生物技术

开发平台：
C/C++

memberlist.cpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: memberlist.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:40:33  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.36
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
/*  $Id: memberlist.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:40:33 gouriano Exp $
* ===========================================================================
*
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
*               National Center for Biotechnology Information
*
*  This software/database is a "United States Government Work" under the
*  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
*  the author's official duties as a United States Government employee and
*  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
*  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
*  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
*
*  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
*  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
*  Government do not and cannot warrant the performance or results that
*  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
*  Government disclaim all warranties, express or implied, including
*  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
*  purpose.
*
*  Please cite the author in any work or product based on this material.
*
* ===========================================================================
*
* Author: Eugene Vasilchenko
*
* File Description:
*   !!! PUT YOUR DESCRIPTION HERE !!!
*
* ---------------------------------------------------------------------------
* $Log: memberlist.cpp,v $
* Revision 1000.2  2004/06/01 19:40:33  gouriano
* PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.36
*
* Revision 1.36  2004/05/17 21:03:02  gorelenk
* Added include of PCH ncbi_pch.hpp
*
* Revision 1.35  2004/01/08 17:37:04  gouriano
* Added possibility to search for container members, that could be empty
*
* Revision 1.34  2003/03/26 16:14:22  vasilche
* Removed TAB symbols. Some formatting.
*
* Revision 1.33  2003/03/10 18:54:25  gouriano
* use new structured exceptions (based on CException)
*
* Revision 1.32  2002/12/26 19:28:52  gouriano
* elaborated FindDeep method
*
* Revision 1.31  2002/11/26 22:12:52  gouriano
* elaborated FindDeep to handle more complex elements
*
* Revision 1.30  2002/11/20 21:23:56  gouriano
* added FindDeep method - to search the whole class type tree
*
* Revision 1.29  2002/09/19 20:05:44  vasilche
* Safe initialization of static mutexes
*
* Revision 1.28  2002/09/06 13:25:36  vasilche
* Fixed cast error on Sun
*
* Revision 1.27  2002/09/05 21:21:44  vasilche
* Added mutex for items map
*
* Revision 1.26  2002/01/24 23:30:01  vakatov
* Note for ourselves that the bug workaround "BW_010" is not needed
* anymore, and we should get rid of it in about half a year
*
* Revision 1.25  2001/10/15 19:48:26  vakatov
* Use two #if's instead of "#if ... && ..." as KAI cannot handle #if x == y
*
* Revision 1.24  2001/09/04 17:04:02  vakatov
* Extended workaround for the SUN Forte 6 Update 1 compiler internal bug
* to all higher versions of the compiler, as Update 2 also has this the
* same bug!
*
* Revision 1.23  2001/08/20 20:23:19  vakatov
* Workaround for the SUN Forte 6 Update 1 compiler internal bug.
*
* Revision 1.22  2000/10/03 17:22:43  vasilche
* Reduced header dependency.
* Reduced size of debug libraries on WorkShop by 3 times.
* Fixed tag allocation for parent classes.
* Fixed CObject allocation/deallocation in streams.
* Moved instantiation of several templates in separate source file.
*
* Revision 1.21  2000/09/28 16:29:41  vasilche
* Reverted back changes in processing parent classes.
* It causes exceptions with map container.
*
* Revision 1.20  2000/09/26 17:38:21  vasilche
* Fixed incomplete choiceptr implementation.
* Removed temporary comments.
*
* Revision 1.19  2000/09/18 20:00:22  vasilche
* Separated CVariantInfo and CMemberInfo.
* Implemented copy hooks.
* All hooks now are stored in CTypeInfo/CMemberInfo/CVariantInfo.
* Most type specific functions now are implemented via function pointers instead of virtual functions.
*
* Revision 1.18  2000/09/01 13:16:15  vasilche
* Implemented class/container/choice iterators.
* Implemented CObjectStreamCopier for copying data without loading into memory.
*
* Revision 1.17  2000/08/15 19:44:47  vasilche
* Added Read/Write hooks:
* CReadObjectHook/CWriteObjectHook for objects of specified type.
* CReadClassMemberHook/CWriteClassMemberHook for specified members.
* CReadChoiceVariantHook/CWriteChoiceVariant for specified choice variants.
* CReadContainerElementHook/CWriteContainerElementsHook for containers.
