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net_blast_req_base.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：15k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

net_blast_req_base.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: net_blast_req_base.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.4  2004/06/01 20:54:39  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.16
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: net_blast_req_base.cpp,v 1000.4 2004/06/01 20:54:39 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Authors:  Clifford Clausen, Mike DiCuccio
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *
  39.  */
  41. #include <ncbi_pch.hpp>
  42. #include "net_blast_req_base.hpp"
  43. #include "blast_util.hpp"
  45. #include <gui/objutils/label.hpp>
  46. #include <gui/core/doc_manager.hpp>
  47. #include <gui/core/version.hpp>
  48. #include <gui/plugin/PluginInfo.hpp>
  49. #include <gui/plugin/PluginCommandSet.hpp>
  50. #include <gui/plugin/PluginCommand.hpp>
  51. #include <gui/plugin/PluginArgSet.hpp>
  52. #include <gui/plugin/PluginRequest.hpp>
  53. #include <gui/utils/message_box.hpp>
  55. #include <algo/blast/api/bl2seq.hpp>
  56. #include <algo/blast/api/blast_options.hpp>
  58. #include <objects/seq/seqport_util.hpp>
  59. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  60. #include <objects/seq/IUPACaa.hpp>
  61. #include <objects/seq/IUPACna.hpp>
  62. #include <objects/seq/Seq_descr.hpp>
  63. #include <objects/seq/Seqdesc.hpp>
  64. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  65. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  67. #include <objects/blast/Blast4_cutoff.hpp>
  68. #include <objects/blast/Blast4_error.hpp>
  69. #include <objects/blast/Blast4_database.hpp>
  70. #include <objects/blast/Blast4_parameter.hpp>
  71. #include <objects/blast/Blast4_parameters.hpp>
  72. #include <objects/blast/Blast4_queue_search_reply.hpp>
  73. #include <objects/blast/Blast4_queue_search_reques.hpp>
  74. #include <objects/blast/Blast4_reply.hpp>
  75. #include <objects/blast/Blast4_reply_body.hpp>
  76. #include <objects/blast/Blast4_request.hpp>
  77. #include <objects/blast/Blast4_request_body.hpp>
  78. #include <objects/blast/Blast4_subject.hpp>
  79. #include <objects/blast/Blast4_value.hpp>
  80. #include <objects/blast/blastclient.hpp>
  82. #include <objmgr/seq_vector.hpp>
  84. #include <algo/blast/api/blastx_options.hpp>
  85. #include <algo/blast/api/tblastn_options.hpp>
  86. #include <algo/blast/api/tblastx_options.hpp>
  87. #include <algo/blast/api/blast_nucl_options.hpp>
  88. #include <algo/blast/api/blast_prot_options.hpp>
  91. BEGIN_NCBI_SCOPE
  92. USING_SCOPE(objects);
  95. CRef<CPluginValueConstraint>      CNetBlastReq_Base::sm_DbConstraint_Nucs;
  96. CRef<CPluginValueConstraint>      CNetBlastReq_Base::sm_DbConstraint_Prots;
  97. CNetBlastReq_Base::TDbMap         CNetBlastReq_Base::sm_DbMap;
  98. CRef<CBlast4_get_databases_reply> CNetBlastReq_Base::sm_Databases;
  103. void CNetBlastReq_Base::RunCommand(CPluginMessage& msg)
  104. {
  105.     const CPluginCommand& args  = msg.GetRequest().GetCommand();
  106.     CPluginReply&         reply = msg.SetReply();
  107.     reply.SetStatus(eMessageStatus_failed);
  109.     //
  110.     // retrieve our locations
  111.     //
  112.     bool nuc = true;
  113.     plugin_args::TLocList locs;
  114.     if (args.HasArgument("nucleotide")) {
  115.         GetArgValue(args["nucleotide"], locs);
  116.     } else if (args.HasArgument("protein")){
  117.         GetArgValue(args["protein"],    locs);
  118.         nuc = false;
  119.     } else {
  120.         NcbiMessageBox("Plugin called without sequences set.");
  121.         return;
  122.     }
  124.     try {
  125.         blast::CBlastOptions opts;
  126.         CRef<blast::CRemoteBlast> cli(x_GetClient(args));
  127.         if (args.HasArgument("query")  &&
  128.             CPluginUtils::IsValid(args["query"])) {
  129.             cli->SetEntrezQuery(args["query"].AsString().c_str());
  130.         }
  132.         bool error = false;
  133.         string err_locs;
  134.         ITERATE (plugin_args::TLocList, iter, locs) {
  135.             const CSeq_loc&  loc = *iter->second;
  136.             const IDocument& doc = *iter->first;
  138.             // convert the location to a sequence
  139.             // this is a constructed bioseq containing only the covered sequence...
