生物技术

开发平台：
C/C++

view_feattable.cpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: view_feattable.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.7  2004/06/01 21:01:26  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.37
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
/*  $Id: view_feattable.cpp,v 1000.7 2004/06/01 21:01:26 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
 *
 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
 *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 *  the author's official duties as a United States Government employee and
 *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
 *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
 *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
 *
 *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
 *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
 *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
 *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
 *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
 *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
 *  purpose.
 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
 * ===========================================================================
 *
 * Authors:  Mike DiCuccio
 *
 * File Description:
 *
 */
#include <ncbi_pch.hpp>
#include "view_feattable.hpp"
#include "visible_range_dlg.hpp"
#include "preference_dlg.hpp"
#include <gui/types.hpp>
#include <gui/core/doc_manager.hpp>
#include <gui/core/plugin_utils.hpp>
#include <gui/core/version.hpp>
#include <gui/plugin/PluginRequest.hpp>
#include <gui/plugin/PluginCommand.hpp>
#include <gui/plugin/PluginCommandSet.hpp>
#include <gui/plugin/PluginValue.hpp>
#include <objmgr/scope.hpp>
#include <objmgr/seq_vector.hpp>
#include <serial/typeinfo.hpp>
#include <objmgr/util/sequence.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
#include "view_feattable_.cpp"
void CViewFeatTable::GetInfo(CPluginInfo& info)
{
    info.Reset();
    // version info macro
    info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
                 string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
                 "CViewFeatTable", "Feature Table",
                 "Tabular list of all features in a record", "");
    // command info
    CPluginCommandSet& cmds = info.SetCommands();
    CPluginCommand&    args = cmds.AddViewCommand(eViewCommand_new_view);
    args.AddArgument("loc", "Location to display",
                     CSeq_loc::GetTypeInfo());
}
CViewFeatTable::CViewFeatTable(const CPluginMessage& msg, 
                               const string& pool_name)
    : CView()
{
    m_Window.reset(x_CreateWindow());
    // create our dynamic menu managers
    m_AlgoMenuMgr.reset(new CAlgoMenuMgr(m_Menu, "Tools", this));
    m_ViewMenuMgr.reset(new CViewMenuMgr(m_Menu, "View", this, pool_name));
    m_SortMenuMgr.reset(new CSortMenuMgr(m_Menu, "View"));
    m_SortMenuMgr->AddSortMenu(m_FeatTable);
    // decode the argument
    const CPluginCommand& args = msg.GetRequest().GetCommand();
    const CPluginArg& arg = args["loc"];
    const IDocument* doc = arg.GetDocument();
    const CSeq_loc* loc =
        dynamic_cast<const CSeq_loc*> (arg.GetObject());
    // assign to our core components
    if (doc  &&  loc) {
        x_SetDocument(*doc);
        m_SeqId.Reset(&sequence::GetId(*loc));
		// set sequence range
        x_SetVisibleRange(*loc);
    }
}
void CViewFeatTable::OnSelectionChanged(const CSelectionBuffer& buf)
{
    m_StatusBar->SetMessage("No features.");
    if ( !m_FeatTable  ||  !GetDocument()  ||  &buf == &GetSelBuffer()) {
        return;
    }
    // accept our selections
    SetSelBuffer().Clear();
    m_FeatTable->ClearSelections();
    TConstScopedObjects sels = buf.DecomposeToPairs();
    ITERATE (TConstScopedObjects, iter, sels) {
        SConstScopedObject cso = *iter;
        const IDocument* doc =
            CDocManager::GetDocumentFromScope(*cso.scope);
        // only accept selections for the current document
        if ( doc != m_Document) {
            continue;
        }
        // only select seq-feat selections
        const CSeq_feat* feat =
            dynamic_cast<const CSeq_feat*>(cso.object.GetPointer());
        if ( !feat ) {
            continue;
        }
        // select!
