开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
view_multialign.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：20k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

view_multialign.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: view_multialign.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.6  2004/06/01 20:59:28  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.51
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: view_multialign.cpp,v 1000.6 2004/06/01 20:59:28 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Authors:  Mike DiCuccio
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *    User-modifiable implementation file for extension of Multiple Alignment
  39.  *    viewer for GBENCH
  40.  */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include "view_multialign.hpp"
  45. #include <gui/core/plugin_utils.hpp>
  46. #include <gui/core/version.hpp>
  47. #include <gui/plugin/PluginRequest.hpp>
  48. #include <gui/plugin/PluginCommand.hpp>
  49. #include <gui/plugin/PluginCommandSet.hpp>
  50. #include <gui/plugin/PluginInfo.hpp>
  51. #include <gui/plugin/PluginValue.hpp>
  52. #include <gui/objutils/utils.hpp>
  53. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  54. #include <objtools/alnmgr/alnmix.hpp>
  55. #include <objtools/alnmgr/alnvec.hpp>
  57. #include <gui/widgets/aln_multiple/align_row.hpp>
  58. #include <gui/widgets/aln_multiple/alnvec_multi_ds.hpp>
  59. #include <gui/widgets/aln_multiple/align_row.hpp>
  61. #include <serial/iterator.hpp>
  63. BEGIN_NCBI_SCOPE
  65. // We include the generated _.cpp file here.  This avoids a nasty bug in some
  66. // versions of gcc in which inline functions are not intantiated.
  67. #include "view_multialign_.cpp"
  69. DEFINE_MENU(Menu)
  70.     SUBMENU("Display")
  71.         MENU_ITEM(eCmdZoomIn, "Zoom In")
  72.         MENU_ITEM(eCmdZoomOut, "Zoom Out")
  73.         MENU_ITEM(eCmdZoomAll, "Zoom All")
  74.         MENU_ITEM(eCmdZoomSeq, "Zoom to Sequence")
  75.         MENU_ITEM(eCmdZoomSel, "Zoom Selection")
  76.         MENU_SEPARATOR()
  77.         MENU_ITEM(eCmdSetSelMaster , "Set Selected as Master")
  78.         MENU_ITEM(eCmdSetConsMaster, "Set Consensus as Master")
  79.         MENU_ITEM(eCmdUnsetMaster, "Unset Master")
  80.         MENU_SEPARATOR()
  81.         MENU_ITEM(eCmdHideSelected, "Hide Selected Rows")
  82.     MENU_ITEM(eCmdShowAll, "Show All Rows")
  83.         MENU_SEPARATOR()
  84.         MENU_ITEM(eCmdMoveSelectedUp, "Move Selected Items Up")
  85.     END_SUBMENU()
  86.     SUBMENU("Selection")
  87.         MENU_ITEM(eCmdResetSelection, "Reset Selection")
  88.         MENU_SEPARATOR()
  89.         MENU_ITEM(eCmdMarkSelected, "Mark Selected")
  90.         MENU_ITEM(eCmdUnMarkSelected, "UnMark Selected")
  91.         MENU_ITEM(eCmdUnMarkAll, "UnMark All")
  92.         MENU_SEPARATOR()
  93.         MENU_ITEM(eCmdMoveSelectedUp, "Move Selected Items Up")
  94.     END_SUBMENU()
  95.     SUBMENU("View")
  96.     END_SUBMENU()
  97.     SUBMENU("Tools")
  98.     END_SUBMENU()    
  99.     SUBMENU("&Help")
  100.     END_SUBMENU()
  101. END_MENU()
  103. // Events map
  104. EVENT_MAP_RX_BEGIN(CAlnMultiView)
  105.     EVENT_ACCEPT(CViewEvent::eSelectionChanged,  OnSelChangedEvent)
  106. EVENT_MAP_RX_END
  108. //
  109. // standard plugin announcement boilerplate