*
* Revision 1.16  2000/07/03 18:42:44  vasilche
* Added interface to typeinfo via CObjectInfo and CConstObjectInfo.
* Reduced header dependency.
*
* Revision 1.15  2000/06/16 16:31:19  vasilche
* Changed implementation of choices and classes info to allow use of the same classes in generated and user written classes.
*
* Revision 1.14  2000/06/07 19:45:58  vasilche
* Some code cleaning.
* Macros renaming in more clear way.
* BEGIN_NAMED_*_INFO, ADD_*_MEMBER, ADD_NAMED_*_MEMBER.
*
* Revision 1.13  2000/06/01 19:07:03  vasilche
* Added parsing of XML data.
*
* Revision 1.12  2000/05/24 20:08:47  vasilche
* Implemented XML dump.
*
* Revision 1.11  2000/04/10 21:01:49  vasilche
* Fixed Erase for map/set.
* Added iteratorbase.hpp header for basic internal classes.
*
* Revision 1.10  2000/04/10 18:01:57  vasilche
* Added Erase() for STL types in type iterators.
*
* Revision 1.9  2000/03/29 15:55:27  vasilche
* Added two versions of object info - CObjectInfo and CConstObjectInfo.
* Added generic iterators by class -
* 	CTypeIterator<class>, CTypeConstIterator<class>,
* 	CStdTypeIterator<type>, CStdTypeConstIterator<type>,
* 	CObjectsIterator and CObjectsConstIterator.
*
* Revision 1.8  2000/02/01 21:47:22  vasilche
* Added CGeneratedChoiceTypeInfo for generated choice classes.
* Added buffering to CObjectIStreamAsn.
* Removed CMemberInfo subclasses.
* Added support for DEFAULT/OPTIONAL members.
*
* Revision 1.7  2000/01/10 19:46:39  vasilche
* Fixed encoding/decoding of REAL type.
* Fixed encoding/decoding of StringStore.
* Fixed encoding/decoding of NULL type.
* Fixed error reporting.
* Reduced object map (only classes).
*
* Revision 1.6  1999/10/04 16:22:16  vasilche
* Fixed bug with old ASN.1 structures.
*
* Revision 1.5  1999/07/22 19:40:55  vasilche
* Fixed bug with complex object graphs (pointers to members of other objects).
*
* Revision 1.4  1999/07/14 18:58:08  vasilche
* Fixed ASN.1 types/field naming.
*
* Revision 1.3  1999/07/07 18:18:32  vasilche
* Fixed some bugs found by MS VC++
*
* Revision 1.2  1999/07/01 17:55:29  vasilche
* Implemented ASN.1 binary write.
*
* Revision 1.1  1999/06/30 16:04:52  vasilche
* Added support for old ASN.1 structures.
*
* ===========================================================================
*/
#include <ncbi_pch.hpp>
#include <corelib/ncbistd.hpp>
#include <serial/exception.hpp>
#include <serial/memberlist.hpp>
#include <serial/memberid.hpp>
#include <serial/member.hpp>
#include <serial/classinfob.hpp>
#include <serial/continfo.hpp>
#include <serial/ptrinfo.hpp>
#include <corelib/ncbiutil.hpp>
#include <corelib/ncbithr.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
CItemsInfo::CItemsInfo(void)
    : m_ZeroTagIndex(kInvalidMember)
{
}
CItemsInfo::~CItemsInfo(void)
{
// NOTE:  This compiler bug was fixed by Jan 24 2002, test passed with:
//           CC: Sun WorkShop 6 update 2 C++ 5.3 Patch 111685-03 2001/10/19
//        We leave the workaround here for maybe half a year (for other guys).