        SetSelBuffer().AddSelection(doc, *feat);
        m_FeatTable->SelectFeature(*feat);
    }
    m_FeatTable->redraw();
    // prepare our status bar message
    x_UpdateStatusMessage();
    // reset our menus
    x_UpdateDynMenus();
}
void CViewFeatTable::OnDocumentChanged()
{
    x_Update();
}
void CViewFeatTable::OnVisibleRangeChanged(const CSeq_loc& loc)
{
    SetVisibleRange(loc);
    m_FeatTable->SetVisibleRange(*m_VisibleRange);
    m_FeatTable->Update(GetDocument()->GetScope().GetBioseqHandle(*m_SeqId));
}
void CViewFeatTable::x_Update()
{
    SetTitle(GetTitle());
    m_StatusBar->SetMessage("No features.");
    if ( !m_FeatTable  || !GetDocument() ) {
        return;
    }
    CBioseq_Handle handle =
        GetDocument()->GetScope().GetBioseqHandle(*m_SeqId);
    m_FeatTable->Update(handle);
    SetTitle(x_GetTitle(handle));
    // prepare our status bar message
    x_UpdateStatusMessage();
    // update our dynamic menus
    x_UpdateDynMenus();
}
void CViewFeatTable::x_UpdateStatusMessage()
{
    //
    // prepare our status bar message
    //
    string status_msg;
    int total_feats = m_FeatTable->GetTotalFeats();
    status_msg = NStr::IntToString(total_feats) + " feature";
    if (total_feats != 1) {
        status_msg += "s";
    }
    if (m_FeatTable->GetFilters().GetFilters().size() != 0) {
        int num_filts = m_FeatTable->GetFilters().GetFilters().size();
        status_msg += ", " + NStr::IntToString(num_filts) + " filter";
        if (num_filts != 1) {
            status_msg += "s";
        }
        int filtered_feats = m_FeatTable->GetFilteredFeats();
        status_msg +=
            ", " + NStr::IntToString(filtered_feats) + " feature";
        if (filtered_feats != 1) {
            status_msg += "s match";
        } else {
            status_msg += " matches";
        }
    } else {
        status_msg += ", no filters selected";
    }
    m_StatusBar->SetMessage(status_msg);
}
void CViewFeatTable::x_SetVisibleRange(const CSeq_loc& loc)
{
    if (loc.IsWhole()) {
        CRef<CSeq_loc> seq_loc(new CSeq_loc);
        seq_loc->SetWhole().Assign(*m_SeqId);
        SetVisibleRange(*seq_loc);
    } else {
        TSeqRange range = loc.GetTotalRange();
        x_SetVisibleRange(range);
    }
}
void CViewFeatTable::x_SetVisibleRange(const TSeqRange& range)
{
    CRef<CSeq_loc> seq_loc(new CSeq_loc());
    // Set  seq loc with the range 
    seq_loc->SetInt().SetFrom(range.GetFrom());
    seq_loc->SetInt().SetTo  (range.GetTo());
	seq_loc->SetId(*m_SeqId);
    SetVisibleRange(*seq_loc);
    m_FeatTable->SetVisibleRange(*m_VisibleRange);
}
void CViewFeatTable::x_UpdateDynMenus()
{
    m_ViewMenuMgr->Clear();
    m_AlgoMenuMgr->Clear();
    if ( !GetSelBuffer() ) {
        SetSelBuffer().AddSelection(m_Document, *m_SeqId);
    }
    m_ViewMenuMgr->AddActiveViews(GetDocument());
    m_ViewMenuMgr->AddNewViews();
    m_AlgoMenuMgr->AddAlgoMenu();
}
    
const string& CViewFeatTable::GetTitle() const
{
    static string s_str("Feature Table View");
    return s_str;
}
void CViewFeatTable::x_OnHelp()
{
}
void CViewFeatTable::x_OnFilter()
{
    if ( !m_FilterDlg.get() ) {
        m_FilterDlg.reset(new CFilterDlg());
        m_FilterDlg->SetFilters(&m_FeatTable->GetFilters());
    }
    m_FilterDlg->Show();
    x_Update();
}
void CViewFeatTable::x_OnSelChanged()
{
    SetSelBuffer().Clear();
    for (size_t i = 0;  i < m_FeatTable->GetRows();  ++i) {
        if ( !m_FeatTable->row_selected(i) ) {
            continue;
        }
        CMappedFeat feat = m_FeatTable->GetData(i);
        SetSelBuffer().AddSelection(GetDocument(), feat.GetOriginalFeature());
    }
    // update our dynamic menus
    x_UpdateDynMenus();
    //...and notify our connected views
    PostSelectionChanged(GetSelBuffer());
}
void CViewFeatTable::x_OnVisibleRangeChange()
{