  110. //
  111. void CAlnMultiView::GetInfo(CPluginInfo& info)
  112. {
  113.     info.Reset();
  115.     // version info macro
  116.     info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
  117.                  string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
  118.                  "CAlnMultiView",
  119.                  "Multiple Alignment Viewer",
  120.                  "Multiple Alignment Viewer", "");
  122.     // command info
  123.     CPluginCommandSet& cmds = info.SetCommands();
  124.     CPluginCommand&    args = cmds.AddViewCommand(eViewCommand_new_view);
  125.     args.AddArgument("alignments", "Alignments to merge and render",
  126.                      CSeq_annot::GetTypeInfo(),
  127.                      CPluginArg::TData::e_Array);
  128.     args.SetConstraint("alignments",
  129.                        *CPluginValueConstraint::CreateAnnotType
  130.                        (CSeq_annot::TData::e_Align));
  131. }
  134. CAlnMultiView::CAlnMultiView(const CPluginMessage& msg, const string& pool_name)
  135.     : CAlnView()
  136. {
  137.     m_Window.reset(x_CreateWindow());
  138.     m_AlnWidget->Create();
  139.     m_AlnWidget->SetListener(this);
  141.     // Setup menu and command handling
  142.     m_Menu->SetItems(Menu);
  143.     m_Menu->SetCmdTarget(static_cast<CCommandTarget*>(this));
  144.     AddChildCmdTarget(static_cast<CCommandTarget*>(m_AlnWidget));
  146.     m_StyleCatalog.SetDefaultStyle(new CAlnVecRowDisplayStyle());
  147.     m_StyleCatalog.SetWidgetStyle(m_AlnWidget->GetDisplayStyle());
  149.     m_AlnWidget->SetStyleCatalog(&m_StyleCatalog);
  151.     // set our core components
  152.     const CPluginCommand& args = msg.GetRequest().GetCommand();
  153.     plugin_args::TAnnotList aligns;
  154.     GetArgValue(args["alignments"], aligns);
  155.     CRef<CSeq_annot> annot(new CSeq_annot());
  156.     const IDocument* doc = NULL;
  158.     ITERATE (plugin_args::TAnnotList, iter, aligns) {
  159.         doc = iter->first;
  160.         annot->SetData().SetAlign()
  161.             .insert(annot->SetData().SetAlign().end(),
  162.                     iter->second->GetData().GetAlign().begin(),
  163.                     iter->second->GetData().GetAlign().end());
  164.     }
  166.     // extract the alignments from the argument
  168.     if (annot.GetPointer()  &&  doc) {
  169.         x_SetDocument(*doc);
  170.         m_AnnotData.Reset(annot);
  171.     }
  173.     // create the view menu manager
  174.     m_ViewMenuMgr.reset(new CViewMenuMgr(m_Menu, "View", this, pool_name));
  175.     m_AlgoMenuMgr.reset(new CAlgoMenuMgr(m_Menu, "Tools", this));
  176. }
  178. BEGIN_CMD_MAP(CAlnMultiView, CAlnView)
  179.     ON_COMMAND(eCmdResetSelection,  &CAlnMultiView::OnResetSelection)
  180.     ON_COMMAND(eCmdSetConsMaster,   &CAlnMultiView::OnMakeConsensusRowMaster)    
  181.     ON_COMMAND(eCmdMarkSelected,    &CAlnMultiView::OnMarkSelected)
  182.     ON_COMMAND(eCmdUnMarkAll,       &CAlnMultiView::OnUnMarkAll)
  183. END_CMD_MAP()
  185. void CAlnMultiView::OnDocumentChanged()
  186. {
  187.     if (m_Document) {
  188.         SetTitle(m_Document->GetShortTitle() + ": " + GetTitle());
  190.         // create our alignment manager
  191.         m_DataSource.Reset(new CAlnVecMultiDataSource());