  140.             CRef<CBioseq> bioseq(x_SeqLocToBioseq(loc, doc.GetScope()));
  141.             if ( !bioseq ) {
  142.                 string str;
  143.                 CLabel::GetLabel(loc, &str, CLabel::eDefault, &doc.GetScope());
  144.                 LOG_POST(Error << "can't create bioseq for location: "
  145.                          << str);
  146.                 continue;
  147.             }
  149.             CObjectConverter::TObjList objs;
  150.             CObjectConverter::Convert(doc.GetScope(), *bioseq,
  151.                                       CBioseq_set::GetTypeInfo(), objs);
  153.             NON_CONST_ITERATE (CObjConverter::TObjList, bs_iter, objs) {
  154.                 const CBioseq_set& bs =
  155.                     dynamic_cast<const CBioseq_set&>(**bs_iter);
  156.                 CRef<CBioseq_set> ref(&const_cast<CBioseq_set&>(bs));
  158.                 cli->SetQueries(ref);
  159.                 if (cli->Submit()) {
  161.                     // Set up arguments for framework to call
  162.                     // CDataPlugin_BlastReply plugin
  163.                     CRef<CPluginMessage> msg(new CPluginMessage);
  164.                     msg->SetDestination("CDataPlugin_BlastReply");
  166.                     // we pass in our arguments verbatim
  167.                     CPluginCommand& data_cmd = msg->SetRequest().SetData();
  168.                     data_cmd.SetCommand(eDataCommand_load);
  169.                     data_cmd.SetArgs().Assign(args.GetArgs());
  171.                     // add the RID argument
  172.                     data_cmd.SetArgs().AddArgument("RID", "Request Id", 
  173.                                                    CPluginArg::eString);
  174.                     data_cmd.SetArgs()["RID"].SetString(cli->GetRID());
  176.                     // pass the query location separately
  177.                     data_cmd.SetArgs().AddArgument("query_loc", "Query Seq-loc",
  178.                                                    CSeq_loc::GetTypeInfo());
  179.                     data_cmd.SetArgs()["query_loc"].SetObject(doc, loc);
  181.                     // once done, fire off our message
  182.                     CPluginUtils::CallPlugin(*msg);
  184.                 } else {
  185.                     loc.GetLabel(&err_locs);
  186.                     err_locs += "n";
  187.                     error = true;
  188.                 }
  189.             }
  190.         }
  191.         if (error) {
  192.             NcbiMessageBox("Error submitting locations:n" + err_locs);
  193.         } else {
  194.             reply.SetStatus(eMessageStatus_success);
  195.         }
  196.         }
  197.     catch (CException& e) {
  198.         NcbiMessageBox("Failed to submit BLAST search:n" + e.GetMsg());
  199.     }
  200.     catch (std::exception& e) {
  201.         NcbiMessageBox(string("Failed to submit BLAST search:n") + e.what());
  202.     }
  203. }
  206. void CNetBlastReq_Base::FinalizeArgs(objects::CPluginMessage& msg)
  207. {
  208.     // determine which BLAST program we're looking at
  209.     // this will determine which set of constraints (if any) we impose
  210.     string program = msg.GetRequest().GetCommand()["prog"].AsString();
  211.     blast::EProgram prog = CBlastUtils::GetBlastProgram(program);
  212.     if (prog == blast::eBlastProgramMax) {
  213.         return;
  214.     }
  216.     if ( !sm_Databases ) {
  217.         CBlast4Client client;
  218.         sm_Databases = client.AskGet_databases();
  219.         if ( !sm_Databases ) {
  220.             NcbiMessageBox("Failed to contact BLAST server.n"
  221.                            "Network BLAST searches will be disabled.");
  222.             return;
  223.         }
  225.         /**