    // Get the max value for the "to" field
    CBioseq_Handle handle = GetDocument()->GetScope().GetBioseqHandle(*m_SeqId);
    TSeqPos seq_size = handle.GetSeqVector().size();
    // set the dialog with the current seting
    const CSeq_loc& loc = GetVisibleRange();
    TSeqRange range(loc.GetTotalRange());
    
    CFeatTable::EVisibleRangeMethod method;
    method = m_FeatTable->GetVisibleRangeMethod();
    auto_ptr<CVisibleRangeDialog> dlg;
    if (method == CFeatTable::eScrollTo) {
        dlg.reset(new CVisibleRangeDialog(range.GetFrom(), seq_size));
    } else {
        dlg.reset(new CVisibleRangeDialog(seq_size));
        if (!range.IsWhole() && !range.Empty()) {
            dlg->SetRange(range);
        }
    }
    if (dlg->ShowModal()) {
        if (method == CFeatTable::eScrollTo) {
            range.SetFrom(dlg->GetScrollTo());
            range.SetTo(seq_size);
        } else {
            range = dlg->GetRange();
        }
        x_SetVisibleRange(range);
        m_FeatTable->Update
            (GetDocument()->GetScope().GetBioseqHandle(*m_SeqId));
        // Post a message the the visible range changed
        PostVisibleRangeChanged(GetVisibleRange());
    }
}
void CViewFeatTable::x_OnPreferences()
{
    CFeatTablePreferenceDialog dlg;
    CFeatTable::EVisibleRangeMethod method;
    // set dialog with current setting - Default is Scrool To
    method = m_FeatTable->GetVisibleRangeMethod();
    if (method == CFeatTable::eEntirelyContained) {
        dlg.SetEntirelyContained();
    } else if (method == CFeatTable::eIntersection) {
        dlg.SetIntersection();
    } else {
        dlg.SetScrollTo();
    }
    if (dlg.ShowModal()) {
        // visible range method
        if (dlg.EntirelyContainedMethod()) {
            method = CFeatTable::eEntirelyContained;
        } else if (dlg.ScrollToMethod()) {
            method = CFeatTable::eScrollTo;
        } else if (dlg.IntersectionMethod()) {
            method = CFeatTable::eIntersection;
        }
        m_FeatTable->SetVisibleRangeMethod(method);
        CBioseq_Handle handle = 
            m_Document->GetScope().GetBioseqHandle(*m_SeqId);
        m_FeatTable->Update(handle);    
    }
}
END_NCBI_SCOPE
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: view_feattable.cpp,v $
 * Revision 1000.7  2004/06/01 21:01:26  gouriano
 * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.37
 *
 * Revision 1.37  2004/05/21 22:27:49  gorelenk
 * Added PCH ncbi_pch.hpp
 *
 * Revision 1.36  2004/04/16 14:47:27  dicuccio
 * Enabled alignment table view.  Use appropriate ISelection interface for dynamic menus
 *
 * Revision 1.35  2004/04/07 13:04:24  dicuccio
 * Changed view API - use CPluginMessage instead of CPluginArgSet.  Use
 * TConstScopedObjects instead of CSelectionBuffer::TSelItems.
 *
 * Revision 1.34  2004/03/11 17:47:22  dicuccio
 * Use TSeqRange instead of TRange
 *
 * Revision 1.33  2004/01/27 18:45:35  dicuccio
 * Added missing header files
 *
 * Revision 1.32  2004/01/20 18:17:53  dicuccio
 * Changed to match new API in CTablePanel
 *
 * Revision 1.31  2004/01/07 18:51:46  dicuccio
 * Guard against self-assignment in OnSelectionsChanged()
 *
 * Revision 1.30  2003/12/30 15:03:56  dicuccio
 * Added ability to pass selections into feature table
 *
 * Revision 1.29  2003/12/24 17:23:49  friedman
 * Changed x_UpdateDynMenus to pass in visible range seqloc instead of seqid.
 *
 * Revision 1.28  2003/12/24 16:33:18  friedman
 * Added posting visible range change message.
 *
 * Revision 1.27  2003/12/22 19:32:24  dicuccio
 * Lots of code clean-up.  Changed to match new APIs in IView.  Added first pass
 * at processing selections (not entirely working)
 *
 * Revision 1.26  2003/12/22 18:15:08  friedman
 * Added various visible range methods and the selection of a method
 * through the preference menu selection and dialog.
