blast_util.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: blast_util.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/04/16 17:50:11  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_PLUGINS_ALGO_ALIGN___BLAST_UTIL__HPP
  10. #define GUI_PLUGINS_ALGO_ALIGN___BLAST_UTIL__HPP
  11. /*  $Id: blast_util.hpp,v 1000.1 2004/04/16 17:50:11 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Mike DiCuccio
  37.  *
  38.  * File Description:
  39.  *
  40.  */
  41. #include <algo/blast/api/blast_options.hpp>
  42. #include <gui/plugin/PluginCommand.hpp>
  43. BEGIN_NCBI_SCOPE
  44. class CBlastUtils
  45. {
  46. public:
  47.     static void AddBlastArgs(objects::CPluginCommand& cmd,
  48.                              blast::EProgram prog);
  49.     static void ArgsToBlastOptions(const objects::CPluginCommand& args,
  50.                                    blast::CBlastOptions& opts);
  51.     // retrieve the blast program from a string-based encoding
  52.     static blast::EProgram GetBlastProgram(const string& str);
  53. };
  54. END_NCBI_SCOPE
  55. /*
  56.  * ===========================================================================
  57.  * $Log: blast_util.hpp,v $
  58.  * Revision 1000.1  2004/04/16 17:50:11  gouriano
  59.  * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.2
  60.  *
  61.  * Revision 1.2  2004/04/16 14:41:22  dicuccio
  62.  * Added GetBlastProgram() - convert text-based program name to enum
  63.  *
  64.  * Revision 1.1  2004/01/13 20:35:27  dicuccio
  65.  * Initial revision
  66.  *
  67.  * ===========================================================================
  68.  */
  69. #endif  // GUI_PLUGINS_ALGO_ALIGN___BLAST_UTIL__HPP