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file_loader.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：9k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

file_loader.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: file_loader.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.4  2004/06/01 20:57:40  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.23
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef GUI_PLUGINS_DOC_BASIC___FILE_LOADER__HPP
  11. #define GUI_PLUGINS_DOC_BASIC___FILE_LOADER__HPP
  13. /*  $Id: file_loader.hpp,v 1000.4 2004/06/01 20:57:40 gouriano Exp $
  14.  * ===========================================================================
  15.  *
  16.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17.  *               National Center for Biotechnology Information
  18.  *
  19.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25.  *
  26.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32.  *  purpose.
  33.  *
  34.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35.  *
  36.  * ===========================================================================
  37.  *
  38.  * Authors:  Mike DiCuccio
  39.  *
  40.  * File Description:
  41.  *    CDataPlugin_FileLoader - load sequence information from a file.
  42.  */
  44. #include <gui/core/doc_loader.hpp>
  45. #include <gui/plugin/MessageStatus.hpp>
  46. #include <gui/plugin/PluginInfo.hpp>
  47. #include <objmgr/scope.hpp>
  48. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  49. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  50. #include <objects/seqfeat/Seq_feat.hpp>
  51. #include <objects/seqalign/Seq_align.hpp>
  52. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  53. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  54. #include <objects/submit/Seq_submit.hpp>
  58. BEGIN_NCBI_SCOPE
  60. class IDocument;
  61. class CObjectInfo;
  63. class CDataPlugin_FileLoader : public CDocLoader<CDataPlugin_FileLoader>
  64. {
  65. public:
  67.     /// enum defining the formats we support
  68.     enum EFormat {
  69.         ///< autodetect will try to guess which of the
  70.         ///< following formats applies.
  71.         eFormat_Autodetect,
  73.         ///< force ASN binary
  74.         eFormat_AsnBinary,
  76.         ///< force ASN text
  77.         eFormat_AsnText,
  79.         ///< force XML
  80.         eFormat_XML,
  82.         ///< force FASTA
  83.         eFormat_FastA,
  85.         ///< force generic text alignment
  86.         eFormat_TextAlign,
  88.         ///< force Newick format phylogenetic tree
  89.         eFormat_NewickTree
  90.     };
  92.     CDataPlugin_FileLoader();
  93.     ~CDataPlugin_FileLoader();
  95.     /// virtual hook: load a document
  96.     void Load(objects::CPluginMessage& msg);
  98.     /// virtual hook: import data into a document
  99.     void Import(objects::CPluginMessage& msg);
  101.     /// Subversion of Load called when any suspected object is read
  102.     void Load(const CObjectInfo& info, IDocument* doc,
  103.               objects::CPluginReply& reply);
  105.     static void GetInfo(objects::CPluginInfo& info);
  107. private:
  109.     /// Internal version of load - here we iterate through the various file
  110.     /// types looking for a match.
  111.     void x_LoadFile(const string& fname, EFormat fmt, IDocument* doc,
  112.                     objects::CPluginReply& reply);
  113.     void x_LoadStream(CNcbiIstream& input, EFormat fmt, IDocument* doc,
  114.                       objects::CPluginReply& reply);
  116.     /// sub-versions of load, called for each object that is read
  117.     void x_Load(objects::CSeq_entry& entry, IDocument* doc,
  118.                 objects::CPluginReply& reply);
  120.     void x_Load(objects::CBioseq_set& bioseq_set, IDocument* doc,
  121.                 objects::CPluginReply& reply);
  123.     void x_Load(objects::CBioseq& bioseq, IDocument* doc,
  124.                 objects::CPluginReply& reply);
  126.     void x_Load(objects::CSeq_annot& annot, IDocument* doc,
  127.                 objects::CPluginReply& reply);
  129.     void x_Load(objects::CSeq_align& align, IDocument* doc,
  130.                 objects::CPluginReply& reply);
  132.     void x_Load(objects::CSeq_align_set& align, IDocument* doc,
  133.                 objects::CPluginReply& reply);
  135.     void x_Load(objects::CSeq_submit& submit, IDocument* doc,
  136.                 objects::CPluginReply& reply);
  139.     /// Convert a single Seq-entry to a single bioseq handle
  140.     objects::CBioseq_Handle
  141.     x_SeqEntryToBioseqHandle(objects::CSeq_entry& entry,
  142.                              objects::CScope& scope);
  144.     /// internal load-into function to add an annotation to a document
  145.     objects::EMessageStatus
  146.     x_LoadAnnotation(IDocument* doc, CRef<objects::CSeq_annot>& annot);
  147. };
  150. END_NCBI_SCOPE
  152. /*
  153.  * ===========================================================================
  154.  * $Log: file_loader.hpp,v $
  155.  * Revision 1000.4  2004/06/01 20:57:40  gouriano
  156.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.23
  157.  *
  158.  * Revision 1.23  2004/05/25 17:21:59  dicuccio
  159.  * Modified class names.  Fonts to 12 point
  160.  *
  161.  * Revision 1.22  2004/04/05 14:27:10  dicuccio
  162.  * Added check to make sure the file exists before opening.  Added support for
  163.  * seq-align-set conversions
  164.  *
  165.  * Revision 1.21  2004/03/23 22:09:01  jcherry
  166.  * Isolate stream operations from file stuff
  167.  *
  168.  * Revision 1.20  2004/03/01 15:12:04  dicuccio
  169.  * Added support for CLUSTAL alignments.  Added handling of type specification in
  170.  * plugin args.  Added support for Newic format phylogenetic trees.
