view_taxplot_ds.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: view_taxplot_ds.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 21:02:02  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: view_taxplot_ds.cpp,v 1000.1 2004/06/01 21:02:02 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors:  Mike DiCuccio
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *
  38.  */
  39. #include <ncbi_pch.hpp>
  40. #include "view_taxplot_ds.hpp"
  41. #include <memory>
  42. BEGIN_NCBI_SCOPE
  43. CTaxplotDataSource::CTaxplotDataSource(CShiReaderCache * cache, Int4 tax1, Int4 tax2, Int4 tax3):CTaxplot3dDataSource()
  44. {
  45.     const IShiCache::TIdVector & giVect = cache->GetData();
  46.     // init datasource
  47.     clear();
  48.     // fill it from cache
  49.     for (IShiCache::TIdVector::const_iterator it=giVect.begin(); it!=giVect.end(); it++){
  50.         IShiCache::TScoreMap::const_iterator itm;
  51.         int score1 = ((itm=it->find(tax1))!=it->end()) ? itm->second : 0;
  52.         int score2 = ((itm=it->find(tax2))!=it->end()) ? itm->second : 0;
  53.         int score3 = ((itm=it->find(tax3))!=it->end()) ? itm->second : 0;
  54.         int currgi = ((itm=it->find(0))!=it->end())    ? itm->second : 0;
  55.         if ((score1!=score2!=score3) &&
  56.            ((score1!=0 && score2!=0) || (score1!=0 && score3!=0) || (score2!=0 && score3!=0))){ 
  57.             CGraph3DVertex<float, float> * newVertex = new CGraph3DVertex<float, float>(score1, score2, score3, currgi);
  58.             if      (score1!=0 && score2!=0 && score3!=0)   newVertex->setRGB(0, 0.5, 0);
  59.             else                                            newVertex->setRGB(0, 0, 0.5);
  60.             addVertex(newVertex);         
  61.         }
  62.     }
  63.     normalizeAll(); 
  64. }
  65. END_NCBI_SCOPE
  66. /*
  67.  * ===========================================================================
  68.  * $Log: view_taxplot_ds.cpp,v $
  69.  * Revision 1000.1  2004/06/01 21:02:02  gouriano
  70.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  71.  *
  72.  * Revision 1.5  2004/05/21 22:27:49  gorelenk
  73.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  74.  *
  75.  * Revision 1.4  2004/01/28 16:01:42  tereshko
  76.  * Changed datasource initialization
  77.  *
  78.  * Revision 1.3  2004/01/21 14:17:04  dicuccio
  79.  * Adjusted API to be more coding standard compliant.  Don't use auto_ptr<> for
  80.  * local buffers
  81.  *
  82.  * Revision 1.2  2004/01/21 14:04:01  ucko
  83.  * +<memory> for auto_ptr<>
  84.  *
  85.  * Revision 1.1  2004/01/14 16:37:08  tereshko
  86.  * Taxplot viewer, initial revision
  87.  *
  88.  * Revision 1.2  2003/09/24 18:26:47  dicuccio
  89.  * Large clean-ups to alignment viewers.  Reimplemented data sources and alignment
  90.  * generation mechanism to be more generic.
  91.  *
  92.  * Revision 1.1  2003/09/12 16:03:20  dicuccio
  93.  * Initial revision
  94.  *
  95.  * ===========================================================================
  96.  */