shi_reader.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: shi_reader.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 21:01:51  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_CORE_DOC_BASIC___SHI_READER__HPP
  10. #define GUI_CORE_DOC_BASIC___SHI_READER__HPP
  11. /*  $Id: shi_reader.hpp,v 1000.1 2004/06/01 21:01:51 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Vladimir Tereshkov
  37.  *
  38.  * File Description:
  39.  *    CShiReader - taxplot file format loader
  40.  */
  41. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  42. #include <gui/core/doc_loader.hpp>
  43. #include <gui/plugin/MessageStatus.hpp>
  44. #include <gui/plugin/PluginInfo.hpp>
  45. #include <objmgr/scope.hpp>
  46. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  47. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  48. #include <objects/seqfeat/Seq_feat.hpp>
  49. #include <objects/seqalign/Seq_align.hpp>
  50. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  51. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  52. #include <objects/submit/Seq_submit.hpp>
  53. #include "ishi_cache.hpp"
  54. BEGIN_NCBI_SCOPE
  55. class IDocument;
  56. class CObjectInfo;
  57. class CShiReader : public CDocLoader<CShiReader>
  58. {
  59. public:
  60.     CShiReader();
  61.     ~CShiReader();
  62.     static void GetInfo(objects::CPluginInfo& info);
  63.     
  64.     // virtual hook: load a document
  65.     void Load(objects::CPluginMessage& msg);
  66. };
  67. struct SOneShiRecord {     
  68.     int m_Nqugi;
  69.     int m_Dagi;
  70.     int m_Taxid;
  71.     int m_Score;
  72.     int m_Orgclass;
  73.     int m_Symmet;
  74.     int m_Chromosome;
  75.     int m_Pdb;
  76.     int m_Gi;
  77. };
  78. END_NCBI_SCOPE
  79. /*
  80.  * ===========================================================================
  81.  * $Log: shi_reader.hpp,v $
  82.  * Revision 1000.1  2004/06/01 21:01:51  gouriano
  83.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  84.  *
  85.  * Revision 1.3  2004/05/20 21:39:06  tereshko
  86.  * Change path to ishi_cache.hpp
  87.  *
  88.  * Revision 1.2  2004/01/28 16:00:56  tereshko
  89.  * Added current gi extraction, loosen filter criteria
  90.  *
  91.  * Revision 1.1  2004/01/21 16:24:47  tereshko
  92.  * CShiReader moved in
  93.  *
  94.  * Revision 1.2  2004/01/21 14:16:29  dicuccio
  95.  * Adjusted API to be more coding standard compliant.
  96.  *
  97.  * Revision 1.1  2004/01/14 16:35:59  tereshko
  98.  * CShiReader data plugin
  99.  *
  100.  * Revision 1.1  2003/12/09 00:20:09  jcherry
  101.  * Initial version
  102.  *
  103.  * ===========================================================================
  104.  */
  105. #endif  // GUI_CORE_DOC_BASIC___SHI_READER__HPP