  226.         auto_ptr<CObjectOStream> os
  227.             (CObjectOStream::Open(eSerial_AsnText, "c:/temp/blast-dbs.asn"));
  228.         *os << *sm_Databases;
  229.         **/
  231.         sm_DbConstraint_Nucs.Reset(CPluginValueConstraint::CreateSet());
  232.         sm_DbConstraint_Prots.Reset(CPluginValueConstraint::CreateSet());
  234.         NON_CONST_ITERATE (CBlast4_get_databases_reply::Tdata, iter,
  235.                            sm_Databases->Set()) {
  236.             const CBlast4_database_info& info = **iter;
  238.             // map description -> name
  239.             string name = info.GetDatabase().GetName();
  240.             sm_DbMap[name] = *iter;
  242.             if (info.GetDatabase().GetType() == eBlast4_residue_type_protein) {
  243.                 *sm_DbConstraint_Prots, info.GetDatabase().GetName();
  244.             } else {
  245.                 *sm_DbConstraint_Nucs, info.GetDatabase().GetName();
  246.             }
  247.         }
  248.     }
  250.     switch (prog) {
  251.     case blast::eBlastn:
  252.     case blast::eTblastn:
  253.         msg.SetRequest().SetCommand()
  254.             .SetConstraint("subject", *sm_DbConstraint_Nucs);
  255.         break;
  257.     case blast::eBlastx:
  258.     case blast::eBlastp:
  259.     case blast::eTblastx:
  260.         msg.SetRequest().SetCommand()
  261.             .SetConstraint("subject", *sm_DbConstraint_Prots);
  262.         break;
  264.     default:
  265.         break;
  266.     }
  267. }
  270. CBioseq* CNetBlastReq_Base::x_SeqLocToBioseq(const CSeq_loc& loc,
  271.                                              CScope& scope)
  272. {
  273.     // Build a Seq-entry for the query Seq-loc
  274.     CBioseq_Handle handle = scope.GetBioseqHandle(loc);
  275.     if ( !handle ) {
  276.         return CRef<CBioseq>();
  277.     }
  279.     CSeqVector vec =
  280.         handle.GetSequenceView(loc,
  281.                                CBioseq_Handle::eViewConstructed,
  282.                                CBioseq_Handle::eCoding_Iupac);
  283.     string seq_string;
  284.     vec.GetSeqData(0, vec.size(), seq_string);
  286.     CRef<CBioseq> bioseq(new CBioseq());
  288.     // curate our inst
  289.     bioseq->SetInst().SetRepr(CSeq_inst::eRepr_raw);
  290.     bioseq->SetInst().SetLength(seq_string.size());
  291.     if (vec.IsProtein()) {
  292.         bioseq->SetInst().SetMol(CSeq_inst::eMol_aa);
  293.         bioseq->SetInst().SetSeq_data().SetIupacaa(*new CIUPACaa(seq_string));
  294.     } else {
  295.         bioseq->SetInst().SetMol(CSeq_inst::eMol_na);
  296.         bioseq->SetInst().SetSeq_data().SetIupacna(*new CIUPACna(seq_string));
  297.         CSeqportUtil::Pack(&bioseq->SetInst().SetSeq_data());
  298.     }
  301.     // add an ID for our sequence
  302.     CRef<CSeq_id> id(new CSeq_id());
  303.     id->Assign(*handle.GetSeqId());
  304.     bioseq->SetId().push_back(id);
  306.     // a title
  307.     CRef<CSeqdesc> title(new CSeqdesc);
  308.     string title_str;
  309.     id->GetLabel(&title_str);
  310.     title_str += ": ";
  311.     loc.GetLabel(&title_str);
  312.     title->SetTitle(title_str);
  313.     bioseq->SetDescr().Set().push_back(title);
  315.     return bioseq.Release();
  316. }
  320. blast::CRemoteBlast* CNetBlastReq_Base::x_GetClient(const CPluginCommand& args)
  321. {
  322.     string program = args["prog"].AsString();
  323.     blast::EProgram prog = CBlastUtils::GetBlastProgram(program);
  324.     if (prog == blast::eBlastProgramMax) {
  325.         return NULL;
  326.     }
  328.     CRef<blast::CRemoteBlast> rb;
  329.     switch (prog) {
  330.     case blast::eBlastn:
  331.         {{
  332.             CRef<blast::CBlastNucleotideOptionsHandle> opts