#if defined(NCBI_COMPILER_WORKSHOP)
// We have to use two #if's here because KAI C++ cannot handle #if foo == bar
#  if (NCBI_COMPILER_VERSION == 530)
    // BW_010::  to workaround (already reported to SUN, CASE ID 62563729)
    //           internal bug of the SUN Forte 6 Update 1 and Update 2 compiler
    (void) atoi("5");
#  endif
#endif
}
void CItemsInfo::AddItem(CItemInfo* item)
{
    // clear cached maps (byname and bytag)
    m_ItemsByName.reset(0);
    m_ZeroTagIndex = kInvalidMember;
    m_ItemsByTag.reset(0);
    m_ItemsByOffset.reset(0);
    // update item's tag
    if ( !item->GetId().HaveExplicitTag() ) {
        TTag tag = CMemberId::eFirstTag;
        if ( !Empty() ) {
            TMemberIndex lastIndex = LastIndex();
            const CItemInfo* lastItem = GetItemInfo(lastIndex);
            if ( lastIndex != FirstIndex() ||
                 !lastItem->GetId().HaveParentTag() )
                tag = lastItem->GetId().GetTag() + 1;
        }
        item->GetId().SetTag(tag, false);
    }
    // add item
    m_Items.push_back(AutoPtr<CItemInfo>(item));
    item->m_Index = LastIndex();
}
DEFINE_STATIC_FAST_MUTEX(s_ItemsMapMutex);
const CItemsInfo::TItemsByName& CItemsInfo::GetItemsByName(void) const
{
    TItemsByName* items = m_ItemsByName.get();
    if ( !items ) {
        CFastMutexGuard GUARD(s_ItemsMapMutex);
        items = m_ItemsByName.get();
        if ( !items ) {
            auto_ptr<TItemsByName> keep(items = new TItemsByName);
            for ( CIterator i(*this); i.Valid(); ++i ) {
                const CItemInfo* itemInfo = GetItemInfo(i);
                const string& name = itemInfo->GetId().GetName();
                if ( !items->insert(TItemsByName::value_type(name, *i)).second ) {
                    if ( !name.empty() )
                        NCBI_THROW(CSerialException,eInvalidData,
                            string("duplicate member name: ")+name);
                }
            }
            m_ItemsByName = keep;
        }
    }
    return *items;
}
const CItemsInfo::TItemsByOffset&
CItemsInfo::GetItemsByOffset(void) const
{
    TItemsByOffset* items = m_ItemsByOffset.get();
    if ( !items ) {
        CFastMutexGuard GUARD(s_ItemsMapMutex);
        items = m_ItemsByOffset.get();
        if ( !items ) {
            // create map
            auto_ptr<TItemsByOffset> keep(items = new TItemsByOffset);
            // fill map 
            for ( CIterator i(*this); i.Valid(); ++i ) {
                const CItemInfo* itemInfo = GetItemInfo(i);
                size_t offset = itemInfo->GetOffset();
                if ( !items->insert(TItemsByOffset::value_type(offset, *i)).second ) {
                    NCBI_THROW(CSerialException,eInvalidData, "conflict member offset");
                }
            }
/*
        // check overlaps
        size_t nextOffset = 0;
        for ( TItemsByOffset::const_iterator m = members->begin();
              m != members->end(); ++m ) {
            size_t offset = m->first;
            if ( offset < nextOffset ) {
                NCBI_THROW(CSerialException,eInvalidData,
                             "overlapping members");
            }
            nextOffset = offset + m_Members[m->second]->GetSize();
        }
*/
            m_ItemsByOffset = keep;
        }
    }
    return *items;
}
pair<TMemberIndex, const CItemsInfo::TItemsByTag*>
CItemsInfo::GetItemsByTagInfo(void) const
{
    typedef pair<TMemberIndex, const TItemsByTag*> TReturn;
    TReturn ret(m_ZeroTagIndex, m_ItemsByTag.get());
    if ( ret.first == kInvalidMember && ret.second == 0 ) {
        CFastMutexGuard GUARD(s_ItemsMapMutex);
        ret = TReturn(m_ZeroTagIndex, m_ItemsByTag.get());
        if ( ret.first == kInvalidMember && ret.second == 0 ) {
            {
                CIterator i(*this);
                if ( i.Valid() ) {
                    ret.first = *i-GetItemInfo(i)->GetId().GetTag();
                    for ( ++i; i.Valid(); ++i ) {
                        if ( ret.first != *i-GetItemInfo(i)->GetId().GetTag() ) {
                            ret.first = kInvalidMember;
                            break;
                        }
                    }
                }
            }
            if ( ret.first != kInvalidMember ) {
                m_ZeroTagIndex = ret.first;
            }
            else {
                auto_ptr<TItemsByTag> items(new TItemsByTag);
