生物技术

开发平台：
C/C++

entrez_search_dlg.cpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: entrez_search_dlg.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 21:27:00  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
/*  $Id: entrez_search_dlg.cpp,v 1000.0 2004/06/01 21:27:00 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
 *
 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
 *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 *  the author's official duties as a United States Government employee and
 *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
 *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
 *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
 *
 *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
 *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
 *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
 *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
 *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
 *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
 *  purpose.
 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
 * ===========================================================================
 *
 * Authors:  Mike DiCuccio
 *
 * File Description:
 *    CEntrezSearchDlg -- search Entrez databases for sequence information
 */
#include <ncbi_pch.hpp>
#include "entrez_search_dlg.hpp"
#include "entrez_record_table.hpp"
#include <gui/core/version.hpp>
#include <gui/core/doc_manager.hpp>
#include <gui/utils/message_box.hpp>
#include <gui/utils/fltk_utils.hpp>
#include <objects/entrez2/entrez2_client.hpp>
#include <objects/entrez2/Entrez2_info.hpp>
#include <objects/entrez2/Entrez2_eval_boolean.hpp>
#include <objects/entrez2/Entrez2_boolean_reply.hpp>
#include <objects/entrez2/Entrez2_boolean_exp.hpp>
#include <objects/entrez2/Entrez2_boolean_element.hpp>
#include <objects/entrez2/Entrez2_id_list.hpp>
#include <objects/entrez2/Entrez2_docsum.hpp>
#include <objects/entrez2/Entrez2_docsum_list.hpp>
#include <objects/entrez2/Entrez2_docsum_data.hpp>
#include <objects/entrez2/Entrez2_db_id.hpp>
#include <objects/entrez2/Entrez2_limits.hpp>
#include <objmgr/util/sequence.hpp>
#include <gui/plugin/PluginMessage.hpp>
#include <gui/plugin/PluginRequest.hpp>
#include <gui/plugin/PluginCommand.hpp>
#include <gui/plugin/PluginArg.hpp>
#include <gui/plugin/PluginValue.hpp>
#include <gui/core/plugin_utils.hpp>
#include <gui/core/plugin_handle.hpp>
#include <gui/core/plugin_registry.hpp>
#include <gui/objutils/label.hpp>
#include <serial/serial.hpp>
#include <serial/objostr.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
USING_SCOPE(objects);
#include "entrez_search_dlg_.cpp"
CEntrezSearchDlg::CEntrezSearchDlg()
    : m_Start(0)
    , m_Visible(10)
    , m_Length(0)
{
    m_Window.reset(x_CreateWindow());
    CenterOnActive();
    // retrieve our list of databases
    list<string> dbs;
    m_Table->GetDatabases(dbs);
    int default_idx = 0;
    ITERATE (list<string>, iter, dbs) {
        int idx = m_DB->add(iter->c_str());
        if (*iter == "Nucleotide") {
            default_idx = idx;
        }
    }
    m_DB->value(default_idx);
    m_Table->SetDatabase(m_DB->text(default_idx));
    m_Table->SetReporter(m_StatusBar);
    m_StatusBar->PushMessage("Ready");
}
void CEntrezSearchDlg::SetQuery(const string& str)
{
    m_QueryStr->value(str.c_str());
    x_OnChangeTerms();
}
void CEntrezSearchDlg::SetDB(const string& str)
{
    for (int i = 0;  i < m_DB->size();  ++i) {
        const char* ptr = m_DB->text(i);
        if (ptr  &&  str == ptr) {
            m_DB->value(i);
            x_OnChangeDB();
            break;
        }
    }
}
void CEntrezSearchDlg::x_OnPrevious()
{
    if (m_Visible > 0  &&  m_Start > 0) {
        m_Start  = max(0, m_Start - m_Visible);
        x_OnSearch();
    }
}
void CEntrezSearchDlg::x_OnNext()
{
    if (m_Visible > 0  &&  (m_Start + m_Visible < m_Length)) {
        m_Start = min(m_Length - m_Visible, m_Start + m_Visible);
        m_Start = max(0, m_Start);
        x_OnSearch();
    }
}
void CEntrezSearchDlg::x_OnLoad()
{
