seq_to_neighbors.hpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seq_to_neighbors.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/04/12 19:28:19  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_PLUGINS_ALGO_ALIGN___SEQ_TO_NEIGHBORS__HPP
  10. #define GUI_PLUGINS_ALGO_ALIGN___SEQ_TO_NEIGHBORS__HPP
  11. /*  $Id: seq_to_neighbors.hpp,v 1000.1 2004/04/12 19:28:19 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Mike DiCuccio
  37.  *
  38.  * File Description:
  39.  *
  40.  */
  41. #include <gui/core/algo_thread.hpp>
  42. #include <gui/core/version.hpp>
  43. #include "align_to_neighbors.hpp"
  44. #include "blast_util.hpp"
  45. BEGIN_NCBI_SCOPE
  46. USING_SCOPE(objects);
  47. class CAlignSeqToNeighbors : public CAlignToNeighbors,
  48.                              public CThreadedAlgorithm<CAlignSeqToNeighbors>
  49. {
  50. public:
  51.     void RunThreaded(CPluginMessage& msg);
  52.     // standard info boilerplate
  53.     static void GetInfo(CPluginInfo& info);
  54. };
  55. inline
  56. void CAlignSeqToNeighbors::RunThreaded(CPluginMessage& msg)
  57. {
  58.     CAlignToNeighbors::RunCommand(msg, m_Progress);
  59. }
  60. // standard info boilerplate
  61. inline
  62. void CAlignSeqToNeighbors::GetInfo(CPluginInfo& info)
  63. {
  64.     info.Reset();
  65.     // version info macro
  66.     info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
  67.                  string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
  68.                  "CAlignSeqToNeighbors",
  69.                  "Alignments/Align mRNA sequence to Entrez neighbors",
  70.                  "Create an alignment of an mRNA sequence "
  71.                  "to its related sequences and to its genomic context",
  72.                  "http://graceland.ncbi.nlm.nih.gov:6224/staff/jcherry/"
  73.                  "plugin_help/align_mrna_to_neighbors.html");
  74.     // command info
  75.     CPluginCommandSet& cmds = info.SetCommands();
  76.     CPluginCommand&    args = cmds.AddAlgoCommand(eAlgoCommand_run);
  77.     args.AddArgument("mrna_feat", "mRNA sequence",
  78.                      CSeq_feat::GetTypeInfo());
  79.     args.SetConstraint("mrna_feat",
  80.                        (*CPluginValueConstraint::CreateFeatSubtype(),
  81.                         CSeqFeatData::eSubtype_mRNA));
  82.     args.AddConstraint("mrna_feat",
  83.                        *CPluginValueConstraint::CreateFeatProduct());
  84.     args.AddDefaultArgument("word", "Word Size",
  85.                             CPluginArg::eInteger, "11");
  86.     args.AddDefaultArgument("expect", "Expect Value",
  87.                             CPluginArg::eDouble, "0.05");
  88.     args.AddArgument("greedy", "Perform a greedy alignment",
  89.                      CPluginArg::eBoolean);
  90.     args.AddArgument("genomic", "Align to the genomic sequence",
  91.                      CPluginArg::eBoolean);
  92.     args.AddDefaultArgument("neighbor_filter",
  93.                             "Which entrez neighbors",
  94.                             CPluginArg::eString, "all");
  95.     args.SetConstraint("neighbor_filter",
  96.                        (*CPluginValueConstraint::CreateSet(),
  97.                         "all", "mRNA only", "genomic only",
  98.                         "arbitrary query string (below)"));
  99.     args.AddOptionalArgument("query_string",
  100.                              "Entrez query for filtering",
  101.                              CPluginArg::eString);
  102. }
  103. END_NCBI_SCOPE
  104. /*
  105.  * ===========================================================================
  106.  * $Log: seq_to_neighbors.hpp,v $
  107.  * Revision 1000.1  2004/04/12 19:28:19  gouriano
  108.  * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.2
  109.  *
  110.  * Revision 1.2  2004/01/27 18:40:27  dicuccio
  111.  * Code clean-up.  Renamed plugin classes to follow standard pattern
  112.  *
  113.  * Revision 1.1  2003/10/24 12:49:21  dicuccio
  114.  * Moved files from algo/net_blast
  115.  *
  116.  * ===========================================================================
  117.  */
  118. #endif  // GUI_PLUGINS_ALGO_ALIGN___SEQ_TO_NEIGHBORS__HPP