. }
  560. void CObjectOStreamAsn::WriteFloat(float data)
  561. {
  562.     WriteDouble2(data, FLT_DIG);
  563. }
  565. void CObjectOStreamAsn::WriteNull(void)
  566. {
  567.     m_Output.PutString("NULL");
  568. }
  570. void CObjectOStreamAsn::WriteAnyContentObject(const CAnyContentObject& )
  571. {
  572.     NCBI_THROW(CSerialException,eNotImplemented,
  573.         "CObjectOStreamAsn::WriteAnyContentObject: "
  574.         "unable to write AnyContent object in ASN");
  575. }
  577. void CObjectOStreamAsn::CopyAnyContentObject(CObjectIStream& )
  578. {
  579.     NCBI_THROW(CSerialException,eNotImplemented,
  580.         "CObjectOStreamAsn::CopyAnyContentObject: "
  581.         "unable to copy AnyContent object in ASN");
  582. }
  584. void CObjectOStreamAsn::WriteString(const char* ptr, size_t length)
  585. {
  586.     size_t startLine = m_Output.GetLine();
  587.     m_Output.PutChar('"');
  588.     while ( length > 0 ) {
  589.         char c = *ptr++;
  590.         FixVisibleChar(c, m_FixMethod, startLine);
  591.         --length;
  592.         m_Output.WrapAt(78, true);
  593.         m_Output.PutChar(c);
  594.         if ( c == '"' )
  595.             m_Output.PutChar('"');
  596.     }
  597.     m_Output.PutChar('"');
  598. }
  600. void CObjectOStreamAsn::WriteCString(const char* str)
  601. {
  602.     if ( str == 0 ) {
  603.         WriteNull();
  604.     }
  605.     else {
  606.         WriteString(str, strlen(str));
  607.     }
  608. }
  610. void CObjectOStreamAsn::WriteString(const string& str, EStringType type)
  611. {
  612.     EFixNonPrint fix = m_FixMethod;
  613.     if (type == eStringTypeUTF8) {
  614.         m_FixMethod = eFNP_Allow;
  615.     }
  616.     WriteString(str.data(), str.size());
  617.     m_FixMethod = fix;
  618. }
  620. void CObjectOStreamAsn::WriteStringStore(const string& str)
  621. {
  622.     WriteString(str.data(), str.size());
  623. }
  625. void CObjectOStreamAsn::CopyString(CObjectIStream& in)
  626. {
  627.     string s;
  628.     in.ReadStd(s);
  629.     WriteString(s.data(), s.size());
  630. }
  632. void CObjectOStreamAsn::CopyStringStore(CObjectIStream& in)
  633. {
  634.     string s;
  635.     in.ReadStringStore(s);
  636.     WriteString(s.data(), s.size());
  637. }
  639. void CObjectOStreamAsn::WriteId(const string& str)
  640. {
  641.     if ( str.find(' ') != NPOS || str.find('<') != NPOS ||
  642.          str.find(':') != NPOS ) {
  643.         m_Output.PutChar('[');
  644.         m_Output.PutString(str);
  645.         m_Output.PutChar(']');
  646.     }
  647.     else {
  648.         m_Output.PutString(str);
  649.     }
  650. }
  652. void CObjectOStreamAsn::WriteNullPointer(void)
  653. {
  654.     m_Output.PutString("NULL");
  655. }
  657. void CObjectOStreamAsn::WriteObjectReference(TObjectIndex index)
  658. {
  659.     m_Output.PutChar('@');
  660.     if ( sizeof(TObjectIndex) == sizeof(Int4) )
  661.         m_Output.PutInt4(Int4(index));
  662.     else if ( sizeof(TObjectIndex) == sizeof(Int8) )
  663.         m_Output.PutInt8(index);
  664.     else
  665.         ThrowError(fIllegalCall, "invalid size of TObjectIndex: "
  666.             "must be either sizeof(Int4) or sizeof(Int8)");
  667. }
  669. void CObjectOStreamAsn::WriteOtherBegin(TTypeInfo typeInfo)
  670. {
  671.     m_Output.PutString(": ");
  672.     WriteId(typeInfo->GetName());
  673.     m_Output.PutChar(' ');
  674. }
  676. void CObjectOStreamAsn::WriteOther(TConstObjectPtr object,
  677.                                    TTypeInfo typeInfo)
  678. {
  679.     m_Output.PutString(": ");
  680.     WriteId(typeInfo->GetName());
  681.     m_Output.PutChar(' ');
  682.     WriteObject(object, typeInfo);
  683. }
  685. void CObjectOStreamAsn::StartBlock(void)
  686. {
  687.     m_Output.PutChar('{');
  688.     m_Output.IncIndentLevel();
  689.     m_BlockStart = true;
