net_blast_reqmega.hpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: net_blast_reqmega.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/04/12 19:27:59  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.6
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_CORE_ALGO_NET_BLAST___NET_BLAST_REQMEGA__HPP
  10. #define GUI_CORE_ALGO_NET_BLAST___NET_BLAST_REQMEGA__HPP
  11. /*  $Id: net_blast_reqmega.hpp,v 1000.2 2004/04/12 19:27:59 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Clifford Clausen, Michael DiCuccio
  37.  *
  38.  * File Description:
  39.  *    CAlgoPlugin_BlastReqn -- passes nucleotide Blast requests to megablast
  40.  */
  41. #include <gui/core/algo.hpp>
  42. #include <gui/core/version.hpp>
  43. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  44. #include "net_blast_req_base.hpp"
  45. BEGIN_NCBI_SCOPE
  46. class CAlgoPlugin_BlastReqmega : public CAlgorithm<CAlgoPlugin_BlastReqmega>
  47.                     , public CNetBlastReq_Base
  48. {
  49. public:
  50.     // call RunCommand on base class
  51.     void RunCommand(objects::CPluginMessage& msg);
  52.     // FinalizeArgs() retrieves the list of valid databases and
  53.     // adds a constraint to manage these
  54.     void FinalizeArgs(objects::CPluginMessage& msg);
  55.     // standard info boilerplate
  56.     static void GetInfo(objects::CPluginInfo& info);
  57. };
  58. inline
  59. void CAlgoPlugin_BlastReqmega::FinalizeArgs(objects::CPluginMessage& msg)
  60. {
  61.     CNetBlastReq_Base::FinalizeArgs(msg);
  62. }
  63. inline
  64. void CAlgoPlugin_BlastReqmega::RunCommand(objects::CPluginMessage& msg)
  65. {
  66.     CNetBlastReq_Base::RunCommand(msg);
  67. }
  68. inline
  69. void CAlgoPlugin_BlastReqmega::GetInfo(objects::CPluginInfo& info)
  70. {
  71.         info.Reset();
  72.     // version info macro
  73.     info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
  74.                  string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
  75.                  "CAlgoPlugin_BlastReqmega", 
  76.                  "Alignments/Net BLAST/Mega BLAST",
  77.                  "Find sequences similar to query sequence",
  78.                  "");
  79.     // command info
  80.     CPluginCommand& cmd =
  81.         info.SetCommands().AddAlgoCommand(eAlgoCommand_run);
  82.     cmd.AddArgument("nucleotide", "Nucleotide to blast",
  83.                     CSeq_loc::GetTypeInfo());
  84.     cmd.SetConstraint("nucleotide",
  85.                      ((*CPluginValueConstraint::CreateSeqMol()),
  86.                       CSeq_inst::eMol_dna, 
  87.                       CSeq_inst::eMol_rna, 
  88.                       CSeq_inst::eMol_na));
  89.     cmd.AddDefaultArgument("subject", "Database for search",
  90.                            CPluginArg::eString, "nr");
  91.     cmd.AddDefaultArgument("word", "Word size", 
  92.                            CPluginArg::eInteger, "16");
  93.     cmd.AddDefaultArgument("expect", "Expect Value", 
  94.                            CPluginArg::eDouble, "2e4");
  95.     cmd.AddOptionalArgument("query", "Limit by Entrez Query",
  96.                             CPluginArg::eString);
  97.     //
  98.     // hidden arguments - internal consumption only
  99.     //
  100.     cmd.AddDefaultArgument("service", "BLAST service",
  101.                            CPluginArg::eString, "megablast");
  102.     cmd["service"].SetHidden(true);
  103.     cmd.AddDefaultArgument("prog", "BLAST program",
  104.                            CPluginArg::eString, "blastn");
  105.     cmd["prog"].SetHidden(true);
  106. }
  107. END_NCBI_SCOPE
  108. /*
  109.  * ===========================================================================
  110.  * $Log: 
  111.  *
  112.  * 
  113.  * ===========================================================================
  114.  */
  115. #endif  // GUI_CORE_ALGO_NET_BLAST___NET_BLAST_REQMEGA__HPP