生物技术

开发平台：
C/C++

net_blast_reqtx.hpp：源码内容
							/*
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 * PRODUCTION $Log: net_blast_reqtx.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/04/12 19:28:10  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.7
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef GUI_CORE_ALGO_NET_BLAST___NET_BLAST_REQTX__HPP
#define GUI_CORE_ALGO_NET_BLAST___NET_BLAST_REQTX__HPP
/*  $Id: net_blast_reqtx.hpp,v 1000.3 2004/04/12 19:28:10 gouriano Exp $
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 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
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 *
 * Authors:  Clifford Clausen, Michael DiCuccio
 *
 * File Description:
 *    CAlgoPlugin_BlastReqn -- passes nucleotide Blast requests to tblast
 */
#include <gui/core/algo.hpp>
#include <gui/core/version.hpp>
#include <objects/seq/Bioseq.hpp>
#include "net_blast_req_base.hpp"
BEGIN_NCBI_SCOPE
class CAlgoPlugin_BlastReqtx : public CAlgorithm<CAlgoPlugin_BlastReqtx>
                    , public CNetBlastReq_Base
{
public:
    // call RunCommand on base class
    void RunCommand(objects::CPluginMessage& msg);
    // FinalizeArgs() retrieves the list of valid databases and
    // adds a constraint to manage these
    void FinalizeArgs(objects::CPluginMessage& msg);
    // standard info boilerplate
    static void GetInfo(objects::CPluginInfo& info);
};
inline
void CAlgoPlugin_BlastReqtx::FinalizeArgs(objects::CPluginMessage& msg)
{
    CNetBlastReq_Base::FinalizeArgs(msg);
}
inline
void CAlgoPlugin_BlastReqtx::RunCommand(objects::CPluginMessage& msg)
{
    CNetBlastReq_Base::RunCommand(msg);
}
inline
void CAlgoPlugin_BlastReqtx::GetInfo(objects::CPluginInfo& info)
{
        info.Reset();
    // version info macro
    info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
                 string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
                 "CAlgoPlugin_BlastReqtx", 
                 "Alignments/Net BLAST/Translated Nucleotide-Protein "
                 "BLAST (tBLASTx)",
                 "Find similar proteins to translated query in a "
                 "protein database",
                 "");
    // command info
    CPluginCommand& cmd =
        info.SetCommands().AddAlgoCommand(eAlgoCommand_run);
    cmd.AddArgument("nucleotide", "Sequences to BLAST",
                    CSeq_loc::GetTypeInfo(),
                    CPluginArg::TData::e_Array);
    cmd.SetConstraint("nucleotide",
                     ((*CPluginValueConstraint::CreateSeqMol()),
                      CSeq_inst::eMol_dna, 
                      CSeq_inst::eMol_rna, 
                      CSeq_inst::eMol_na));
    cmd.AddDefaultArgument("subject", "Database for search",
                           CPluginArg::eString, "nr");
    cmd.AddDefaultArgument("prog", "BLAST program",
                           CPluginArg::eString, "tblastx");
    cmd["prog"].SetHidden(true);
    cmd.AddDefaultArgument("word", "Word size", 
                           CPluginArg::eInteger, "11");
    cmd.AddDefaultArgument("expect", "Expect Value", 
                           CPluginArg::eDouble, "2e4");
    cmd.AddOptionalArgument("query", "Limit by Entrez Query",
                            CPluginArg::eString);
}
END_NCBI_SCOPE
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: 
 *
 * 
 * ===========================================================================
 */
#endif  // GUI_CORE_ALGO_NET_BLAST___NET_BLAST_REQTX__HPP

						