view_fasta.cpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:7k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: view_fasta.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.5  2004/06/01 21:02:38  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.9
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: view_fasta.cpp,v 1000.5 2004/06/01 21:02:38 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors:  Mike DiCuccio
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *    User-modifiable implementation file for extension of basic text viewer
  38.  */
  39. #include <ncbi_pch.hpp>
  40. #include "view_fasta.hpp"
  41. #include <gui/core/plugin_utils.hpp>
  42. #include <gui/core/version.hpp>
  43. #include <gui/plugin/PluginRequest.hpp>
  44. #include <gui/plugin/PluginCommand.hpp>
  45. #include <gui/plugin/PluginCommandSet.hpp>
  46. #include <gui/plugin/PluginInfo.hpp>
  47. #include <gui/plugin/PluginValue.hpp>
  48. BEGIN_NCBI_SCOPE
  49. USING_SCOPE(objects);
  50. #include "view_fasta_.cpp"
  51. void CViewFasta::GetInfo(CPluginInfo& info)
  52. {
  53.     info.Reset();
  54.     // version info macro
  55.     info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
  56.                  string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
  57.                  "CViewFasta", "Text/FastA Sequence View",
  58.                  "View the selected sequence in FastA format", "");
  59.     // command info
  60.     CPluginCommandSet& cmds = info.SetCommands();
  61.     CPluginCommand&    args = cmds.AddViewCommand(eViewCommand_new_view);
  62.     args.AddArgument("loc", "Seq-loc of the record we wish to display",
  63.                      CSeq_loc::GetTypeInfo());
  64. }
  65. CViewFasta::CViewFasta(const CPluginMessage& msg, const string& pool_name)
  66.     : CView()
  67.     , m_CurrentFont(FL_COURIER)
  68.     , m_CurrentFontSize(12)
  69. {
  70.     m_Window.reset(x_CreateWindow());
  71.     m_Buffer.reset(new Fl_Text_Buffer());
  72.     m_Text->buffer(m_Buffer.get());
  73.     m_Text->textfont(m_CurrentFont);
  74.     m_Text->textsize(m_CurrentFontSize);
  75.     m_TextSize->value(1);
  76.     m_TextFont->value(2);
  77.     // create our view menu manager
  78.     m_ViewMenuMgr.reset(new CViewMenuMgr(m_Menu, "View", this, pool_name));
  79.     // decode the argument
  80.     const CPluginCommand& args = msg.GetRequest().GetCommand();
  81.     const CPluginArg& arg = args["loc"];
  82.     const IDocument* doc = arg.GetDocument();
  83.     const CSeq_loc* loc =
  84.         dynamic_cast<const CSeq_loc*> (arg.GetObject());
  85.     // assign to our core components
  86.     if (doc  &&  loc) {
  87.         x_SetDocument(*doc);
  88.         m_SeqLoc.Reset(loc);
  89.         m_DataSource.Reset
  90.             (new CFastaTextDS(doc->GetScope().GetBioseqHandle(*loc), *loc));
  91.         m_Text->SetDataSource(*m_DataSource);
  92.     }
  93. }
  94. CViewFasta::~CViewFasta()
  95. {
  96.     m_Window.reset();
  97.     m_Buffer.reset();
  98. }
  99. void CViewFasta::OnDocumentChanged()
  100. {
  101.     if (m_Text) {
  102.         m_Text->Update();
  103.     }
  104.     // retrieve a nice title
  105.     SetTitle(x_GetTitle(m_DataSource->GetBioseqHandle()));
  106.     m_Window->redraw();
  107.     if ( !GetSelBuffer() ) {
  108.         SetSelBuffer().AddSelection(m_Document, *m_SeqLoc);
  109.     }
  110.     m_ViewMenuMgr->AddActiveViews(m_Document);
  111.     m_ViewMenuMgr->AddNewViews();//   (m_Document);
  112. }
  113. const string& CViewFasta::GetTitle(void) const
  114. {
  115.     static string s_str("FastA Text View");
  116.     return s_str;
  117. }
  118. void CViewFasta::x_OnFontHelvetica()
  119. {
  120.     m_CurrentFont = FL_HELVETICA;
  121.     m_Text->textfont(FL_HELVETICA);
  122.     m_Text->redraw();
  123.     m_TextFont->value(0);
  124.     m_TextFont->redraw();
  125. }
  126. void CViewFasta::x_OnFontTimes()
  127. {
  128.     m_CurrentFont = FL_TIMES;
  129.     m_Text->textfont(FL_TIMES);
  130.     m_Text->redraw();
  131.     m_TextFont->value(1);
  132.     m_TextFont->redraw();
  133. }
  134. void CViewFasta::x_OnFontCourier()
  135. {
  136.     m_CurrentFont = FL_COURIER;
  137.     m_Text->textfont(FL_COURIER);
  138.     m_Text->redraw();
  139.     m_TextFont->value(2);
  140.     m_TextFont->redraw();
  141. }
  142. void CViewFasta::x_OnFontSmall()
  143. {
  144.     m_CurrentFontSize = 10;
  145.     m_Text->textsize(10);
  146.     m_Text->redraw();
  147.     m_TextSize->value(0);
  148.     m_TextSize->redraw();
  149. }
  150. void CViewFasta::x_OnFontNormal()
  151. {
  152.     m_CurrentFontSize = 12;
  153.     m_Text->textsize(12);
  154.     m_Text->redraw();
  155.     m_TextSize->value(1);
  156.     m_TextSize->redraw();
  157. }
  158. void CViewFasta::x_OnFontLarge()
  159. {
  160.     m_CurrentFontSize = 14;
  161.     m_Text->textsize(14);
  162.     m_Text->redraw();
  163.     m_TextSize->value(2);
  164.     m_TextSize->redraw();
  165. }
  166. //
  167. // help submenu
  168. //
  169. void CViewFasta::x_OnHelpTextViewHelp()
  170. {
  171. }
  172. END_NCBI_SCOPE
  173. /*
  174.  * ===========================================================================
  175.  * $Log: view_fasta.cpp,v $
  176.  * Revision 1000.5  2004/06/01 21:02:38  gouriano
  177.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.9
  178.  *
  179.  * Revision 1.9  2004/05/21 22:27:50  gorelenk
  180.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  181.  *
  182.  * Revision 1.8  2004/04/16 14:47:57  dicuccio
  183.  * Use appropriate ISelection interface for dynamic menus
  184.  *
  185.  * Revision 1.7  2004/04/07 13:05:11  dicuccio
  186.  * Changed view API - require CPluginMessage instead of CPluginArgSet
  187.  *
  188.  * Revision 1.6  2004/02/17 13:53:06  dicuccio
  189.  * Enabled copy/paste for FASTA view
  190.  *
  191.  * Revision 1.5  2004/01/22 17:44:47  dicuccio
  192.  * Use CConn_MemoryStream instead of CNcbiOstrstream for in-code streaming
  193.  *
  194.  * Revision 1.4  2003/12/22 19:35:40  dicuccio
  195.  * Updated to match new APIs in IView.  Added taxonomy tree / common tree browser
  196.  *
  197.  * Revision 1.3  2003/11/24 15:45:47  dicuccio
  198.  * Renamed CVersion to CPluginVersion
  199.  *
  200.  * Revision 1.2  2003/11/20 13:19:18  dicuccio
  201.  * Fixed calling parameters for views to match new requirements - pass view's message pool name as second param
  202.  *
  203.  * Revision 1.1  2003/11/04 17:27:21  dicuccio
  204.  * Split text views into three components
  205.  *
  206.  * ===========================================================================
  207.  */