  690. }
  692. void CObjectOStreamAsn::EndBlock(void)
  693. {
  694.     m_Output.DecIndentLevel();
  695.     m_Output.PutEol();
  696.     m_Output.PutChar('}');
  697.     m_BlockStart = false;
  698. }
  700. void CObjectOStreamAsn::NextElement(void)
  701. {
  702.     if ( m_BlockStart )
  703.         m_BlockStart = false;
  704.     else
  705.         m_Output.PutChar(',');
  706.     m_Output.PutEol();
  707. }
  709. void CObjectOStreamAsn::BeginContainer(const CContainerTypeInfo* /*cType*/)
  710. {
  711.     StartBlock();
  712. }
  714. void CObjectOStreamAsn::EndContainer(void)
  715. {
  716.     EndBlock();
  717. }
  719. void CObjectOStreamAsn::BeginContainerElement(TTypeInfo /*elementType*/)
  720. {
  721.     NextElement();
  722. }
  724. #ifdef VIRTUAL_MID_LEVEL_IO
  725. void CObjectOStreamAsn::WriteContainer(const CContainerTypeInfo* cType,
  726.                                        TConstObjectPtr containerPtr)
  727. {
  728.     BEGIN_OBJECT_FRAME2(eFrameArray, cType);
  729.     StartBlock();
  730.     
  731.     CContainerTypeInfo::CConstIterator i;
  732.     if ( cType->InitIterator(i, containerPtr) ) {
  733.         TTypeInfo elementType = cType->GetElementType();
  734.         BEGIN_OBJECT_FRAME2(eFrameArrayElement, elementType);
  736.         do {
  737.             if (elementType->GetTypeFamily() == eTypeFamilyPointer) {
  738.                 const CPointerTypeInfo* pointerType =
  739.                     CTypeConverter<CPointerTypeInfo>::SafeCast(elementType);
  740.                 _ASSERT(pointerType->GetObjectPointer(cType->GetElementPtr(i)));
  741.                 if ( !pointerType->GetObjectPointer(cType->GetElementPtr(i)) ) {
  742.                     ERR_POST(Warning << " NULL pointer found in container: skipping");
  743.                     continue;
  744.                 }
  745.             }
  747.             NextElement();
  749.             WriteObject(cType->GetElementPtr(i), elementType);
  751.         } while ( cType->NextElement(i) );
  752.         
  753.         END_OBJECT_FRAME();
  754.     }
  756.     EndBlock();
  757.     END_OBJECT_FRAME();
  758. }
  760. void CObjectOStreamAsn::CopyContainer(const CContainerTypeInfo* cType,
  761.                                       CObjectStreamCopier& copier)
  762. {
  763.     BEGIN_OBJECT_FRAME_OF2(copier.In(), eFrameArray, cType);
  764.     copier.In().BeginContainer(cType);
  766.     StartBlock();
  768.     TTypeInfo elementType = cType->GetElementType();
  769.     BEGIN_OBJECT_2FRAMES_OF2(copier, eFrameArrayElement, elementType);
  771.     while ( copier.In().BeginContainerElement(elementType) ) {
  772.         NextElement();
  774.         CopyObject(elementType, copier);
  776.         copier.In().EndContainerElement();
  777.     }
  779.     END_OBJECT_2FRAMES_OF(copier);
  780.     
  781.     EndBlock();
  783.     copier.In().EndContainer();
  784.     END_OBJECT_FRAME_OF(copier.In());
  785. }
  786. #endif
  789. void CObjectOStreamAsn::WriteMemberId(const CMemberId& id)
  790. {
  791.     if ( !id.GetName().empty() ) {
  792.         m_Output.PutString(id.GetName());
  793.         m_Output.PutChar(' ');
  794.     }
  795.     else if ( id.HaveExplicitTag() ) {
  796.         m_Output.PutString("[" + NStr::IntToString(id.GetTag()) + "] ");
  797.     }
  798. }
  800. void CObjectOStreamAsn::BeginClass(const CClassTypeInfo* /*classInfo*/)
  801. {
  802.     StartBlock();
  803. }
  805. void CObjectOStreamAsn::EndClass(void)
  806. {
  807.     EndBlock();
  808. }
  810. void CObjectOStreamAsn::BeginClassMember(const CMemberId& id)
  811. {
  812.     NextElement();
  814.     WriteMemberId(id);
  815. }
  817. #ifdef VIRTUAL_MID_LEVEL_IO
  818. void CObjectOStreamAsn::WriteClass(const CClassTypeInfo* classType,
  819.                                    TConstObjectPtr classPtr)
  820. {
  821.     StartBlock();
  822.     