    CStatusBarGuard GUARD(*m_StatusBar, "Loading accessions...");
    m_Table->OnNewDocument();
#if 0
    CPluginArg::TValues value_list;
    // this is a hack to get the nice GUI effect we want
    // we simply create a new default scope and use it to load our sequences
    CRef<CScope> scope(new CScope(CDocManager::GetObjectManager()));
    scope->AddDefaults();
    try {
        // gather our docsums and prepare to do the docsum -> seqid conversion
        CEntrez2_docsum_list docsums;
        for (size_t i = 0;  i < m_Table->GetRows();  ++i) {
            if ( !m_Table->IsRowSelected(i) ) {
                continue;
            }
            CRef<CEntrez2_docsum> ref = m_Table->GetData(i);
            docsums.SetList().push_back(ref);
        }
        docsums.SetCount(docsums.GetList().size());
        // retrieve our handler and get our IDs.
        const char* p = m_DB->text();
        if ( !p ) {
            throw runtime_error("No database chosen.");
        }
        IEntrezDBHandler& handler = m_DbManager.GetHandler(p);
        IEntrezDBHandler::TIds ids = handler.GetSeqIds(docsums);
        // force loading to make a nice GUI statement...
        size_t idx = 0;
        ITERATE (IEntrezDBHandler::TIds, iter, ids) {
            string str;
            try {
                CBioseq_Handle handle = scope->GetBioseqHandle(**iter);
                if (handle) {
                    str = "Loaded sequence ";
                    string id_str;
                    CLabel::GetLabel(**iter, &id_str, CLabel::eDefault, scope);
                    str += id_str;
                    CRef<CPluginValue> value(new CPluginValue());
                    value->SetString(id_str);
                    value_list.push_back(value);
                }
            }
            catch (CException& e) {
                str = "Failed to load sequence ";
                CLabel::GetLabel(**iter, &str, CLabel::eDefault);
                str += ": " + e.GetMsg();
            }
            catch (...) {
            }
            if (str.empty()) {
                str = "Failed to load sequence ";
                CLabel::GetLabel(**iter, &str, CLabel::eDefault);
            }
            m_StatusBar->SetMessage(str);
            ++idx;
            m_StatusBar->SetPctCompleted(100 * idx / ids.size());
        }
    }
    catch (CException& e) {
        string str("Can't load accessions:n");
        str += e.GetMsg();
        NcbiMessageBox(str);
    }
    catch (std::exception& e) {
        string str("Can't load accessions:n");
        str += e.what();
        NcbiMessageBox(str);
    }
    catch (...) {
    }
    if (value_list.size() != 0) {
        CPluginHandle ph =
            CPluginRegistry::GetPlugin("CDataPlugin_GenbankLoader");
        if (ph) {
            CRef<CPluginMessage> msg = ph.CreateMessage(eDataCommand_load);
            CPluginArg& arg = msg->SetRequest().SetCommand()["acc"];
            arg.SetList(value_list);
            CPluginUtils::CallPlugin(*msg);
        }
    }
    m_StatusBar->SetPctCompleted(0);
#endif
}
void CEntrezSearchDlg::x_OnChangeTerms()
{
    m_Start = 0;
    x_OnSearch();
}
void CEntrezSearchDlg::x_OnChangeVisible()
{
    m_Visible = m_VisibleRecords->mvalue()->argument();
    x_OnSearch();
}
void CEntrezSearchDlg::x_OnChangeDB()
{
    // determine our database
    m_Start = 0;
    m_Table->SetDatabase(m_DB->text(m_DB->value()));
    x_OnSearch();
}
void CEntrezSearchDlg::x_OnSearch()
{
    //
    // first, retrieve a list of the docsums for our search
    //
    string query = m_QueryStr->value();
    if ( query.empty() ) {
        return;
    }
    try {
        size_t total_count = 0;
        m_Table->Query(query, total_count, m_Start, m_Visible);
        m_Length = total_count;
    }
    catch (CException& e) {
        string str("Query failed:n");
        str += e.GetMsg();
        NcbiMessageBox(str);
    }
    catch (std::exception& e) {
        string str("Query failed:n");
        str += e.what();
        NcbiMessageBox(str);
    }
    catch (...) {
        NcbiMessageBox("Query failed");
    }
#if 0
    CFltkCursorGuard WAIT_GUARD;