  192.         m_DataSource->Init(*m_AnnotData, m_Document->GetScope());
  194.         m_AlnWidget->SetDataSource(m_DataSource);
  196.         SetSelBuffer().Clear();
  197.         SetSelBuffer().AddSelection(GetDocument(), *m_AnnotData);
  199.         m_ViewMenuMgr->AddActiveViews(m_Document);
  200.         m_ViewMenuMgr->AddNewViews();//   (GetSelBuffer());
  201.         m_AlgoMenuMgr->AddAlgoMenu();//   (GetSelBuffer());
  202.     }
  203. }
  205. void CAlnMultiView::OnSelectionChanged(const CSelectionBuffer& buf)
  206. {
  207.     if (m_Document) {
  208.         if ( !GetSelBuffer() ) {
  209.             SetSelBuffer().AddSelection(GetDocument(), *m_AnnotData);
  210.         }
  212.         m_ViewMenuMgr->AddActiveViews(m_Document);
  213.         m_ViewMenuMgr->AddNewViews();//   (GetSelBuffer());
  214.         m_AlgoMenuMgr->AddAlgoMenu();//   (GetSelBuffer());
  215.     }
  216. }
  219. void CAlnMultiView::OnVisibleRangeChanged(const CSeq_loc& loc)
  220. {
  221. }
  223. const string& CAlnMultiView::GetTitle(void) const
  224. {
  225.     static string s_str("Multiple Alignment View");
  226.     return s_str;
  227. }
  229. void CAlnMultiView::x_OnFileClose()
  230. {
  231.     Hide();
  232. }
  234. void CAlnMultiView::x_OnHelp()
  235. {
  236. }
  238. void CAlnMultiView::OnResetSelection()
  239. {
  240.     if (m_AlnWidget) {
  241.         m_AlnWidget->OnResetSelection();
  242.     }
  244.     SetSelBuffer().Clear();
  245.     SetSelBuffer().AddSelection(GetDocument(), *m_AnnotData);
  247.     m_ViewMenuMgr->AddActiveViews(m_Document);
  248.     m_ViewMenuMgr->AddNewViews();//   (GetSelBuffer());
  249.     m_AlgoMenuMgr->AddAlgoMenu();//   (GetSelBuffer());
  250. }
  253. void CAlnMultiView::OnMakeConsensusRowMaster()
  254. {
  255.     if (m_DataSource.GetPointer()  &&  m_AlnWidget) {
  256.         IAlnMultiDataSource::TNumrow row = m_DataSource->GetConsensusRow();
  257.         
  258.         if(row == -1)   { // create it
  259.             m_DataSource->CreateConsensus();
  260.             row = m_DataSource->GetConsensusRow();
  261.         }
  263.         m_DataSource->SetAnchor(row); //last row - consensus
  265.         m_AlnWidget->SetDataSource(m_DataSource);
  266.         //m_AlnWidget->MakeConsensusRowMaster();
  267.         //m_AlnWidget->redraw();
  268.     }
  269. }
  271. void CAlnMultiView::OnMarkSelected(void)
  272. {
  273.     if (m_AlnWidget) {
  274.         m_AlnWidget->OnMarkSelected();
  276.         // fill our selection buffer
  277.         SetSelBuffer().Clear();
  279.         // GetMarks() returns marked locations
  280.         CAlnMultiWidget::TPSeqLocList locs;
  281.         m_AlnWidget->GetMarks(locs);
  282.         ITERATE (CAlnMultiWidget::TPSeqLocList, iter, locs) {
  283.             SetSelBuffer().AddSelection(GetDocument(), **iter);
  284.         }
  286.         /**
  287.         // GetSelection() returns selections in alignment coordinates
  288.         const CAlnMultiWidget::TRangeColl& range_coll = m_AlnWidget->GetSelection();
  290.         ITERATE (CAlnMultiWidget::TRangeColl, iter, range_coll) {
  291.             CRef<CSeq_loc> loc(new CSeq_loc());
  292.             loc.SetInt().SetFrom(iter->GetFrom());
  293.             loc.SetInt().SetTo  (iter->GetTo());
  294.         }
  295.         **/
  296.     }
  297.    