                for ( CIterator i(*this); i.Valid(); ++i ) {
                    const CItemInfo* itemInfo = GetItemInfo(i);
                    TTag tag = itemInfo->GetId().GetTag();
                    if ( !items->insert(TItemsByTag::value_type(tag, *i)).second ) {
                        NCBI_THROW(CSerialException,eInvalidData, "duplicate member tag");
                    }
                }
                ret.second = items.get();
                m_ItemsByTag = items;
            }
        }
    }
    return ret;
}
TMemberIndex CItemsInfo::Find(const CLightString& name) const
{
    const TItemsByName& items = GetItemsByName();
    TItemsByName::const_iterator i = items.find(name);
    if ( i == items.end() )
        return kInvalidMember;
    return i->second;
}
TMemberIndex CItemsInfo::FindDeep(const CLightString& name) const
{
    TMemberIndex ind = Find(name);
    if (ind != kInvalidMember) {
        return ind;
    }
    for (CIterator item(*this); item.Valid(); ++item) {
        const CItemInfo* info = GetItemInfo(item);
        const CMemberId& id = info->GetId();
        if (!id.IsAttlist() && id.HasNotag()) {
            const CTypeInfo* type;
            for (type = info->GetTypeInfo();;) {
                if (type->GetTypeFamily() == eTypeFamilyContainer) {
                    const CContainerTypeInfo* cont =
                        dynamic_cast<const CContainerTypeInfo*>(type);
                    if (cont) {
                        type = cont->GetElementType();
                    }
                } else if (type->GetTypeFamily() == eTypeFamilyPointer) {
                    const CPointerTypeInfo* ptr =
                        dynamic_cast<const CPointerTypeInfo*>(type);
                    if (ptr) {
                        type = ptr->GetPointedType();
                    }
                } else {
                    break;
                }
            }
            const CClassTypeInfoBase* classType =
                dynamic_cast<const CClassTypeInfoBase*>(type);
            if (classType) {
                if (classType->GetItems().FindDeep(name) != kInvalidMember) {
                    return *item;
                }
            }
        }
    }
    return kInvalidMember;
}
TMemberIndex CItemsInfo::FindEmpty(void) const
{
    for (CIterator item(*this); item.Valid(); ++item) {
        const CItemInfo* info = GetItemInfo(item);
        if (info->GetId().IsAttlist()) {
            continue;
        }
        const CTypeInfo* type;
        for (type = info->GetTypeInfo();;) {
            if (type->GetTypeFamily() == eTypeFamilyContainer) {
                // container may be empty
                return *item;
            } else if (type->GetTypeFamily() == eTypeFamilyPointer) {
                const CPointerTypeInfo* ptr =
                    dynamic_cast<const CPointerTypeInfo*>(type);
                if (ptr) {
                    type = ptr->GetPointedType();
                }
            } else {
                break;
            }
        }
    }
    return kInvalidMember;
}
TMemberIndex CItemsInfo::Find(const CLightString& name, TMemberIndex pos) const
{
    for ( CIterator i(*this, pos); i.Valid(); ++i ) {
        if ( name == GetItemInfo(i)->GetId().GetName() )
            return *i;
    }
    return kInvalidMember;
}
TMemberIndex CItemsInfo::Find(TTag tag) const
{
    pair<TMemberIndex, const TItemsByTag*> info = GetItemsByTagInfo();
    if ( info.first != kInvalidMember ) {
        TMemberIndex index = tag + m_ZeroTagIndex;
        if ( index < FirstIndex() || index > LastIndex() )
            return kInvalidMember;
        return index;
    }
    else {
        TItemsByTag::const_iterator mi = info.second->find(tag);
        if ( mi == info.second->end() )
            return kInvalidMember;
        return mi->second;
    }
}
TMemberIndex CItemsInfo::Find(TTag tag, TMemberIndex pos) const
{
    pair<TMemberIndex, const TItemsByTag*> info = GetItemsByTagInfo();
    if ( info.first != kInvalidMember ) {
        TMemberIndex index = tag + m_ZeroTagIndex;
        if ( index < pos || index > LastIndex() )
            return kInvalidMember;
        return index;
    }
    else {
        for ( CIterator i(*this, pos); i.Valid(); ++i ) {
            if ( GetItemInfo(i)->GetId().GetTag() == tag )
                return *i;
        }
        return kInvalidMember;
    }
}
END_NCBI_SCOPE

						