    CStatusBarGuard GUARD(*m_StatusBar, "Submitting search...");
    //
    // reset the list data
    //
    m_Table->Clear();
    m_Table->redraw();
    // get our handler
    try {
        const char* p = m_DB->text();
        if (p) {
            // set some limits - if num > 0, we assume it's correct
            size_t start = 0;
            size_t visible = 0;
            size_t total = 0;
            if (m_Visible > 0) {
                start = m_Start;
                visible = m_Visible;
            }
            IEntrezDBHandler& handler = m_DbManager.GetHandler(p);
            CRef<objects::CEntrez2_docsum_list> docsums =
                handler.Query(query, total, start, visible);
            m_Length = total;
            //
            // set our columns up correctly
            //
            vector<IEntrezDBHandler::SHeaderInfo> headers;
            handler.GetHeaders(headers);
            m_Table->SetCols(0);
            ITERATE (vector<IEntrezDBHandler::SHeaderInfo>, iter, headers) {
                m_Table->SetColumn(iter - headers.begin(),
                                   iter->name,
                                   CEntrezRecordTable::eString,
                                   FL_ALIGN_LEFT,
                                   iter->rel_width);
            }
            //
            // now, add the docsums to the list...
            // we only want certain fields from each docsum
            //
            m_Table->SetRows(0);
            if (visible) {
                m_Table->Reserve(visible);
            } else {
                m_Table->Reserve(m_Length);
            }
            if (docsums.GetPointer()  &&
                docsums->IsSetList()  &&
                docsums->GetList().size() != 0) {
                vector<string> cols;
                size_t row = 0;
                NON_CONST_ITERATE(CEntrez2_docsum_list::TList, iter,
                                  docsums->SetList()) {
                    const CEntrez2_docsum& docsum = **iter;
                    cols.clear();
                    handler.Format(docsum, cols);
                    ITERATE (vector<string>, col_iter, cols) {
                        m_Table->SetCell(row, col_iter - cols.begin(),
                                         *col_iter);
                    }
                    m_Table->SetData(row).Reset(*iter);
                    ++row;
                }
            }
            //
            // add a nice status message
            //
            m_TitleStr = "Search Results";
            if (docsums.GetPointer()  &&  docsums->GetCount() != 0) {
                int start = m_Start + 1;
                int end   = start + m_Visible;
                if (m_Visible == -1) {
                    end = start + docsums->GetCount();
                }
                end -= 1;
                end = min(end, m_Start + docsums->GetCount());
                m_TitleStr += " - Showing ";
                m_TitleStr += NStr::IntToString(start) + " - ";
                m_TitleStr += NStr::IntToString(end) + " of ";
                m_TitleStr += NStr::IntToString(m_Length);
                m_TitleStr += " matching records.";
            } else {
                m_TitleStr += " - No records found.";
            }
            m_Window->label(m_TitleStr.c_str());
            m_StatusBar->SetPctCompleted(0);
        }
    }
    catch (CException& e) {
        string str("Can't submit query:n");
        str += e.GetMsg();
        NcbiMessageBox(str);
    }
    catch (std::exception& e) {
        string str("Can't submit query:n");
        str += e.what();
        NcbiMessageBox(str);
    }
    catch (...) {
    }
#endif
}
END_NCBI_SCOPE
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: entrez_search_dlg.cpp,v $
 * Revision 1000.0  2004/06/01 21:27:00  gouriano
 * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
 *
 * Revision 1.3  2004/05/28 15:06:14  dicuccio
 * Adjusted .fl files: include ncbi_pch.hpp, added CVS Id tags, fixed fonts
 *
 * Revision 1.2  2004/05/26 02:06:29  ucko
 * Explicitly cast through int when converting between enum types.