  823.     for ( CClassTypeInfo::CIterator i(classType); i.Valid(); ++i ) {
  824.         classType->GetMemberInfo(*i)->WriteMember(*this, classPtr);
  825.     }
  826.     
  827.     EndBlock();
  828. }
  830. void CObjectOStreamAsn::WriteClassMember(const CMemberId& memberId,
  831.                                          TTypeInfo memberType,
  832.                                          TConstObjectPtr memberPtr)
  833. {
  834.     NextElement();
  836.     BEGIN_OBJECT_FRAME2(eFrameClassMember, memberId);
  837.     
  838.     WriteMemberId(memberId);
  839.     
  840.     WriteObject(memberPtr, memberType);
  842.     END_OBJECT_FRAME();
  843. }
  845. bool CObjectOStreamAsn::WriteClassMember(const CMemberId& memberId,
  846.                                          const CDelayBuffer& buffer)
  847. {
  848.     if ( !buffer.HaveFormat(eSerial_AsnText) )
  849.         return false;
  851.     NextElement();
  853.     BEGIN_OBJECT_FRAME2(eFrameClassMember, memberId);
  854.     
  855.     WriteMemberId(memberId);
  856.     
  857.     Write(buffer.GetSource());
  859.     END_OBJECT_FRAME();
  861.     return true;
  862. }
  864. void CObjectOStreamAsn::CopyClassRandom(const CClassTypeInfo* classType,
  865.                                         CObjectStreamCopier& copier)
  866. {
  867.     BEGIN_OBJECT_FRAME_OF2(copier.In(), eFrameClass, classType);
  868.     copier.In().BeginClass(classType);
  870.     StartBlock();
  872.     vector<bool> read(classType->GetMembers().LastIndex() + 1);
  874.     BEGIN_OBJECT_2FRAMES_OF(copier, eFrameClassMember);
  876.     TMemberIndex index;
  877.     while ( (index = copier.In().BeginClassMember(classType)) !=
  878.             kInvalidMember ) {
  879.         const CMemberInfo* memberInfo = classType->GetMemberInfo(index);
  880.         copier.In().SetTopMemberId(memberInfo->GetId());
  881.         SetTopMemberId(memberInfo->GetId());
  883.         if ( read[index] ) {
  884.             copier.DuplicatedMember(memberInfo);
  885.         }
  886.         else {
  887.             read[index] = true;
  889.             NextElement();
  890.             WriteMemberId(memberInfo->GetId());
  892.             memberInfo->CopyMember(copier);
  893.         }
  894.         
  895.         copier.In().EndClassMember();
  896.     }
  898.     END_OBJECT_2FRAMES_OF(copier);
  900.     // init all absent members
  901.     for ( CClassTypeInfo::CIterator i(classType); i.Valid(); ++i ) {
  902.         if ( !read[*i] ) {
  903.             classType->GetMemberInfo(*i)->CopyMissingMember(copier);
  904.         }
  905.     }
  907.     EndBlock();
  909.     copier.In().EndClass();
  910.     END_OBJECT_FRAME_OF(copier.In());
  911. }
  913. void CObjectOStreamAsn::CopyClassSequential(const CClassTypeInfo* classType,
  914.                                             CObjectStreamCopier& copier)
  915. {
  916.     BEGIN_OBJECT_FRAME_OF2(copier.In(), eFrameClass, classType);
  917.     copier.In().BeginClass(classType);
  919.     StartBlock();
  921.     CClassTypeInfo::CIterator pos(classType);
  922.     BEGIN_OBJECT_2FRAMES_OF(copier, eFrameClassMember);
  924.     TMemberIndex index;
  925.     while ( (index = copier.In().BeginClassMember(classType, *pos)) !=
  926.             kInvalidMember ) {
  927.         const CMemberInfo* memberInfo = classType->GetMemberInfo(index);
  928.         copier.In().SetTopMemberId(memberInfo->GetId());
  929.         SetTopMemberId(memberInfo->GetId());
  931.         for ( TMemberIndex i = *pos; i < index; ++i ) {
  932.             // init missing member
  933.             classType->GetMemberInfo(i)->CopyMissingMember(copier);
  934.         }
  936.         NextElement();
  937.         WriteMemberId(memberInfo->GetId());
  938.         
  939.         memberInfo->CopyMember(copier);
  940.         
