生物技术

开发平台：
C/C++

prot_to_neighbors.hpp：源码内容
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 * PRODUCTION $Log: prot_to_neighbors.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.5  2004/04/12 19:28:16  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.11
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef GUI_PLUGINS_ALGO_ALIGN___PROT_TO_NEIGHBORS__HPP
#define GUI_PLUGINS_ALGO_ALIGN___PROT_TO_NEIGHBORS__HPP
/*  $Id: prot_to_neighbors.hpp,v 1000.5 2004/04/12 19:28:16 gouriano Exp $
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 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
 * Authors:  Mike DiCuccio
 *
 * File Description:
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#include <gui/core/algo_thread.hpp>
#include <gui/core/version.hpp>
#include "align_to_neighbors.hpp"
#include "blast_util.hpp"
BEGIN_NCBI_SCOPE
USING_SCOPE(objects);
class CAlgoPlugin_AlignProtToNeighbors
    : public CAlignToNeighbors,
      public CAlgorithm<CAlgoPlugin_AlignProtToNeighbors>
{
public:
    void RunCommand(CPluginMessage& msg);
    // standard info boilerplate
    static void GetInfo(CPluginInfo& info);
};
inline void
CAlgoPlugin_AlignProtToNeighbors::RunCommand(CPluginMessage& msg)
{
    CAlignToNeighbors::Run(msg);
}
// standard info boilerplate
inline
void CAlgoPlugin_AlignProtToNeighbors::GetInfo(CPluginInfo& info)
{
    info.Reset();
    // version info macro
    info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
                 string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
                 "CAlgoPlugin_AlignProtToNeighbors",
                 "Alignments/Align protein to Entrez neighbors",
                 "Create an alignment of a protein sequence "
                 "to its related sequences",
                 "");
    // command info
    CPluginCommandSet& cmds = info.SetCommands();
    CPluginCommand&    args = cmds.AddAlgoCommand(eAlgoCommand_run);
    args.AddArgument("cds_feat", "Protein sequence",
                     CSeq_feat::GetTypeInfo());
    args.SetConstraint("cds_feat",
                       (*CPluginValueConstraint::CreateFeatType(),
                        CSeqFeatData::e_Cdregion));
    args.AddConstraint("cds_feat",
                       *CPluginValueConstraint::CreateFeatProduct());
    CBlastUtils::AddBlastArgs(args, blast::eBlastp);
    args.AddDefaultArgument("neighbor_filter",
                            "Which entrez neighbors",
                            CPluginArg::eString, "all");
    args.SetConstraint("neighbor_filter",
                       (*CPluginValueConstraint::CreateSet(),
                        "all",
                        "arbitrary query string (below)"));
    args.AddOptionalArgument("query_string",
                             "Entrez query for filtering",
                             CPluginArg::eString);
    // pass to the base class standard arg function
    //x_AddStandardArgs(args);
}
END_NCBI_SCOPE
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: prot_to_neighbors.hpp,v $
 * Revision 1000.5  2004/04/12 19:28:16  gouriano
 * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.11
 *
 * Revision 1.11  2004/04/07 12:57:49  dicuccio
 * Formatting changes
 *
 * Revision 1.10  2004/03/05 17:33:44  dicuccio
 * Changed plugin to run single-threaded until thread issues can be sorted out.
 * Use sequence::GetId() instead of CSeq_id::GetStringDescr()
 *
 * Revision 1.9  2004/01/27 18:40:27  dicuccio
 * Code clean-up.  Renamed plugin classes to follow standard pattern
 *
 * Revision 1.8  2004/01/13 20:37:41  dicuccio
 * Use CBlastUtils for standard blast argument processing
 *
 * Revision 1.7  2003/11/26 17:12:30  dicuccio
 * Switched to use CThreadedAlgorithm<>
 *
 * Revision 1.6  2003/11/24 15:45:23  dicuccio
 * Renamed CVersion to CPluginVersion
 *
 * Revision 1.5  2003/11/06 20:12:12  dicuccio
 * Cleaned up handling of USING_SCOPE - removed from all headers
 *
 * Revision 1.4  2003/11/04 17:49:22  dicuccio
 * Changed calling parameters for plugins - pass CPluginMessage instead of paired
 * CPluginCommand/CPluginReply
 *
 * Revision 1.3  2003/10/17 17:45:40  jcherry
 * Default E-values -> 0.05
 *
 * Revision 1.2  2003/10/16 21:52:07  jcherry
 * Added filtering of neighbors
 *
 * Revision 1.1  2003/10/15 18:17:07  dicuccio
 * Split algo into two front-ends (one for mRNA, one for proteins)
 *
 * ===========================================================================
 */
#endif  // GUI_PLUGINS_ALGO_ALIGN___PROT_TO_NEIGHBORS__HPP

						