 *
 * Revision 1.1  2004/05/25 17:15:40  dicuccio
 * Initial revision - moved over from old GenBank search
 *
 * Revision 1.21  2004/05/07 15:35:13  dicuccio
 * Fixed unsigned/signed comparison
 *
 * Revision 1.20  2004/03/05 17:36:41  dicuccio
 * Use sequence::GetId() instead of CSeq_id::GetStringDescr()
 *
 * Revision 1.19  2004/01/20 18:16:48  dicuccio
 * Chnaged to match new API in CTablePanel
 *
 * Revision 1.18  2004/01/06 20:15:54  dicuccio
 * Use CFltkCursorGuard on load / import / search
 *
 * Revision 1.17  2003/12/30 15:02:57  dicuccio
 * Fixed bug in progress bar - advance proportional to actual number of loaded sequences
 *
 * Revision 1.16  2003/12/22 19:29:20  dicuccio
 * Added explicit passing of query string and database
 *
 * Revision 1.15  2003/12/10 15:10:04  dicuccio
 * Fixed numerous bugs in search: forgot to assign docsum to data; fixed bugs in
 * resetting counts of docsums
 *
 * Revision 1.14  2003/12/09 15:47:21  dicuccio
 * Use CDialog::CenterOnActive() to center the window
 *
 * Revision 1.13  2003/12/05 13:07:53  dicuccio
 * Split management interface into a separate plugin.  Fixed linker error
 * introduced with status bar
 *
 * Revision 1.12  2003/12/04 18:14:07  dicuccio
 * Lots of updates.  Added a status bar to track actions.  General code-clean-up
 *
 * Revision 1.11  2003/11/24 15:45:35  dicuccio
 * Renamed CVersion to CPluginVersion
 *
 * Revision 1.10  2003/11/04 17:49:24  dicuccio
 * Changed calling parameters for plugins - pass CPluginMessage instead of paired
 * CPluginCommand/CPluginReply
 *
 * Revision 1.9  2003/10/14 12:48:11  dicuccio
 * Lots of clean-ups.  Added code for correctly handling client timeouts.
 *
 * Revision 1.8  2003/10/07 13:47:05  dicuccio
 * Renamed CPluginURL* to CPluginValue*
 *
 * Revision 1.7  2003/09/30 19:53:18  dicuccio
 * Wrap entrez query in try/catch to avoid unseemly errors on failed search
 *
 * Revision 1.6  2003/09/17 16:26:56  dicuccio
 * Removed lines between cells in table.  Removed cancel button
 *
 * Revision 1.5  2003/09/16 14:08:37  dicuccio
 * Changed retrieval to use UID as gi instead of searching for a docsum field
 *
 * Revision 1.4  2003/08/18 14:44:59  dicuccio
 * Added PopSet as a search database option.  Fixed mapping og genomes <->
 * proteins
 *
 * Revision 1.3  2003/08/05 17:07:18  dicuccio
 * Changed calling semantics for the message queue - pass by reference, not
 * CConstRef<>
 *
 * Revision 1.2  2003/08/01 14:37:20  dicuccio
 * Solved issue with plugin communication - make sure that sequences are loaded
 * when the load button is clicked, not when the dialog closes
 *
 * Revision 1.1  2003/07/31 17:04:00  dicuccio
 * Added GenBank search
 *
 * ===========================================================================
 */

						