ishi_cache.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: ishi_cache.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 21:27:30  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.1
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_WIDGETS_GRAPH_3D___ISHI_CACHE__HPP
  10. #define GUI_WIDGETS_GRAPH_3D___ISHI_CACHE__HPP
  11. /*  $Id: ishi_cache.hpp,v 1000.0 2004/06/01 21:27:30 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Vladimir Tereshkov
  37.  *
  38.  * File Description:  
  39.  *   Interface to deal with Taxplot Data cache.
  40.  */
  41. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  42. #include <serial/serialbase.hpp>
  43. #include <serial/stdtypes.hpp>
  44. #include <corelib/ncbi_bswap.hpp>
  45. #include <serial/serialimpl.hpp>
  46. BEGIN_NCBI_SCOPE
  47. class IShiCache
  48. {
  49. public:    
  50.     // simplified cache        
  51.     typedef map<int, int>     TScoreMap; // tax&score vect for 1 gi
  52.     typedef vector<TScoreMap> TIdVector; // all cachable gi's    
  53.     virtual ~IShiCache() { }
  54.     virtual void              CreateCache(CNcbiIfstream & str) = 0;
  55.     virtual const TIdVector & GetData(void)                    = 0;          
  56. };
  57. // data object
  58. class CShiReaderCache : public CSerialObject, public IShiCache
  59. {
  60. public:    
  61.     CShiReaderCache(string name = "")
  62.         : m_Name(name)
  63.     {
  64.         m_Cache.clear();
  65.     }
  66.     ~CShiReaderCache()
  67.     {
  68.         m_Cache.clear();
  69.     }
  70.     virtual void CreateCache(CNcbiIfstream & str);    
  71.     
  72.     
  73.     const TIdVector & GetData(void)
  74.     {
  75.         return m_Cache;
  76.     }
  77.     DECLARE_INTERNAL_TYPE_INFO();
  78. private:
  79.     string               m_Name;
  80.     IShiCache::TIdVector m_Cache;
  81.     Int4 x_GetNextInt(Uchar * buff, CT_OFF_TYPE & pos);
  82. };
  83. END_NCBI_SCOPE
  84. /*
  85.  * ===========================================================================
  86.  * $Log: ishi_cache.hpp,v $
  87.  * Revision 1000.0  2004/06/01 21:27:30  gouriano
  88.  * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.1
  89.  *
  90.  * Revision 1.1  2004/05/20 21:38:31  tereshko
  91.  * Moved artificial serial object to only one user - viewer
  92.  *
  93.  * Revision 1.4  2004/02/20 20:03:27  ucko
  94.  * Fix to compile with stricter implementations of CT_POS_TYPE
  95.  *
  96.  * Revision 1.3  2004/01/21 14:16:29  dicuccio
  97.  * Adjusted API to be more coding standard compliant.
  98.  *
  99.  * Revision 1.2  2004/01/15 13:09:09  ucko
  100.  * Use CT_POS_TYPE macro rather than pos_type typedef, which GCC 2.95 lacks.
  101.  *
  102.  * Revision 1.1  2004/01/14 19:43:58  tereshko
  103.  * Added Taxplot viewer with corresponding widget
  104.  *
  105.  * Revision 1.1  2004/01/05 16:22:03  tereshko
  106.  * Initial revision
  107.  *
  108.  * ===========================================================================
  109.  */
  110. #endif