生物技术

开发平台：
C/C++

view_graphic.cpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: view_graphic.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.7  2004/06/01 20:59:43  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.64
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
/*  $Id: view_graphic.cpp,v 1000.7 2004/06/01 20:59:43 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
 *
 *  This software / database is a "United States Government Work" under the
 *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 *  the author's official duties as a United States Government employee and
 *  thus cannot be copyrighted.  This software / database is freely available
 *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
 *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
 *
 *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
 *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
 *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
 *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
 *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
 *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
 *  purpose.
 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
 * ===========================================================================
 *
 * Authors:  Mike DiCuccio
 *
 * File Description:
 *    User-modifiable portion of main graphical sequence viewer class
 */
#include <ncbi_pch.hpp>
#include "view_graphic.hpp"
#include <gui/core/doc_manager.hpp>
#include <gui/core/idocument.hpp>
#include <gui/core/selection_buffer.hpp>
#include <gui/core/version.hpp>
#include <gui/core/view_exception.hpp>
#include <gui/core/plugin_utils.hpp>
#include <gui/plugin/PluginRequest.hpp>
#include <gui/plugin/PluginCommand.hpp>
#include <gui/plugin/PluginCommandSet.hpp>
#include <gui/plugin/PluginValue.hpp>
#include <util/range.hpp>
#include <objmgr/util/sequence.hpp>
#include <gui/widgets/seq_graphic/seqgraphic_conf.hpp>
#include <gui/widgets/seq_graphic/seqgraphic_ds.hpp>
#include <gui/dialogs/config/theme_config_panel.hpp>
// #include <gui/dialogs/config/theme_config_panel2.hpp>
#include <gui/dialogs/config/theme_mediator.hpp>
#include <gui/dialogs/config/theme_dlg.hpp>
// #include <gui/dialogs/config/config_dlg.hpp>
#include <gui/config/settings.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
// We include the generated _.cpp file here.  This avoids a nasty bug in some
// versions of gcc in which inline functions are not intantiated.
#include "view_graphic_.cpp"
void CViewGraphic::GetInfo(CPluginInfo& info)
{
    info.Reset();
    info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
                 string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
                 "CViewGraphic", "Graphical View",
                 "Graphical view of sequence and features", "");
    // command info
    CPluginCommandSet& cmds = info.SetCommands();
    CPluginCommand&    args = cmds.AddViewCommand(eViewCommand_new_view);
    args.AddArgument("loc", "Location to display",
                     CSeq_loc::GetTypeInfo());
}
DEFINE_MENU(ToolBarMenu)
    MENU_ITEM(eCmdPrevExon, "Prev. Exon")
    MENU_ITEM(eCmdNextExon, "Next. Exon")
END_MENU()
BEGIN_CMD_MAP(CViewGraphic, CCommandTarget)
    //ON_COMMAND(eCmdPrevExon, &CViewGraphic::x_OnPrevExon)
    //ON_COMMAND(eCmdNextExon, &CViewGraphic::x_OnNextExon)
END_CMD_MAP()
void CViewGraphic::x_OnPrevExon()
{
    m_SeqWidget->OnPrevExon();
}
void CViewGraphic::x_OnNextExon()
{
    m_SeqWidget->OnNextExon();
}
CViewGraphic::CViewGraphic(const CPluginMessage& msg, const string& pool_name)
    : CView()
{
    m_Window.reset(x_CreateWindow());
    m_ToolBar->SetItems(ToolBarMenu);
    m_ToolBar->SetCmdTarget(this);
    AddChildCmdTarget(m_SeqWidget);
    
    // decode the argument
    const CPluginCommand& args = msg.GetRequest().GetCommand();
    const CPluginArg& arg = args["loc"];
    const CSeq_loc& loc = dynamic_cast<const CSeq_loc&> (arg.AsObject());
    const IDocument* doc = arg.GetDocument();
    // assign to our core components
    x_SetDocument(*doc);
    m_SeqId.Reset(&sequence::GetId(loc));
    // create the configuration object.