 *
 * Revision 1.25  2003/12/03 22:24:12  friedman
 * Added changing visible range of the table.
 *
 * Revision 1.24  2003/11/26 19:45:39  friedman
 * Changed CSeq_id plugn arg to CSeq_loc. Set visible range based on seq loc passed in.
 *
 * Revision 1.23  2003/11/24 15:45:45  dicuccio
 * Renamed CVersion to CPluginVersion
 *
 * Revision 1.22  2003/11/20 21:50:39  jcherry
 * Set status message *after* updating feature table (fixes reporting of
 * number of features)
 *
 * Revision 1.21  2003/11/20 16:54:33  ucko
 * OnVisibleRangeChanged: don't try to introduce const in static_cast<>.
 *
 * Revision 1.20  2003/11/19 20:45:28  friedman
 * Added handling a visible range change event
 *
 * Revision 1.19  2003/11/04 12:51:28  friedman
 * Added event message pool callbacks for the document all-view message pool.
 *
 * Revision 1.18  2003/10/27 20:03:42  dicuccio
 * Rearranged Update() to be consistent
 *
 * Revision 1.17  2003/10/07 13:47:07  dicuccio
 * Renamed CPluginURL* to CPluginValue*
 *
 * Revision 1.16  2003/09/04 14:54:23  dicuccio
 * Use IDocument instead of CDocument.  Changed APIs to match changes in IView
 *
 * Revision 1.15  2003/07/31 17:04:34  dicuccio
 * Changed type stored by feature table view - use CMappedFeat instead of CFeature
 * (less memory consumption)
 *
 * Revision 1.14  2003/07/22 15:32:17  dicuccio
 * Changed to make use of new API in plugin_utils.hpp - GetArgValue()
 *
 * Revision 1.13  2003/06/26 15:33:41  dicuccio
 * Moved GetURLValue() from PluginURL.hpp to plugin_utils.hpp.  Fixed compilation
 * errors relating to missing #includes
 *
 * Revision 1.12  2003/06/25 17:03:01  dicuccio
 * Split CPluginHandle into a handle (pointer-to-implementation) and
 * implementation file.  Lots of #include file clean-ups.
 *
 * Revision 1.11  2003/06/20 14:53:53  dicuccio
 * Revised plugin registration - moved GetInfo() into the plugin handler
 *
 * Revision 1.10  2003/06/02 16:06:24  dicuccio
 * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
 *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
 *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
 *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
 *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
 *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
 *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
 *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
 *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
 * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
 * replaces the three libmmdb? libs.
 *
 * Revision 1.9  2003/05/19 13:46:51  dicuccio
 * Moved gui/core/plugin/ --> gui/plugin/.  Merged core libraries into
 * libgui_core.so
 *
 * Revision 1.8  2003/04/29 14:56:16  dicuccio
 * Reworked FLUID-generated code: better memory management, more explicit control
 * over the constructor
 *
 * Revision 1.7  2003/04/24 16:42:52  dicuccio
 * Updated to reflect changes in IDocument, plugin API
 *
 * Revision 1.6  2003/03/17 14:54:15  dicuccio
 * Changed base class CView - added member variable for FLTK gui component for
 * child windows, which is now maintained via an auto_ptr<>.  Eliminated
 * Show()/Hide() as a pure virtual requirement.
 *
 * Revision 1.5  2003/03/03 14:58:56  dicuccio
 * Changed to use visible range from the base class.  Added an explicit setter for
 * the visible range
 *
 * Revision 1.4  2003/01/13 13:10:09  dicuccio
 * Namespace clean-up.  Retired namespace gui -> converted all to namespace ncbi.
 * Moved all FLUID-generated code into namespace ncbi.
 *
 * Revision 1.3  2003/01/08 14:58:47  dicuccio
 * Major overhaul.  Added column selection dialog to base class - moved out of
 * this class.  Added ability to sort columns based on menu selections.  Added
 * ability to filter features based on a wide range of criteria.
 *
 * Revision 1.2  2002/12/31 16:16:27  dicuccio
 * Fixed odd compiler error in MSVC release builds - ambiguous '&&' operator
 *
 * Revision 1.1  2002/12/30 18:49:41  dicuccio
 * Initial revision
 *
 * ===========================================================================
 */

						