  333.                 (new blast::CBlastNucleotideOptionsHandle
  334.                  (blast::CBlastOptions::eRemote));
  335.             opts->SetWordSize       (args["word"].AsInteger());
  336.             opts->SetEvalueThreshold(args["expect"].AsDouble());
  338.             rb.Reset(new blast::CRemoteBlast(opts));
  339.         }}
  340.         break;
  342.     case blast::eBlastp:
  343.         {{
  344.             CRef<blast::CBlastProteinOptionsHandle> opts
  345.                 (new blast::CBlastProteinOptionsHandle
  346.                  (blast::CBlastOptions::eRemote));
  347.             opts->SetWordSize       (args["word"].AsInteger());
  348.             opts->SetEvalueThreshold(args["expect"].AsDouble());
  350.             rb.Reset(new blast::CRemoteBlast(opts));
  351.         }}
  352.         break;
  354.     case blast::eBlastx:
  355.         {{
  356.             CRef<blast::CBlastxOptionsHandle> opts
  357.                 (new blast::CBlastxOptionsHandle
  358.                  (blast::CBlastOptions::eRemote));
  359.             opts->SetWordSize       (args["word"].AsInteger());
  360.             opts->SetEvalueThreshold(args["expect"].AsDouble());
  362.             rb.Reset(new blast::CRemoteBlast(opts));
  363.         }}
  364.         break;
  366.     case blast::eTblastn:
  367.         {{
  368.             CRef<blast::CTBlastnOptionsHandle> opts
  369.                 (new blast::CTBlastnOptionsHandle
  370.                  (blast::CBlastOptions::eRemote));
  371.             opts->SetWordSize       (args["word"].AsInteger());
  372.             opts->SetEvalueThreshold(args["expect"].AsDouble());
  374.             rb.Reset(new blast::CRemoteBlast(opts));
  375.         }}
  376.         break;
  378.     case blast::eTblastx:
  379.         {{
  380.             CRef<blast::CTBlastxOptionsHandle> opts
  381.                 (new blast::CTBlastxOptionsHandle
  382.                  (blast::CBlastOptions::eRemote));
  383.             opts->SetWordSize       (args["word"].AsInteger());
  384.             opts->SetEvalueThreshold(args["expect"].AsDouble());
  386.             rb.Reset(new blast::CRemoteBlast(opts));
  387.         }}
  388.         break;
  389.     }
  391.     if ( !rb ) {
  392.         return NULL;
  393.     }
  395.     rb->SetDatabase(args["subject"].AsString().c_str());
  396.     return rb.Release();
  397. }
  400. END_NCBI_SCOPE
  403. /*
  404.  * ===========================================================================
  405.  * $Log: net_blast_req_base.cpp,v $
  406.  * Revision 1000.4  2004/06/01 20:54:39  gouriano
  407.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.16
  408.  *
  409.  * Revision 1.16  2004/05/21 22:27:46  gorelenk
  410.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  411.  *
  412.  * Revision 1.15  2004/05/07 15:42:35  dicuccio
  413.  * Use CLabel instead of CSeqUtils::GetLabel()
  414.  *
  415.  * Revision 1.14  2004/05/03 13:05:42  dicuccio
  416.  * gui/utils --> gui/objutils where needed
  417.  *
  418.  * Revision 1.13  2004/04/22 12:22:08  dicuccio
  419.  * Added BLAST RID caching.  Added better formatting for BLAST results
  420.  *
  421.  * Revision 1.12  2004/04/16 14:43:02  dicuccio
  422.  * Code clean-up.  Separated databases into protein and nucleotide types, provided
  423.  * separate constraint objects for each.
  424.  *
  425.  * Revision 1.11  2004/04/07 20:58:01  ucko
  426.  * Qualify "exception" with std:: (otherwise ambiguous on some platforms)
  427.  *
  428.  * Revision 1.10  2004/04/07 12:54:44  dicuccio
  429.  * Rewrote submission interface to use CRemoteBlast.  Added FinalizeArgs() to
  430.  * ping the blast service for the available databases.
  431.  *
  432.  * ===========================================================================
  433.  */