  298.     if ( !GetSelBuffer() ) {
  299.         SetSelBuffer().AddSelection(GetDocument(),
  300.                                     m_DataSource->GetAlnMgr().GetDenseg());
  301.     }
  303.     m_ViewMenuMgr->AddActiveViews(m_Document);
  304.     m_ViewMenuMgr->AddNewViews();//   (GetSelBuffer());
  305.     m_AlgoMenuMgr->AddAlgoMenu();//   (GetSelBuffer());
  307.     m_ViewMenuMgr->AddActiveViews(m_Document);
  308. }
  310. void CAlnMultiView::OnUnMarkAll(void)
  311. {
  312.     if (m_AlnWidget) {
  313.         m_AlnWidget->OnUnMarkAll();
  314.     }
  316.     SetSelBuffer().Clear();
  317.     SetSelBuffer().AddSelection(GetDocument(),
  318.                                 m_DataSource->GetAlnMgr().GetDenseg());
  320.     m_ViewMenuMgr->AddActiveViews(m_Document);
  321.     m_ViewMenuMgr->AddNewViews();//   (GetSelBuffer());
  322.     m_AlgoMenuMgr->AddAlgoMenu();//   (GetSelBuffer());
  323. }
  326. void  CAlnMultiView :: SendSelChangedEvent()
  327. {
  328.  /*     CObjectFor< vector<CRef<objects::CSeq_id> > > csid;
  329.       //csid = m_pDataSource->ConvertId2SeqId(m_pMatrixPane->GetSelectedIDs());
  331.       // fire external event
  332.       FireEvent(CViewEvent::CreateEvent(CViewEvent::eSelectionChanged,  
  333.                                         CViewEvent::eEventViews, 
  334.                                         CViewEvent::TEventObject(&csid), this)); */
  335. }
  336. typedef vector<CConstRef<CSeq_id> > TRSeqIdVector;
  338. void  CAlnMultiView :: OnSelChangedEvent(CViewEvent::TEventObject obj)
  339. {     
  340.     m_bBlockEvents = true;
  342.     CObjectFor<TRSeqIdVector>* p_ids = 
  343.         dynamic_cast< CObjectFor<TRSeqIdVector> *>(obj.GetPointer());
  345.     if(p_ids) {
  346.         CScope& scope = m_Document->GetScope();
  347.         /*const vector<CConstRef<CSeq_id> >& ids = p_ids->GetData();
  348.         vector<CAlnVec::TNumrow> sel_rows;
  350.         int n_ids = ids.size();
  351.         for( int i = 0; i < n_ids; i++ )    {
  352.             const CSeq_id& id = *ids[i];
  354.             //find row corresponding to id
  355.             int n_rows = m_DataSource->GetNumRows();
  356.             for( CAlnVec::TNumrow row = 0; row < n_rows; row++ )  {
  357.                 const CSeq_id&  row_id = m_DataSource->GetSeqId(row);
  358.                 if(CSeqUtils::Match(row_id, id, scope)) {
  359.                     sel_rows.push_back(row);
  360.                     break;
  361.                 }
  362.             }
  363.         }
  364.         //select rows
  365.         m_AlnWidget->Select(sel_rows, true);  */
  366.         m_AlnWidget->SetSelectedIds(*p_ids, scope);
  367.     }
  368.     m_bBlockEvents = false;
  369. }    
  371. void    CAlnMultiView::OnNotify(IAlnMultiPaneParent::ENotification notification)
  372. {
  373.     if(! m_bBlockEvents)    {
  374.         switch(notification)    {
  375.         case    IAlnMultiPaneParent::eRowSelChanged:    {
  376.             CObjectFor<TRSeqIdVector> vids;
  377.             m_AlnWidget->GetSelectedIds(vids.GetData());
  379.             // fire external event
  380.             FireEvent(CViewEvent::CreateEvent(CViewEvent::eSelectionChanged,  
  381.                                     CViewEvent::eEventViews, 
  382.                                     CViewEvent::TEventObject(&vids), this)); 
  383.         }; break;
  384.         }
  385.     }
  386. }
  388. END_NCBI_SCOPE
  391. /*
  392.  * ===========================================================================
  393.  * $Log: view_multialign.cpp,v $
  394.  * Revision 1000.6  2004/06/01 20:59:28  gouriano
  395.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.51
  396.  *
  397.  * Revision 1.51  2004/05/21 22:27:49  gorelenk
  398.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  399.  *
  400.  * Revision 1.50  2004/05/03 17:52:36  dicuccio
  401.  * gui/utils -->gui/objutils where needed
  402.  *
  403.  * Revision 1.49  2004/04/16 14:44:17  dicuccio
  404.  * Pass appropriate ISelection interface to dynamic menus
  405.  *
  406.  * Revision 1.48  2004/04/07 13:05:10  dicuccio
  407.  * Changed view API - require CPluginMessage instead of CPluginArgSet
  408.  *
  409.  * Revision 1.47  2004/04/06 16:27:44  yazhuk
  410.  * Added eCmdMoveSelectedUp command
  411.  *
  412.  * Revision 1.46  2004/04/02 19:44:17  dicuccio
  413.  * CHanged handling of default object if no selections present
  414.  *
  415.  * Revision 1.45  2004/04/02 16:45:21  yazhuk
  416.  * Implemented selection broadcasting
  417.  *
  418.  * Revision 1.44  2004/03/30 17:13:08  tereshko
  419.  * Added support for events broadcasting
  420.  *
  421.  * Revision 1.43  2004/03/25 13:19:30  dicuccio
  422.  * Call CAlnVecWidget::Create() to intialize the widget
  423.  *
  424.  * Revision 1.42  2004/03/09 22:09:23  ucko
  425.  * Add missing inclulde of <align_row.hpp> (once indirectly included?)