  171.  *
  172.  * Revision 1.19  2003/11/18 17:49:01  dicuccio
  173.  * Added standard processing of return values
  174.  *
  175.  * Revision 1.18  2003/11/04 17:49:24  dicuccio
  176.  * Changed calling parameters for plugins - pass CPluginMessage instead of paired
  177.  * CPluginCommand/CPluginReply
  178.  *
  179.  * Revision 1.17  2003/10/10 17:17:28  dicuccio
  180.  * Added Import() method - split out from Load()
  181.  *
  182.  * Revision 1.16  2003/09/29 15:39:10  dicuccio
  183.  * Header file clean-up.  Deprecated gui/scope.hpp and gui/core/types.hpp.  Added
  184.  * GenBank data loader management dialog
  185.  *
  186.  * Revision 1.15  2003/09/16 14:07:28  dicuccio
  187.  * Removed Save function - split into separate plugin class
  188.  *
  189.  * Revision 1.14  2003/09/04 14:51:01  dicuccio
  190.  * Use IDocument instead of CDocument
  191.  *
  192.  * Revision 1.13  2003/07/14 11:16:38  shomrat
  193.  * Plugin messageing system related changes
  194.  *
  195.  * Revision 1.12  2003/06/20 14:52:57  dicuccio
  196.  * Revised plugin registration - moved GetInfo() into the plugin handler
  197.  *
  198.  * Revision 1.11  2003/06/17 19:14:56  dicuccio
  199.  * Cleaned up and re-enabled file importing
  200.  *
  201.  * Revision 1.10  2003/06/10 14:59:13  kuznets
  202.  * File opening reimplemented using CObjectsSniffer(obj_sniff.hpp)
  203.  *
  204.  * Revision 1.9  2003/06/02 16:06:22  dicuccio
  205.  * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  206.  *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  207.  *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  208.  *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  209.  *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  210.  *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  211.  *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  212.  *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  213.  *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  214.  * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  215.  * replaces the three libmmdb? libs.
  216.  *
  217.  * Revision 1.8  2003/04/24 16:39:08  dicuccio
  218.  * Updated to reflect changes in plugin API.  Changed location of document marshal
  219.  * from framework to plugin
  220.  *
  221.  * Revision 1.7  2003/02/24 13:03:16  dicuccio
  222.  * Renamed classes in plugin spec:
  223.  *     CArgSeg --> CPluginArgSet
  224.  *     CArgument --> CPluginArg
  225.  *     CPluginArgs --> CPluginCommand
  226.  *     CPluginCommands --> CPluginCommandSet
  227.  *
  228.  * Revision 1.6  2003/02/20 19:49:56  dicuccio
  229.  * Created new plugin architecture, based on ASN.1 spec.  Moved GBENCH frameowrk
  230.  * over to use new plugin architecture.
  231.  *
  232.  * Revision 1.5  2003/02/05 19:55:53  dicuccio
  233.  * Reworked file loading to handle more types
  234.  *
  235.  * Revision 1.4  2003/01/13 13:10:07  dicuccio
  236.  * Namespace clean-up.  Retired namespace gui -> converted all to namespace
  237.  * ncbi.  Moved all FLUID-generated code into namespace ncbi.
  238.  *
  239.  * Revision 1.3  2002/12/30 17:55:42  dicuccio
  240.  * Added new virtual requirement: Save() (not handled by some plugins; return
  241.  * values should be obeyed)
  242.  *
  243.  * Revision 1.2  2002/12/09 20:35:59  dicuccio
  244.  * Large revision to file loading code - added ability to read more object
  245.  * types, added ability to import annotations into current document.
  246.  *
  247.  * Revision 1.1  2002/11/25 20:51:01  dicuccio
  248.  * Initial revision.
  249.  *
  250.  * ===========================================================================
  251.  */
  253. #endif  /// GUI_PLUGINS_DOC_BASIC___FILE_LOADER__HPP