net_blast_req_base.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: net_blast_req_base.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/04/16 17:50:25  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.4
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_PLUGINS_ALGO_NET_BLAST___NET_BLAST_BASE__HPP
  10. #define GUI_PLUGINS_ALGO_NET_BLAST___NET_BLAST_BASE__HPP
  11. /*  $Id: net_blast_req_base.hpp,v 1000.2 2004/04/16 17:50:25 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Clifford Clausen, Mike DiCuccio
  37.  *
  38.  * File Description:
  39.  *
  40.  */
  41. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  42. #include <gui/core/algo.hpp>
  43. #include <gui/core/plugin_utils.hpp>
  44. #include <gui/plugin/PluginValueConstraint.hpp>
  45. #include <algo/blast/api/remote_blast.hpp>
  46. #include <objects/blast/Blast4_get_databases_reply.hpp>
  47. #include <objects/blast/Blast4_database_info.hpp>
  48. BEGIN_NCBI_SCOPE
  49. class CNetBlastReq_Base
  50. {
  51. public:
  52.     virtual ~CNetBlastReq_Base() {}
  53.     // internal handler for RunCommand(), called by derived classes
  54.     void RunCommand(objects::CPluginMessage& msg);
  55.     // FinalizeArgs() retrieves the list of valid databases and
  56.     // adds a constraint to manage these
  57.     void FinalizeArgs(objects::CPluginMessage& msg);
  58.     typedef map<string, CRef<objects::CBlast4_database_info> > TDbMap;
  59.     static TDbMap sm_DbMap;
  60. private:
  61.     objects::CBioseq* x_SeqLocToBioseq(const objects::CSeq_loc& loc,
  62.                                        objects::CScope& scope);
  63.     blast::CRemoteBlast* x_GetClient(const objects::CPluginCommand& cmd);
  64.     // results of our get-databases request
  65.     static CRef<objects::CBlast4_get_databases_reply> sm_Databases;
  66.     // constraint objects that hold the databases of interest
  67.     // we have two of these - one for protein submissions, one for nucleotide
  68.     // submissions
  69.     static CRef<objects::CPluginValueConstraint> sm_DbConstraint_Nucs;
  70.     static CRef<objects::CPluginValueConstraint> sm_DbConstraint_Prots;
  71. };
  72. END_NCBI_SCOPE
  73. /*
  74.  * ===========================================================================
  75.  * $Log: 
  76.  *
  77.  * ===========================================================================
  78.  */
  79. #endif  // GUI_PLUGINS_ALGO_NET_BLAST___NET_BLAST_BASE__HPP