  426.  *
  427.  * Revision 1.41  2004/02/11 16:13:24  yazhuk
  428.  * Removed #include "view_multialign_ds.hpp"
  429.  *
  430.  * Revision 1.40  2004/02/11 15:24:03  yazhuk
  431.  * Replaced constructor with arguments with default constructor and Init() call;
  432.  * Replaced CViewMultiAlignDS with CAlnVecMultiDataSource
  433.  *
  434.  * Revision 1.39  2004/01/27 18:45:01  dicuccio
  435.  * Let multiple alignment viewer handle multiple input alignments
  436.  *
  437.  * Revision 1.38  2004/01/09 01:16:34  ucko
  438.  * Remove extra semicolon after END_MENU() [breaks on WorkShop]
  439.  *
  440.  * Revision 1.37  2004/01/08 20:25:13  yazhuk
  441.  * Migrated from FLTK-style menus to CMenuBar and CComandTraget, cleaned-up
  442.  * obsolete code. Fixed bugs in consensus row creation.
  443.  *
  444.  * Revision 1.36  2003/12/22 19:33:16  dicuccio
  445.  * Lots of changes.  Changed to match new APIs in IView.  Added better handling of messages received from other views
  446.  *
  447.  * Revision 1.35  2003/12/19 20:00:41  yazhuk
  448.  * Added Catalog setup
  449.  *
  450.  * Revision 1.34  2003/11/24 15:45:43  dicuccio
  451.  * Renamed CVersion to CPluginVersion
  452.  *
  453.  * Revision 1.33  2003/11/19 20:45:27  friedman
  454.  * Added handling a visible range change event
  455.  *
  456.  * Revision 1.32  2003/11/04 12:51:27  friedman
  457.  * Added event message pool callbacks for the document all-view message pool.
  458.  *
  459.  * Revision 1.31  2003/10/30 17:08:53  yazhuk
  460.  * In SetDataSource replaced references with pointers
  461.  *
  462.  * Revision 1.30  2003/10/27 20:03:26  dicuccio
  463.  * Rearranged Update() to be consistent
  464.  *
  465.  * Revision 1.29  2003/10/10 19:30:15  yazhuk
  466.  * Added x_OnZoomAll(), x_OnSetConsensusMaster(), x_OnZoomSequnce()
  467.  *
  468.  * Revision 1.28  2003/10/10 17:20:27  dicuccio
  469.  * Implemented OnExit() as callback for all views when closed from system icon
  470.  *
  471.  * Revision 1.27  2003/10/07 13:47:06  dicuccio
  472.  * Renamed CPluginURL* to CPluginValue*
  473.  *
  474.  * Revision 1.26  2003/09/30 20:22:37  dicuccio
  475.  * Exposed marking interface.  Implemented consensus creation
  476.  *
  477.  * Revision 1.25  2003/09/24 18:26:47  dicuccio
  478.  * Large clean-ups to alignment viewers.  Reimplemented data sources and alignment
  479.  * generation mechanism to be more generic.
  480.  *
  481.  * Revision 1.24  2003/09/12 12:55:41  dicuccio
  482.  * Switched to use Andrey's new viewer.
  483.  *
  484.  * Revision 1.23  2003/09/04 14:54:21  dicuccio
  485.  * Use IDocument instead of CDocument.  Changed APIs to match changes in IView
  486.  *
  487.  * Revision 1.22  2003/07/22 15:32:16  dicuccio
  488.  * Changed to make use of new API in plugin_utils.hpp - GetArgValue()
  489.  *
  490.  * Revision 1.21  2003/06/26 15:33:41  dicuccio
  491.  * Moved GetURLValue() from PluginURL.hpp to plugin_utils.hpp.  Fixed compilation
  492.  * errors relating to missing #includes
  493.  *
  494.  * Revision 1.20  2003/06/25 17:03:00  dicuccio
  495.  * Split CPluginHandle into a handle (pointer-to-implementation) and
  496.  * implementation file.  Lots of #include file clean-ups.