    CRef<CPluginConfigCache> thePCC
        (&CDocManager::GetSettings().SetPluginConfig());
    CRef<CSeqGraphicConfig> configSettings(new CSeqGraphicConfig(thePCC));
    x_SetConfig(configSettings);
 
    // create our data source
    m_DataSource.Reset
        (new CSeqGraphicDataSource(m_Document->GetScope(), *m_SeqId));
    m_SeqWidget->SetDataSource(m_DataSource);
    // set our visible range
    CRef<CSeq_loc> seq_loc(new CSeq_loc);
    // get sequence range
    TSeqRange range = loc.GetTotalRange();
    m_SeqWidget->ZoomOnRange(range);
    // Set  seq loc with the range 
    seq_loc->SetInt().SetFrom(range.GetFrom());
    seq_loc->SetInt().SetTo  (range.GetTo());
    seq_loc->SetId(*m_SeqId);
    SetVisibleRange(*seq_loc);
    // create the dynamic menu managers
    m_ViewMenuMgr.reset
        (new CViewMenuMgr(m_MenuBar, "View", m_SeqWidget, pool_name));
    m_ToolMenuMgr.reset
        (new CAlgoMenuMgr(m_MenuBar, "Tools", m_SeqWidget));
}
void CViewGraphic::OnDocumentChanged()
{
    // if our document has changed, we clear our selections because they
    // may no longer be valid
    SetSelBuffer().Clear();
    // set our window title as well
    SetTitle(x_GetTitle(m_DataSource->GetBioseqHandle()));
    m_SeqWidget->redraw();
    //
    // fill our dynamic menus
    //
    x_UpdateDynMenus();
}
void CViewGraphic::OnSelectionChanged(const CSelectionBuffer& buf)
{
    SetSelBuffer().Copy(buf);
    m_SeqWidget->ClearSelection();
    TConstScopedObjects sels = GetSelBuffer().DecomposeToPairs();
    ITERATE (TConstScopedObjects, iter, sels) {
        SConstScopedObject cso = *iter;
        const IDocument* doc = CDocManager::GetDocumentFromScope(*cso.scope);
        const CObject* obj   = cso.object;
        // only accept selections for the current document
        if ( doc != m_Document) {
            continue;
        }
        // select ranges on sequence
        const CSeq_loc* loc = dynamic_cast<const CSeq_loc*>(obj);
        if (loc) {
            m_SeqWidget->SelectSeqLoc(loc);
        } else {
            m_SeqWidget->SelectObject(obj);
        }
    }
    //
    // fill our dynamic menus
    //
    x_UpdateDynMenus();
}
void CViewGraphic::OnVisibleRangeChanged(const CSeq_loc& loc)
{
    SetVisibleRange(loc);
}
void CViewGraphic::x_UpdateDynMenus()
{
    // view menu first
    m_ToolMenuMgr->Clear();
    m_ViewMenuMgr->Clear();
    if ( !GetSelBuffer() ) {
        SetSelBuffer().AddSelection(GetDocument(), *m_SeqId);
    }
    m_ViewMenuMgr->AddActiveViews(GetDocument());
    m_ViewMenuMgr->AddNewViews();
    m_ToolMenuMgr->AddAlgoMenu();
    // m_PopupMenu was "eating" mouse move events. The tooltips never come up in the widget.
    //m_PopupMenu->copy(m_MenuBar->menu());
}
const string& CViewGraphic::GetTitle(void) const
{
    static string s_str("Graphical View");
    return s_str;
}
void CViewGraphic::SetVisibleRange(const CSeq_loc& loc)
{
    // call the base class
    CView::SetVisibleRange(loc);
    // do our widget-specific things
    TSeqRange range = loc.GetTotalRange();
    m_SeqWidget->ZoomOnRange(range);
    m_SeqWidget->redraw();
    //x_UpdateDynMenus();
}
void CViewGraphic::SetFeatureFocus(const CSeq_feat& feat)
{
}
void CViewGraphic::x_Print(const CPrintOptions& opts)
{
    m_SeqWidget->Print(opts);
}
void CViewGraphic::x_PanelCallback()
{
    vector< CRef<CSeq_loc> > locs = m_SeqWidget->GetSelectedSeqLocs();
    TConstObjects objs = m_SeqWidget->GetSelectedObjects();
    bool update_menus = false;
    if (locs.size()  ||  objs.size()) {
        // retrieve selections
        // selections come in two forms: sets of layout objects and sets of
        // seq-locs representing selected ranges
        SetSelBuffer().Clear();
        // seq-locs first
        ITERATE(vector< CRef<CSeq_loc> >, loc_iter, locs) {
