tblastx.hpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: tblastx.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.4  2004/04/12 19:28:22  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.6
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_PLUGINS_ALGO_BLAST___TBLASTX__HPP
  10. #define GUI_PLUGINS_ALGO_BLAST___TBLASTX__HPP
  11. /*  $Id: tblastx.hpp,v 1000.4 2004/04/12 19:28:22 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Mike DiCuccio
  37.  *
  38.  * File Description:
  39.  *
  40.  */
  41. #include <gui/core/algo.hpp>
  42. #include <gui/core/version.hpp>
  43. #include <objects/seqfeat/Genetic_code.hpp>
  44. #include <objects/seqfeat/Genetic_code_table.hpp>
  45. #include "blast_base.hpp"
  46. BEGIN_NCBI_SCOPE
  47. USING_SCOPE(ncbi::objects);
  48. class CAlgoPlugin_tBLASTx : public CAlgorithm<CAlgoPlugin_tBLASTx>
  49.                            , public CAlgoBlast_Base
  50. {
  51. public:
  52.     // run our plugin
  53.     void RunCommand(objects::CPluginMessage& msg);
  54.     // standard info boilerplate
  55.     static void GetInfo(objects::CPluginInfo& info);
  56. };
  57. //
  58. // RunCommand() forwards to our base class
  59. inline
  60. void CAlgoPlugin_tBLASTx::RunCommand(objects::CPluginMessage& msg)
  61. {
  62.     CAlgoBlast_Base::RunCommand(msg);
  63. }
  64. // standard info boilerplate
  65. inline
  66. void CAlgoPlugin_tBLASTx::GetInfo(CPluginInfo& info)
  67. {
  68.     info.Reset();
  69.     // version info macro
  70.     info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
  71.                  string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
  72.                  "CAlgoPlugin_tBLASTx",
  73.                  "Alignments/Local BLAST/Translated Nucleotide-Protein BLAST (tBLASTx)",
  74.                  "Create an alignment of sequences "
  75.                  "using BLAST locally",
  76.                  "");
  77.     // command info
  78.     CPluginCommandSet& cmds = info.SetCommands();
  79.     CPluginCommand&    args = cmds.AddAlgoCommand(eAlgoCommand_run);
  80.     args.AddArgument("query", "Query sequence",
  81.                      CSeq_loc::GetTypeInfo());
  82.     args.SetConstraint("query",
  83.                        (*CPluginValueConstraint::CreateSeqMol(),
  84.                         CSeq_inst::eMol_aa));
  85.     args.AddArgument("targets", "Target sequences",
  86.                      CSeq_loc::GetTypeInfo(),
  87.                      CPluginArg::TData::e_Array);
  88.     args.SetConstraint("targets",
  89.                        (*CPluginValueConstraint::CreateSeqMol(),
  90.                         CSeq_inst::eMol_na,
  91.                         CSeq_inst::eMol_dna,
  92.                         CSeq_inst::eMol_rna));
  93.     CBlastUtils::AddBlastArgs(args, blast::eTblastx);
  94.     // pass to the base class standard arg function
  95.     x_AddStandardArgs(args);
  96. }
  97. END_NCBI_SCOPE
  98. /*
  99.  * ===========================================================================
  100.  * $Log: tblastx.hpp,v $
  101.  * Revision 1000.4  2004/04/12 19:28:22  gouriano
  102.  * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.6
  103.  *
  104.  * Revision 1.6  2004/01/27 18:40:28  dicuccio
  105.  * Code clean-up.  Renamed plugin classes to follow standard pattern
  106.  *
  107.  * Revision 1.5  2004/01/13 20:37:41  dicuccio
  108.  * Use CBlastUtils for standard blast argument processing
  109.  *
  110.  * Revision 1.4  2003/11/24 15:45:23  dicuccio
  111.  * Renamed CVersion to CPluginVersion
  112.  *
  113.  * Revision 1.3  2003/11/18 17:46:53  dicuccio
  114.  * Standardized menu entries
  115.  *
  116.  * Revision 1.2  2003/11/04 17:49:22  dicuccio
  117.  * Changed calling parameters for plugins - pass CPluginMessage instead of paired
  118.  * CPluginCommand/CPluginReply
  119.  *
  120.  * Revision 1.1  2003/10/23 16:23:04  dicuccio
  121.  * Moved code from algo/blast to algo/align
  122.  *
  123.  * Revision 1.4  2003/10/15 18:29:40  dicuccio
  124.  * Made inline functions inline
  125.  *
  126.  * Revision 1.3  2003/10/07 13:47:01  dicuccio
  127.  * Renamed CPluginURL* to CPluginValue*
  128.  *
  129.  * Revision 1.2  2003/09/29 19:28:01  dicuccio
  130.  * Implemented variants of BLAST
  131.  *
  132.  * Revision 1.1  2003/09/29 15:24:29  dicuccio
  133.  * Ooops - it's tBLASTx, not tBLASTn...
  134.  *
  135.  * ===========================================================================
  136.  */
  137. #endif  // GUI_PLUGINS_ALGO_BLAST___TBLASTX__HPP