  497.  *
  498.  * Revision 1.19  2003/06/23 13:23:13  dicuccio
  499.  * Deprecated seq_utils.[h,c]pp - moved functions into gui.utils/utils.hpp
  500.  *
  501.  * Revision 1.18  2003/06/20 14:53:52  dicuccio
  502.  * Revised plugin registration - moved GetInfo() into the plugin handler
  503.  *
  504.  * Revision 1.17  2003/06/02 16:06:22  dicuccio
  505.  * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  506.  *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  507.  *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  508.  *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  509.  *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  510.  *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  511.  *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  512.  *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  513.  *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  514.  * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  515.  * replaces the three libmmdb? libs.
  516.  *
  517.  * Revision 1.16  2003/05/22 18:50:04  dicuccio
  518.  * Standardized construction, argument specification for all alignment views
  519.  *
  520.  * Revision 1.15  2003/05/19 13:43:32  dicuccio
  521.  * Moved gui/core/plugin --> gui/plugin/.  Merged core libraries into libgui_core
  522.  *
  523.  * Revision 1.14  2003/04/24 16:40:38  dicuccio
  524.  * Updated to reflect changes in plugin API.  Added new common alignment view base
  525.  * class - handles notions of creating alignment manager in a standard way
  526.  *
  527.  * Revision 1.13  2003/03/17 14:54:14  dicuccio
  528.  * Changed base class CView - added member variable for FLTK gui component for
  529.  * child windows, which is now maintained via an auto_ptr<>.  Eliminated
  530.  * Show()/Hide() as a pure virtual requirement.
  531.  *
  532.  * Revision 1.12  2003/03/03 14:54:05  dicuccio
  533.  * Fixed initialization of CAlnMix to avoid creation of alternale object manager
  534.  *
  535.  * Revision 1.11  2003/02/20 19:49:58  dicuccio
  536.  * Created new plugin architecture, based on ASN.1 spec.  Moved GBENCH frameowrk
  537.  * over to use new plugin architecture.
  538.  *
  539.  * Revision 1.10  2003/01/13 13:10:08  dicuccio
  540.  * Namespace clean-up.  Retired namespace gui -> converted all to namespace ncbi.
  541.  * Moved all FLUID-generated code into namespace ncbi.
  542.  *
  543.  * Revision 1.9  2003/01/10 17:37:48  dicuccio
  544.  * Regenerated code with fluid-1.1.2
  545.  *
  546.  * Revision 1.8  2003/01/09 14:50:41  dicuccio
  547.  * Use 'const CBioseq_Handle&' instead of 'CBioseq_Handle&'
  548.  *
  549.  * Revision 1.7  2002/12/20 19:52:21  dicuccio
  550.  * Cnaged TRange::SetFrom()/TRange::SetTo() --> TRange::Set()
  551.  *
  552.  * Revision 1.6  2002/12/20 19:22:51  dicuccio
  553.  * Lots of changes to the menus.  Standardized the menu syntax across all views.
  554.  * Changed to use new dynamic menu managers.
  555.  *
  556.  * Revision 1.5  2002/12/13 13:18:52  dicuccio
  557.  * Added work-around for inlining problems in some versions of gcc: directly
  558.  * include a FLUID-generated '*_.cpp' file in the corresponding '*.cpp' and
  559.  * remove this file from the build.  Thanks Aaron!
  560.  *
  561.  * Revision 1.4  2002/12/09 20:37:14  dicuccio
  562.  * Switch to using CSeq_id::GetStringDescr()
  563.  *
  564.  * Revision 1.3  2002/11/29 16:08:34  dicuccio
  565.  * Removed BEGIN/END_SCOPE - use USING_SCOPE instead.  FIxed some function
  566.  * overload resolution issues for Windows.
  567.  *
  568.  * Revision 1.2  2002/11/22 18:05:07  dicuccio
  569.  * Fixed memory leak - must remember to delete main window.
  570.  *
  571.  * Revision 1.1  2002/11/19 17:04:36  dicuccio
  572.  * Initial revision.
  573.  *
  574.  * ===========================================================================
  575.  */