            SetSelBuffer().AddSelection(GetDocument(), **loc_iter);
        }
        // now, selected layout objects
        ITERATE(TConstObjects, obj_iter, objs) {
            const CObject& obj = obj_iter->GetObject();
            SetSelBuffer().AddSelection(GetDocument(), obj);
        }
        update_menus = true;
    } else if (GetSelBuffer()) {
        SetSelBuffer().Clear();
        update_menus = true;
    }
    // Handle a visible range change
    if (m_SeqWidget->VisibleRangeChanged()) {
        TSeqRange range = m_SeqWidget->GetVisibleRange();
        // Set  seq loc with the range 
        CRef<CSeq_loc> loc(new CSeq_loc);
        loc->SetInt().SetFrom(range.GetFrom());
        loc->SetInt().SetTo  (range.GetTo());
		loc->SetId(*m_SeqId);
        SetVisibleRange(*loc);
        // Post a message the the visible range changed
        PostVisibleRangeChanged(GetVisibleRange());
        // Reset the panel's VisibleRangeChanged flag
        m_SeqWidget->ResetVisibleRangeChanged();
        update_menus = true;
    }     
    if (update_menus) {
        x_UpdateDynMenus();
        PostSelectionChanged(GetSelBuffer());
    }
}
void CViewGraphic:: x_OnZoomToSequence()
{
    m_SeqWidget->SetZoomX( 1.0f );
}
void CViewGraphic:: x_OnFitToWindow()
{
    m_SeqWidget->SetZoomX( 0.0f );
}
void CViewGraphic::x_SetConfig(CRef<CSeqGraphicConfig> config)
{
    m_ConfigSettings = config;
    m_SeqWidget->SetConfig(m_ConfigSettings);
}
void CViewGraphic::x_OnPreferences()
{
    // create panel
    //CFeatConfigPanel  preference_panel;
    CThemeConfigPanel   preference_panel;
    // CThemeConfigPanel2   preference_panel;
    // preference_panel.SetLayoutDirection(CThemeConfigPanel2::eLayoutDirection_Vertical);
      
    // create configuration mediator from data set and panel
    // CFeatConfigMediator preference_mediator(*m_ConfigSettings, preference_panel);
    CThemeMediator preference_mediator(*m_ConfigSettings, preference_panel);
    // create and display dialog given the mediator.
    // CConfigDlg preference_dialog(preference_mediator);
    CThemeDlg  preference_dialog(preference_mediator);
    EDialogReturnValue dlg_ret = preference_dialog.ShowModal();
    if (eCancel == dlg_ret) {
        return;
    }
    // when dialog is done, save values to persistent storage (plugin config cache file).
    CDocManager::GetSettings().SavePluginConfig();
    
    // redraw and change settings to show the changes in the preferences.
    m_SeqWidget->UpdateConfig();
}
END_NCBI_SCOPE
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: view_graphic.cpp,v $
 * Revision 1000.7  2004/06/01 20:59:43  gouriano
 * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.64
 *
 * Revision 1.64  2004/05/21 22:27:49  gorelenk
 * Added PCH ncbi_pch.hpp
 *
 * Revision 1.63  2004/04/16 14:45:01  dicuccio
 * Code clean-up.  Use TConstObjects for passing / retrieving selections.  Use seq
 * graphic widget for marshalling selections
 *
 * Revision 1.62  2004/04/07 13:05:10  dicuccio
 * Changed view API - require CPluginMessage instead of CPluginArgSet
 *
 * Revision 1.61  2004/03/12 16:01:39  lebedev
 * Command map added. Ability to move between selected feature exon added.
 *
 * Revision 1.60  2004/03/11 17:46:58  dicuccio
 * Use TSeqRange instead of TRange
 *
 * Revision 1.59  2004/02/17 20:35:28  rsmith
 * moved core/settings.[ch]pp and core/system_path.[ch]pp to config and utils, respectively.
 *
 * Revision 1.58  2004/02/02 18:48:00  rsmith
 * commented out alternate preference panel
 *
 * Revision 1.57  2004/01/27 16:16:26  lebedev
 * Interfaces for view to view communication implemented
 *
 * Revision 1.56  2004/01/20 20:36:36  rsmith
 * Call the widget's UpdateConfig, not just redraw, after changing the configuration object.
 *
 * Revision 1.55  2004/01/20 14:11:19  rsmith
 * configuration done with a Theme dialog.
