align_merge.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:7k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: align_merge.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 20:54:07  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: align_merge.cpp,v 1000.1 2004/06/01 20:54:07 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors:  Yuri Kapustin
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *    CAlgoPlugin_AlignMerge -- wraps global alignment algorithms
  38.  */
  39. #include <ncbi_pch.hpp>
  40. #include "align_merge.hpp"
  41. #include <gui/core/version.hpp>
  42. #include <gui/core/plugin_utils.hpp>
  43. #include <gui/utils/message_box.hpp>
  44. #include <gui/plugin/PluginInfo.hpp>
  45. #include <gui/plugin/PluginRequest.hpp>
  46. #include <gui/plugin/PluginReply.hpp>
  47. #include <gui/plugin/PluginCommand.hpp>
  48. #include <gui/plugin/PluginCommandSet.hpp>
  49. #include <gui/plugin/PluginArgSet.hpp>
  50. #include <objects/seqalign/Seq_align.hpp>
  51. #include <objtools/alnmgr/alnmix.hpp>
  52. BEGIN_NCBI_SCOPE
  53. USING_SCOPE(objects);
  54. // GetInfo()
  55. // static interface to retrieve plugin registration information
  56. void CAlgoPlugin_AlignMerge::GetInfo(CPluginInfo& info)
  57. {
  58.     info.Reset();
  59.     // version info macro
  60.     info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
  61.                  string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
  62.                  "CAlgoPlugin_AlignMerge",
  63.                  "Alignments/Merge Alignments",
  64.                  "Create a pseudomultiple alignment from a set of alignments",
  65.                  "");
  66.     // command info
  67.     CPluginCommandSet& cmds = info.SetCommands();
  68.     CPluginCommand&    cmd = cmds.AddAlgoCommand(eAlgoCommand_run);
  69.     cmd.AddArgument("aligns", "Alignments to merge",
  70.                      CSeq_align::GetTypeInfo(),
  71.                      CPluginArg::TData::e_Array);
  72.     cmd.AddDefaultFlag("gen2est",
  73.                         "Genomic <-> EST Alignment", true);
  74.     cmd.AddDefaultFlag("no_objmgr",
  75.                         "Don't fetch sequences",     false);
  76.     cmd.AddDefaultFlag("calc_score",
  77.                         "Recalculate scores",        true);
  78.     cmd.AddDefaultFlag("force_trans",
  79.                         "Force translation",         false);
  80.     cmd.AddDefaultFlag("truncate",
  81.                         "Truncate overlapping segments", false);
  82.     cmd.AddDefaultFlag("neg_strand",
  83.                         "Assume all on negative strand", false);
  84.     cmd.AddDefaultFlag("gap_join",
  85.                         "Join gaps where possible",  true);
  86.     cmd.AddDefaultFlag("min_gap",
  87.                         "Compress gaps where possible", true);
  88.     cmd.AddDefaultFlag("score_sort",
  89.                         "Sort by scores",            true);
  90.     cmd.AddDefaultFlag("query_merge",
  91.                         "Merge query sequence only", false);
  92.     cmd.AddDefaultFlag("fill_unaligned",
  93.                         "Fill unaligned regions",    false);
  94. }
  95. void CAlgoPlugin_AlignMerge::RunCommand(CPluginMessage& msg)
  96. {
  97.     const CPluginCommand& cmd = msg.GetRequest().GetCommand();
  98.     CPluginReply& reply = msg.SetReply();
  99.     reply.SetStatus(eMessageStatus_failed);
  100.     // retrieve our alignments
  101.     plugin_args::TAlignList aligns;
  102.     GetArgValue(cmd["aligns"], aligns);
  103.     CAlnMix::TAddFlags   add_flags = 0;
  104.     CAlnMix::TMergeFlags merge_flags = 0;
  105.     if (cmd["gen2est"].AsBoolean()) {
  106.         merge_flags |= CAlnMix::fGen2EST;
  107.     }
  108.     if (cmd["no_objmgr"].AsBoolean()) {
  109.         add_flags |= CAlnMix::fDontUseObjMgr;
  110.     }
  111.     if (cmd["calc_score"].AsBoolean()) {
  112.         add_flags |= CAlnMix::fCalcScore;
  113.     }
  114.     if (cmd["force_trans"].AsBoolean()) {
  115.         add_flags |= CAlnMix::fForceTranslation;
  116.     }
  117.     if (cmd["truncate"].AsBoolean()) {
  118.         merge_flags |= CAlnMix::fTruncateOverlaps;
  119.     }
  120.     if (cmd["neg_strand"].AsBoolean()) {
  121.         merge_flags |= CAlnMix::fNegativeStrand;
  122.     }
  123.     if (cmd["gap_join"].AsBoolean()) {
  124.         merge_flags |= CAlnMix::fGapJoin;
  125.     }
  126.     if (cmd["min_gap"].AsBoolean()) {
  127.         merge_flags |= CAlnMix::fMinGap;
  128.     }
  129.     if (cmd["score_sort"].AsBoolean()) {
  130.         merge_flags |= CAlnMix::fSortSeqsByScore;
  131.     }
  132.     if (cmd["query_merge"].AsBoolean()) {
  133.         merge_flags |= CAlnMix::fQuerySeqMergeOnly;
  134.     }
  135.     if (cmd["fill_unaligned"].AsBoolean()) {
  136.         merge_flags |= CAlnMix::fFillUnalignedRegions;
  137.     }
  138.     set< CConstRef<IDocument> > docs;
  139.     ITERATE (plugin_args::TAlignList, iter, aligns) {
  140.         docs.insert(iter->first);
  141.     }
  142.     if (docs.size() != 1) {
  143.         NcbiMessageBox("Failed to merge alignments:n"
  144.                        "All alignments must be in the same document");
  145.         return;
  146.     }
  147.     try {
  148.         CConstRef<IDocument> doc = *docs.begin();
  149.         CAlnMix mix(doc->GetScope());
  150.         ITERATE (plugin_args::TAlignList, iter, aligns) {
  151.             mix.Add(*iter->second, add_flags);
  152.         }
  153.         mix.Merge(merge_flags);
  154.         CRef<CSeq_annot> annot(new CSeq_annot());
  155.         annot->SetName("Merged Alignment");
  156.         annot->SetData().SetAlign().push_back
  157.             (CRef<CSeq_align>(const_cast<CSeq_align*>(&mix.GetSeqAlign())));
  158.         reply.AddObject(*doc, *annot);
  159.         reply.AddAction(CPluginReplyAction::e_Add_to_document);
  160.         reply.SetStatus(eMessageStatus_success);
  161.     }
  162.     catch (CException& e) {
  163.         NcbiMessageBox("Failed to merge alignments:n" +
  164.                        e.GetMsg());
  165.         return;
  166.     }
  167. #ifndef _DEBUG
  168.     catch (...) {
  169.         NcbiMessageBox("Failed to merge alignments:n"
  170.                        "Unknown error.");
  171.         return;
  172.     }
  173. #endif
  174. }
  175. END_NCBI_SCOPE
  176. /*
  177.  * ===========================================================================
  178.  * $Log: align_merge.cpp,v $
  179.  * Revision 1000.1  2004/06/01 20:54:07  gouriano
  180.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  181.  *
  182.  * Revision 1.2  2004/05/21 22:27:46  gorelenk
  183.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  184.  *
  185.  * Revision 1.1  2004/01/27 18:39:05  dicuccio
  186.  * Initial revision
  187.  *
  188.  * ===========================================================================
  189.  */