  941.         pos.SetIndex(index + 1);
  943.         copier.In().EndClassMember();
  944.     }
  946.     END_OBJECT_2FRAMES_OF(copier);
  948.     // init all absent members
  949.     for ( ; pos.Valid(); ++pos ) {
  950.         classType->GetMemberInfo(*pos)->CopyMissingMember(copier);
  951.     }
  953.     EndBlock();
  955.     copier.In().EndClass();
  956.     END_OBJECT_FRAME_OF(copier.In());
  957. }
  958. #endif
  960. void CObjectOStreamAsn::BeginChoiceVariant(const CChoiceTypeInfo* ,
  961.                                            const CMemberId& id)
  962. {
  963.     WriteMemberId(id);
  964. }
  966. #ifdef VIRTUAL_MID_LEVEL_IO
  967. void CObjectOStreamAsn::WriteChoice(const CChoiceTypeInfo* choiceType,
  968.                                     TConstObjectPtr choicePtr)
  969. {
  970.     TMemberIndex index = choiceType->GetIndex(choicePtr);
  971.     const CVariantInfo* variantInfo = choiceType->GetVariantInfo(index);
  972.     BEGIN_OBJECT_FRAME2(eFrameChoiceVariant, variantInfo->GetId());
  974.     WriteMemberId(variantInfo->GetId());
  975.     
  976.     variantInfo->WriteVariant(*this, choicePtr);
  978.     END_OBJECT_FRAME();
  979. }
  981. void CObjectOStreamAsn::CopyChoice(const CChoiceTypeInfo* choiceType,
  982.                                    CObjectStreamCopier& copier)
  983. {
  984.     BEGIN_OBJECT_FRAME_OF2(copier.In(), eFrameChoice, choiceType);
  985.     copier.In().BeginChoice(choiceType);
  986.     BEGIN_OBJECT_2FRAMES_OF(copier, eFrameChoiceVariant);
  987.     TMemberIndex index = copier.In().BeginChoiceVariant(choiceType);
  988.     if ( index == kInvalidMember ) {
  989.         copier.ThrowError(CObjectIStream::fFormatError,
  990.                           "choice variant id expected");
  991.     }
  993.     const CVariantInfo* variantInfo = choiceType->GetVariantInfo(index);
  994.     copier.In().SetTopMemberId(variantInfo->GetId());
  995.     copier.Out().SetTopMemberId(variantInfo->GetId());
  996.     WriteMemberId(variantInfo->GetId());
  998.     variantInfo->CopyVariant(copier);
  1000.     copier.In().EndChoiceVariant();
  1001.     END_OBJECT_2FRAMES_OF(copier);
  1002.     copier.In().EndChoice();
  1003.     END_OBJECT_FRAME_OF(copier.In());
  1004. }
  1005. #endif
  1007. void CObjectOStreamAsn::BeginBytes(const ByteBlock& )
  1008. {
  1009.     m_Output.PutChar(''');
  1010. }
  1012. static const char HEX[] = "0123456789ABCDEF";
  1014. void CObjectOStreamAsn::WriteBytes(const ByteBlock& ,
  1015.                                    const char* bytes, size_t length)
  1016. {
  1017.     while ( length-- > 0 ) {
  1018.         char c = *bytes++;
  1019.         m_Output.WrapAt(78, false);
  1020.         m_Output.PutChar(HEX[(c >> 4) & 0xf]);
  1021.         m_Output.PutChar(HEX[c & 0xf]);
  1022.     }
  1023. }
  1025. void CObjectOStreamAsn::EndBytes(const ByteBlock& )
  1026. {
  1027.     m_Output.WrapAt(78, false);
  1028.     m_Output.PutString("'H");
  1029. }
  1031. void CObjectOStreamAsn::BeginChars(const CharBlock& )
  1032. {
  1033.     m_Output.PutChar('"');
  1034. }
  1036. void CObjectOStreamAsn::WriteChars(const CharBlock& ,
  1037.                                    const char* chars, size_t length)
  1038. {
  1039.     while ( length > 0 ) {
  1040.         char c = *chars++;
  1041.         FixVisibleChar(c, m_FixMethod, m_Output.GetLine());
  1042.         --length;
  1043.         m_Output.WrapAt(78, true);
  1044.         m_Output.PutChar(c);
  1045.         if ( c == '"' )
  1046.             m_Output.PutChar('"');
  1047.     }
  1048. }
  1050. void CObjectOStreamAsn::EndChars(const CharBlock& )
  1051. {
  1052.     m_Output.WrapAt(78, false);
  1053.     m_Output.PutChar('"');
  1054. }
  1057. void CObjectOStreamAsn::WriteSeparator(void)
  1058. {
  1059.     m_Output.PutString(GetSeparator());
  1060.     FlushBuffer();
  1061. }
  1064. END_NCBI_SCOPE