 *
 * Revision 1.54  2003/12/30 15:03:21  dicuccio
 * Fixed for change in file locations
 *
 * Revision 1.53  2003/12/29 20:18:05  rsmith
 * (correction to previous commit log) Move config settings initialization higher in the constructor since other members cstrs depend on it.
 *
 * Revision 1.52  2003/12/29 20:09:39  rsmith
 * add feat_config_list include (NOT: See next log.)
 *
 * Revision 1.51  2003/12/22 19:31:36  dicuccio
 * Lots of changes.  Added better handling of messages received from other views.
 * Initial attempt at passing in selections (not entirely working)
 *
 * Revision 1.50  2003/12/22 13:02:18  lebedev
 * Plugin updated to use new datasource
 *
 * Revision 1.49  2003/11/27 20:22:05  ucko
 * Don't try to introduce const in static_cast<>.
 *
 * Revision 1.48  2003/11/26 19:48:40  friedman
 * Added handling rceiving visible range change
 *
 * Revision 1.47  2003/11/24 15:45:44  dicuccio
 * Renamed CVersion to CPluginVersion
 *
 * Revision 1.46  2003/11/19 20:43:59  friedman
 * Added detecting visible range change and posting a message
 *
 * Revision 1.45  2003/11/18 20:44:32  rsmith
 * Add configuration object and preference dialog.
 *
 * Revision 1.44  2003/11/04 17:49:25  dicuccio
 * Changed calling parameters for plugins - pass CPluginMessage instead of paired
 * CPluginCommand/CPluginReply
 *
 * Revision 1.43  2003/11/04 12:51:28  friedman
 * Added event message pool callbacks for the document all-view message pool.
 *
 * Revision 1.42  2003/10/27 20:03:42  dicuccio
 * Rearranged Update() to be consistent
 *
 * Revision 1.41  2003/10/27 16:15:17  dicuccio
 * Implemented initial zoom state
 *
 * Revision 1.40  2003/10/16 15:51:24  dicuccio
 * Set the title to something meaningful - include the sequence title and
 * accession.  Only update dynamic menus if selections or document have changed.
 * Properly set dynamic menus to include information for the viewed seq-id, not
 * the document's seq-id.
 *
 * Revision 1.39  2003/10/15 13:42:31  dicuccio
 * Cleaned up the title - now reflects the actual sequence being viewed
 *
 * Revision 1.38  2003/10/07 13:47:06  dicuccio
 * Renamed CPluginURL* to CPluginValue*
 *
 * Revision 1.37  2003/09/30 19:53:53  dicuccio
 * Disable popup menu (again!) pending crash fix
 *
 * Revision 1.36  2003/09/30 15:18:45  dicuccio
 * Re-enabled popup menu
 *
 * Revision 1.35  2003/09/24 18:27:35  dicuccio
 * Uncommented recreation of data source on document change
 *
 * Revision 1.34  2003/09/04 14:54:22  dicuccio
 * Use IDocument instead of CDocument.  Changed APIs to match changes in IView
 *
 * Revision 1.33  2003/08/18 16:19:32  lebedev
 * Change viewer to use new methods for showing/hiding features
 *
 * Revision 1.32  2003/07/23 19:13:13  dicuccio
 * Added menu options for fconfiguring the view
 *
 * Revision 1.31  2003/07/21 19:33:47  dicuccio
 * Added handling of selections in GUI - use menus
 *
 * Revision 1.30  2003/06/25 17:03:00  dicuccio
 * Split CPluginHandle into a handle (pointer-to-implementation) and
 * implementation file.  Lots of #include file clean-ups.
 *
 * Revision 1.29  2003/06/20 19:51:27  dicuccio
 * Fixed compiler error on MSVC related to operator&&
 *
 * Revision 1.28  2003/06/20 14:53:52  dicuccio
 * Revised plugin registration - moved GetInfo() into the plugin handler
 *
 * Revision 1.27  2003/05/19 13:44:42  dicuccio
 * Moved gui/core/plugin/ --> gui/plugin.  Merged core libraries into
 * libgui_core.so.  Revamped graphical view to use Vlad Lebedev's new widget.
 *
 * Revision 1.26  2003/04/30 13:21:19  dicuccio
 * Added callback for expanded view.  Make sure that the visible range gets
 * propagated correctly
 *
 * Revision 1.25  2003/04/29 14:54:44  dicuccio
 * Reworked FLUID-generated code: better memory management, more explicit
 * control over the constructor
 *
 * Revision 1.24  2003/04/24 16:41:55  dicuccio
 * Updated to reflect changes in plugin, IDocument API
 *
 * Revision 1.23  2003/03/17 14:54:15  dicuccio
 * Changed base class CView - added member variable for FLTK gui component for
 * child windows, which is now maintained via an auto_ptr<>.  Eliminated
 * Show()/Hide() as a pure virtual requirement.
