blast_base.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: blast_base.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/04/12 19:27:15  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_PLUGINS_ALGO_BLAST___BLAST_BASE__HPP
  10. #define GUI_PLUGINS_ALGO_BLAST___BLAST_BASE__HPP
  11. /*  $Id: blast_base.hpp,v 1000.2 2004/04/12 19:27:15 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Mike DiCuccio
  37.  *
  38.  * File Description:
  39.  *
  40.  */
  41. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  42. #include <gui/core/algo.hpp>
  43. #include <gui/core/plugin_utils.hpp>
  44. BEGIN_NCBI_SCOPE
  45. class CAlgoBlast_Base
  46. {
  47. public:
  48.     virtual ~CAlgoBlast_Base() {}
  49.     // internal handler for RunCommand(), called by derived classes
  50.     void RunCommand(objects::CPluginMessage& msg);
  51. protected:
  52.     // standard BLAST options hook.  This is called by derived
  53.     // classes GetInfo() functions to add the basic information for
  54.     // local BLAST searches
  55.     static void x_AddStandardArgs(objects::CPluginCommand& command);
  56. };
  57. END_NCBI_SCOPE
  58. /*
  59.  * ===========================================================================
  60.  * $Log: blast_base.hpp,v $
  61.  * Revision 1000.2  2004/04/12 19:27:15  gouriano
  62.  * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.3
  63.  *
  64.  * Revision 1.3  2004/01/27 18:40:06  dicuccio
  65.  * Code clean-up.  Renamed plugin classes to follow standard pattern
  66.  *
  67.  * Revision 1.2  2003/11/04 17:49:22  dicuccio
  68.  * Changed calling parameters for plugins - pass CPluginMessage instead of paired
  69.  * CPluginCommand/CPluginReply
  70.  *
  71.  * Revision 1.1  2003/10/23 16:23:04  dicuccio
  72.  * Moved code from algo/blast to algo/align
  73.  *
  74.  * Revision 1.2  2003/09/29 19:28:01  dicuccio
  75.  * Implemented variants of BLAST
  76.  *
  77.  * Revision 1.1  2003/09/25 17:41:10  dicuccio
  78.  * Split BLAST plugin into three plugins, one each for BLASTn, BLASTp, and tBLASTn
  79.  *
  80.  * Revision 1.2  2003/08/22 15:47:46  dicuccio
  81.  * Added 'objects::' where necessary
  82.  *
  83.  * Revision 1.1  2003/08/15 18:59:14  dicuccio
  84.  * Initial revision
  85.  *
  86.  * ===========================================================================
  87.  */
  88. #endif  // GUI_PLUGINS_ALGO_BLAST___BLAST_BASE__HPP