 *
 * Revision 1.22  2003/03/03 14:55:18  dicuccio
 * Remiplemented using visible range in base class
 *
 * Revision 1.21  2003/02/20 19:49:59  dicuccio
 * Created new plugin architecture, based on ASN.1 spec.  Moved GBENCH frameowrk
 * over to use new plugin architecture.
 *
 * Revision 1.20  2003/01/16 14:55:22  dicuccio
 * Added CFeaturePanel::Clear().  Fixed issue with some panels not being
 * properly cleared on update.
 *
 * Revision 1.19  2003/01/15 21:10:40  dicuccio
 * Large updates.  Added support for rendering all feature types.  Separated
 * features into distinct panels based on types.  Added ability to specify
 * linking / packing as menu options.
 *
 * Revision 1.18  2003/01/13 13:10:08  dicuccio
 * Namespace clean-up.  Retired namespace gui -> converted all to namespace
 * ncbi.  Moved all FLUID-generated code into namespace ncbi.
 *
 * Revision 1.17  2003/01/09 14:50:41  dicuccio
 * Use 'const CBioseq_Handle&' instead of 'CBioseq_Handle&'
 *
 * Revision 1.16  2002/12/20 19:52:22  dicuccio
 * Cnaged TRange::SetFrom()/TRange::SetTo() --> TRange::Set()
 *
 * Revision 1.15  2002/12/20 19:22:52  dicuccio
 * Lots of changes to the menus.  Standardized the menu syntax across all views.
 * Changed to use new dynamic menu managers.
 *
 * Revision 1.14  2002/12/19 18:18:20  dicuccio
 * Fixed thinko: don't clear the selection buffer unless the underlying document
 * changes.
 *
 * Revision 1.13  2002/12/13 13:18:52  dicuccio
 * Added work-around for inlining problems in some versions of gcc: directly
 * include a FLUID-generated '*_.cpp' file in the corresponding '*.cpp' and
 * remove this file from the build.  Thanks Aaron!
 *
 * Revision 1.12  2002/12/12 15:23:49  dicuccio
 * Changed SetSelBuffer() -> non-const GetSelBuffer().
 *
 * Revision 1.11  2002/12/09 20:37:14  dicuccio
 * Switch to using CSeq_id::GetStringDescr()
 *
 * Revision 1.10  2002/12/09 15:41:30  dicuccio
 * When changing the selection past the end of the controlled sequence, must
 * preserve the size of the selection (no shrinking)
 *
 * Revision 1.9  2002/11/29 16:09:37  dicuccio
 * Use USING_SCOPE instead of BEGIN/END_SCOPE for out-of-scope classes.  Fixed
 * function overload resolution issues in Windows.
 *
 * Revision 1.8  2002/11/29 15:35:30  dicuccio
 * Modified to use gui/utils.  Moved utils.[h,c]pp into gui/utils.  Split
 * utils.[h,c]pp into four files - feature.[h,c]pp and utils.[h,c]pp.
 *
 * Revision 1.7  2002/11/27 17:38:06  lebedev
 * Switched to Sequence Icon View Widget
 *
 * Revision 1.6  2002/11/26 17:15:25  lebedev
 * Switched to SeqInfo widget in graphics viewer
 *
 * Revision 1.5  2002/11/22 18:05:34  dicuccio
 * Fixed memory leak - must remember to delete main window.
 *
 * Revision 1.4  2002/11/19 17:11:13  dicuccio
 * Standardized creation of title.
 *
 * Revision 1.3  2002/11/09 20:57:08  dicuccio
 * Performance improvements:  Implemented smarter widget update (use update
 * flags to specify update conditions); use a more intuitive (and flexible)
 * mechanism to obtain features from the object manager.
 *
 * Revision 1.2  2002/11/08 02:14:42  dicuccio
 * Minor code clean-ups (reformat text, eliminate dead variables, favor NCBI
 * macros)
 *
 * Revision 1.1  2002/11/07 16:27:27  dicuccio
 * Initial revision
 *
 * ===========================================================================
 */

						